ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 40702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

33, 148, 99, 40, 5, 9, 4, 9, 2, 0, 0, 0, 5, 8, 1, 2, 5, 8, 3, 119,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, -0.102, 0.611, 1.323, 3.558 max_d=3.558 avg_d=0.611 std_dev=0.713
C4 B 0, -0.200, 0.532, 1.263, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.532 std_dev=0.732
C6 A 0, -0.161, 0.633, 1.426, 3.045 max_d=3.045 avg_d=0.633 std_dev=0.794
N1 A 0, -0.100, 0.704, 1.509, 2.997 max_d=2.997 avg_d=0.704 std_dev=0.805
C4 A 0, -0.258, 0.578, 1.414, 3.436 max_d=3.436 avg_d=0.578 std_dev=0.836
C1' B 0, -0.127, 0.714, 1.556, 5.433 max_d=5.433 avg_d=0.714 std_dev=0.842
N3 B 0, -0.223, 0.711, 1.644, 3.013 max_d=3.013 avg_d=0.711 std_dev=0.934
C5 B 0, -0.229, 0.728, 1.686, 4.850 max_d=4.850 avg_d=0.728 std_dev=0.957
O4' B 0, -0.066, 0.896, 1.858, 5.089 max_d=5.089 avg_d=0.896 std_dev=0.962
C8 B 0, -0.144, 0.881, 1.907, 5.434 max_d=5.434 avg_d=0.881 std_dev=1.026
C4' B 0, -0.040, 1.005, 2.051, 6.315 max_d=6.315 avg_d=1.005 std_dev=1.045
C3' B 0, -0.012, 1.039, 2.090, 6.951 max_d=6.951 avg_d=1.039 std_dev=1.051
C2' B 0, -0.115, 0.951, 2.018, 7.273 max_d=7.273 avg_d=0.951 std_dev=1.067
O5' B 0, 0.046, 1.125, 2.204, 4.872 max_d=4.872 avg_d=1.125 std_dev=1.079
C5 A 0, -0.316, 0.770, 1.856, 4.181 max_d=4.181 avg_d=0.770 std_dev=1.086
C5' B 0, 0.022, 1.165, 2.308, 5.684 max_d=5.684 avg_d=1.165 std_dev=1.143
N3 A 0, -0.340, 0.809, 1.958, 3.781 max_d=3.781 avg_d=0.809 std_dev=1.149
C2 B 0, -0.258, 0.900, 2.058, 4.498 max_d=4.498 avg_d=0.900 std_dev=1.158
N7 B 0, -0.196, 0.984, 2.164, 6.307 max_d=6.307 avg_d=0.984 std_dev=1.180
N9 A 0, -0.332, 0.853, 2.038, 5.277 max_d=5.277 avg_d=0.853 std_dev=1.185
C1' A 0, -0.214, 0.973, 2.160, 5.504 max_d=5.504 avg_d=0.973 std_dev=1.187
N6 A 0, -0.206, 0.991, 2.187, 4.430 max_d=4.430 avg_d=0.991 std_dev=1.196
C6 B 0, -0.369, 0.847, 2.063, 5.672 max_d=5.672 avg_d=0.847 std_dev=1.216
C2' A 0, -0.144, 1.087, 2.317, 5.846 max_d=5.846 avg_d=1.087 std_dev=1.230
N1 B 0, -0.306, 0.937, 2.181, 5.734 max_d=5.734 avg_d=0.937 std_dev=1.243
C2 A 0, -0.314, 0.944, 2.203, 4.095 max_d=4.095 avg_d=0.944 std_dev=1.258
C3' A 0, 0.161, 1.467, 2.773, 7.302 max_d=7.302 avg_d=1.467 std_dev=1.306
P B 0, 0.017, 1.324, 2.630, 5.813 max_d=5.813 avg_d=1.324 std_dev=1.306
OP2 B 0, 0.204, 1.651, 3.098, 5.037 max_d=5.037 avg_d=1.651 std_dev=1.447
O3' B 0, 0.027, 1.481, 2.936, 9.377 max_d=9.377 avg_d=1.481 std_dev=1.455
O2' B 0, -0.161, 1.298, 2.758, 9.556 max_d=9.556 avg_d=1.298 std_dev=1.459
O2' A 0, 0.153, 1.627, 3.101, 6.355 max_d=6.355 avg_d=1.627 std_dev=1.474
O3' A 0, 0.349, 1.843, 3.338, 6.941 max_d=6.941 avg_d=1.843 std_dev=1.495
N6 B 0, -0.503, 1.109, 2.720, 8.212 max_d=8.212 avg_d=1.109 std_dev=1.612
OP1 B 0, 0.179, 1.874, 3.569, 7.501 max_d=7.501 avg_d=1.874 std_dev=1.695
