ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 41166

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 46, 8, 10, 12, 9, 4, 3, 0, 5, 0, 18, 23, 19, 3, 3, 5, 1, 99,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.437, 1.014, 1.591, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.014 std_dev=0.577
N1 A 0, 0.123, 0.877, 1.632, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.877 std_dev=0.754
C4 B 0, 0.191, 0.988, 1.785, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.988 std_dev=0.797
C1' A 0, 0.396, 1.201, 2.006, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.201 std_dev=0.805
N3 B 0, 0.389, 1.254, 2.119, 3.256 max_d=3.256 avg_d=1.254 std_dev=0.865
C5 A 0, 0.336, 1.211, 2.086, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.211 std_dev=0.875
N9 B 0, 0.504, 1.440, 2.375, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.440 std_dev=0.936
C5 B 0, 0.328, 1.416, 2.504, 3.896 max_d=3.896 avg_d=1.416 std_dev=1.088
N7 B 0, 0.583, 1.848, 3.114, 5.722 max_d=5.722 avg_d=1.848 std_dev=1.266
C1' B 0, 0.657, 1.928, 3.200, 4.613 max_d=4.613 avg_d=1.928 std_dev=1.272
C2' A 0, 0.678, 1.955, 3.233, 4.061 max_d=4.061 avg_d=1.955 std_dev=1.278
C8 B 0, 0.634, 1.917, 3.199, 4.893 max_d=4.893 avg_d=1.917 std_dev=1.282
C2 A 0, 0.343, 1.694, 3.045, 4.180 max_d=4.180 avg_d=1.694 std_dev=1.351
C2 B 0, 0.488, 1.897, 3.306, 4.573 max_d=4.573 avg_d=1.897 std_dev=1.409
O2 A 0, 0.635, 2.235, 3.835, 5.487 max_d=5.487 avg_d=2.235 std_dev=1.600
C6 B 0, 0.333, 1.940, 3.546, 4.908 max_d=4.908 avg_d=1.940 std_dev=1.607
O2' A 0, 0.718, 2.379, 4.041, 6.158 max_d=6.158 avg_d=2.379 std_dev=1.662
C4 A 0, 0.291, 1.953, 3.615, 5.054 max_d=5.054 avg_d=1.953 std_dev=1.662
O4' B 0, 0.984, 2.708, 4.432, 6.140 max_d=6.140 avg_d=2.708 std_dev=1.724
O2' B 0, 0.829, 2.581, 4.332, 5.573 max_d=5.573 avg_d=2.581 std_dev=1.752
C2' B 0, 0.738, 2.514, 4.289, 5.444 max_d=5.444 avg_d=2.514 std_dev=1.776
N1 B 0, 0.393, 2.208, 4.022, 5.242 max_d=5.242 avg_d=2.208 std_dev=1.815
O4' A 0, 0.420, 2.296, 4.173, 5.719 max_d=5.719 avg_d=2.296 std_dev=1.877
N3 A 0, 0.316, 2.213, 4.110, 5.258 max_d=5.258 avg_d=2.213 std_dev=1.897
N6 B 0, 0.653, 2.649, 4.645, 6.964 max_d=6.964 avg_d=2.649 std_dev=1.996
C3' A 0, 0.930, 2.971, 5.012, 6.169 max_d=6.169 avg_d=2.971 std_dev=2.041
O4 A 0, 0.443, 2.672, 4.900, 7.234 max_d=7.234 avg_d=2.672 std_dev=2.229
O3' A 0, 0.913, 3.316, 5.718, 7.748 max_d=7.748 avg_d=3.316 std_dev=2.403
C4' A 0, 0.716, 3.125, 5.534, 6.720 max_d=6.720 avg_d=3.125 std_dev=2.409
C4' B 0, 1.037, 3.515, 5.993, 7.169 max_d=7.169 avg_d=3.515 std_dev=2.478
C3' B 0, 0.858, 3.425, 5.993, 7.503 max_d=7.503 avg_d=3.425 std_dev=2.567
