ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 40823

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 97, 146, 107, 71, 13, 23, 4, 2, 16, 15, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.039, 0.151, 0.263, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.151 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.035, 0.156, 0.277, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.156 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.098, 0.233, 0.368, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.233 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.074, 0.220, 0.365, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.220 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.093, 0.241, 0.389, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.241 std_dev=0.148
C5 B 0, 0.129, 0.303, 0.478, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.303 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.149, 0.332, 0.515, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.332 std_dev=0.183
N3 A 0, 0.114, 0.327, 0.540, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.327 std_dev=0.213
N9 B 0, 0.006, 0.246, 0.486, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.246 std_dev=0.240
N9 A 0, 0.103, 0.369, 0.635, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.369 std_dev=0.266
N2 B 0, 0.157, 0.440, 0.722, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.440 std_dev=0.283
O6 B 0, 0.223, 0.529, 0.834, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.529 std_dev=0.305
C2 A 0, 0.164, 0.474, 0.784, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.474 std_dev=0.310
N7 B 0, 0.173, 0.489, 0.806, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.489 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.105, 0.428, 0.751, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.428 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.008, 0.334, 0.661, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.334 std_dev=0.326
N1 A 0, 0.122, 0.451, 0.780, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.451 std_dev=0.329
C5 A 0, 0.078, 0.410, 0.742, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.410 std_dev=0.332
C1' A 0, 0.086, 0.425, 0.763, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.425 std_dev=0.338
C6 A 0, 0.055, 0.439, 0.823, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.439 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.056, 0.447, 0.839, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.447 std_dev=0.392
C3' B 0, 0.200, 0.671, 1.142, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.671 std_dev=0.471
C8 A 0, 0.206, 0.705, 1.204, 4.552 max_d=4.552 avg_d=0.705 std_dev=0.499
C4' B 0, 0.121, 0.620, 1.119, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.620 std_dev=0.499
N7 A 0, 0.189, 0.749, 1.310, 4.301 max_d=4.301 avg_d=0.749 std_dev=0.561
C2' B 0, 0.026, 0.622, 1.217, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.622 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.321, 0.923, 1.524, 3.648 max_d=3.648 avg_d=0.923 std_dev=0.602
N6 A 0, 0.093, 0.707, 1.321, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.707 std_dev=0.614
