ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 41821

back

Distances from reference structure (by RMSD)

15, 22, 54, 20, 32, 52, 56, 21, 12, 6, 1, 4, 20, 109, 37, 24, 1, 2, 12, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.165, 0.326, 0.488, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.326 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.115, 0.353, 0.592, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.353 std_dev=0.238
C6 A 0, 0.228, 0.494, 0.760, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.494 std_dev=0.266
C4 A 0, 0.090, 0.406, 0.722, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.406 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.271, 0.589, 0.908, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.589 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.264, 0.611, 0.959, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.611 std_dev=0.348
N7 A 0, 0.374, 0.758, 1.142, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.758 std_dev=0.384
N1 A 0, 0.311, 0.730, 1.148, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.730 std_dev=0.418
C8 B 0, 0.539, 0.980, 1.420, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.980 std_dev=0.440
N3 A 0, 0.252, 0.724, 1.195, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.724 std_dev=0.471
O6 A 0, 0.337, 0.811, 1.286, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.811 std_dev=0.474
C2 A 0, 0.390, 0.866, 1.341, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.866 std_dev=0.475
C6 B 0, 0.474, 0.956, 1.438, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.956 std_dev=0.482
N3 B 0, 0.347, 0.845, 1.343, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.845 std_dev=0.498
C8 A 0, 0.425, 0.924, 1.422, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.924 std_dev=0.499
N9 A 0, 0.218, 0.735, 1.252, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.735 std_dev=0.517
N7 B 0, 0.480, 1.010, 1.541, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.010 std_dev=0.531
C2 B 0, 0.444, 1.088, 1.731, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.088 std_dev=0.644
N1 B 0, 0.383, 1.074, 1.766, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.074 std_dev=0.691
C1' B 0, 0.300, 1.023, 1.745, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.023 std_dev=0.722
N2 A 0, 0.629, 1.358, 2.086, 3.369 max_d=3.369 avg_d=1.358 std_dev=0.728
N6 B 0, 0.726, 1.456, 2.186, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.456 std_dev=0.730
C1' A 0, 0.201, 1.068, 1.936, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.068 std_dev=0.867
C2' B 0, 0.520, 1.427, 2.334, 3.462 max_d=3.462 avg_d=1.427 std_dev=0.907
C2' A 0, 0.206, 1.202, 2.199, 3.895 max_d=3.895 avg_d=1.202 std_dev=0.997
O4' A 0, 0.513, 1.519, 2.525, 4.228 max_d=4.228 avg_d=1.519 std_dev=1.006
O4' B 0, 0.419, 1.452, 2.484, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.452 std_dev=1.032
C3' B 0, 0.688, 1.755, 2.823, 4.159 max_d=4.159 avg_d=1.755 std_dev=1.068
C3' A 0, 0.492, 1.566, 2.641, 4.465 max_d=4.465 avg_d=1.566 std_dev=1.074