O5' B 0, 1.320, 4.289, 7.257, 9.190 max_d=9.190 avg_d=4.289 std_dev=2.969
O5' A 0, 1.043, 4.034, 7.026, 7.997 max_d=7.997 avg_d=4.034 std_dev=2.991
C5' B 0, 1.299, 4.311, 7.322, 9.118 max_d=9.118 avg_d=4.311 std_dev=3.012
O3' B 0, 0.998, 4.151, 7.304, 8.703 max_d=8.703 avg_d=4.151 std_dev=3.153
C5' A 0, 1.033, 4.296, 7.559, 8.502 max_d=8.502 avg_d=4.296 std_dev=3.263
OP2 B 0, 1.546, 5.015, 8.484, 12.148 max_d=12.148 avg_d=5.015 std_dev=3.469
P B 0, 1.560, 5.110, 8.660, 11.869 max_d=11.869 avg_d=5.110 std_dev=3.550
P A 0, 1.140, 4.885, 8.631, 10.085 max_d=10.085 avg_d=4.885 std_dev=3.745
OP2 A 0, 1.428, 5.580, 9.731, 11.573 max_d=11.573 avg_d=5.580 std_dev=4.152
OP1 B 0, 1.873, 6.208, 10.543, 13.467 max_d=13.467 avg_d=6.208 std_dev=4.335
OP1 A 0, 1.507, 5.906, 10.306, 11.084 max_d=11.084 avg_d=5.906 std_dev=4.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.03 0.01 0.26 0.54 0.34 0.31
C2 0.03 0.00 0.25 0.31 0.01 0.11 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.02 0.18 0.30 0.79 0.64 0.39
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.06 0.02 0.18 0.24 0.24 0.03 0.18 0.43 0.01 0.03 0.07 0.02 0.52 0.58 0.55 0.54
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.44 0.01 0.41 0.03 0.34 0.26 0.40 0.28 0.02 0.01 0.47 0.03 0.22 0.41 0.39 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.44 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.23 0.01 0.04 0.45 0.91 1.04 0.57
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.13 0.17 0.34 0.03 0.18 0.01 0.02 0.26 0.25 0.10
C5 0.02 0.02 0.18 0.41 0.01 0.23 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.47 0.28 0.01 0.14 0.53 0.90 1.07 0.66
C5' 0.10 0.20 0.24 0.03 0.25 0.01 0.31 0.00 0.29 0.14 0.21 0.29 0.12 0.22 0.27 0.02 0.01 0.24 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.34 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.20 0.02 0.19 0.48 0.79 0.81 0.57
N1 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.11 0.02 0.02 0.31 0.69 0.56 0.39
N3 0.02 0.01 0.18 0.40 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.02 0.13 0.36 0.87 0.85 0.46
O2 0.04 0.01 0.43 0.28 0.02 0.17 0.02 0.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.39 0.30 0.03 0.30 0.33 0.82 0.60 0.42
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.39 0.34 0.47 0.12 0.44 0.22 0.30 0.39 0.00 0.07 0.41 0.24 0.41 0.49 0.64 0.46
O3' 0.34 0.15 0.03 0.01 0.23 0.03 0.28 0.22 0.20 0.11 0.15 0.30 0.07 0.00 0.28 0.24 0.37 0.76 0.69 0.53
O4 0.03 0.02 0.07 0.47 0.01 0.18 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.03 0.41 0.28 0.00 0.05 0.47 0.96 1.16 0.61
O4' 0.01 0.18 0.02 0.03 0.04 0.01 0.14 0.02 0.19 0.02 0.13 0.30 0.24 0.24 0.05 0.00 0.17 0.51 0.30 0.27
