ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 40694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

11, 23, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 28, 36, 5, 3, 1, 5, 3, 3, 285,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.575, 1.199, 1.823, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.199 std_dev=0.624
C6 A 0, 0.897, 1.559, 2.221, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.559 std_dev=0.662
C4 A 0, 0.780, 1.443, 2.107, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.443 std_dev=0.663
N1 A 0, 0.772, 1.475, 2.179, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.475 std_dev=0.704
C6 B 0, 0.692, 1.404, 2.116, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.404 std_dev=0.712
C5 A 0, 1.080, 1.821, 2.562, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.821 std_dev=0.741
N3 A 0, 0.765, 1.626, 2.486, 3.813 max_d=3.813 avg_d=1.626 std_dev=0.861
N9 A 0, 1.153, 2.084, 3.014, 3.798 max_d=3.798 avg_d=2.084 std_dev=0.930
O4' B 0, 0.432, 1.386, 2.340, 4.138 max_d=4.138 avg_d=1.386 std_dev=0.954
C1' B 0, 0.590, 1.559, 2.528, 4.209 max_d=4.209 avg_d=1.559 std_dev=0.969
C2 B 0, 0.831, 1.807, 2.783, 4.139 max_d=4.139 avg_d=1.807 std_dev=0.976
C1' A 0, 1.411, 2.395, 3.379, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.395 std_dev=0.984
N6 A 0, 1.236, 2.241, 3.245, 4.389 max_d=4.389 avg_d=2.241 std_dev=1.005
C2 A 0, 0.705, 1.724, 2.742, 4.150 max_d=4.150 avg_d=1.724 std_dev=1.018
N3 B 0, 1.079, 2.132, 3.184, 4.272 max_d=4.272 avg_d=2.132 std_dev=1.052
C5 B 0, 1.008, 2.191, 3.373, 5.794 max_d=5.794 avg_d=2.191 std_dev=1.183
O5' B 0, 1.137, 2.384, 3.631, 5.229 max_d=5.229 avg_d=2.384 std_dev=1.247
C3' B 0, 1.094, 2.369, 3.644, 6.132 max_d=6.132 avg_d=2.369 std_dev=1.275
C4 B 0, 1.077, 2.387, 3.696, 5.916 max_d=5.916 avg_d=2.387 std_dev=1.309
C4' B 0, 0.557, 1.880, 3.203, 5.717 max_d=5.717 avg_d=1.880 std_dev=1.323
N7 A 0, 1.547, 2.885, 4.223, 5.442 max_d=5.442 avg_d=2.885 std_dev=1.338
C8 A 0, 1.506, 2.898, 4.291, 5.694 max_d=5.694 avg_d=2.898 std_dev=1.392
O4' A 0, 1.633, 3.075, 4.517, 6.287 max_d=6.287 avg_d=3.075 std_dev=1.442
C2' B 0, 1.102, 2.557, 4.012, 5.794 max_d=5.794 avg_d=2.557 std_dev=1.455
O2 B 0, 1.038, 2.520, 4.002, 5.858 max_d=5.858 avg_d=2.520 std_dev=1.482
C2' A 0, 1.320, 2.808, 4.295, 6.075 max_d=6.075 avg_d=2.808 std_dev=1.488
C5' B 0, 0.700, 2.188, 3.676, 5.392 max_d=5.392 avg_d=2.188 std_dev=1.488
P B 0, 1.625, 3.149, 4.673, 6.645 max_d=6.645 avg_d=3.149 std_dev=1.524
C3' A 0, 1.717, 3.272, 4.828, 6.736 max_d=6.736 avg_d=3.272 std_dev=1.556
OP2 B 0, 2.004, 3.676, 5.348, 7.262 max_d=7.262 avg_d=3.676 std_dev=1.672
O3' A 0, 1.727, 3.420, 5.113, 6.514 max_d=6.514 avg_d=3.420 std_dev=1.693
