ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 40971

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 13, 21, 6, 2, 0, 0, 4, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.025, 0.131, 0.237, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.131 std_dev=0.106
C2 B 0, 0.029, 0.166, 0.303, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.166 std_dev=0.137
C2 A 0, 0.014, 0.172, 0.329, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.172 std_dev=0.158
N1 A 0, -0.025, 0.143, 0.312, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.143 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.001, 0.183, 0.364, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.183 std_dev=0.182
N1 B 0, -0.059, 0.142, 0.343, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.142 std_dev=0.201
C4 A 0, -0.039, 0.175, 0.389, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.175 std_dev=0.214
C6 A 0, -0.025, 0.198, 0.421, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.198 std_dev=0.223
C1' A 0, -0.019, 0.243, 0.505, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.243 std_dev=0.262
O4 A 0, -0.031, 0.248, 0.528, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.248 std_dev=0.279
C4 B 0, -0.043, 0.238, 0.520, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.238 std_dev=0.281
C5 A 0, -0.046, 0.241, 0.528, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.241 std_dev=0.287
O2 A 0, 0.001, 0.290, 0.580, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O2 B 0, 0.054, 0.350, 0.647, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.350 std_dev=0.296
C6 B 0, -0.040, 0.271, 0.581, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.271 std_dev=0.311
C5 B 0, -0.023, 0.329, 0.681, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.329 std_dev=0.352
C1' B 0, -0.121, 0.258, 0.637, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.258 std_dev=0.379
O4' A 0, -0.022, 0.371, 0.764, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.371 std_dev=0.393
N4 B 0, -0.080, 0.372, 0.823, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.372 std_dev=0.452
O4' B 0, -0.145, 0.345, 0.835, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.345 std_dev=0.490
C2' A 0, -0.109, 0.398, 0.906, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.398 std_dev=0.508
C2' B 0, -0.121, 0.387, 0.895, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.387 std_dev=0.508
C4' A 0, -0.025, 0.497, 1.019, 3.419 max_d=3.419 avg_d=0.497 std_dev=0.522
C3' A 0, -0.078, 0.492, 1.063, 3.533 max_d=3.533 avg_d=0.492 std_dev=0.571
C3' B 0, -0.176, 0.474, 1.124, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.474 std_dev=0.650
O2' B 0, -0.170, 0.514, 1.198, 2.866 max_d=2.866 avg_d=0.514 std_dev=0.684
C4' B 0, -0.223, 0.466, 1.156, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.466 std_dev=0.690
C5' A 0, -0.107, 0.670, 1.447, 5.310 max_d=5.310 avg_d=0.670 std_dev=0.777
C5' B 0, -0.193, 0.632, 1.457, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.632 std_dev=0.825
O3' A 0, -0.146, 0.688, 1.521, 3.301 max_d=3.301 avg_d=0.688 std_dev=0.833
O5' B 0, -0.169, 0.690, 1.550, 3.118 max_d=3.118 avg_d=0.690 std_dev=0.859
O3' B 0, -0.207, 0.660, 1.527, 3.438 max_d=3.438 avg_d=0.660 std_dev=0.867
O2' A 0, -0.159, 0.731, 1.622, 3.529 max_d=3.529 avg_d=0.731 std_dev=0.890
