ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 37520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 110, 117, 100, 72, 26, 25, 11, 9, 7, 1, 4, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.061, 0.165, 0.269, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.165 std_dev=0.104
N1 B 0, 0.076, 0.216, 0.357, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.216 std_dev=0.140
C5 A 0, 0.102, 0.303, 0.505, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.303 std_dev=0.202
N3 A 0, 0.093, 0.298, 0.503, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.298 std_dev=0.205
N9 A 0, 0.029, 0.241, 0.453, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.241 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.092, 0.309, 0.526, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.309 std_dev=0.217
C6 A 0, 0.127, 0.377, 0.627, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.377 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.012, 0.264, 0.515, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.264 std_dev=0.251
N1 A 0, 0.120, 0.393, 0.667, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.393 std_dev=0.274
C2 A 0, 0.116, 0.391, 0.667, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.391 std_dev=0.276
N3 B 0, 0.085, 0.377, 0.668, 3.075 max_d=3.075 avg_d=0.377 std_dev=0.292
C1' A 0, 0.019, 0.316, 0.614, 2.273 max_d=2.273 avg_d=0.316 std_dev=0.298
C8 A 0, 0.081, 0.432, 0.783, 2.610 max_d=2.610 avg_d=0.432 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.085, 0.443, 0.801, 3.359 max_d=3.359 avg_d=0.443 std_dev=0.358
N7 A 0, 0.116, 0.482, 0.847, 2.807 max_d=2.807 avg_d=0.482 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.067, 0.436, 0.805, 3.328 max_d=3.328 avg_d=0.436 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.010, 0.383, 0.755, 2.742 max_d=2.742 avg_d=0.383 std_dev=0.373
N6 A 0, 0.177, 0.565, 0.954, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.565 std_dev=0.388
O2 B 0, 0.099, 0.508, 0.917, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.508 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.180, 0.620, 1.061, 3.066 max_d=3.066 avg_d=0.620 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.021, 0.519, 1.017, 5.157 max_d=5.157 avg_d=0.519 std_dev=0.498
C2' A 0, -0.120, 0.402, 0.925, 3.985 max_d=3.985 avg_d=0.402 std_dev=0.522
O4' A 0, -0.011, 0.530, 1.072, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.530 std_dev=0.542
O4 B 0, 0.106, 0.658, 1.210, 5.266 max_d=5.266 avg_d=0.658 std_dev=0.552
C3' B 0, 0.120, 0.743, 1.366, 5.286 max_d=5.286 avg_d=0.743 std_dev=0.623
C4' B 0, 0.042, 0.685, 1.328, 6.591 max_d=6.591 avg_d=0.685 std_dev=0.643
O2' B 0, 0.270, 0.948, 1.625, 4.575 max_d=4.575 avg_d=0.948 std_dev=0.678
O2' A 0, -0.088, 0.595, 1.277, 4.702 max_d=4.702 avg_d=0.595 std_dev=0.682
C3' A 0, -0.205, 0.511, 1.226, 5.418 max_d=5.418 avg_d=0.511 std_dev=0.715
C4' A 0, -0.138, 0.579, 1.295, 4.710 max_d=4.710 avg_d=0.579 std_dev=0.717
C5' B 0, -0.028, 0.753, 1.535, 8.119 max_d=8.119 avg_d=0.753 std_dev=0.782
O5' B 0, -0.129, 0.741, 1.611, 9.747 max_d=9.747 avg_d=0.741 std_dev=0.870
O3' A 0, -0.280, 0.664, 1.609, 7.460 max_d=7.460 avg_d=0.664 std_dev=0.945
O3' B 0, 0.204, 1.175, 2.147, 6.308 max_d=6.308 avg_d=1.175 std_dev=0.972
C5' A 0, -0.148, 0.911, 1.970, 7.603 max_d=7.603 avg_d=0.911 std_dev=1.059
P B 0, -0.314, 0.829, 1.972, 12.336 max_d=12.336 avg_d=0.829 std_dev=1.143
O5' A 0, -0.174, 1.047, 2.268, 8.280 max_d=8.280 avg_d=1.047 std_dev=1.221
OP2 B 0, -0.320, 0.955, 2.230, 12.477 max_d=12.477 avg_d=0.955 std_dev=1.275
