ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 40222

back

Distances from reference structure (by RMSD)

21, 81, 144, 109, 65, 32, 14, 2, 5, 22, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.034, 0.138, 0.241, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.138 std_dev=0.103
C4 A 0, 0.036, 0.150, 0.264, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.150 std_dev=0.114
N3 A 0, 0.089, 0.225, 0.362, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.225 std_dev=0.137
C2 A 0, 0.088, 0.237, 0.386, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.237 std_dev=0.149
N1 A 0, 0.070, 0.220, 0.369, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.220 std_dev=0.149
C5 A 0, 0.125, 0.296, 0.467, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.296 std_dev=0.171
C6 A 0, 0.146, 0.329, 0.512, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.329 std_dev=0.183
N9 A 0, 0.032, 0.253, 0.474, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.253 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.094, 0.335, 0.576, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.335 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.091, 0.353, 0.615, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.353 std_dev=0.262
N2 A 0, 0.157, 0.435, 0.713, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.435 std_dev=0.278
O6 A 0, 0.227, 0.521, 0.816, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.521 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.100, 0.401, 0.702, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.401 std_dev=0.301
N7 A 0, 0.182, 0.488, 0.794, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.488 std_dev=0.306
C8 A 0, 0.119, 0.427, 0.736, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.427 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.132, 0.444, 0.755, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.444 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.103, 0.418, 0.734, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.418 std_dev=0.316
C1' A 0, 0.008, 0.325, 0.642, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.325 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.147, 0.484, 0.820, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.484 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.082, 0.419, 0.756, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.419 std_dev=0.337
O4' A 0, 0.089, 0.476, 0.862, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.476 std_dev=0.386
C3' A 0, 0.269, 0.702, 1.135, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.702 std_dev=0.433
C4' A 0, 0.151, 0.641, 1.130, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.641 std_dev=0.490
C8 B 0, 0.153, 0.679, 1.204, 4.576 max_d=4.576 avg_d=0.679 std_dev=0.525
N6 B 0, 0.151, 0.681, 1.211, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.681 std_dev=0.530
O3' A 0, 0.410, 0.955, 1.500, 3.542 max_d=3.542 avg_d=0.955 std_dev=0.545
C2' A 0, 0.078, 0.635, 1.192, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.635 std_dev=0.557
N7 B 0, 0.152, 0.721, 1.289, 4.391 max_d=4.391 avg_d=0.721 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.281, 0.972, 1.662, 3.063 max_d=3.063 avg_d=0.972 std_dev=0.690