O5' A 0, -0.220, 0.801, 1.823, 7.325 max_d=7.325 avg_d=0.801 std_dev=1.022
P B 0, -0.341, 0.740, 1.820, 3.758 max_d=3.758 avg_d=0.740 std_dev=1.081
OP2 B 0, -0.173, 1.078, 2.329, 4.960 max_d=4.960 avg_d=1.078 std_dev=1.251
OP1 B 0, -0.324, 1.079, 2.481, 5.212 max_d=5.212 avg_d=1.079 std_dev=1.402
P A 0, -0.382, 1.077, 2.535, 9.606 max_d=9.606 avg_d=1.077 std_dev=1.458
OP1 A 0, -0.400, 1.467, 3.333, 11.276 max_d=11.276 avg_d=1.467 std_dev=1.866
OP2 A 0, -0.419, 1.485, 3.390, 9.697 max_d=9.697 avg_d=1.485 std_dev=1.905

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.24 0.03 0.01 0.33 0.44 0.49 0.31
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.20 0.02 0.11 0.45 0.61 0.81 0.47
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.16 0.14 0.03 0.10 0.23 0.00 0.03 0.06 0.02 0.44 0.46 0.63 0.43
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.24 0.01 0.26 0.02 0.24 0.14 0.19 0.13 0.02 0.01 0.26 0.02 0.17 0.26 0.17 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.24 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.13 0.01 0.05 0.61 0.75 1.14 0.66
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.08 0.14 0.21 0.03 0.11 0.01 0.02 0.28 0.17 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.17 0.01 0.11 0.69 0.79 1.19 0.74
C5' 0.06 0.15 0.16 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.19 0.09 0.14 0.23 0.08 0.18 0.15 0.01 0.01 0.27 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.02 0.14 0.66 0.69 1.01 0.66
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.02 0.02 0.48 0.57 0.77 0.47
N3 0.03 0.01 0.10 0.19 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.01 0.08 0.52 0.68 0.98 0.55
O2 0.04 0.01 0.23 0.13 0.02 0.14 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.33 0.02 0.20 0.41 0.60 0.72 0.45
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.25 0.21 0.28 0.08 0.26 0.15 0.25 0.35 0.00 0.06 0.27 0.15 0.31 0.46 0.65 0.38
O3' 0.24 0.20 0.03 0.01 0.13 0.03 0.17 0.18 0.14 0.12 0.14 0.33 0.06 0.00 0.15 0.18 0.21 0.36 0.29 0.26
O4 0.03 0.02 0.06 0.26 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.27 0.15 0.00 0.05 0.62 0.80 1.23 0.70
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.08 0.20 0.15 0.18 0.05 0.00 0.24 0.45 0.37 0.27
O5' 0.33 0.45 0.44 0.17 0.61 0.02 0.69 0.01 0.66 0.48 0.52 0.41 0.31 0.21 0.62 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.61 0.46 0.26 0.75 0.28 0.79 0.27 0.69 0.57 0.68 0.60 0.46 0.36 0.80 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.81 0.63 0.17 1.14 0.17 1.19 0.27 1.01 0.77 0.98 0.72 0.65 0.29 1.23 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.47 0.43 0.11 0.66 0.10 0.74 0.02 0.66 0.47 0.55 0.45 0.38 0.26 0.70 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 0.31 0.66 0.84 0.22 0.86 0.41 1.00 0.56 0.49 0.22 0.30 0.30 0.65 0.92 0.72 1.00 1.46 0.70 1.12
C2 0.41 0.20 0.46 0.64 0.18 0.63 0.42 0.77 0.47 0.35 0.16 0.18 0.17 0.42 0.71 0.52 0.81 1.28 0.64 0.93
C2' 0.79 0.52 0.88 1.04 0.36 1.05 0.50 1.17 0.69 0.66 0.39 0.35 0.53 0.88 1.14 0.89 1.18 1.50 0.99 1.29
C3' 0.80 0.46 0.87 1.07 0.28 1.13 0.42 1.30 0.64 0.63 0.31 0.32 0.48 0.91 1.17 0.96 1.30 1.60 1.16 1.47
C4 0.43 0.24 0.53 0.71 0.22 0.69 0.44 0.85 0.49 0.37 0.21 0.18 0.24 0.49 0.82 0.54 0.89 1.40 0.81 1.06
C4' 0.77 0.50 0.80 0.97 0.41 1.04 0.50 1.19 0.66 0.63 0.43 0.47 0.50 0.83 1.05 0.91 1.17 1.70 0.84 1.30
