ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 41402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 216, 136, 43, 38, 22, 11, 5, 5, 4, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.050, 0.128, 0.207, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.128 std_dev=0.078
N1 A 0, 0.050, 0.166, 0.282, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.166 std_dev=0.116
C6 A 0, 0.073, 0.221, 0.368, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.221 std_dev=0.147
C2 B 0, 0.080, 0.230, 0.380, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.230 std_dev=0.150
C6 B 0, 0.048, 0.231, 0.413, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.231 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.027, 0.214, 0.401, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.214 std_dev=0.187
C2 A 0, 0.045, 0.250, 0.455, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.250 std_dev=0.205
N3 A 0, 0.045, 0.270, 0.496, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.270 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.073, 0.306, 0.539, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.306 std_dev=0.233
C4 A 0, 0.049, 0.282, 0.516, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.282 std_dev=0.233
C5 A 0, 0.069, 0.303, 0.537, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.303 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.010, 0.270, 0.531, 2.969 max_d=2.969 avg_d=0.270 std_dev=0.260
C1' A 0, 0.037, 0.299, 0.560, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.299 std_dev=0.262
O2 B 0, 0.085, 0.364, 0.643, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.364 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.030, 0.312, 0.595, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.312 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.025, 0.317, 0.609, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.317 std_dev=0.292
O4' A 0, 0.040, 0.335, 0.629, 3.444 max_d=3.444 avg_d=0.335 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.016, 0.326, 0.635, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.326 std_dev=0.309
C3' B 0, -0.018, 0.313, 0.644, 4.905 max_d=4.905 avg_d=0.313 std_dev=0.331
C2' A 0, 0.055, 0.405, 0.754, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.405 std_dev=0.350
O2 A 0, 0.062, 0.419, 0.777, 3.599 max_d=3.599 avg_d=0.419 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.015, 0.372, 0.729, 4.038 max_d=4.038 avg_d=0.372 std_dev=0.357
N4 A 0, 0.067, 0.433, 0.800, 3.262 max_d=3.262 avg_d=0.433 std_dev=0.367
C4' A 0, 0.035, 0.418, 0.801, 3.813 max_d=3.813 avg_d=0.418 std_dev=0.383
O2' B 0, 0.037, 0.432, 0.827, 3.995 max_d=3.995 avg_d=0.432 std_dev=0.395
C3' A 0, 0.034, 0.442, 0.850, 3.578 max_d=3.578 avg_d=0.442 std_dev=0.408
N4 B 0, 0.026, 0.465, 0.904, 3.207 max_d=3.207 avg_d=0.465 std_dev=0.439
C5' A 0, 0.047, 0.486, 0.925, 4.863 max_d=4.863 avg_d=0.486 std_dev=0.439
O3' B 0, -0.049, 0.423, 0.895, 7.136 max_d=7.136 avg_d=0.423 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.094, 0.598, 1.103, 4.437 max_d=4.437 avg_d=0.598 std_dev=0.504
O5' A 0, 0.010, 0.519, 1.028, 4.581 max_d=4.581 avg_d=0.519 std_dev=0.509
O2' A 0, 0.055, 0.605, 1.156, 3.827 max_d=3.827 avg_d=0.605 std_dev=0.551