O5' A 0, 0.354, 1.066, 1.778, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.066 std_dev=0.712
C2' B 0, 0.610, 1.385, 2.160, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.385 std_dev=0.775
O4' B 0, 0.619, 1.396, 2.173, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.396 std_dev=0.777
O2' A 0, 0.050, 0.893, 1.736, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.893 std_dev=0.843
P A 0, 0.543, 1.403, 2.263, 4.272 max_d=4.272 avg_d=1.403 std_dev=0.860
OP2 A 0, 0.516, 1.482, 2.449, 4.975 max_d=4.975 avg_d=1.482 std_dev=0.967
C4' B 0, 0.910, 1.929, 2.948, 5.314 max_d=5.314 avg_d=1.929 std_dev=1.019
OP1 A 0, 0.743, 1.787, 2.832, 4.589 max_d=4.589 avg_d=1.787 std_dev=1.044
C3' B 0, 0.937, 2.001, 3.065, 5.381 max_d=5.381 avg_d=2.001 std_dev=1.064
O2' B 0, 0.645, 1.824, 3.003, 4.447 max_d=4.447 avg_d=1.824 std_dev=1.179
O3' B 0, 1.227, 2.495, 3.763, 6.901 max_d=6.901 avg_d=2.495 std_dev=1.268
C5' B 0, 1.366, 3.113, 4.861, 7.955 max_d=7.955 avg_d=3.113 std_dev=1.747
O5' B 0, 1.490, 3.513, 5.537, 8.304 max_d=8.304 avg_d=3.513 std_dev=2.023
P B 0, 2.344, 4.916, 7.487, 11.103 max_d=11.103 avg_d=4.916 std_dev=2.571
OP2 B 0, 2.773, 5.509, 8.246, 12.755 max_d=12.755 avg_d=5.509 std_dev=2.736
OP1 B 0, 2.636, 5.617, 8.598, 12.419 max_d=12.419 avg_d=5.617 std_dev=2.981

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.24 0.03 0.24 0.30 0.19
C2 0.04 0.00 0.26 0.25 0.01 0.11 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.29 0.18 0.28 0.01 0.29 0.32 0.22
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.16 0.12 0.15 0.20 0.32 0.26 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.31 0.10 0.39 0.54 0.39
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.22 0.01 0.28 0.02 0.30 0.27 0.28 0.25 0.21 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.18 0.33 0.30 0.40 0.23
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.09 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.09 0.31 0.02 0.28 0.29 0.22
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.11 0.13 0.10 0.20 0.10 0.24 0.03 0.00 0.02 0.15 0.16 0.27 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.28 0.01 0.14 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.14 0.05 0.38 0.02 0.36 0.38 0.29
C5' 0.13 0.29 0.16 0.02 0.30 0.01 0.37 0.00 0.37 0.39 0.34 0.28 0.26 0.41 0.28 0.10 0.19 0.04 0.01 0.41 0.26 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.13 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.08 0.38 0.01 0.39 0.43 0.32
C8 0.01 0.01 0.15 0.27 0.01 0.20 0.01 0.39 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.18 0.10 0.41 0.03 0.34 0.33 0.28
N1 0.03 0.01 0.20 0.28 0.01 0.11 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.22 0.14 0.33 0.01 0.34 0.38 0.27
N2 0.05 0.01 0.32 0.25 0.01 0.13 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.38 0.21 0.26 0.02 0.28 0.32 0.22
N3 0.04 0.01 0.26 0.21 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.29 0.17 0.26 0.02 0.26 0.29 0.20
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.20 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.06 0.44 0.03 0.40 0.44 0.35
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.10 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.31 0.02 0.26 0.25 0.20
