ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 41167

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 83, 93, 28, 45, 14, 6, 3, 11, 3, 3, 4, 3, 4, 2, 4, 6, 10, 16, 126,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.003, 0.495, 0.987, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.495 std_dev=0.492
C4 B 0, -0.030, 0.489, 1.008, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.489 std_dev=0.519
C6 A 0, 0.066, 0.599, 1.132, 3.723 max_d=3.723 avg_d=0.599 std_dev=0.533
N1 A 0, -0.053, 0.504, 1.061, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.504 std_dev=0.557
C1' B 0, 0.010, 0.677, 1.344, 3.007 max_d=3.007 avg_d=0.677 std_dev=0.667
C5 B 0, 0.010, 0.794, 1.577, 3.535 max_d=3.535 avg_d=0.794 std_dev=0.783
C2 A 0, -0.081, 0.718, 1.517, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.718 std_dev=0.799
N3 B 0, 0.083, 0.886, 1.689, 4.227 max_d=4.227 avg_d=0.886 std_dev=0.803
C8 B 0, -0.022, 0.914, 1.851, 4.408 max_d=4.408 avg_d=0.914 std_dev=0.937
C1' A 0, -0.127, 0.831, 1.789, 3.716 max_d=3.716 avg_d=0.831 std_dev=0.958
C6 B 0, 0.032, 1.050, 2.069, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.050 std_dev=1.018
O3' B 0, 0.264, 1.294, 2.324, 6.732 max_d=6.732 avg_d=1.294 std_dev=1.030
O4' A 0, -0.155, 0.877, 1.909, 4.986 max_d=4.986 avg_d=0.877 std_dev=1.032
C3' B 0, 0.366, 1.399, 2.432, 4.538 max_d=4.538 avg_d=1.399 std_dev=1.033
O2 A 0, -0.033, 1.017, 2.067, 4.268 max_d=4.268 avg_d=1.017 std_dev=1.050
C5 A 0, -0.030, 1.031, 2.092, 5.438 max_d=5.438 avg_d=1.031 std_dev=1.061
O4' B 0, 0.338, 1.410, 2.481, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.410 std_dev=1.071
N7 B 0, 0.034, 1.132, 2.230, 5.034 max_d=5.034 avg_d=1.132 std_dev=1.098
C2 B 0, -0.017, 1.086, 2.189, 4.491 max_d=4.491 avg_d=1.086 std_dev=1.103
N3 A 0, -0.155, 0.962, 2.079, 4.257 max_d=4.257 avg_d=0.962 std_dev=1.117
C2' B 0, 0.258, 1.403, 2.549, 4.757 max_d=4.757 avg_d=1.403 std_dev=1.146
N1 B 0, -0.137, 1.010, 2.156, 4.078 max_d=4.078 avg_d=1.010 std_dev=1.147
C4' B 0, 0.560, 1.846, 3.132, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.846 std_dev=1.286
O6 B 0, 0.154, 1.488, 2.822, 5.571 max_d=5.571 avg_d=1.488 std_dev=1.334
C4 A 0, -0.192, 1.195, 2.581, 5.733 max_d=5.733 avg_d=1.195 std_dev=1.387
C2' A 0, -0.198, 1.205, 2.607, 5.653 max_d=5.653 avg_d=1.205 std_dev=1.403
N2 B 0, 0.107, 1.649, 3.191, 6.888 max_d=6.888 avg_d=1.649 std_dev=1.542
C4' A 0, -0.392, 1.157, 2.706, 7.498 max_d=7.498 avg_d=1.157 std_dev=1.549
C3' A 0, -0.400, 1.278, 2.956, 7.497 max_d=7.497 avg_d=1.278 std_dev=1.678
O2' B 0, 0.671, 2.378, 4.084, 6.343 max_d=6.343 avg_d=2.378 std_dev=1.706
C5' A 0, -0.482, 1.291, 3.064, 9.386 max_d=9.386 avg_d=1.291 std_dev=1.773
O5' A 0, -0.570, 1.349, 3.268, 9.821 max_d=9.821 avg_d=1.349 std_dev=1.919
