ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 38169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 60, 36, 40, 3, 0, 38, 14, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.028, 0.083, 0.137, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.083 std_dev=0.054
N3 B 0, 0.058, 0.146, 0.234, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.146 std_dev=0.088
N1 A 0, 0.038, 0.138, 0.237, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.138 std_dev=0.099
N9 B 0, 0.074, 0.182, 0.290, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.182 std_dev=0.108
C8 B 0, 0.068, 0.182, 0.296, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.182 std_dev=0.114
N7 B 0, 0.062, 0.198, 0.334, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.198 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.040, 0.188, 0.337, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.188 std_dev=0.148
C6 A 0, 0.098, 0.249, 0.400, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.249 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.072, 0.264, 0.456, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.264 std_dev=0.192
C2 A 0, 0.057, 0.257, 0.457, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.257 std_dev=0.200
N2 B 0, 0.111, 0.362, 0.614, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.362 std_dev=0.251
N3 A 0, 0.004, 0.256, 0.508, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.256 std_dev=0.252
C5 A 0, 0.099, 0.365, 0.630, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.365 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.087, 0.368, 0.650, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.368 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.061, 0.348, 0.634, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.348 std_dev=0.286
C1' A 0, 0.024, 0.313, 0.602, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.313 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.072, 0.364, 0.657, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.364 std_dev=0.292
C4 A 0, -0.004, 0.301, 0.606, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.301 std_dev=0.305
O2 A 0, 0.129, 0.479, 0.828, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.479 std_dev=0.350
O4' A 0, 0.028, 0.381, 0.735, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.381 std_dev=0.354
C5' A 0, 0.225, 0.593, 0.960, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.593 std_dev=0.367
C4' A 0, 0.122, 0.493, 0.865, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.493 std_dev=0.372
O6 B 0, 0.099, 0.494, 0.888, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.494 std_dev=0.394
C2' A 0, 0.106, 0.505, 0.904, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.505 std_dev=0.399
O4 A 0, 0.043, 0.474, 0.905, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.474 std_dev=0.431
C3' A 0, 0.179, 0.626, 1.073, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.626 std_dev=0.447
O5' A 0, 0.272, 0.752, 1.232, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.752 std_dev=0.480
P A 0, 0.243, 0.738, 1.232, 3.077 max_d=3.077 avg_d=0.738 std_dev=0.495
OP1 A 0, 0.347, 0.852, 1.357, 3.664 max_d=3.664 avg_d=0.852 std_dev=0.505
O2' A 0, 0.133, 0.717, 1.301, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.717 std_dev=0.584
OP2 A 0, 0.459, 1.160, 1.860, 3.817 max_d=3.817 avg_d=1.160 std_dev=0.700
O3' A 0, 0.244, 1.013, 1.782, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.013 std_dev=0.769
O4' B 0, 0.186, 0.973, 1.759, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.973 std_dev=0.787
C2' B 0, 0.181, 1.052, 1.922, 2.544 max_d=2.544 avg_d=1.052 std_dev=0.871
C4' B 0, 0.247, 1.310, 2.373, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.310 std_dev=1.063
C3' B 0, 0.153, 1.296, 2.439, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.296 std_dev=1.143
O3' B 0, 0.347, 1.585, 2.824, 4.254 max_d=4.254 avg_d=1.585 std_dev=1.238