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.16 0.24 0.24 0.10 0.24 0.29 0.20 0.25 0.19 0.31 0.16 0.00 0.06 0.19 0.21 0.28 0.33 0.61 0.34
O3' 0.24 0.29 0.03 0.01 0.16 0.03 0.14 0.19 0.18 0.18 0.22 0.38 0.29 0.20 0.09 0.06 0.00 0.17 0.25 0.20 0.48 0.47 0.32
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.04 0.08 0.10 0.14 0.21 0.17 0.06 0.01 0.19 0.17 0.00 0.24 0.07 0.26 0.27 0.21
O5' 0.24 0.28 0.31 0.18 0.31 0.02 0.38 0.01 0.38 0.41 0.33 0.26 0.26 0.44 0.31 0.21 0.25 0.24 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.33 0.02 0.15 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.20 0.07 0.42 0.00 0.44 0.51 0.38
OP1 0.24 0.29 0.39 0.30 0.28 0.16 0.36 0.26 0.39 0.34 0.34 0.28 0.26 0.40 0.26 0.33 0.48 0.26 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.32 0.54 0.40 0.29 0.27 0.38 0.27 0.43 0.33 0.38 0.32 0.29 0.44 0.25 0.61 0.47 0.27 0.02 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.22 0.39 0.23 0.22 0.08 0.29 0.02 0.32 0.28 0.27 0.22 0.20 0.35 0.20 0.34 0.32 0.21 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.35 0.59 0.76 0.47 0.63 0.59 0.76 0.52 0.72 0.36 0.36 0.69 0.77 0.56 0.74 0.73 0.57 1.23 2.05 1.57 1.52
C2 0.25 0.34 0.52 0.73 0.21 0.53 0.21 0.87 0.24 0.24 0.24 0.32 0.42 0.29 0.21 0.46 0.70 0.43 1.15 1.72 1.32 1.36
C2' 0.90 0.65 0.97 1.22 0.83 1.08 0.91 1.22 0.81 1.06 0.66 0.72 0.89 1.08 0.93 0.99 1.16 0.97 1.65 2.43 1.88 1.93
C3' 0.65 0.47 0.72 1.01 0.56 0.88 0.62 1.07 0.51 0.80 0.45 0.49 0.57 0.81 0.66 0.83 0.99 0.76 1.63 2.58 2.00 2.00
C4 0.27 0.31 0.45 0.66 0.27 0.45 0.38 0.70 0.37 0.42 0.26 0.28 0.59 0.50 0.30 0.52 0.62 0.38 1.11 1.85 1.32 1.36
C4' 0.57 0.38 0.63 0.85 0.48 0.75 0.57 0.93 0.46 0.77 0.37 0.39 0.57 0.80 0.60 0.82 0.85 0.67 1.51 2.47 2.02 1.90
C5 0.24 0.32 0.46 0.67 0.23 0.46 0.32 0.75 0.34 0.37 0.24 0.30 0.56 0.45 0.25 0.53 0.66 0.39 1.13 1.86 1.35 1.39
C5' 0.58 0.41 0.64 0.84 0.49 0.77 0.58 0.98 0.47 0.79 0.38 0.41 0.59 0.81 0.61 0.85 0.85 0.69 1.54 2.55 2.12 1.97
C6 0.27 0.36 0.53 0.74 0.21 0.54 0.23 0.88 0.27 0.26 0.23 0.35 0.48 0.34 0.21 0.56 0.75 0.45 1.17 1.82 1.39 1.42
C8 0.35 0.32 0.48 0.68 0.34 0.49 0.47 0.70 0.44 0.57 0.29 0.29 0.65 0.65 0.40 0.64 0.65 0.43 1.17 2.01 1.48 1.47
N1 0.31 0.38 0.58 0.78 0.23 0.59 0.19 0.95 0.23 0.22 0.24 0.37 0.42 0.27 0.23 0.55 0.79 0.49 1.20 1.77 1.42 1.43
N2 0.31 0.38 0.59 0.79 0.25 0.61 0.20 0.99 0.22 0.25 0.28 0.36 0.33 0.26 0.26 0.47 0.77 0.50 1.20 1.67 1.39 1.40
N3 0.25 0.31 0.45 0.67 0.25 0.46 0.32 0.73 0.34 0.35 0.26 0.28 0.53 0.42 0.27 0.46 0.61 0.38 1.10 1.76 1.26 1.32
N7 0.27 0.32 0.45 0.66 0.26 0.46 0.39 0.71 0.38 0.46 0.26 0.29 0.60 0.55 0.30 0.58 0.65 0.39 1.14 1.95 1.41 1.43
N9 0.37 0.31 0.49 0.68 0.36 0.51 0.49 0.69 0.45 0.57 0.30 0.30 0.65 0.65 0.42 0.62 0.64 0.45 1.16 1.97 1.43 1.44
O2' 1.17 0.73 1.21 1.46 1.04 1.36 1.14 1.50 0.94 1.36 0.72 0.86 1.00 1.38 1.19 1.18 1.37 1.27 1.86 2.54 2.10 2.10
O3' 0.72 0.59 0.77 1.08 0.61 0.98 0.63 1.21 0.53 0.84 0.55 0.58 0.53 0.82 0.71 0.92 1.07 0.86 1.81 2.83 2.25 2.24
O4' 0.51 0.37 0.58 0.68 0.46 0.61 0.58 0.76 0.49 0.74 0.36 0.37 0.65 0.79 0.56 0.83 0.69 0.59 1.25 2.15 1.77 1.60