O4 A 0, -0.206, 1.729, 3.663, 7.883 max_d=7.883 avg_d=1.729 std_dev=1.935
O2' A 0, -0.272, 1.704, 3.680, 7.721 max_d=7.721 avg_d=1.704 std_dev=1.976
C5' B 0, 0.932, 2.981, 5.030, 6.853 max_d=6.853 avg_d=2.981 std_dev=2.049
O5' B 0, 1.180, 3.315, 5.451, 8.597 max_d=8.597 avg_d=3.315 std_dev=2.135
O3' A 0, -0.504, 1.750, 4.003, 9.986 max_d=9.986 avg_d=1.750 std_dev=2.253
P A 0, -0.749, 1.518, 3.786, 11.689 max_d=11.689 avg_d=1.518 std_dev=2.267
OP2 B 0, 3.237, 5.585, 7.933, 10.697 max_d=10.697 avg_d=5.585 std_dev=2.348
P B 0, 2.236, 4.724, 7.212, 11.067 max_d=11.067 avg_d=4.724 std_dev=2.488
OP2 A 0, -0.721, 1.777, 4.274, 12.530 max_d=12.530 avg_d=1.777 std_dev=2.497
OP1 A 0, -0.532, 2.145, 4.822, 13.779 max_d=13.779 avg_d=2.145 std_dev=2.677
OP1 B 0, 1.872, 5.220, 8.568, 12.102 max_d=12.102 avg_d=5.220 std_dev=3.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.22 0.03 0.01 0.21 0.32 0.32 0.26
C2 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02 0.17 0.34 0.42 0.57 0.40
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.15 0.03 0.11 0.26 0.01 0.03 0.08 0.02 0.31 0.37 0.42 0.33
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.29 0.01 0.33 0.02 0.30 0.17 0.25 0.29 0.03 0.01 0.31 0.02 0.24 0.37 0.23 0.18
C4 0.02 0.01 0.07 0.29 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.19 0.01 0.04 0.49 0.66 0.87 0.64
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.25 0.07 0.13 0.33 0.23 0.03 0.14 0.01 0.02 0.19 0.22 0.11
C5 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.23 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.24 0.01 0.13 0.69 0.87 1.03 0.86
C5' 0.07 0.31 0.16 0.02 0.22 0.01 0.37 0.00 0.38 0.12 0.26 0.57 0.10 0.17 0.23 0.02 0.01 0.23 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.25 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.20 0.02 0.18 0.66 0.79 0.86 0.78
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.02 0.02 0.33 0.44 0.50 0.41
N3 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.01 0.12 0.37 0.48 0.69 0.46
O2 0.05 0.01 0.26 0.29 0.02 0.33 0.02 0.57 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.26 0.03 0.30 0.58 0.61 0.75 0.62
O2' 0.02 0.18 0.01 0.03 0.27 0.23 0.31 0.10 0.27 0.16 0.22 0.25 0.00 0.07 0.29 0.16 0.23 0.34 0.46 0.28
O3' 0.22 0.13 0.03 0.01 0.19 0.03 0.24 0.17 0.20 0.10 0.13 0.26 0.07 0.00 0.22 0.16 0.30 0.62 0.34 0.33
O4 0.03 0.02 0.08 0.31 0.01 0.14 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.03 0.29 0.22 0.00 0.05 0.51 0.70 0.95 0.68
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.12 0.30 0.16 0.16 0.05 0.00 0.17 0.33 0.30 0.26