O2' B 0, 0.224, 1.736, 3.247, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.736 std_dev=1.511
C5' B 0, 0.106, 2.208, 4.309, 6.152 max_d=6.152 avg_d=2.208 std_dev=2.101
O5' B 0, -0.321, 2.467, 5.254, 7.769 max_d=7.769 avg_d=2.467 std_dev=2.787
P B 0, -0.520, 3.363, 7.246, 10.741 max_d=10.741 avg_d=3.363 std_dev=3.883
OP2 B 0, -0.420, 3.525, 7.469, 11.080 max_d=11.080 avg_d=3.525 std_dev=3.945
OP1 B 0, -0.365, 4.086, 8.538, 12.489 max_d=12.489 avg_d=4.086 std_dev=4.452

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.13 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.03 0.21 0.22 0.23 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.09 0.00 0.02 0.09 0.01 0.08 0.27 0.12 0.08
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.20 0.00 0.22 0.02 0.19 0.12 0.16 0.10 0.02 0.01 0.23 0.01 0.11 0.32 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.04 0.34 0.31 0.39 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.08 0.04 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.15 0.11 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.26 0.01 0.05 0.36 0.32 0.40 0.30
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.21 0.13 0.17 0.08 0.07 0.04 0.25 0.02 0.01 0.12 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.21 0.02 0.04 0.31 0.24 0.29 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.01 0.20 0.18 0.21 0.13
N3 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.02 0.03 0.27 0.26 0.31 0.21
O2 0.04 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.05 0.16 0.22 0.19 0.10
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.17 0.00 0.06 0.08 0.07 0.06 0.29 0.12 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.24 0.02 0.26 0.04 0.21 0.11 0.17 0.12 0.06 0.00 0.28 0.02 0.12 0.44 0.17 0.22
O4 0.03 0.02 0.09 0.23 0.01 0.14 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.28 0.00 0.04 0.36 0.36 0.44 0.33
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.09 0.09 0.19 0.14
O5' 0.09 0.21 0.08 0.11 0.34 0.01 0.36 0.01 0.31 0.20 0.27 0.16 0.06 0.12 0.36 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.22 0.27 0.32 0.31 0.15 0.32 0.12 0.24 0.18 0.26 0.22 0.29 0.44 0.36 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.15 0.23 0.12 0.12 0.39 0.11 0.40 0.11 0.29 0.21 0.31 0.19 0.12 0.17 0.44 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.08 0.13 0.28 0.05 0.30 0.02 0.23 0.13 0.21 0.10 0.10 0.22 0.33 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.25 0.31 0.34 0.30 0.77 0.36 1.77 0.40 0.35 0.33 0.22 0.25 0.39 0.31 0.45 0.44 0.53 1.65 0.46 2.64 2.94 2.60
C2 0.16 0.32 0.41 0.50 0.16 0.72 0.14 1.55 0.16 0.13 0.23 0.48 0.26 0.16 0.14 0.21 0.23 0.45 1.21 0.23 1.91 2.21 1.92
C2' 0.36 0.30 0.51 0.44 0.32 0.64 0.39 1.64 0.47 0.35 0.41 0.32 0.32 0.40 0.32 0.54 0.25 0.34 1.63 0.58 2.70 3.06 2.60
C3' 0.42 0.33 0.55 0.44 0.35 0.62 0.38 1.64 0.45 0.36 0.40 0.34 0.36 0.39 0.36 0.62 0.29 0.32 1.69 0.56 2.89 3.18 2.72
C4 0.26 0.43 0.45 0.57 0.32 0.72 0.30 1.44 0.35 0.25 0.42 0.52 0.38 0.27 0.27 0.18 0.28 0.48 1.05 0.36 1.69 1.92 1.67
C4' 0.41 0.38 0.37 0.32 0.39 0.73 0.43 1.79 0.47 0.41 0.44 0.35 0.38 0.44 0.39 0.59 0.53 0.50 1.86 0.53 3.09 3.31 2.94
C5 0.18 0.29 0.38 0.46 0.20 0.68 0.19 1.52 0.22 0.16 0.26 0.39 0.26 0.18 0.17 0.26 0.30 0.42 1.20 0.26 2.00 2.22 1.95
C5' 0.42 0.37 0.36 0.31 0.38 0.73 0.40 1.80 0.43 0.40 0.40 0.36 0.38 0.41 0.39 0.60 0.60 0.51 1.86 0.48 3.14 3.30 2.96
C6 0.19 0.20 0.35 0.39 0.15 0.69 0.15 1.61 0.16 0.16 0.15 0.30 0.19 0.18 0.15 0.34 0.36 0.42 1.36 0.23 2.26 2.50 2.21
N1 0.18 0.18 0.35 0.39 0.15 0.71 0.18 1.64 0.20 0.19 0.14 0.30 0.17 0.22 0.16 0.33 0.32 0.44 1.40 0.28 2.26 2.55 2.24
N3 0.26 0.46 0.46 0.60 0.31 0.73 0.27 1.45 0.32 0.22 0.43 0.57 0.40 0.23 0.26 0.16 0.28 0.49 1.04 0.30 1.64 1.89 1.65
O2 0.16 0.35 0.43 0.53 0.15 0.74 0.15 1.56 0.19 0.15 0.21 0.56 0.28 0.21 0.13 0.20 0.23 0.47 1.21 0.33 1.85 2.19 1.90
