ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 38214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

63, 247, 134, 37, 9, 4, 4, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.025, 0.082, 0.138, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.082 std_dev=0.057
N1 A 0, 0.025, 0.096, 0.168, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.096 std_dev=0.072
N9 B 0, 0.067, 0.165, 0.264, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.165 std_dev=0.099
C6 A 0, 0.057, 0.157, 0.256, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.157 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.058, 0.165, 0.272, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.165 std_dev=0.107
C2 A 0, 0.060, 0.173, 0.285, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.173 std_dev=0.112
C4 A 0, 0.034, 0.149, 0.265, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.149 std_dev=0.115
C1' A 0, 0.043, 0.161, 0.279, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.161 std_dev=0.118
C5 A 0, 0.053, 0.174, 0.295, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.174 std_dev=0.121
N3 A 0, 0.062, 0.185, 0.308, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.185 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.060, 0.188, 0.316, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.188 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.055, 0.206, 0.357, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.206 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.066, 0.223, 0.381, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.223 std_dev=0.157
O4 A 0, 0.055, 0.221, 0.386, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.221 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.079, 0.259, 0.438, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.259 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.066, 0.247, 0.427, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.247 std_dev=0.180
C8 B 0, 0.105, 0.289, 0.473, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.289 std_dev=0.184
O2 A 0, 0.098, 0.286, 0.475, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.286 std_dev=0.189
N7 B 0, 0.106, 0.299, 0.491, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.299 std_dev=0.193
N6 B 0, 0.083, 0.314, 0.545, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.314 std_dev=0.231
O4' A 0, 0.061, 0.301, 0.540, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.301 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.050, 0.317, 0.583, 2.521 max_d=2.521 avg_d=0.317 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.015, 0.355, 0.694, 2.954 max_d=2.954 avg_d=0.355 std_dev=0.340
C4' A 0, 0.083, 0.438, 0.794, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.438 std_dev=0.355
O4' B 0, 0.028, 0.386, 0.743, 2.950 max_d=2.950 avg_d=0.386 std_dev=0.358
C3' A 0, 0.056, 0.446, 0.836, 3.543 max_d=3.543 avg_d=0.446 std_dev=0.390
O2' A 0, 0.042, 0.452, 0.861, 3.245 max_d=3.245 avg_d=0.452 std_dev=0.410
C4' B 0, 0.032, 0.508, 0.984, 3.960 max_d=3.960 avg_d=0.508 std_dev=0.476
O2' B 0, 0.017, 0.496, 0.975, 3.807 max_d=3.807 avg_d=0.496 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.003, 0.495, 0.987, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.495 std_dev=0.492
C5' A 0, 0.080, 0.633, 1.187, 5.346 max_d=5.346 avg_d=0.633 std_dev=0.553
O3' A 0, 0.045, 0.642, 1.238, 4.979 max_d=4.979 avg_d=0.642 std_dev=0.596
O3' B 0, 0.037, 0.689, 1.340, 5.008 max_d=5.008 avg_d=0.689 std_dev=0.652
O5' A 0, 0.051, 0.718, 1.385, 5.953 max_d=5.953 avg_d=0.718 std_dev=0.667
C5' B 0, -0.026, 0.756, 1.538, 6.521 max_d=6.521 avg_d=0.756 std_dev=0.782