C4' A 0, -0.082, 1.723, 3.529, 8.722 max_d=8.722 avg_d=1.723 std_dev=1.805
O4' A 0, -0.259, 1.550, 3.358, 7.895 max_d=7.895 avg_d=1.550 std_dev=1.808
C8 A 0, -0.487, 1.357, 3.201, 7.136 max_d=7.136 avg_d=1.357 std_dev=1.844
N7 A 0, -0.479, 1.394, 3.266, 6.599 max_d=6.599 avg_d=1.394 std_dev=1.872
C5' A 0, -0.228, 2.298, 4.824, 11.538 max_d=11.538 avg_d=2.298 std_dev=2.526
O5' A 0, -0.113, 2.546, 5.204, 12.925 max_d=12.925 avg_d=2.546 std_dev=2.659
P A 0, -0.219, 3.383, 6.986, 15.070 max_d=15.070 avg_d=3.383 std_dev=3.603
OP1 A 0, 0.152, 4.021, 7.890, 16.531 max_d=16.531 avg_d=4.021 std_dev=3.869
OP2 A 0, 0.335, 4.236, 8.137, 15.854 max_d=15.854 avg_d=4.236 std_dev=3.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.25 0.79 0.38 0.33
C2 0.04 0.00 0.31 0.29 0.01 0.29 0.01 0.54 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.41 0.29 0.74 1.18 1.21 0.84
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.22 0.15 0.16 0.25 0.31 0.12 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.53 0.84 0.57 0.57
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.36 0.39 0.32 0.25 0.40 0.42 0.24 0.02 0.01 0.02 0.28 0.58 0.30 0.29
C4 0.02 0.01 0.17 0.26 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.24 0.15 0.42 1.06 0.80 0.47
C4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.28 0.23 0.28 0.17 0.24 0.10 0.29 0.03 0.01 0.02 0.31 0.22 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.35 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.16 0.07 0.47 1.25 0.99 0.56
C5' 0.08 0.54 0.22 0.03 0.24 0.01 0.22 0.00 0.28 0.41 0.43 0.50 0.28 0.37 0.14 0.10 0.22 0.02 0.01 0.24 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.36 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.38 0.20 0.13 0.51 1.24 1.10 0.58
C8 0.02 0.02 0.16 0.39 0.01 0.28 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.35 0.19 0.18 0.68 1.46 1.04 0.84
N1 0.04 0.00 0.25 0.32 0.01 0.23 0.01 0.43 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.30 0.23 0.62 1.19 1.17 0.71
N3 0.04 0.01 0.31 0.25 0.00 0.28 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.43 0.29 0.68 1.08 1.01 0.74
N6 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.41 0.21 0.10 0.55 1.35 1.22 0.66
N7 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.24 0.00 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.22 0.10 0.66 1.52 1.19 0.84
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.15 0.02 0.36 1.06 0.65 0.45
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.30 0.29 0.34 0.10 0.38 0.35 0.40 0.38 0.41 0.38 0.21 0.00 0.07 0.21 0.47 0.80 0.65 0.53
O3' 0.35 0.41 0.04 0.01 0.24 0.03 0.16 0.22 0.20 0.19 0.30 0.43 0.21 0.22 0.15 0.07 0.00 0.24 0.31 0.72 0.41 0.41
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.18 0.23 0.29 0.10 0.10 0.02 0.21 0.24 0.00 0.14 0.66 0.33 0.27