O2' 0.41 0.42 0.58 0.46 0.42 0.66 0.49 1.70 0.58 0.44 0.56 0.37 0.39 0.50 0.40 0.70 0.29 0.37 1.80 0.67 2.93 3.33 2.84
O3' 0.57 0.40 0.74 0.56 0.43 0.58 0.45 1.58 0.52 0.44 0.47 0.41 0.46 0.46 0.46 0.88 0.27 0.32 1.75 0.66 3.04 3.33 2.82
O4 0.36 0.53 0.50 0.66 0.43 0.75 0.43 1.38 0.48 0.37 0.54 0.59 0.47 0.40 0.38 0.20 0.33 0.55 0.97 0.50 1.51 1.70 1.49
O4' 0.42 0.35 0.29 0.35 0.39 0.85 0.42 1.86 0.42 0.43 0.39 0.30 0.36 0.44 0.41 0.58 0.63 0.65 1.81 0.45 2.90 3.12 2.82
O5' 0.35 0.28 0.34 0.31 0.30 0.70 0.32 1.73 0.35 0.31 0.31 0.29 0.30 0.33 0.31 0.50 0.50 0.44 1.72 0.42 2.92 3.10 2.75
OP1 0.40 0.33 0.43 0.44 0.33 0.78 0.34 1.81 0.37 0.34 0.35 0.34 0.34 0.35 0.34 0.53 0.59 0.51 1.87 0.43 3.19 3.32 2.95
OP2 0.30 0.24 0.38 0.37 0.23 0.68 0.23 1.66 0.25 0.23 0.21 0.29 0.27 0.25 0.24 0.37 0.41 0.39 1.57 0.31 2.71 2.87 2.54
P 0.35 0.27 0.33 0.29 0.28 0.68 0.27 1.70 0.29 0.28 0.26 0.29 0.29 0.29 0.29 0.49 0.54 0.41 1.69 0.34 2.91 3.06 2.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.40 0.01 0.32 0.02 0.30 0.32 0.26
C2 0.03 0.00 0.42 0.40 0.01 0.65 0.01 1.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.28 0.46 1.08 0.02 1.47 1.99 1.61
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.12 0.29 0.20 0.20 0.33 0.50 0.42 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.46 0.15 0.47 0.72 0.52
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.27 0.01 0.38 0.02 0.38 0.52 0.36 0.51 0.38 0.53 0.27 0.02 0.01 0.02 0.13 0.44 0.29 0.23 0.15
C4 0.02 0.01 0.22 0.27 0.00 0.29 0.00 0.70 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.24 0.25 0.01 0.34 0.69 0.46
C4' 0.01 0.65 0.01 0.01 0.29 0.00 0.16 0.01 0.27 0.40 0.49 0.84 0.62 0.30 0.10 0.34 0.04 0.00 0.01 0.22 0.23 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.16 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.12 0.11 0.39 0.01 0.34 0.41 0.32
C5' 0.15 1.43 0.29 0.02 0.70 0.01 0.44 0.00 0.70 0.44 1.14 1.78 1.31 0.28 0.17 0.07 0.26 0.03 0.01 0.58 0.32 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.38 0.01 0.27 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.21 0.30 0.00 0.43 0.68 0.48
C8 0.02 0.01 0.20 0.52 0.01 0.40 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.13 0.25 1.19 0.02 1.18 1.11 1.17
N1 0.03 0.01 0.33 0.36 0.01 0.49 0.01 1.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.35 0.68 0.01 1.04 1.45 1.14
N2 0.04 0.01 0.50 0.51 0.01 0.84 0.01 1.78 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.38 0.54 1.61 0.02 2.21 2.82 2.34
N3 0.03 0.00 0.42 0.38 0.00 0.62 0.01 1.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.33 0.45 0.94 0.02 1.18 1.68 1.34
N7 0.01 0.01 0.12 0.53 0.01 0.30 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.20 0.13 1.04 0.02 1.05 1.02 1.02
N9 0.00 0.01 0.04 0.27 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.13 0.01 0.47 0.02 0.41 0.32 0.37
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.11 0.34 0.27 0.07 0.22 0.44 0.10 0.32 0.20 0.44 0.21 0.00 0.05 0.23 0.35 0.29 0.40 0.81 0.44
O3' 0.40 0.28 0.03 0.01 0.16 0.04 0.12 0.26 0.15 0.13 0.17 0.38 0.33 0.20 0.13 0.05 0.00 0.31 0.29 0.20 0.70 0.41 0.45
O4' 0.01 0.46 0.02 0.02 0.24 0.00 0.11 0.03 0.21 0.25 0.35 0.54 0.45 0.13 0.01 0.23 0.31 0.00 0.32 0.16 0.37 0.22 0.28
O5' 0.32 1.08 0.46 0.13 0.25 0.01 0.39 0.01 0.30 1.19 0.68 1.61 0.94 1.04 0.47 0.35 0.29 0.32 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.44 0.01 0.22 0.01 0.58 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.29 0.20 0.16 0.38 0.00 0.43 0.57 0.41
OP1 0.30 1.47 0.47 0.29 0.34 0.23 0.34 0.32 0.43 1.18 1.04 2.21 1.18 1.05 0.41 0.40 0.70 0.37 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 1.99 0.72 0.23 0.69 0.23 0.41 0.34 0.68 1.11 1.45 2.82 1.68 1.02 0.32 0.81 0.41 0.22 0.02 0.57 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.61 0.52 0.15 0.46 0.02 0.32 0.02 0.48 1.17 1.14 2.34 1.34 1.02 0.37 0.44 0.45 0.28 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00