O5' 0.26 0.30 0.52 0.22 0.45 0.02 0.53 0.01 0.48 0.31 0.36 0.33 0.41 0.37 0.47 0.17 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.54 0.79 0.58 0.41 0.91 0.26 0.90 0.24 0.79 0.69 0.87 0.82 0.49 0.76 0.96 0.51 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.64 0.55 0.39 1.04 0.25 1.07 0.30 0.81 0.56 0.85 0.60 0.64 0.69 1.16 0.30 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.39 0.54 0.23 0.57 0.10 0.66 0.02 0.57 0.39 0.46 0.42 0.46 0.53 0.61 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.76 2.37 0.74 0.40 1.67 0.64 1.77 1.06 2.13 1.14 2.40 2.00 2.17 1.46 1.16 0.92 0.60 0.63 1.01 1.31 1.45 1.28
C2 0.85 3.19 0.72 0.45 2.28 0.69 2.63 0.96 3.20 1.67 3.47 2.55 3.38 2.24 1.56 0.82 0.74 0.62 0.86 1.37 1.68 1.24
C2' 1.06 2.16 1.12 0.82 1.52 0.98 1.56 1.21 1.89 1.08 2.17 1.84 1.92 1.28 1.16 1.44 0.86 0.99 1.19 1.54 1.43 1.41
C3' 0.70 1.75 0.79 0.48 1.22 0.63 1.28 1.03 1.55 0.88 1.76 1.49 1.59 1.08 0.89 1.02 0.53 0.61 1.07 1.32 1.28 1.29
C4 0.82 3.10 0.66 0.53 2.44 0.83 2.99 1.00 3.55 1.99 3.57 2.48 3.82 2.69 1.72 0.78 0.84 0.64 0.93 1.56 1.94 1.39
C4' 0.59 1.56 0.71 0.47 1.07 0.57 1.07 1.07 1.29 0.73 1.51 1.36 1.29 0.89 0.75 0.99 0.59 0.51 1.13 1.31 1.31 1.33
C5 0.75 2.53 0.65 0.54 2.11 0.81 2.49 0.94 2.83 1.74 2.83 2.12 2.98 2.26 1.53 0.78 0.86 0.60 0.85 1.39 1.69 1.22
C5' 0.60 1.16 0.80 0.69 0.81 0.63 0.78 0.96 0.92 0.59 1.09 1.06 0.92 0.68 0.61 1.10 0.85 0.51 1.05 1.18 1.10 1.16
C6 0.72 2.31 0.67 0.48 1.84 0.68 2.06 0.86 2.37 1.40 2.47 1.97 2.45 1.80 1.33 0.82 0.79 0.54 0.75 1.19 1.40 1.04
N1 0.78 2.67 0.71 0.44 1.97 0.66 2.18 0.94 2.59 1.41 2.81 2.23 2.68 1.85 1.37 0.84 0.72 0.58 0.84 1.25 1.48 1.15
N3 0.86 3.36 0.70 0.49 2.48 0.76 2.98 0.96 3.63 1.91 3.80 2.64 3.90 2.60 1.71 0.79 0.80 0.63 0.87 1.48 1.85 1.32
O2 0.88 3.32 0.75 0.44 2.30 0.69 2.64 1.00 3.27 1.65 3.60 2.62 3.47 2.23 1.56 0.84 0.70 0.66 0.91 1.40 1.72 1.30
O2' 1.34 2.40 1.30 0.91 1.73 1.15 1.71 1.38 2.03 1.29 2.35 2.10 2.04 1.45 1.39 1.63 0.82 1.26 1.42 1.80 1.69 1.68
O3' 0.77 1.74 0.79 0.52 1.22 0.73 1.28 1.15 1.54 0.95 1.75 1.48 1.60 1.13 0.93 1.00 0.52 0.73 1.26 1.55 1.49 1.53
O4 0.84 3.22 0.65 0.56 2.55 0.91 3.25 1.11 3.89 2.18 3.83 2.53 4.32 3.00 1.80 0.81 0.86 0.71 1.08 1.76 2.20 1.59
O4' 0.95 2.11 0.95 0.63 1.60 0.74 1.61 1.18 1.85 1.16 2.08 1.89 1.85 1.37 1.22 1.10 0.67 0.78 1.16 1.25 1.46 1.33
O5' 0.64 1.08 0.94 0.86 0.85 0.71 0.87 0.86 0.99 0.70 1.07 0.98 1.02 0.80 0.70 1.05 1.03 0.55 0.84 1.03 0.90 0.91
OP1 0.94 1.01 1.04 1.19 0.93 1.18 0.96 1.34 0.97 1.03 0.97 1.00 1.01 1.06 0.93 1.05 1.34 1.02 1.37 1.54 1.29 1.40
OP2 1.01 1.07 1.21 1.42 1.14 1.36 1.32 1.52 1.33 1.37 1.20 1.02 1.45 1.45 1.16 0.99 1.43 1.15 1.47 1.71 1.53 1.54