O5' 0.25 0.74 0.53 0.28 0.42 0.02 0.47 0.01 0.51 0.68 0.62 0.68 0.55 0.66 0.36 0.47 0.31 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.79 1.18 0.84 0.58 1.06 0.31 1.25 0.24 1.24 1.46 1.19 1.08 1.35 1.52 1.06 0.80 0.72 0.66 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.21 0.57 0.30 0.80 0.22 0.99 0.41 1.10 1.04 1.17 1.01 1.22 1.19 0.65 0.65 0.41 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.84 0.57 0.29 0.47 0.10 0.56 0.02 0.58 0.84 0.71 0.74 0.66 0.84 0.45 0.53 0.41 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.48 2.50 1.38 1.14 2.03 1.18 2.24 1.02 2.65 1.60 2.74 2.18 2.93 1.97 1.67 1.60 1.22 1.39 0.69 0.93 0.90 0.40
C2 1.73 2.23 1.68 1.44 1.87 1.51 1.68 1.22 1.81 1.31 2.07 2.17 1.75 1.38 1.64 1.90 1.57 1.72 0.91 0.85 0.93 0.48
C2' 1.36 2.36 1.28 1.05 1.86 1.11 2.04 0.99 2.46 1.44 2.59 2.03 2.75 1.77 1.51 1.51 1.12 1.30 0.67 0.89 0.93 0.42
C3' 1.45 2.54 1.38 1.11 1.99 1.17 2.18 1.04 2.64 1.53 2.79 2.18 2.95 1.88 1.61 1.63 1.20 1.36 0.73 1.07 0.87 0.52
C4 1.43 2.19 1.32 1.10 1.85 1.18 1.99 1.02 2.26 1.49 2.32 1.97 2.46 1.80 1.56 1.51 1.17 1.40 0.71 0.91 0.90 0.39
C4' 1.53 2.76 1.42 1.14 2.18 1.17 2.42 1.01 2.93 1.70 3.06 2.35 3.28 2.11 1.76 1.64 1.23 1.38 0.66 1.00 0.86 0.42
C5 1.27 2.04 1.13 0.92 1.76 1.01 2.01 0.91 2.27 1.53 2.24 1.81 2.56 1.92 1.49 1.23 0.94 1.24 0.63 0.91 0.87 0.32
C5' 1.54 2.96 1.39 1.11 2.31 1.12 2.59 1.00 3.15 1.80 3.30 2.49 3.54 2.25 1.83 1.57 1.16 1.36 0.67 1.08 0.89 0.51
C6 1.19 1.71 1.07 0.90 1.50 1.04 1.65 0.93 1.83 1.33 1.80 1.57 2.05 1.65 1.30 1.17 0.93 1.25 0.67 0.88 0.89 0.32
C8 1.36 2.53 1.20 0.96 2.10 0.95 2.43 0.85 2.87 1.75 2.86 2.17 3.28 2.22 1.70 1.29 0.95 1.21 0.59 0.93 0.85 0.33
N1 1.47 1.78 1.40 1.21 1.52 1.34 1.40 1.12 1.51 1.15 1.66 1.75 1.56 1.28 1.37 1.56 1.31 1.54 0.84 0.85 0.92 0.42
N3 1.68 2.38 1.61 1.37 1.97 1.43 1.92 1.17 2.14 1.43 2.34 2.22 2.16 1.60 1.68 1.85 1.49 1.63 0.84 0.88 0.93 0.46
N6 1.05 1.64 0.91 0.74 1.49 0.85 1.76 0.80 1.90 1.50 1.80 1.48 2.11 1.88 1.29 0.91 0.73 1.06 0.61 0.86 0.88 0.24
N7 1.34 2.47 1.17 0.93 2.09 0.91 2.45 0.82 2.85 1.79 2.78 2.12 3.24 2.29 1.70 1.21 0.89 1.18 0.58 0.92 0.84 0.30
N9 1.39 2.36 1.27 1.04 1.96 1.09 2.21 0.96 2.57 1.60 2.60 2.06 2.88 1.99 1.62 1.44 1.09 1.31 0.65 0.92 0.88 0.37
O2' 1.47 2.39 1.38 1.20 1.89 1.25 2.00 1.10 2.39 1.45 2.55 2.09 2.62 1.73 1.56 1.62 1.28 1.44 0.88 0.78 1.21 0.65
O3' 1.55 2.66 1.46 1.19 2.07 1.24 2.20 1.05 2.66 1.55 2.86 2.30 2.91 1.86 1.68 1.73 1.30 1.45 0.74 0.89 0.97 0.46
O4' 1.57 2.74 1.45 1.19 2.23 1.20 2.48 1.03 2.95 1.78 3.04 2.37 3.30 2.19 1.82 1.65 1.28 1.43 0.68 0.97 0.89 0.42
O5' 1.55 3.03 1.42 1.13 2.36 1.12 2.66 1.01 3.24 1.85 3.39 2.55 3.65 2.32 1.87 1.56 1.18 1.35 0.74 1.22 0.98 0.68
OP1 2.52 4.11 2.35 2.10 3.35 1.96 3.59 1.71 4.22 2.72 4.45 3.60 4.58 3.16 2.83 2.37 2.03 2.21 1.63 1.50 1.76 1.44