O2' A 0, 1.455, 3.182, 4.909, 6.053 max_d=6.053 avg_d=3.182 std_dev=1.727
C4' A 0, 1.813, 3.563, 5.313, 7.660 max_d=7.660 avg_d=3.563 std_dev=1.750
O3' B 0, 1.498, 3.255, 5.011, 8.949 max_d=8.949 avg_d=3.255 std_dev=1.757
OP1 B 0, 1.787, 3.593, 5.400, 7.758 max_d=7.758 avg_d=3.593 std_dev=1.806
O4 B 0, 1.297, 3.140, 4.982, 7.457 max_d=7.457 avg_d=3.140 std_dev=1.842
O2' B 0, 1.677, 3.756, 5.834, 7.892 max_d=7.892 avg_d=3.756 std_dev=2.079
C5' A 0, 1.964, 4.445, 6.925, 9.973 max_d=9.973 avg_d=4.445 std_dev=2.481
O5' A 0, 2.142, 4.760, 7.378, 10.969 max_d=10.969 avg_d=4.760 std_dev=2.618
P A 0, 2.417, 5.830, 9.243, 13.527 max_d=13.527 avg_d=5.830 std_dev=3.413
OP2 A 0, 2.741, 6.343, 9.945, 14.129 max_d=14.129 avg_d=6.343 std_dev=3.602
OP1 A 0, 2.793, 6.497, 10.201, 15.151 max_d=15.151 avg_d=6.497 std_dev=3.704

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.35 0.54 0.43 0.34
C2 0.05 0.00 0.32 0.21 0.02 0.23 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.60 0.40 0.33 0.55 0.92 1.01 0.70
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.23 0.16 0.17 0.25 0.31 0.12 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.60 1.03 0.86 0.77
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.20 0.01 0.30 0.03 0.29 0.40 0.24 0.19 0.34 0.41 0.22 0.02 0.01 0.02 0.26 0.78 0.37 0.37
C4 0.02 0.02 0.17 0.20 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.21 0.17 0.53 0.72 0.86 0.60
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.12 0.24 0.17 0.22 0.14 0.21 0.09 0.31 0.03 0.01 0.02 0.35 0.37 0.14
C5 0.02 0.01 0.10 0.30 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.12 0.08 0.63 0.77 1.09 0.75
C5' 0.11 0.36 0.23 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.28 0.37 0.32 0.32 0.31 0.36 0.18 0.11 0.22 0.02 0.01 0.26 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.29 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.44 0.15 0.15 0.64 0.85 1.18 0.79
C8 0.02 0.02 0.17 0.40 0.01 0.24 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.36 0.24 0.19 0.72 0.73 1.02 0.81
N1 0.04 0.01 0.25 0.24 0.02 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.53 0.27 0.26 0.60 0.90 1.12 0.75
N3 0.05 0.01 0.31 0.19 0.01 0.22 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.56 0.43 0.32 0.50 0.85 0.86 0.61
N6 0.03 0.02 0.12 0.34 0.01 0.14 0.02 0.31 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.43 0.15 0.11 0.70 0.91 1.33 0.88
N7 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.21 0.01 0.36 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.37 0.24 0.11 0.75 0.85 1.22 0.90
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.52 0.58 0.71 0.53
O2' 0.02 0.60 0.01 0.02 0.37 0.31 0.36 0.11 0.44 0.36 0.53 0.56 0.43 0.37 0.21 0.00 0.07 0.22 0.42 1.03 0.90 0.69