O5' B 0, 2.154, 2.813, 3.473, 5.298 max_d=5.298 avg_d=2.813 std_dev=0.660
C5' B 0, 0.165, 0.873, 1.582, 3.121 max_d=3.121 avg_d=0.873 std_dev=0.709
C3' A 0, 1.046, 1.841, 2.635, 5.044 max_d=5.044 avg_d=1.841 std_dev=0.794
O4' A 0, 0.519, 1.344, 2.168, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.344 std_dev=0.824
O2' B 0, -0.001, 0.879, 1.758, 3.667 max_d=3.667 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C2' A 0, 0.457, 1.349, 2.240, 3.821 max_d=3.821 avg_d=1.349 std_dev=0.892
P B 0, 2.763, 3.761, 4.759, 6.981 max_d=6.981 avg_d=3.761 std_dev=0.998
C4' A 0, 0.784, 1.795, 2.807, 5.107 max_d=5.107 avg_d=1.795 std_dev=1.011
OP2 B 0, 3.034, 4.076, 5.118, 7.186 max_d=7.186 avg_d=4.076 std_dev=1.042
O3' A 0, 1.211, 2.263, 3.315, 5.526 max_d=5.526 avg_d=2.263 std_dev=1.052
O2' A 0, 1.141, 2.287, 3.432, 4.918 max_d=4.918 avg_d=2.287 std_dev=1.145
OP1 B 0, 3.638, 4.849, 6.059, 8.534 max_d=8.534 avg_d=4.849 std_dev=1.210
C5' A 0, 0.985, 2.804, 4.624, 7.985 max_d=7.985 avg_d=2.804 std_dev=1.820
O5' A 0, 1.220, 3.200, 5.180, 8.941 max_d=8.941 avg_d=3.200 std_dev=1.980
OP2 A 0, 2.821, 5.394, 7.967, 12.642 max_d=12.642 avg_d=5.394 std_dev=2.573
P A 0, 1.837, 4.425, 7.013, 11.551 max_d=11.551 avg_d=4.425 std_dev=2.588
OP1 A 0, 2.033, 5.022, 8.011, 12.299 max_d=12.299 avg_d=5.022 std_dev=2.989

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.36 0.55 0.38 0.34
C2 0.04 0.00 0.48 0.67 0.01 0.53 0.01 0.93 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.60 0.41 1.04 1.37 1.13 1.17
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.25 0.02 0.12 0.21 0.21 0.25 0.37 0.49 0.15 0.15 0.03 0.00 0.03 0.02 0.38 0.52 0.54 0.41
C3' 0.02 0.67 0.01 0.00 0.39 0.01 0.38 0.03 0.45 0.46 0.57 0.64 0.45 0.44 0.24 0.02 0.01 0.03 0.29 0.42 0.43 0.29
C4 0.02 0.01 0.25 0.39 0.00 0.23 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.27 0.22 0.72 1.10 0.73 0.75
C4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.23 0.00 0.14 0.01 0.22 0.37 0.40 0.51 0.17 0.28 0.09 0.32 0.03 0.01 0.02 0.27 0.31 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.10 0.87 1.39 1.04 0.97
C5' 0.08 0.93 0.21 0.03 0.39 0.01 0.23 0.00 0.39 0.56 0.72 0.86 0.31 0.44 0.13 0.12 0.22 0.02 0.01 0.40 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.45 0.01 0.22 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.30 0.18 0.90 1.49 1.06 1.03
C8 0.02 0.02 0.25 0.46 0.01 0.37 0.01 0.56 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.44 0.31 0.23 1.17 1.48 1.40 1.24
N1 0.03 0.00 0.37 0.57 0.01 0.40 0.01 0.72 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.47 0.32 0.97 1.46 1.06 1.11
N3 0.04 0.01 0.49 0.64 0.01 0.51 0.01 0.86 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.56 0.41 0.92 1.16 0.95 0.99
N6 0.02 0.01 0.15 0.45 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.29 0.13 0.98 1.68 1.27 1.16
N7 0.01 0.01 0.15 0.44 0.01 0.28 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.28 0.13 1.15 1.66 1.51 1.30
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.68 0.98 0.72 0.68
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.21 0.32 0.31 0.12 0.29 0.44 0.27 0.30 0.35 0.44 0.22 0.00 0.07 0.22 0.32 0.52 0.56 0.37