OP2 1.98 3.47 1.91 1.68 2.71 1.67 2.97 1.66 3.58 2.23 3.83 2.94 3.95 2.62 2.25 2.05 1.77 1.80 1.42 1.87 1.35 1.37
P 1.85 3.53 1.69 1.39 2.74 1.31 3.02 1.15 3.67 2.13 3.90 2.98 4.07 2.61 2.19 1.80 1.41 1.57 0.93 1.27 1.04 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.21 0.48 0.34 0.25
C2 0.04 0.00 0.35 0.31 0.01 0.25 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.35 0.34 0.41 0.87 0.71 0.51
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.18 0.18 0.17 0.28 0.34 0.14 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.38 0.55 0.46 0.42
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.36 0.33 0.34 0.27 0.40 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.29 0.38 0.35 0.24
C4 0.02 0.01 0.19 0.27 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.18 0.35 0.75 0.71 0.45
C4' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.28 0.18 0.25 0.14 0.24 0.10 0.28 0.03 0.00 0.02 0.27 0.20 0.11
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.21 0.08 0.53 0.96 1.05 0.71
C5' 0.07 0.40 0.18 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.23 0.41 0.31 0.38 0.26 0.38 0.15 0.12 0.20 0.02 0.01 0.22 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.26 0.15 0.49 0.98 1.06 0.67
C8 0.02 0.02 0.17 0.33 0.01 0.28 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.23 0.20 0.78 1.08 1.17 0.96
N1 0.03 0.01 0.28 0.34 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.30 0.26 0.40 0.91 0.87 0.54
N3 0.04 0.01 0.34 0.27 0.01 0.25 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.35 0.34 0.38 0.78 0.59 0.45
N6 0.02 0.01 0.14 0.40 0.01 0.14 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.28 0.11 0.59 1.12 1.28 0.84
N7 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.24 0.00 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.26 0.11 0.78 1.20 1.36 1.03
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.41 0.71 0.69 0.50
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.19 0.28 0.26 0.12 0.26 0.40 0.27 0.31 0.30 0.39 0.19 0.00 0.06 0.20 0.30 0.49 0.46 0.35
O3' 0.28 0.35 0.03 0.01 0.21 0.03 0.21 0.20 0.26 0.23 0.30 0.35 0.28 0.26 0.14 0.06 0.00 0.19 0.32 0.55 0.36 0.30
O4' 0.01 0.34 0.02 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.20 0.26 0.34 0.11 0.11 0.02 0.20 0.19 0.00 0.16 0.38 0.29 0.21
O5' 0.21 0.41 0.38 0.29 0.35 0.02 0.53 0.01 0.49 0.78 0.40 0.38 0.59 0.78 0.41 0.30 0.32 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.87 0.55 0.38 0.75 0.27 0.96 0.22 0.98 1.08 0.91 0.78 1.12 1.20 0.71 0.49 0.55 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.71 0.46 0.35 0.71 0.20 1.05 0.31 1.06 1.17 0.87 0.59 1.28 1.36 0.69 0.46 0.36 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.51 0.42 0.24 0.45 0.11 0.71 0.02 0.67 0.96 0.54 0.45 0.84 1.03 0.50 0.35 0.30 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00