C5 0.52 0.28 0.63 0.83 0.22 0.81 0.44 0.98 0.54 0.43 0.22 0.20 0.26 0.60 0.95 0.64 1.00 1.53 0.90 1.17
C5' 0.79 0.53 0.83 1.00 0.45 1.09 0.52 1.26 0.68 0.66 0.47 0.50 0.54 0.87 1.11 0.94 1.21 1.80 0.98 1.36
C6 0.56 0.29 0.66 0.87 0.22 0.86 0.43 1.02 0.56 0.46 0.22 0.23 0.27 0.64 0.98 0.69 1.03 1.55 0.88 1.20
N1 0.52 0.26 0.59 0.78 0.20 0.78 0.42 0.93 0.53 0.43 0.19 0.24 0.24 0.57 0.87 0.64 0.95 1.43 0.75 1.09
N3 0.37 0.21 0.45 0.62 0.20 0.61 0.42 0.75 0.46 0.33 0.18 0.16 0.20 0.40 0.70 0.48 0.80 1.29 0.69 0.94
O2 0.35 0.17 0.38 0.53 0.17 0.53 0.40 0.64 0.43 0.31 0.13 0.18 0.14 0.34 0.59 0.45 0.70 1.13 0.52 0.78
O2' 0.99 0.73 1.04 1.16 0.55 1.18 0.69 1.24 0.89 0.87 0.59 0.48 0.75 1.05 1.24 1.09 1.21 1.47 0.87 1.20
O3' 1.02 0.76 1.02 1.16 0.63 1.26 0.72 1.39 0.89 0.89 0.65 0.62 0.78 1.06 1.21 1.17 1.42 1.43 1.08 1.48
O4 0.40 0.25 0.51 0.69 0.23 0.66 0.44 0.82 0.48 0.36 0.23 0.18 0.27 0.47 0.79 0.51 0.87 1.39 0.81 1.04
O4' 0.67 0.48 0.70 0.85 0.45 0.90 0.53 1.03 0.64 0.58 0.44 0.50 0.47 0.70 0.92 0.78 1.03 1.59 0.66 1.14
O5' 0.73 0.53 0.77 0.92 0.44 0.96 0.53 1.09 0.65 0.63 0.46 0.41 0.53 0.79 1.02 0.84 1.07 1.53 0.92 1.20
OP1 0.66 0.60 0.67 0.84 0.62 0.89 0.58 1.05 0.61 0.60 0.64 0.71 0.61 0.70 0.99 0.77 1.03 1.55 1.13 1.19
OP2 0.68 0.54 0.71 0.84 0.50 0.86 0.57 0.97 0.64 0.61 0.49 0.46 0.53 0.72 0.96 0.77 0.97 1.28 0.99 1.05
P 0.69 0.54 0.72 0.87 0.48 0.91 0.53 1.04 0.63 0.61 0.50 0.47 0.54 0.75 0.99 0.79 1.03 1.48 0.96 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.11 0.27 0.31 0.12
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.11 0.04 0.15 0.41 0.40 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.14 0.00 0.02 0.01 0.07 0.17 0.39 0.13
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.13 0.07 0.11 0.12 0.14 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.42 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.21 0.52 0.49 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.17 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.04 0.23 0.53 0.47 0.22
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.12 0.17 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.26 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.04 0.21 0.45 0.38 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.15 0.38 0.35 0.15
N3 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.03 0.18 0.48 0.46 0.20
N4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.19 0.04 0.23 0.56 0.54 0.25
O2 0.06 0.00 0.14 0.14 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.16 0.07 0.14 0.37 0.41 0.17
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.14 0.00 0.07 0.05 0.06 0.16 0.38 0.12
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.04 0.16 0.08 0.14 0.19 0.16 0.07 0.00 0.02 0.21 0.30 0.52 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.16 0.30 0.29 0.14
O5' 0.11 0.15 0.07 0.13 0.21 0.02 0.23 0.01 0.21 0.15 0.18 0.23 0.14 0.06 0.21 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.41 0.17 0.17 0.52 0.17 0.53 0.26 0.45 0.38 0.48 0.56 0.37 0.16 0.30 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.40 0.39 0.42 0.49 0.26 0.47 0.23 0.38 0.35 0.46 0.54 0.41 0.38 0.52 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.13 0.15 0.22 0.06 0.22 0.02 0.18 0.15 0.20 0.25 0.17 0.12 0.20 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00