O5' 0.53 0.41 0.60 0.84 0.46 0.74 0.56 0.95 0.48 0.75 0.39 0.39 0.62 0.78 0.56 0.78 0.84 0.65 1.54 2.53 2.01 1.95
O6 0.33 0.38 0.59 0.79 0.23 0.60 0.21 0.95 0.25 0.24 0.24 0.39 0.47 0.32 0.23 0.62 0.83 0.51 1.21 1.84 1.46 1.47
OP1 0.61 0.44 0.66 0.94 0.51 0.87 0.61 1.10 0.50 0.83 0.41 0.44 0.62 0.85 0.63 0.81 0.95 0.75 1.72 2.78 2.28 2.19
OP2 0.52 0.49 0.58 0.78 0.46 0.70 0.53 0.90 0.46 0.70 0.42 0.47 0.59 0.73 0.54 0.80 0.78 0.63 1.44 2.43 1.88 1.86
P 0.50 0.42 0.56 0.78 0.42 0.69 0.52 0.90 0.43 0.71 0.36 0.39 0.57 0.75 0.52 0.78 0.78 0.61 1.50 2.53 2.03 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.36 0.59 0.39 0.34
C2 0.04 0.00 0.48 0.67 0.01 0.54 0.01 0.95 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.61 0.40 1.08 1.39 1.16 1.20
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.24 0.02 0.11 0.21 0.21 0.25 0.36 0.48 0.15 0.15 0.04 0.01 0.03 0.02 0.37 0.55 0.52 0.41
C3' 0.02 0.67 0.01 0.00 0.39 0.01 0.38 0.03 0.45 0.46 0.57 0.64 0.44 0.44 0.24 0.02 0.01 0.03 0.29 0.42 0.40 0.28
C4 0.02 0.01 0.24 0.39 0.00 0.24 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.27 0.21 0.73 1.11 0.74 0.76
C4' 0.01 0.54 0.02 0.01 0.24 0.00 0.14 0.01 0.22 0.37 0.40 0.52 0.18 0.28 0.10 0.32 0.03 0.01 0.02 0.25 0.31 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.38 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.20 0.10 0.87 1.39 1.05 0.96
C5' 0.08 0.95 0.21 0.03 0.40 0.01 0.24 0.00 0.40 0.57 0.73 0.88 0.32 0.44 0.14 0.12 0.22 0.02 0.01 0.39 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.45 0.01 0.22 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.30 0.18 0.91 1.49 1.07 1.04
C8 0.02 0.02 0.25 0.46 0.01 0.37 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.31 0.23 1.16 1.49 1.42 1.24
N1 0.03 0.00 0.36 0.57 0.01 0.40 0.01 0.73 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.48 0.31 0.99 1.47 1.08 1.14
N3 0.04 0.01 0.48 0.64 0.00 0.52 0.01 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.57 0.40 0.95 1.19 0.98 1.02
N6 0.02 0.01 0.15 0.44 0.01 0.18 0.02 0.32 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.36 0.29 0.13 0.98 1.67 1.27 1.16
N7 0.02 0.01 0.15 0.44 0.01 0.28 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.27 0.13 1.14 1.65 1.52 1.29
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.14 0.02 0.67 1.00 0.73 0.68
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.21 0.32 0.32 0.12 0.30 0.44 0.26 0.28 0.36 0.45 0.23 0.00 0.07 0.22 0.32 0.54 0.53 0.37
O3' 0.32 0.61 0.03 0.01 0.27 0.03 0.20 0.22 0.30 0.31 0.48 0.57 0.29 0.27 0.14 0.07 0.00 0.22 0.30 0.56 0.55 0.37
O4' 0.01 0.40 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.31 0.40 0.13 0.13 0.02 0.22 0.22 0.00 0.33 0.55 0.35 0.32
O5' 0.36 1.08 0.37 0.29 0.73 0.02 0.87 0.01 0.91 1.16 0.99 0.95 0.98 1.14 0.67 0.32 0.30 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.59 1.39 0.55 0.42 1.11 0.25 1.39 0.39 1.49 1.49 1.47 1.19 1.67 1.65 1.00 0.54 0.56 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 1.16 0.52 0.40 0.74 0.31 1.05 0.40 1.07 1.42 1.08 0.98 1.27 1.52 0.73 0.53 0.55 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 1.20 0.41 0.28 0.76 0.09 0.96 0.02 1.04 1.24 1.14 1.02 1.16 1.29 0.68 0.37 0.37 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00