O5' B 0, -0.050, 0.808, 1.665, 6.769 max_d=6.769 avg_d=0.808 std_dev=0.858
P A 0, -0.014, 0.898, 1.810, 8.325 max_d=8.325 avg_d=0.898 std_dev=0.912
OP1 A 0, 0.059, 1.070, 2.082, 8.259 max_d=8.259 avg_d=1.070 std_dev=1.012
OP2 A 0, -0.115, 1.053, 2.221, 10.597 max_d=10.597 avg_d=1.053 std_dev=1.168
P B 0, -0.142, 1.059, 2.260, 9.378 max_d=9.378 avg_d=1.059 std_dev=1.201
OP1 B 0, -0.097, 1.246, 2.589, 9.879 max_d=9.879 avg_d=1.246 std_dev=1.343
OP2 B 0, -0.203, 1.211, 2.624, 11.143 max_d=11.143 avg_d=1.211 std_dev=1.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.14 0.03 0.01 0.15 0.20 0.22 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.06 0.27 0.34 0.35 0.26
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.09 0.10 0.03 0.08 0.19 0.01 0.02 0.07 0.01 0.26 0.30 0.31 0.26
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.21 0.01 0.23 0.02 0.21 0.12 0.18 0.19 0.02 0.01 0.22 0.02 0.22 0.29 0.21 0.18
C4 0.03 0.01 0.06 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.16 0.01 0.04 0.40 0.52 0.61 0.44
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.11 0.15 0.03 0.11 0.01 0.02 0.15 0.20 0.06
C5 0.03 0.02 0.09 0.23 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.01 0.06 0.45 0.54 0.65 0.48
C5' 0.04 0.12 0.09 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.20 0.10 0.15 0.17 0.08 0.11 0.19 0.02 0.01 0.17 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.21 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.17 0.01 0.07 0.39 0.43 0.51 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.02 0.02 0.26 0.31 0.33 0.25
N3 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.01 0.05 0.33 0.43 0.47 0.35
O2 0.05 0.01 0.19 0.19 0.02 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.24 0.02 0.11 0.24 0.32 0.31 0.26
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.18 0.15 0.19 0.08 0.16 0.10 0.16 0.15 0.00 0.06 0.20 0.11 0.15 0.25 0.32 0.21
O3' 0.14 0.13 0.02 0.01 0.16 0.03 0.20 0.11 0.17 0.07 0.13 0.24 0.06 0.00 0.18 0.10 0.23 0.43 0.30 0.26
O4 0.03 0.02 0.07 0.22 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.18 0.00 0.04 0.43 0.57 0.68 0.48
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.11 0.11 0.10 0.04 0.00 0.11 0.16 0.25 0.15
O5' 0.15 0.27 0.26 0.22 0.40 0.02 0.45 0.01 0.39 0.26 0.33 0.24 0.15 0.23 0.43 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.34 0.30 0.29 0.52 0.15 0.54 0.17 0.43 0.31 0.43 0.32 0.25 0.43 0.57 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.35 0.31 0.21 0.61 0.20 0.65 0.25 0.51 0.33 0.47 0.31 0.32 0.30 0.68 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.26 0.26 0.18 0.44 0.06 0.48 0.02 0.39 0.25 0.35 0.26 0.21 0.26 0.48 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.24 0.38 0.43 0.22 0.39 0.21 0.51 0.24 0.20 0.22 0.26 0.32 0.21 0.23 0.42 0.49 0.34 0.56 0.76 0.71 0.66
C2 0.23 0.23 0.32 0.36 0.19 0.31 0.20 0.42 0.23 0.18 0.21 0.24 0.33 0.21 0.19 0.35 0.39 0.28 0.50 0.69 0.64 0.58
C2' 0.38 0.30 0.50 0.54 0.29 0.48 0.26 0.57 0.27 0.27 0.26 0.34 0.33 0.26 0.31 0.55 0.60 0.42 0.57 0.76 0.70 0.66
C3' 0.39 0.31 0.50 0.54 0.32 0.47 0.29 0.56 0.30 0.31 0.28 0.35 0.36 0.30 0.33 0.55 0.60 0.42 0.57 0.76 0.70 0.65
C4 0.20 0.27 0.26 0.29 0.19 0.23 0.19 0.33 0.20 0.18 0.22 0.25 0.29 0.21 0.18 0.31 0.31 0.22 0.48 0.67 0.66 0.54
C4' 0.31 0.25 0.42 0.48 0.23 0.42 0.21 0.53 0.23 0.21 0.21 0.28 0.31 0.22 0.24 0.47 0.55 0.36 0.56 0.79 0.72 0.67
C5 0.20 0.25 0.26 0.30 0.18 0.24 0.18 0.35 0.20 0.18 0.20 0.24 0.29 0.21 0.17 0.32 0.33 0.22 0.49 0.70 0.68 0.57
C5' 0.35 0.29 0.45 0.49 0.27 0.44 0.25 0.53 0.26 0.26 0.24 0.32 0.34 0.27 0.29 0.50 0.56 0.39 0.57 0.80 0.73 0.67