OP2 A 0, 1.379, 2.567, 3.755, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.567 std_dev=1.188
O5' A 0, 0.899, 2.089, 3.280, 5.437 max_d=5.437 avg_d=2.089 std_dev=1.190
C4' B 0, 0.645, 1.895, 3.145, 4.840 max_d=4.840 avg_d=1.895 std_dev=1.250
C4' A 0, 0.595, 1.849, 3.103, 5.207 max_d=5.207 avg_d=1.849 std_dev=1.254
O2' B 0, 0.711, 1.984, 3.257, 4.720 max_d=4.720 avg_d=1.984 std_dev=1.273
P A 0, 1.294, 2.603, 3.912, 5.984 max_d=5.984 avg_d=2.603 std_dev=1.309
O3' A 0, 0.601, 1.910, 3.220, 5.459 max_d=5.459 avg_d=1.910 std_dev=1.310
O2' A 0, 0.159, 1.481, 2.803, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.481 std_dev=1.322
C5' A 0, 0.984, 2.347, 3.709, 5.943 max_d=5.943 avg_d=2.347 std_dev=1.362
O3' B 0, 0.844, 2.253, 3.662, 5.702 max_d=5.702 avg_d=2.253 std_dev=1.409
O5' B 0, 1.043, 2.524, 4.005, 7.538 max_d=7.538 avg_d=2.524 std_dev=1.481
C5' B 0, 0.900, 2.392, 3.884, 6.214 max_d=6.214 avg_d=2.392 std_dev=1.492
OP1 A 0, 1.382, 2.972, 4.562, 7.858 max_d=7.858 avg_d=2.972 std_dev=1.590
P B 0, 1.377, 3.362, 5.347, 8.674 max_d=8.674 avg_d=3.362 std_dev=1.985
OP1 B 0, 2.274, 4.368, 6.463, 10.518 max_d=10.518 avg_d=4.368 std_dev=2.095
OP2 B 0, 1.748, 3.880, 6.012, 9.545 max_d=9.545 avg_d=3.880 std_dev=2.132

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.23 0.03 0.31 0.31 0.23
C2 0.04 0.00 0.23 0.26 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.32 0.10 0.43 0.02 0.54 0.69 0.48
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.08 0.13 0.10 0.19 0.28 0.23 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.31 0.11 0.38 0.28 0.32
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.18 0.01 0.20 0.03 0.23 0.19 0.26 0.30 0.23 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.33 0.24 0.42 0.18 0.28
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.06 0.46 0.02 0.55 0.67 0.48
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.10 0.12 0.09 0.13 0.06 0.13 0.03 0.00 0.02 0.12 0.16 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.18 0.04 0.57 0.01 0.70 0.87 0.63
C5' 0.05 0.16 0.08 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.19 0.16 0.14 0.24 0.13 0.07 0.09 0.02 0.01 0.24 0.26 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.24 0.06 0.59 0.01 0.74 0.95 0.67
C8 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.06 0.59 0.02 0.67 0.76 0.60
N1 0.03 0.01 0.19 0.26 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.29 0.09 0.52 0.02 0.65 0.84 0.59
N2 0.05 0.01 0.28 0.30 0.02 0.12 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.39 0.12 0.38 0.03 0.50 0.64 0.43
N3 0.04 0.01 0.23 0.23 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.28 0.10 0.38 0.02 0.47 0.58 0.41
N7 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.19 0.04 0.65 0.02 0.78 0.95 0.71
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.43 0.02 0.50 0.56 0.43
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.13 0.13 0.07 0.16 0.13 0.19 0.26 0.19 0.14 0.08 0.00 0.05 0.10 0.15 0.16 0.26 0.23 0.22