O3' 0.32 0.40 0.04 0.01 0.21 0.03 0.12 0.22 0.15 0.24 0.27 0.43 0.15 0.24 0.11 0.07 0.00 0.25 0.29 0.65 0.52 0.29
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.26 0.32 0.11 0.11 0.02 0.22 0.25 0.00 0.20 0.40 0.29 0.22
O5' 0.35 0.55 0.60 0.26 0.53 0.02 0.63 0.01 0.64 0.72 0.60 0.50 0.70 0.75 0.52 0.42 0.29 0.20 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.54 0.92 1.03 0.78 0.72 0.35 0.77 0.26 0.85 0.73 0.90 0.85 0.91 0.85 0.58 1.03 0.65 0.40 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 1.01 0.86 0.37 0.86 0.37 1.09 0.33 1.18 1.02 1.12 0.86 1.33 1.22 0.71 0.90 0.52 0.29 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.70 0.77 0.37 0.60 0.14 0.75 0.02 0.79 0.81 0.75 0.61 0.88 0.90 0.53 0.69 0.29 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.56 3.81 2.77 2.04 4.37 1.37 3.73 0.88 3.07 3.13 4.33 3.94 3.11 2.11 4.91 1.71 0.82 1.06 0.84 0.25
C2 2.21 2.88 2.62 2.02 3.04 1.44 2.71 1.06 2.33 2.46 3.08 3.06 3.02 2.05 3.27 1.56 0.88 1.05 0.90 0.42
C2' 2.81 4.08 2.96 2.19 4.52 1.53 3.85 0.93 3.24 3.36 4.57 4.29 3.33 2.25 5.05 1.94 0.91 0.99 0.91 0.33
C3' 2.62 3.92 2.82 2.08 4.45 1.39 3.76 0.87 3.10 3.19 4.46 4.10 3.19 2.21 5.05 1.74 0.81 1.16 0.81 0.43
C4 2.30 3.31 2.57 1.87 3.73 1.25 3.30 0.84 2.76 2.78 3.69 3.39 2.88 1.88 4.09 1.54 0.78 1.06 0.85 0.26
C4' 2.57 3.95 2.77 2.04 4.66 1.33 3.93 0.85 3.20 3.22 4.58 4.05 3.05 2.14 5.33 1.70 0.78 1.12 0.76 0.28
C5 2.16 3.10 2.37 1.68 3.57 1.13 3.27 0.75 2.76 2.68 3.46 3.09 2.55 1.62 3.85 1.48 0.76 1.06 0.84 0.24
C5' 2.70 4.10 2.87 2.13 4.91 1.44 4.18 0.92 3.42 3.39 4.78 4.15 3.06 2.19 5.61 1.85 0.91 1.12 0.85 0.44
C6 1.85 2.53 2.13 1.49 2.85 1.00 2.68 0.70 2.32 2.24 2.77 2.55 2.29 1.40 3.03 1.26 0.70 1.05 0.86 0.24
C8 2.50 3.74 2.59 1.86 4.47 1.29 3.94 0.82 3.24 3.16 4.31 3.70 2.75 1.85 4.95 1.75 0.83 1.06 0.80 0.27
N1 1.89 2.44 2.28 1.70 2.61 1.20 2.42 0.91 2.09 2.13 2.60 2.57 2.56 1.64 2.77 1.32 0.77 1.05 0.89 0.37
N3 2.35 3.22 2.71 2.05 3.50 1.42 3.05 1.00 2.58 2.70 3.52 3.40 3.13 2.11 3.84 1.60 0.84 1.05 0.88 0.35
N6 1.61 2.14 1.81 1.26 2.45 0.89 2.41 0.65 2.14 1.97 2.33 2.12 1.83 1.13 2.56 1.19 0.71 1.03 0.84 0.28
N7 2.38 3.47 2.46 1.77 4.16 1.26 3.80 0.82 3.16 3.02 3.97 3.38 2.54 1.72 4.51 1.71 0.85 1.06 0.80 0.30
N9 2.45 3.64 2.64 1.91 4.21 1.28 3.67 0.82 3.03 3.03 4.13 3.70 2.91 1.93 4.68 1.65 0.79 1.06 0.83 0.24
O2' 3.18 4.35 3.33 2.56 4.57 1.93 3.89 1.28 3.38 3.61 4.73 4.67 3.79 2.66 5.03 2.31 1.22 0.93 1.18 0.62
O3' 2.75 3.97 3.01 2.29 4.41 1.56 3.72 1.00 3.10 3.24 4.46 4.22 3.47 2.46 5.00 1.86 0.90 1.05 0.85 0.36
O4' 2.47 3.82 2.67 1.97 4.53 1.30 3.84 0.88 3.11 3.12 4.43 3.89 2.94 2.06 5.17 1.65 0.78 1.14 0.77 0.28