C6 0.20 0.22 0.29 0.33 0.16 0.27 0.16 0.39 0.19 0.16 0.18 0.23 0.29 0.19 0.16 0.34 0.37 0.24 0.50 0.71 0.68 0.59
N1 0.23 0.22 0.32 0.37 0.18 0.31 0.18 0.43 0.21 0.17 0.19 0.24 0.31 0.19 0.18 0.37 0.41 0.27 0.51 0.72 0.67 0.60
N3 0.19 0.24 0.27 0.30 0.17 0.24 0.17 0.35 0.21 0.16 0.20 0.23 0.31 0.19 0.16 0.31 0.32 0.22 0.47 0.65 0.62 0.53
O2 0.29 0.26 0.37 0.42 0.25 0.38 0.25 0.49 0.29 0.24 0.28 0.28 0.35 0.26 0.25 0.40 0.45 0.34 0.55 0.72 0.66 0.63
O2' 0.41 0.31 0.52 0.57 0.32 0.52 0.31 0.63 0.33 0.32 0.31 0.35 0.39 0.31 0.34 0.57 0.65 0.47 0.63 0.81 0.79 0.74
O3' 0.43 0.32 0.57 0.60 0.33 0.53 0.30 0.60 0.29 0.33 0.28 0.37 0.35 0.31 0.36 0.62 0.69 0.46 0.59 0.79 0.72 0.68
O4 0.24 0.32 0.28 0.31 0.24 0.25 0.24 0.33 0.24 0.24 0.28 0.29 0.30 0.25 0.23 0.33 0.32 0.25 0.50 0.67 0.70 0.56
O4' 0.29 0.24 0.38 0.44 0.22 0.39 0.21 0.51 0.23 0.21 0.21 0.27 0.32 0.22 0.23 0.43 0.50 0.34 0.58 0.80 0.74 0.69
O5' 0.41 0.38 0.45 0.48 0.37 0.45 0.37 0.53 0.38 0.37 0.36 0.40 0.45 0.38 0.37 0.51 0.53 0.44 0.61 0.78 0.76 0.68
OP1 0.54 0.48 0.58 0.61 0.50 0.60 0.52 0.67 0.52 0.54 0.47 0.50 0.60 0.55 0.52 0.62 0.67 0.58 0.75 0.93 0.89 0.82
OP2 0.56 0.51 0.55 0.55 0.52 0.56 0.54 0.59 0.55 0.56 0.51 0.53 0.64 0.58 0.54 0.61 0.58 0.58 0.68 0.80 0.85 0.73
P 0.46 0.41 0.48 0.51 0.41 0.50 0.41 0.56 0.41 0.43 0.38 0.43 0.49 0.44 0.42 0.55 0.56 0.50 0.65 0.82 0.80 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.17 0.26 0.25 0.15
C2 0.04 0.00 0.19 0.24 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.28 0.14 0.39 0.53 0.47 0.42
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.08 0.10 0.10 0.16 0.19 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.24 0.35 0.27 0.23
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.19 0.21 0.22 0.23 0.20 0.21 0.11 0.04 0.01 0.02 0.27 0.38 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.07 0.35 0.42 0.41 0.32
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.16 0.13 0.16 0.10 0.14 0.06 0.13 0.03 0.01 0.02 0.18 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.04 0.43 0.49 0.58 0.42
C5' 0.05 0.27 0.08 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.20 0.25 0.24 0.25 0.22 0.25 0.12 0.07 0.09 0.02 0.01 0.21 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.07 0.44 0.54 0.61 0.46
C8 0.02 0.02 0.10 0.21 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.19 0.09 0.49 0.46 0.61 0.47
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.11 0.42 0.55 0.54 0.44
N3 0.04 0.00 0.19 0.23 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.26 0.14 0.35 0.46 0.39 0.36
N6 0.02 0.02 0.09 0.20 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.18 0.06 0.49 0.59 0.72 0.53
N7 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.18 0.06 0.52 0.53 0.72 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.32 0.35 0.38 0.27
O2' 0.02 0.19 0.01 0.04 0.11 0.13 0.12 0.07 0.14 0.15 0.17 0.18 0.15 0.15 0.08 0.00 0.07 0.09 0.15 0.30 0.29 0.18
O3' 0.11 0.28 0.02 0.01 0.14 0.03 0.13 0.09 0.17 0.19 0.23 0.26 0.18 0.18 0.08 0.07 0.00 0.08 0.26 0.47 0.28 0.27
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.14 0.06 0.06 0.02 0.09 0.08 0.00 0.12 0.23 0.29 0.18
O5' 0.17 0.39 0.24 0.27 0.35 0.02 0.43 0.01 0.44 0.49 0.42 0.35 0.49 0.52 0.32 0.15 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.53 0.35 0.38 0.42 0.18 0.49 0.21 0.54 0.46 0.55 0.46 0.59 0.53 0.35 0.30 0.47 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.47 0.27 0.21 0.41 0.23 0.58 0.28 0.61 0.61 0.54 0.39 0.72 0.72 0.38 0.29 0.28 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.42 0.23 0.22 0.32 0.07 0.42 0.02 0.46 0.47 0.44 0.36 0.53 0.53 0.27 0.18 0.27 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00