O5' 0.21 0.34 0.31 0.24 0.49 0.02 0.69 0.01 0.66 0.33 0.37 0.58 0.23 0.30 0.51 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.42 0.37 0.37 0.66 0.19 0.87 0.23 0.79 0.44 0.48 0.61 0.34 0.62 0.70 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.57 0.42 0.23 0.87 0.22 1.03 0.26 0.86 0.50 0.69 0.75 0.46 0.34 0.95 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.40 0.33 0.18 0.64 0.11 0.86 0.02 0.78 0.41 0.46 0.62 0.28 0.33 0.68 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.60 1.72 0.95 0.54 1.26 0.80 1.41 1.16 1.64 1.06 1.76 1.92 1.45 1.31 0.93 1.40 0.66 0.66 1.25 1.73 2.24 1.72 1.87
C2 0.62 2.15 0.80 0.54 1.56 0.87 1.82 1.13 2.20 1.24 2.33 2.36 1.74 1.62 1.10 1.08 0.80 0.80 1.11 2.35 1.92 1.56 1.67
C2' 0.76 1.72 1.04 0.60 1.31 0.75 1.48 1.09 1.70 1.22 1.79 1.92 1.45 1.43 1.05 1.37 0.58 0.73 1.22 1.80 2.09 1.66 1.74
C3' 0.52 1.46 0.79 0.37 1.05 0.53 1.19 0.91 1.39 0.94 1.49 1.66 1.23 1.15 0.79 1.08 0.46 0.50 1.09 1.49 1.91 1.54 1.55
C4 0.85 2.45 0.67 0.58 1.81 0.90 2.07 1.03 2.45 1.41 2.57 2.73 2.06 1.84 1.30 0.84 0.93 1.00 0.97 2.60 1.48 1.39 1.36
C4' 0.45 1.30 0.75 0.49 0.91 0.63 1.00 1.03 1.17 0.81 1.28 1.51 1.12 0.97 0.66 1.20 0.65 0.49 1.23 1.24 2.18 1.71 1.76
C5 0.83 2.07 0.68 0.59 1.59 0.89 1.74 0.97 2.00 1.22 2.11 2.26 1.83 1.55 1.17 0.88 0.95 0.98 0.90 2.07 1.37 1.25 1.26
C5' 0.64 0.96 0.82 0.91 0.75 0.89 0.83 1.15 0.90 0.84 0.94 1.13 0.86 0.91 0.68 1.07 1.08 0.73 1.34 0.97 1.99 1.74 1.69
C6 0.62 1.69 0.75 0.56 1.30 0.84 1.43 0.97 1.64 1.00 1.74 1.84 1.48 1.27 0.94 1.04 0.88 0.80 0.93 1.70 1.56 1.25 1.37
N1 0.57 1.84 0.83 0.54 1.36 0.83 1.54 1.08 1.82 1.08 1.93 2.01 1.53 1.38 0.97 1.17 0.79 0.73 1.08 1.91 1.90 1.48 1.62
N3 0.72 2.37 0.71 0.55 1.72 0.89 2.03 1.09 2.46 1.36 2.58 2.62 1.92 1.80 1.21 0.91 0.87 0.90 1.03 2.64 1.70 1.47 1.52
O2 0.62 2.22 0.85 0.54 1.57 0.88 1.86 1.20 2.28 1.28 2.42 2.47 1.75 1.68 1.11 1.16 0.75 0.78 1.21 2.47 2.13 1.71 1.83
O2' 1.03 1.98 1.30 0.82 1.59 0.91 1.77 1.28 1.98 1.54 2.06 2.18 1.70 1.76 1.34 1.64 0.69 0.93 1.48 2.10 2.47 2.03 2.08
O3' 0.68 1.65 0.88 0.37 1.21 0.49 1.35 0.86 1.57 1.07 1.68 1.88 1.41 1.29 0.94 1.14 0.35 0.57 1.09 1.68 1.90 1.61 1.55
O4 0.98 2.82 0.67 0.59 2.03 0.92 2.32 1.05 2.77 1.58 2.93 3.22 2.35 2.08 1.46 0.82 0.94 1.09 1.01 2.97 1.44 1.50 1.36
O4' 0.57 1.45 0.88 0.59 1.07 0.81 1.14 1.20 1.31 0.89 1.43 1.64 1.27 1.06 0.80 1.39 0.73 0.63 1.33 1.37 2.32 1.78 1.93
O5' 0.89 0.92 1.07 1.22 0.90 1.09 0.98 1.25 0.98 1.06 0.93 0.99 0.89 1.09 0.92 1.01 1.39 0.94 1.40 1.03 1.71 1.66 1.54
OP1 1.24 0.56 1.35 1.75 0.94 1.57 1.06 1.77 0.90 1.42 0.65 0.48 0.69 1.35 1.18 1.24 1.84 1.34 1.95 0.99 2.18 2.32 2.09
OP2 1.37 1.19 1.42 1.67 1.37 1.44 1.47 1.66 1.42 1.59 1.27 1.10 1.24 1.62 1.43 1.36 1.73 1.32 1.89 1.49 1.99 2.19 1.94
P 1.20 0.73 1.28 1.65 0.99 1.45 1.07 1.60 0.96 1.32 0.78 0.66 0.83 1.28 1.15 1.10 1.83 1.25 1.74 1.02 1.90 1.97 1.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.39 0.01 0.32 0.03 0.28 0.47 0.22