OP1 B 0, -0.310, 1.019, 2.348, 14.018 max_d=14.018 avg_d=1.019 std_dev=1.329
P A 0, -0.060, 1.526, 3.112, 11.141 max_d=11.141 avg_d=1.526 std_dev=1.586
OP2 A 0, -0.065, 1.707, 3.479, 11.260 max_d=11.260 avg_d=1.707 std_dev=1.772
OP1 A 0, 0.060, 1.953, 3.845, 13.122 max_d=13.122 avg_d=1.953 std_dev=1.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.19 0.32 0.28 0.18
C2 0.04 0.00 0.24 0.25 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.28 0.18 0.44 0.69 0.66 0.52
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.10 0.12 0.13 0.19 0.24 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.28 0.40 0.35 0.29
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.03 0.20 0.24 0.22 0.23 0.22 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.27 0.38 0.24 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.10 0.36 0.54 0.53 0.36
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.16 0.13 0.16 0.12 0.15 0.07 0.14 0.03 0.01 0.02 0.22 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.05 0.42 0.64 0.69 0.44
C5' 0.05 0.31 0.10 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.24 0.26 0.28 0.28 0.26 0.26 0.13 0.07 0.10 0.02 0.01 0.25 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.17 0.09 0.43 0.70 0.74 0.48
C8 0.02 0.02 0.13 0.24 0.01 0.16 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.21 0.11 0.50 0.61 0.70 0.50
N1 0.03 0.01 0.19 0.22 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.14 0.44 0.71 0.71 0.50
N3 0.04 0.01 0.24 0.23 0.00 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.18 0.40 0.61 0.56 0.45
N6 0.03 0.01 0.09 0.22 0.02 0.12 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.18 0.07 0.47 0.77 0.85 0.54
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.20 0.06 0.51 0.72 0.83 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.02 0.33 0.44 0.46 0.30
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.14 0.14 0.14 0.07 0.16 0.19 0.21 0.24 0.17 0.18 0.09 0.00 0.06 0.11 0.16 0.38 0.35 0.25
O3' 0.14 0.28 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.10 0.17 0.21 0.23 0.27 0.18 0.20 0.08 0.06 0.00 0.10 0.27 0.48 0.30 0.27
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.14 0.18 0.07 0.06 0.02 0.11 0.10 0.00 0.15 0.29 0.28 0.20
O5' 0.19 0.44 0.28 0.27 0.36 0.02 0.42 0.01 0.43 0.50 0.44 0.40 0.47 0.51 0.33 0.16 0.27 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.69 0.40 0.38 0.54 0.22 0.64 0.25 0.70 0.61 0.71 0.61 0.77 0.72 0.44 0.38 0.48 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.66 0.35 0.24 0.53 0.22 0.69 0.31 0.74 0.70 0.71 0.56 0.85 0.83 0.46 0.35 0.30 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.52 0.29 0.22 0.36 0.08 0.44 0.02 0.48 0.50 0.50 0.45 0.54 0.55 0.30 0.25 0.27 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.38 0.42 0.42 0.49 0.48 0.52 0.55 0.42 0.35 0.41 0.48 0.53 0.48 0.59 0.48 0.62 0.74 0.90 0.82
C2 0.57 0.43 0.56 0.52 0.67 0.60 0.61 0.57 0.52 0.44 0.58 0.47 0.70 0.58 0.78 0.60 0.55 0.52 0.61 0.52
C2' 0.46 0.37 0.44 0.52 0.56 0.62 0.64 0.79 0.58 0.42 0.43 0.41 0.50 0.50 0.66 0.59 0.91 0.99 1.11 1.08
C3' 0.47 0.40 0.50 0.61 0.61 0.65 0.72 0.86 0.64 0.45 0.47 0.46 0.51 0.63 0.71 0.58 1.05 1.24 1.45 1.37
C4 0.44 0.32 0.40 0.36 0.44 0.44 0.44 0.42 0.33 0.29 0.35 0.44 0.53 0.41 0.57 0.46 0.44 0.44 0.66 0.51
C4' 0.47 0.40 0.51 0.58 0.56 0.58 0.62 0.73 0.49 0.37 0.44 0.53 0.59 0.70 0.69 0.51 0.86 1.16 1.35 1.23
C5 0.57 0.46 0.51 0.44 0.35 0.50 0.33 0.44 0.31 0.42 0.36 0.60 0.64 0.48 0.52 0.55 0.40 0.40 0.60 0.41
C5' 0.60 0.59 0.67 0.70 0.72 0.63 0.74 0.70 0.58 0.51 0.63 0.72 0.76 0.86 0.86 0.56 0.85 1.22 1.51 1.27