P 0.86 0.81 1.08 1.28 0.81 1.19 0.86 1.27 0.86 0.94 0.82 0.81 0.92 0.96 0.84 1.00 1.46 0.97 1.19 1.31 1.10 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.20 0.39 0.49 0.26
C2 0.05 0.00 0.36 0.34 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.43 0.28 0.48 0.89 0.79 0.62
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.17 0.18 0.18 0.29 0.36 0.13 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.39 0.58 0.65 0.48
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.26 0.01 0.31 0.04 0.33 0.33 0.34 0.31 0.35 0.35 0.20 0.02 0.01 0.03 0.24 0.43 0.37 0.26
C4 0.03 0.01 0.19 0.26 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.15 0.38 0.72 0.76 0.51
C4' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.24 0.17 0.23 0.13 0.21 0.08 0.27 0.04 0.01 0.02 0.27 0.34 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.18 0.07 0.49 0.89 1.01 0.68
C5' 0.07 0.37 0.17 0.04 0.20 0.01 0.24 0.00 0.26 0.37 0.31 0.34 0.28 0.36 0.16 0.12 0.20 0.02 0.01 0.30 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.24 0.13 0.50 0.97 1.05 0.70
C8 0.02 0.02 0.18 0.33 0.01 0.24 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.38 0.22 0.16 0.64 0.88 1.05 0.77
N1 0.04 0.01 0.29 0.34 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.35 0.22 0.48 0.95 0.92 0.66
N3 0.05 0.01 0.36 0.31 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.42 0.28 0.43 0.77 0.70 0.54
N6 0.03 0.01 0.13 0.35 0.02 0.13 0.02 0.28 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.29 0.24 0.10 0.57 1.09 1.22 0.82
N7 0.01 0.02 0.10 0.35 0.01 0.21 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.37 0.22 0.09 0.66 1.03 1.22 0.86
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.37 0.60 0.71 0.46
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.20 0.27 0.26 0.12 0.26 0.38 0.28 0.34 0.29 0.37 0.19 0.00 0.08 0.18 0.28 0.54 0.71 0.42
O3' 0.27 0.43 0.04 0.01 0.23 0.04 0.18 0.20 0.24 0.22 0.35 0.42 0.24 0.22 0.13 0.08 0.00 0.18 0.29 0.49 0.36 0.27
O4' 0.01 0.28 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.22 0.28 0.10 0.09 0.02 0.18 0.18 0.00 0.18 0.29 0.52 0.26
O5' 0.20 0.48 0.39 0.24 0.38 0.02 0.49 0.01 0.50 0.64 0.48 0.43 0.57 0.66 0.37 0.28 0.29 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.89 0.58 0.43 0.72 0.27 0.89 0.30 0.97 0.88 0.95 0.77 1.09 1.03 0.60 0.54 0.49 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.79 0.65 0.37 0.76 0.34 1.01 0.33 1.05 1.05 0.92 0.70 1.22 1.22 0.71 0.71 0.36 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.62 0.48 0.26 0.51 0.10 0.68 0.02 0.70 0.77 0.66 0.54 0.82 0.86 0.46 0.42 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00