O3' 0.32 0.60 0.03 0.01 0.27 0.03 0.20 0.22 0.30 0.31 0.47 0.56 0.29 0.28 0.14 0.07 0.00 0.22 0.31 0.60 0.58 0.40
O4' 0.01 0.41 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.32 0.41 0.13 0.13 0.02 0.22 0.22 0.00 0.33 0.51 0.33 0.31
O5' 0.36 1.04 0.38 0.29 0.72 0.02 0.87 0.01 0.90 1.17 0.97 0.92 0.98 1.15 0.68 0.32 0.31 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 1.37 0.52 0.42 1.10 0.27 1.39 0.40 1.49 1.48 1.46 1.16 1.68 1.66 0.98 0.52 0.60 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 1.13 0.54 0.43 0.73 0.31 1.04 0.39 1.06 1.40 1.06 0.95 1.27 1.51 0.72 0.56 0.58 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 1.17 0.41 0.29 0.75 0.10 0.97 0.02 1.03 1.24 1.11 0.99 1.16 1.30 0.68 0.37 0.40 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 0.25 0.91 0.67 0.28 0.61 0.24 0.62 0.28 0.36 0.32 0.32 0.26 0.27 0.39 1.17 0.74 0.55 0.55 0.34 0.62 0.51 0.51
C2 0.35 0.33 0.63 0.46 0.31 0.39 0.32 0.41 0.36 0.32 0.37 0.36 0.31 0.32 0.32 0.70 0.59 0.38 0.41 0.38 0.44 0.49 0.43
C2' 0.64 0.52 0.98 0.76 0.47 0.69 0.47 0.70 0.53 0.51 0.58 0.59 0.47 0.47 0.52 1.21 0.82 0.64 0.64 0.59 0.70 0.61 0.60
C3' 0.80 0.73 1.22 1.03 0.67 0.89 0.68 0.89 0.74 0.69 0.78 0.80 0.67 0.67 0.70 1.45 1.10 0.74 0.87 0.79 0.97 0.80 0.81
C4 0.50 0.21 0.83 0.58 0.28 0.52 0.23 0.52 0.21 0.35 0.23 0.26 0.25 0.27 0.38 1.03 0.63 0.50 0.48 0.23 0.53 0.47 0.45
C4' 0.65 0.55 1.08 0.89 0.47 0.79 0.47 0.81 0.56 0.51 0.62 0.64 0.47 0.46 0.52 1.35 0.99 0.65 0.76 0.62 0.88 0.68 0.70
C5 0.63 0.21 0.92 0.65 0.40 0.63 0.34 0.63 0.24 0.50 0.19 0.20 0.34 0.41 0.52 1.14 0.67 0.63 0.60 0.22 0.64 0.57 0.56
C5' 0.78 0.90 1.21 1.07 0.71 0.96 0.76 1.00 0.90 0.70 0.98 1.03 0.74 0.72 0.70 1.48 1.20 0.79 0.95 0.98 1.10 0.87 0.90
C6 0.55 0.25 0.81 0.53 0.39 0.50 0.35 0.51 0.28 0.46 0.24 0.22 0.35 0.40 0.48 0.94 0.56 0.53 0.51 0.26 0.52 0.50 0.47
C8 0.76 0.23 1.08 0.84 0.44 0.83 0.38 0.85 0.25 0.60 0.21 0.23 0.37 0.48 0.61 1.37 0.88 0.80 0.79 0.23 0.88 0.73 0.76
N1 0.36 0.22 0.64 0.44 0.26 0.37 0.24 0.39 0.22 0.29 0.22 0.25 0.25 0.26 0.31 0.69 0.56 0.37 0.40 0.22 0.40 0.43 0.37
N3 0.38 0.32 0.70 0.49 0.28 0.40 0.30 0.41 0.35 0.30 0.37 0.36 0.28 0.29 0.31 0.84 0.59 0.38 0.40 0.40 0.43 0.46 0.40
N6 0.73 0.44 0.91 0.61 0.62 0.63 0.59 0.64 0.51 0.69 0.44 0.34 0.56 0.64 0.69 1.00 0.58 0.71 0.66 0.49 0.66 0.66 0.63
N7 0.82 0.28 1.11 0.86 0.53 0.86 0.47 0.87 0.34 0.69 0.26 0.23 0.44 0.58 0.69 1.39 0.87 0.85 0.83 0.31 0.90 0.79 0.81
N9 0.60 0.20 0.94 0.69 0.31 0.64 0.25 0.65 0.20 0.42 0.23 0.26 0.27 0.31 0.45 1.19 0.74 0.60 0.59 0.23 0.66 0.55 0.55
O2' 0.78 0.46 1.01 0.87 0.53 0.87 0.53 0.90 0.55 0.65 0.55 0.48 0.47 0.58 0.64 1.19 0.97 0.86 0.81 0.62 0.85 0.82 0.81
O3' 0.77 0.69 1.18 1.02 0.62 0.91 0.65 0.92 0.74 0.67 0.78 0.77 0.61 0.65 0.66 1.38 1.10 0.76 0.88 0.82 0.99 0.81 0.83
O4' 0.59 0.46 0.98 0.77 0.39 0.70 0.40 0.72 0.47 0.44 0.52 0.54 0.39 0.40 0.46 1.26 0.87 0.61 0.65 0.54 0.75 0.60 0.61
O5' 1.22 1.13 1.62 1.61 1.09 1.52 1.11 1.56 1.16 1.15 1.19 1.20 1.07 1.12 1.14 1.82 1.80 1.27 1.52 1.20 1.70 1.41 1.49
OP1 2.05 1.71 2.42 2.56 1.84 2.47 1.85 2.55 1.81 2.00 1.76 1.67 1.75 1.93 1.96 2.53 2.81 2.15 2.52 1.83 2.76 2.41 2.51