O3' 0.10 0.32 0.02 0.01 0.18 0.03 0.18 0.09 0.24 0.17 0.29 0.39 0.28 0.19 0.08 0.05 0.00 0.07 0.29 0.25 0.51 0.23 0.28
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.12 0.10 0.04 0.02 0.10 0.07 0.00 0.17 0.05 0.23 0.30 0.16
O5' 0.23 0.43 0.31 0.33 0.46 0.02 0.57 0.01 0.59 0.59 0.52 0.38 0.38 0.65 0.43 0.15 0.29 0.17 0.00 0.64 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.24 0.02 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.16 0.25 0.05 0.64 0.00 0.83 1.07 0.75
OP1 0.31 0.54 0.38 0.42 0.55 0.16 0.70 0.26 0.74 0.67 0.65 0.50 0.47 0.78 0.50 0.26 0.51 0.23 0.02 0.83 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.69 0.28 0.18 0.67 0.25 0.87 0.37 0.95 0.76 0.84 0.64 0.58 0.95 0.56 0.23 0.23 0.30 0.02 1.07 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.48 0.32 0.28 0.48 0.05 0.63 0.02 0.67 0.60 0.59 0.43 0.41 0.71 0.43 0.22 0.28 0.16 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.88 0.89 0.97 1.16 1.03 1.30 1.10 1.67 0.74 1.93 1.45 1.73 1.02 0.73 1.21 1.29 0.75 0.92 1.42 1.04 1.13
C2 1.46 0.45 1.73 1.71 0.48 1.80 0.44 1.72 0.87 0.68 1.01 0.46 1.21 0.46 0.89 2.10 1.84 1.62 1.43 1.58 1.27 1.38
C2' 0.57 2.02 0.70 0.78 1.36 0.94 1.46 1.06 1.79 0.86 2.04 1.68 1.83 1.16 0.89 1.08 1.15 0.72 0.90 1.51 1.01 1.15
C3' 0.81 2.00 0.82 0.69 1.48 0.82 1.56 0.99 1.83 1.07 2.03 1.72 1.88 1.31 1.10 1.15 1.01 0.83 0.89 1.52 1.06 1.17
C4 0.86 1.14 1.27 1.32 0.41 1.41 0.73 1.40 1.21 0.35 1.44 0.52 1.42 0.53 0.36 1.72 1.57 1.14 1.12 1.47 1.07 1.20
C4' 0.97 2.07 1.06 0.87 1.57 0.83 1.61 0.94 1.87 1.16 2.07 1.81 1.90 1.37 1.22 1.23 1.08 0.87 0.90 1.44 1.11 1.14
C5 0.91 0.84 1.28 1.32 0.27 1.41 0.58 1.41 1.04 0.36 1.20 0.29 1.30 0.46 0.41 1.71 1.56 1.18 1.14 1.49 1.08 1.23
C5' 1.02 2.01 1.14 0.96 1.55 0.85 1.61 0.94 1.86 1.20 2.04 1.76 1.90 1.40 1.24 1.32 1.16 0.93 0.93 1.44 1.15 1.15
C6 1.20 0.42 1.49 1.49 0.36 1.60 0.43 1.57 0.80 0.55 0.88 0.32 1.14 0.44 0.69 1.89 1.68 1.42 1.30 1.56 1.19 1.33
C8 0.51 1.37 0.97 1.03 0.72 1.08 0.95 1.15 1.35 0.46 1.56 0.89 1.51 0.73 0.40 1.37 1.35 0.81 0.93 1.43 1.00 1.13
N1 1.45 0.28 1.69 1.67 0.58 1.77 0.44 1.72 0.73 0.73 0.77 0.60 1.10 0.51 0.93 2.05 1.81 1.62 1.44 1.61 1.29 1.41
N2 1.78 0.34 1.97 1.91 0.86 1.98 0.53 1.89 0.74 0.96 0.80 0.97 1.14 0.63 1.24 2.23 1.97 1.87 1.60 1.65 1.42 1.50
N3 1.14 1.05 1.51 1.53 0.31 1.62 0.64 1.56 1.17 0.43 1.43 0.34 1.41 0.47 0.54 1.96 1.72 1.37 1.25 1.50 1.14 1.27
N7 0.66 1.04 1.10 1.14 0.44 1.22 0.72 1.26 1.15 0.33 1.32 0.53 1.37 0.56 0.29 1.52 1.44 0.96 1.02 1.46 1.02 1.17
N9 0.56 1.50 1.01 1.09 0.78 1.16 1.00 1.20 1.43 0.48 1.67 0.98 1.57 0.76 0.42 1.43 1.40 0.86 0.97 1.43 1.01 1.14
O2' 0.84 2.21 0.74 0.76 1.66 0.88 1.65 1.00 1.92 1.07 2.15 2.02 1.89 1.32 1.19 0.94 1.17 0.74 0.89 1.50 1.05 1.15
O3' 1.15 2.07 0.99 0.77 1.69 0.92 1.74 1.09 1.94 1.36 2.09 1.88 1.97 1.55 1.39 1.31 0.99 1.11 1.03 1.63 1.22 1.29
O4' 0.73 1.95 0.97 0.95 1.36 0.92 1.46 1.02 1.77 0.98 1.99 1.61 1.82 1.22 0.99 1.12 1.21 0.76 0.93 1.42 1.13 1.15
O5' 0.87 1.89 0.98 0.87 1.38 0.87 1.46 1.00 1.73 1.05 1.94 1.60 1.79 1.25 1.08 1.17 1.12 0.88 0.96 1.57 1.21 1.26