O5' B 0, 0.133, 0.705, 1.278, 4.707 max_d=4.707 avg_d=0.705 std_dev=0.572
P A 0, -0.048, 0.530, 1.108, 6.454 max_d=6.454 avg_d=0.530 std_dev=0.578
OP2 A 0, -0.003, 0.600, 1.204, 6.564 max_d=6.564 avg_d=0.600 std_dev=0.603
O3' A 0, 0.041, 0.673, 1.304, 5.230 max_d=5.230 avg_d=0.673 std_dev=0.632
OP1 A 0, -0.063, 0.665, 1.393, 7.920 max_d=7.920 avg_d=0.665 std_dev=0.728
P B 0, 0.147, 0.908, 1.668, 6.692 max_d=6.692 avg_d=0.908 std_dev=0.761
OP1 B 0, 0.157, 1.074, 1.992, 8.082 max_d=8.082 avg_d=1.074 std_dev=0.918
OP2 B 0, 0.098, 1.061, 2.024, 7.636 max_d=7.636 avg_d=1.061 std_dev=0.963

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.13 0.16 0.22 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.26 0.25 0.29 0.23
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.09 0.03 0.08 0.07 0.16 0.01 0.03 0.01 0.20 0.26 0.23 0.19
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.15 0.09 0.14 0.16 0.15 0.02 0.01 0.01 0.23 0.29 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.04 0.38 0.37 0.41 0.36
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.03 0.00 0.02 0.13 0.20 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.05 0.40 0.38 0.40 0.37
C5' 0.03 0.10 0.06 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.18 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.14 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.06 0.35 0.30 0.30 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.25 0.23 0.26 0.21
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.32 0.31 0.36 0.30
N4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.17 0.04 0.40 0.42 0.46 0.40
O2 0.04 0.01 0.16 0.15 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.07 0.21 0.22 0.27 0.19
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.06 0.10 0.12 0.15 0.00 0.06 0.07 0.10 0.22 0.23 0.13
O3' 0.08 0.12 0.03 0.01 0.14 0.03 0.17 0.07 0.15 0.07 0.13 0.17 0.19 0.06 0.00 0.06 0.22 0.36 0.21 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.00 0.11 0.13 0.27 0.14
O5' 0.13 0.26 0.20 0.23 0.38 0.02 0.40 0.01 0.35 0.25 0.32 0.40 0.21 0.10 0.22 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.25 0.26 0.29 0.37 0.13 0.38 0.14 0.30 0.23 0.31 0.42 0.22 0.22 0.36 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.29 0.23 0.16 0.41 0.20 0.40 0.25 0.30 0.26 0.36 0.46 0.27 0.23 0.21 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.19 0.19 0.36 0.05 0.37 0.02 0.29 0.21 0.30 0.40 0.19 0.13 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.40 0.29 0.30 0.59 0.28 0.56 0.32 0.46 0.36 0.52 0.67 0.38 0.41 0.33 0.28 0.49 0.58 0.64 0.53
C2 0.30 0.30 0.30 0.31 0.54 0.32 0.59 0.43 0.47 0.33 0.39 0.65 0.36 0.42 0.30 0.33 0.61 0.76 0.81 0.70
C2' 0.26 0.37 0.27 0.28 0.53 0.25 0.49 0.30 0.39 0.31 0.48 0.62 0.38 0.40 0.34 0.24 0.48 0.61 0.65 0.53
C3' 0.25 0.31 0.31 0.35 0.42 0.31 0.38 0.34 0.31 0.25 0.39 0.50 0.35 0.42 0.45 0.25 0.46 0.60 0.59 0.49
C4 0.34 0.36 0.39 0.40 0.22 0.43 0.37 0.56 0.37 0.30 0.32 0.28 0.50 0.46 0.39 0.38 0.71 0.90 0.93 0.82
C4' 0.30 0.37 0.35 0.37 0.47 0.33 0.43 0.32 0.35 0.31 0.45 0.54 0.40 0.45 0.46 0.28 0.42 0.52 0.51 0.42
C5 0.35 0.37 0.42 0.43 0.23 0.43 0.26 0.54 0.28 0.29 0.35 0.32 0.49 0.47 0.43 0.37 0.67 0.81 0.83 0.74
C5' 0.36 0.34 0.43 0.47 0.37 0.44 0.35 0.41 0.31 0.30 0.37 0.43 0.40 0.54 0.59 0.37 0.44 0.56 0.49 0.43