OP2 1.56 1.30 1.85 1.99 1.30 2.03 1.33 2.13 1.38 1.46 1.40 1.38 1.23 1.39 1.42 2.07 2.25 1.77 2.00 1.45 2.27 1.87 2.02
P 1.51 1.34 1.90 1.98 1.33 1.90 1.36 1.98 1.40 1.45 1.41 1.39 1.29 1.41 1.41 2.07 2.22 1.61 1.93 1.45 2.17 1.82 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.23 0.02 0.22 0.30 0.19
C2 0.04 0.00 0.26 0.24 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.17 0.28 0.01 0.25 0.32 0.21
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.16 0.12 0.14 0.20 0.32 0.26 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.30 0.10 0.37 0.54 0.38
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.22 0.01 0.28 0.02 0.30 0.28 0.27 0.25 0.21 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.19 0.32 0.30 0.40 0.23
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.09 0.31 0.02 0.25 0.29 0.21
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.20 0.10 0.13 0.09 0.19 0.10 0.24 0.03 0.00 0.02 0.15 0.15 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.28 0.00 0.13 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.15 0.05 0.38 0.02 0.32 0.38 0.28
C5' 0.12 0.27 0.16 0.02 0.28 0.01 0.34 0.00 0.35 0.37 0.31 0.26 0.24 0.39 0.26 0.10 0.18 0.04 0.01 0.38 0.25 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.13 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.18 0.08 0.39 0.01 0.35 0.43 0.31
C8 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.20 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.19 0.10 0.42 0.03 0.30 0.33 0.28
N1 0.03 0.01 0.20 0.27 0.01 0.10 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.22 0.13 0.34 0.01 0.30 0.38 0.26
N2 0.05 0.01 0.32 0.25 0.02 0.13 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.38 0.20 0.26 0.02 0.24 0.31 0.21
N3 0.04 0.01 0.26 0.21 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.30 0.17 0.26 0.02 0.23 0.29 0.19
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.19 0.00 0.39 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.06 0.45 0.03 0.37 0.44 0.35
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.31 0.02 0.23 0.26 0.19
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.17 0.24 0.24 0.10 0.24 0.29 0.21 0.25 0.19 0.31 0.16 0.00 0.06 0.18 0.21 0.28 0.32 0.61 0.34
O3' 0.24 0.29 0.03 0.01 0.16 0.03 0.15 0.18 0.18 0.19 0.22 0.38 0.30 0.21 0.09 0.06 0.00 0.17 0.26 0.21 0.48 0.46 0.32
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.04 0.08 0.10 0.13 0.20 0.17 0.06 0.01 0.18 0.17 0.00 0.23 0.06 0.25 0.28 0.21
O5' 0.23 0.28 0.30 0.19 0.31 0.02 0.38 0.01 0.39 0.42 0.34 0.26 0.26 0.45 0.31 0.21 0.26 0.23 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.02 0.15 0.02 0.38 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.21 0.06 0.42 0.00 0.41 0.51 0.36
OP1 0.22 0.25 0.37 0.30 0.25 0.15 0.32 0.25 0.35 0.30 0.30 0.24 0.23 0.37 0.23 0.32 0.48 0.25 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.32 0.54 0.40 0.29 0.27 0.38 0.26 0.43 0.33 0.38 0.31 0.29 0.44 0.26 0.61 0.46 0.28 0.02 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.21 0.38 0.23 0.21 0.09 0.28 0.02 0.31 0.28 0.26 0.21 0.19 0.35 0.19 0.34 0.32 0.21 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00