C2 0.05 0.00 0.45 0.29 0.01 0.27 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.45 0.39 0.47 0.02 0.52 0.82 0.54
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.14 0.23 0.22 0.20 0.36 0.53 0.43 0.10 0.04 0.01 0.04 0.03 0.38 0.18 0.45 0.72 0.42
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.28 0.01 0.38 0.03 0.39 0.40 0.34 0.29 0.25 0.44 0.25 0.02 0.01 0.02 0.36 0.44 0.36 0.59 0.27
C4 0.03 0.01 0.24 0.28 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.26 0.20 0.55 0.02 0.45 0.87 0.52
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.11 0.33 0.17 0.38 0.27 0.29 0.11 0.33 0.03 0.01 0.02 0.14 0.35 0.30 0.25
C5 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.09 0.78 0.02 0.78 1.29 0.86
C5' 0.08 0.39 0.23 0.03 0.20 0.01 0.24 0.00 0.25 0.44 0.30 0.52 0.37 0.42 0.17 0.11 0.23 0.02 0.01 0.29 0.29 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.39 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.19 0.17 0.74 0.01 0.76 1.31 0.84
C8 0.02 0.02 0.20 0.40 0.01 0.33 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.54 0.17 0.23 1.04 0.03 1.05 1.48 1.15
N1 0.04 0.01 0.36 0.34 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.32 0.30 0.57 0.01 0.55 1.03 0.61
N2 0.07 0.01 0.53 0.29 0.02 0.38 0.01 0.52 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.50 0.57 0.47 0.50 0.03 0.73 0.87 0.70
N3 0.05 0.01 0.43 0.25 0.00 0.27 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.34 0.47 0.38 0.42 0.02 0.47 0.70 0.46
N7 0.02 0.01 0.10 0.44 0.01 0.29 0.00 0.42 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.51 0.18 0.13 1.06 0.03 1.17 1.70 1.26
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.17 0.02 0.62 0.02 0.51 0.87 0.57
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.17 0.33 0.31 0.11 0.27 0.54 0.24 0.50 0.34 0.51 0.24 0.00 0.06 0.23 0.40 0.34 0.42 0.86 0.43
O3' 0.39 0.45 0.04 0.01 0.26 0.03 0.14 0.23 0.19 0.17 0.32 0.57 0.47 0.18 0.17 0.06 0.00 0.26 0.38 0.18 0.45 0.51 0.27
O4' 0.01 0.39 0.03 0.02 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.23 0.30 0.47 0.38 0.13 0.02 0.23 0.26 0.00 0.27 0.12 0.29 0.37 0.26
O5' 0.32 0.47 0.38 0.36 0.55 0.02 0.78 0.01 0.74 1.04 0.57 0.50 0.42 1.06 0.62 0.40 0.38 0.27 0.00 0.86 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.44 0.02 0.14 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.34 0.18 0.12 0.86 0.00 0.97 1.56 1.04
OP1 0.28 0.52 0.45 0.36 0.45 0.35 0.78 0.29 0.76 1.05 0.55 0.73 0.47 1.17 0.51 0.42 0.45 0.29 0.02 0.97 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.82 0.72 0.59 0.87 0.30 1.29 0.28 1.31 1.48 1.03 0.87 0.70 1.70 0.87 0.86 0.51 0.37 0.03 1.56 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.54 0.42 0.27 0.52 0.25 0.86 0.02 0.84 1.15 0.61 0.70 0.46 1.26 0.57 0.43 0.27 0.26 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00