O5' 2.77 4.15 2.90 2.15 4.96 1.50 4.29 0.99 3.54 3.48 4.83 4.18 3.06 2.16 5.62 1.96 1.05 1.20 1.13 0.75
OP1 2.72 4.06 2.92 2.24 4.73 1.57 4.03 1.12 3.34 3.34 4.68 4.18 3.13 2.38 5.38 1.91 1.15 1.40 1.19 0.92
OP2 3.09 4.34 3.09 2.41 5.10 1.96 4.50 1.54 3.84 3.74 4.98 4.33 3.19 2.37 5.71 2.46 1.62 1.49 1.71 1.43
P 2.75 4.11 2.85 2.12 4.92 1.51 4.26 1.02 3.53 3.45 4.79 4.13 2.99 2.14 5.58 1.98 1.10 1.28 1.24 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.27 0.03 0.01 0.21 0.38 0.30 0.21
C2 0.04 0.00 0.17 0.27 0.02 0.19 0.02 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.30 0.03 0.17 0.44 0.58 0.60 0.43
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.20 0.17 0.03 0.12 0.30 0.01 0.05 0.08 0.02 0.43 0.74 0.58 0.53
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.32 0.01 0.38 0.03 0.36 0.19 0.30 0.41 0.03 0.01 0.34 0.03 0.24 0.53 0.26 0.25
C4 0.03 0.02 0.07 0.32 0.00 0.13 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.03 0.30 0.23 0.01 0.05 0.44 0.70 0.73 0.49
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.23 0.07 0.16 0.37 0.28 0.03 0.14 0.01 0.02 0.22 0.17 0.06
C5 0.02 0.02 0.14 0.38 0.01 0.21 0.00 0.40 0.01 0.02 0.01 0.03 0.29 0.32 0.02 0.14 0.57 0.81 0.86 0.67
C5' 0.09 0.30 0.20 0.03 0.27 0.01 0.40 0.00 0.40 0.16 0.28 0.54 0.12 0.21 0.30 0.02 0.01 0.19 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.36 0.02 0.23 0.01 0.40 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.29 0.02 0.18 0.55 0.70 0.74 0.61
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.15 0.02 0.02 0.29 0.45 0.44 0.28
N3 0.03 0.01 0.12 0.30 0.01 0.16 0.01 0.28 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.25 0.02 0.12 0.45 0.64 0.69 0.47
O2 0.06 0.01 0.30 0.41 0.03 0.37 0.03 0.54 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.52 0.04 0.31 0.70 0.79 0.84 0.72
O2' 0.02 0.27 0.01 0.03 0.30 0.28 0.29 0.12 0.24 0.18 0.30 0.36 0.00 0.10 0.32 0.18 0.34 0.73 0.65 0.50
O3' 0.27 0.30 0.05 0.01 0.23 0.03 0.32 0.21 0.29 0.15 0.25 0.52 0.10 0.00 0.26 0.19 0.33 0.48 0.36 0.29
O4 0.03 0.03 0.08 0.34 0.01 0.14 0.02 0.30 0.02 0.02 0.02 0.04 0.32 0.26 0.00 0.06 0.47 0.78 0.82 0.55
O4' 0.01 0.17 0.02 0.03 0.05 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.12 0.31 0.18 0.19 0.06 0.00 0.15 0.25 0.27 0.20
O5' 0.21 0.44 0.43 0.24 0.44 0.02 0.57 0.01 0.55 0.29 0.45 0.70 0.34 0.33 0.47 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.38 0.58 0.74 0.53 0.70 0.22 0.81 0.19 0.70 0.45 0.64 0.79 0.73 0.48 0.78 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.60 0.58 0.26 0.73 0.17 0.86 0.22 0.74 0.44 0.69 0.84 0.65 0.36 0.82 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.43 0.53 0.25 0.49 0.06 0.67 0.02 0.61 0.28 0.47 0.72 0.50 0.29 0.55 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00