C6 0.64 0.46 0.61 0.54 0.39 0.58 0.40 0.52 0.38 0.46 0.33 0.64 0.75 0.58 0.61 0.61 0.45 0.43 0.55 0.40
C8 0.57 0.55 0.52 0.47 0.51 0.53 0.43 0.48 0.38 0.48 0.53 0.65 0.61 0.50 0.61 0.57 0.48 0.56 0.80 0.60
N1 0.63 0.39 0.62 0.57 0.60 0.62 0.54 0.57 0.45 0.44 0.45 0.51 0.77 0.63 0.78 0.62 0.51 0.48 0.57 0.45
N3 0.46 0.40 0.44 0.42 0.59 0.51 0.59 0.53 0.49 0.38 0.50 0.45 0.58 0.47 0.68 0.51 0.54 0.53 0.66 0.57
N6 0.74 0.63 0.72 0.64 0.39 0.68 0.43 0.63 0.46 0.59 0.45 0.83 0.87 0.68 0.58 0.71 0.53 0.54 0.57 0.47
N7 0.65 0.63 0.59 0.51 0.47 0.56 0.36 0.50 0.40 0.55 0.57 0.74 0.68 0.53 0.56 0.62 0.45 0.50 0.69 0.49
N9 0.45 0.38 0.40 0.37 0.45 0.44 0.44 0.43 0.33 0.33 0.39 0.49 0.51 0.42 0.56 0.46 0.49 0.55 0.78 0.63
O2' 0.57 0.51 0.56 0.60 0.69 0.71 0.75 0.89 0.69 0.55 0.58 0.53 0.64 0.55 0.77 0.69 0.95 1.03 1.04 1.07
O3' 0.51 0.41 0.58 0.75 0.62 0.78 0.74 1.07 0.69 0.49 0.46 0.44 0.55 0.77 0.70 0.66 1.26 1.56 1.61 1.65
O4' 0.52 0.44 0.53 0.54 0.49 0.56 0.51 0.58 0.39 0.38 0.43 0.58 0.64 0.66 0.62 0.52 0.65 0.87 1.06 0.94
O5' 0.67 0.74 0.73 0.77 0.97 0.69 0.98 0.75 0.78 0.67 0.83 0.81 0.80 0.89 1.12 0.63 0.94 1.22 1.63 1.32
OP1 0.87 1.05 0.97 0.97 1.33 0.84 1.25 0.89 0.99 0.92 1.20 1.12 1.05 1.08 1.53 0.76 1.07 1.51 1.87 1.50
OP2 0.84 1.05 0.94 0.93 1.33 0.77 1.25 0.76 0.98 0.91 1.20 1.10 1.04 1.07 1.55 0.71 0.95 1.19 1.68 1.26
P 0.78 0.90 0.88 0.89 1.13 0.75 1.08 0.75 0.85 0.78 1.01 0.98 0.98 1.04 1.32 0.68 0.94 1.25 1.68 1.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.18 0.03 0.01 0.18 0.19 0.29 0.18
C2 0.03 0.00 0.13 0.18 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02 0.07 0.31 0.29 0.40 0.29
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.12 0.12 0.03 0.10 0.22 0.00 0.03 0.09 0.02 0.31 0.36 0.43 0.33
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.26 0.01 0.27 0.03 0.24 0.16 0.23 0.17 0.02 0.01 0.28 0.02 0.24 0.31 0.25 0.21
C4 0.03 0.01 0.07 0.26 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.20 0.01 0.04 0.45 0.47 0.61 0.47
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.07 0.19 0.03 0.13 0.01 0.02 0.15 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.23 0.01 0.07 0.48 0.49 0.62 0.49
C5' 0.06 0.12 0.12 0.03 0.21 0.01 0.24 0.00 0.20 0.12 0.16 0.11 0.10 0.13 0.23 0.02 0.01 0.18 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.15 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.02 0.08 0.42 0.39 0.47 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.08 0.02 0.02 0.30 0.28 0.37 0.28
N3 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.02 0.05 0.38 0.38 0.50 0.38
O2 0.04 0.01 0.22 0.17 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.26 0.03 0.11 0.25 0.25 0.35 0.24
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.23 0.19 0.25 0.10 0.21 0.13 0.19 0.18 0.00 0.06 0.26 0.13 0.20 0.29 0.45 0.26
O3' 0.18 0.15 0.03 0.01 0.20 0.03 0.23 0.13 0.19 0.08 0.16 0.26 0.06 0.00 0.23 0.12 0.25 0.45 0.37 0.30
O4 0.03 0.02 0.09 0.28 0.01 0.13 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.03 0.26 0.23 0.00 0.05 0.48 0.52 0.68 0.52
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.11 0.13 0.12 0.05 0.00 0.12 0.15 0.29 0.16
O5' 0.18 0.31 0.31 0.24 0.45 0.02 0.48 0.01 0.42 0.30 0.38 0.25 0.20 0.25 0.48 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.29 0.36 0.31 0.47 0.15 0.49 0.18 0.39 0.28 0.38 0.25 0.29 0.45 0.52 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.40 0.43 0.25 0.61 0.23 0.62 0.27 0.47 0.37 0.50 0.35 0.45 0.37 0.68 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.29 0.33 0.21 0.47 0.06 0.49 0.02 0.39 0.28 0.38 0.24 0.26 0.30 0.52 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00