C6 0.28 0.26 0.36 0.38 0.31 0.35 0.34 0.43 0.29 0.22 0.27 0.39 0.39 0.45 0.41 0.29 0.57 0.68 0.70 0.61
N1 0.24 0.26 0.28 0.31 0.47 0.28 0.50 0.37 0.40 0.26 0.36 0.56 0.32 0.41 0.32 0.26 0.55 0.66 0.70 0.60
N3 0.33 0.31 0.35 0.36 0.42 0.38 0.54 0.51 0.45 0.32 0.30 0.50 0.44 0.44 0.34 0.37 0.68 0.86 0.91 0.79
N4 0.42 0.48 0.44 0.46 0.34 0.51 0.39 0.66 0.42 0.39 0.49 0.36 0.58 0.49 0.45 0.46 0.78 1.03 1.05 0.93
O2 0.37 0.42 0.34 0.33 0.69 0.35 0.69 0.44 0.56 0.43 0.54 0.82 0.41 0.45 0.30 0.39 0.62 0.76 0.83 0.71
O2' 0.35 0.49 0.33 0.30 0.64 0.28 0.59 0.31 0.48 0.42 0.61 0.75 0.50 0.44 0.33 0.32 0.49 0.60 0.68 0.54
O3' 0.26 0.33 0.32 0.36 0.42 0.33 0.37 0.35 0.30 0.26 0.41 0.51 0.38 0.42 0.48 0.25 0.46 0.63 0.60 0.50
O4' 0.31 0.40 0.35 0.37 0.54 0.33 0.51 0.33 0.43 0.36 0.49 0.60 0.40 0.45 0.42 0.30 0.46 0.52 0.55 0.47
O5' 0.38 0.28 0.47 0.53 0.27 0.49 0.29 0.48 0.31 0.30 0.27 0.30 0.34 0.51 0.64 0.40 0.54 0.65 0.53 0.53
OP1 0.40 0.24 0.48 0.63 0.25 0.63 0.31 0.67 0.34 0.29 0.22 0.30 0.30 0.52 0.81 0.49 0.65 0.85 0.66 0.67
OP2 0.39 0.30 0.44 0.57 0.34 0.57 0.40 0.66 0.42 0.35 0.30 0.36 0.31 0.43 0.65 0.46 0.71 0.88 0.71 0.73
P 0.41 0.23 0.48 0.63 0.21 0.62 0.30 0.64 0.35 0.31 0.19 0.24 0.28 0.49 0.78 0.49 0.65 0.79 0.60 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.14 0.20 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.27 0.33 0.41 0.27
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.07 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.18 0.25 0.22 0.16
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.14 0.07 0.11 0.13 0.15 0.02 0.01 0.01 0.22 0.29 0.19 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.38 0.48 0.63 0.43
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.09 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.15 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.05 0.40 0.49 0.64 0.45
C5' 0.03 0.10 0.04 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.13 0.18 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.16 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.06 0.35 0.39 0.49 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.26 0.30 0.37 0.25
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.32 0.40 0.53 0.36
N4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.15 0.04 0.40 0.54 0.71 0.48
O2 0.04 0.01 0.16 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.07 0.22 0.28 0.34 0.22
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.09 0.08 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.10 0.16 0.00 0.05 0.06 0.09 0.23 0.23 0.12
O3' 0.06 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.06 0.15 0.06 0.12 0.15 0.19 0.05 0.00 0.04 0.22 0.39 0.30 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.00 0.12 0.19 0.27 0.17
O5' 0.14 0.27 0.18 0.22 0.38 0.02 0.40 0.01 0.35 0.26 0.32 0.40 0.22 0.09 0.22 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.33 0.25 0.29 0.48 0.15 0.49 0.16 0.39 0.30 0.40 0.54 0.28 0.23 0.39 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.41 0.22 0.19 0.63 0.21 0.64 0.25 0.49 0.37 0.53 0.71 0.34 0.23 0.30 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.16 0.18 0.43 0.05 0.45 0.02 0.35 0.25 0.36 0.48 0.22 0.12 0.24 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00