O6 1.24 0.32 1.50 1.50 0.46 1.61 0.43 1.60 0.71 0.63 0.73 0.46 1.06 0.49 0.77 1.88 1.68 1.46 1.34 1.58 1.22 1.37
OP1 1.03 1.85 1.12 1.04 1.42 1.01 1.48 1.13 1.71 1.14 1.89 1.61 1.76 1.30 1.18 1.30 1.27 1.05 1.13 1.77 1.45 1.45
OP2 0.78 1.81 0.91 0.84 1.29 0.88 1.41 1.05 1.72 0.99 1.92 1.48 1.82 1.21 0.99 1.16 1.12 0.88 0.98 1.63 1.24 1.30
P 0.88 1.84 1.02 0.93 1.36 0.90 1.45 1.03 1.72 1.06 1.91 1.55 1.79 1.25 1.07 1.20 1.17 0.90 1.02 1.66 1.31 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.25 0.62 0.41 0.29
C2 0.04 0.00 0.35 0.29 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.40 0.29 0.47 0.91 0.85 0.52
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.15 0.19 0.15 0.29 0.35 0.15 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.45 0.70 0.55 0.51
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.24 0.01 0.30 0.03 0.32 0.31 0.31 0.25 0.35 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.32 0.51 0.38 0.29
C4 0.02 0.01 0.19 0.24 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.22 0.15 0.44 0.91 0.81 0.51
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.22 0.14 0.17 0.14 0.20 0.09 0.24 0.03 0.01 0.02 0.38 0.25 0.18
C5 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.17 0.08 0.54 1.11 1.06 0.69
C5' 0.07 0.28 0.15 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.25 0.32 0.27 0.26 0.28 0.32 0.15 0.09 0.18 0.02 0.01 0.27 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.23 0.14 0.56 1.16 1.14 0.73
C8 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.22 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.19 0.16 0.56 1.07 0.95 0.69
N1 0.03 0.01 0.29 0.31 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.32 0.23 0.53 1.05 1.02 0.64
N3 0.04 0.01 0.35 0.25 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.39 0.28 0.42 0.82 0.72 0.44
N6 0.03 0.01 0.15 0.35 0.02 0.14 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.29 0.23 0.10 0.62 1.30 1.30 0.85
N7 0.01 0.01 0.08 0.34 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.20 0.09 0.61 1.24 1.17 0.82
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.40 0.83 0.69 0.45
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.21 0.24 0.25 0.09 0.26 0.33 0.29 0.32 0.29 0.32 0.17 0.00 0.06 0.17 0.27 0.71 0.49 0.47
O3' 0.26 0.40 0.03 0.01 0.22 0.03 0.17 0.18 0.23 0.19 0.32 0.39 0.23 0.20 0.11 0.06 0.00 0.18 0.30 0.71 0.41 0.36
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.23 0.28 0.10 0.09 0.01 0.17 0.18 0.00 0.16 0.54 0.38 0.26
O5' 0.25 0.47 0.45 0.32 0.44 0.02 0.54 0.01 0.56 0.56 0.53 0.42 0.62 0.61 0.40 0.27 0.30 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.91 0.70 0.51 0.91 0.38 1.11 0.27 1.16 1.07 1.05 0.82 1.30 1.24 0.83 0.71 0.71 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.85 0.55 0.38 0.81 0.25 1.06 0.38 1.14 0.95 1.02 0.72 1.30 1.17 0.69 0.49 0.41 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.52 0.51 0.29 0.51 0.18 0.69 0.02 0.73 0.69 0.64 0.44 0.85 0.82 0.45 0.47 0.36 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00