ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 41824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

55, 14, 6, 11, 7, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, -0.397, 1.003, 2.403, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.003 std_dev=1.400
N2 A 0, -0.494, 1.213, 2.919, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.213 std_dev=1.706
O2' B 0, -0.487, 1.308, 3.103, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.308 std_dev=1.795
N3 B 0, -0.653, 1.260, 3.174, 4.817 max_d=4.817 avg_d=1.260 std_dev=1.914
C1' B 0, -0.666, 1.319, 3.304, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.319 std_dev=1.985
C1' A 0, -0.683, 1.312, 3.306, 5.098 max_d=5.098 avg_d=1.312 std_dev=1.995
N3 A 0, -0.682, 1.323, 3.327, 5.032 max_d=5.032 avg_d=1.323 std_dev=2.004
C2 B 0, -0.732, 1.395, 3.522, 5.330 max_d=5.330 avg_d=1.395 std_dev=2.127
O2' A 0, -0.640, 1.495, 3.631, 5.756 max_d=5.756 avg_d=1.495 std_dev=2.136
C2' B 0, -0.688, 1.460, 3.608, 5.415 max_d=5.415 avg_d=1.460 std_dev=2.148
C4' A 0, -0.662, 1.547, 3.756, 5.409 max_d=5.409 avg_d=1.547 std_dev=2.209
O4' A 0, -0.711, 1.508, 3.727, 6.126 max_d=6.126 avg_d=1.508 std_dev=2.219
C2 A 0, -0.765, 1.486, 3.736, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.486 std_dev=2.251
O4' B 0, -0.751, 1.557, 3.864, 5.799 max_d=5.799 avg_d=1.557 std_dev=2.307
O3' A 0, -0.752, 1.605, 3.961, 6.164 max_d=6.164 avg_d=1.605 std_dev=2.357
C2' A 0, -0.783, 1.639, 4.061, 6.030 max_d=6.030 avg_d=1.639 std_dev=2.422
C3' A 0, -0.824, 1.751, 4.326, 6.401 max_d=6.401 avg_d=1.751 std_dev=2.575
C4' B 0, -0.835, 1.749, 4.332, 6.137 max_d=6.137 avg_d=1.749 std_dev=2.583
C4 A 0, -1.030, 1.767, 4.564, 6.814 max_d=6.814 avg_d=1.767 std_dev=2.797
N9 A 0, -1.018, 1.790, 4.597, 7.010 max_d=7.010 avg_d=1.790 std_dev=2.808
C4 B 0, -1.032, 1.786, 4.605, 6.843 max_d=6.843 avg_d=1.786 std_dev=2.818
N9 B 0, -1.015, 1.840, 4.696, 7.000 max_d=7.000 avg_d=1.840 std_dev=2.856
C3' B 0, -1.003, 2.025, 5.053, 7.227 max_d=7.227 avg_d=2.025 std_dev=3.028
C5' A 0, -0.900, 2.145, 5.190, 7.710 max_d=7.710 avg_d=2.145 std_dev=3.045
N1 B 0, -1.159, 2.019, 5.198, 7.705 max_d=7.705 avg_d=2.019 std_dev=3.179
N1 A 0, -1.148, 2.065, 5.277, 7.576 max_d=7.576 avg_d=2.065 std_dev=3.212
C5' B 0, -1.118, 2.361, 5.840, 8.297 max_d=8.297 avg_d=2.361 std_dev=3.479
O3' B 0, -1.171, 2.428, 6.026, 8.425 max_d=8.425 avg_d=2.428 std_dev=3.599
C5 A 0, -1.406, 2.425, 6.257, 9.175 max_d=9.175 avg_d=2.425 std_dev=3.831
C8 A 0, -1.372, 2.463, 6.298, 9.534 max_d=9.534 avg_d=2.463 std_dev=3.835
O5' A 0, -1.228, 2.673, 6.574, 9.846 max_d=9.846 avg_d=2.673 std_dev=3.901
C5 B 0, -1.421, 2.493, 6.407, 9.306 max_d=9.306 avg_d=2.493 std_dev=3.914
C8 B 0, -1.377, 2.576, 6.528, 9.534 max_d=9.534 avg_d=2.576 std_dev=3.953
C6 A 0, -1.488, 2.610, 6.708, 9.619 max_d=9.619 avg_d=2.610 std_dev=4.098
C6 B 0, -1.521, 2.638, 6.798, 9.898 max_d=9.898 avg_d=2.638 std_dev=4.159
O5' B 0, -1.372, 2.987, 7.345, 10.451 max_d=10.451 avg_d=2.987 std_dev=4.358
N7 A 0, -1.611, 2.875, 7.362, 10.909 max_d=10.909 avg_d=2.875 std_dev=4.486
N7 B 0, -1.625, 3.001, 7.627, 11.009 max_d=11.009 avg_d=3.001 std_dev=4.626
OP1 A 0, -1.194, 3.501, 8.197, 12.847 max_d=12.847 avg_d=3.501 std_dev=4.696
P A 0, -1.505, 3.351, 8.207, 12.452 max_d=12.452 avg_d=3.351 std_dev=4.856
O6 A 0, -1.786, 3.215, 8.215, 11.657 max_d=11.657 avg_d=3.215 std_dev=5.000
O6 B 0, -1.835, 3.256, 8.348, 12.045 max_d=12.045 avg_d=3.256 std_dev=5.092
OP2 A 0, -1.365, 4.005, 9.374, 14.779 max_d=14.779 avg_d=4.005 std_dev=5.369
P B 0, -1.808, 3.698, 9.203, 12.955 max_d=12.955 avg_d=3.698 std_dev=5.506
OP1 B 0, -1.855, 3.950, 9.755, 13.824 max_d=13.824 avg_d=3.950 std_dev=5.805
OP2 B 0, -2.032, 4.065, 10.162, 15.142 max_d=15.142 avg_d=4.065 std_dev=6.097

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.19 0.03 0.36 0.30 0.18
C2 0.05 0.00 0.32 0.30 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.15 0.14 0.02 0.48 0.46 0.20
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.16 0.01 0.07 0.22 0.13 0.18 0.23 0.39 0.31 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.51 0.10 0.90 0.58 0.62
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.36 0.27 0.34 0.30 0.26 0.33 0.21 0.02 0.01 0.02 0.14 0.39 0.61 0.20 0.27
C4 0.02 0.01 0.16 0.27 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.07 0.08 0.16 0.02 0.44 0.45 0.14
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.07 0.11 0.08 0.13 0.07 0.29 0.02 0.00 0.02 0.10 0.30 0.19 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.33 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.13 0.05 0.22 0.02 0.53 0.53 0.18
C5' 0.09 0.17 0.22 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.12 0.17 0.14 0.21 0.16 0.16 0.09 0.09 0.20 0.02 0.01 0.14 0.27 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.15 0.08 0.21 0.01 0.58 0.56 0.21
C8 0.02 0.02 0.18 0.27 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.15 0.09 0.29 0.03 0.47 0.51 0.18
N1 0.04 0.01 0.23 0.34 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.10 0.13 0.17 0.01 0.53 0.52 0.20
N2 0.07 0.01 0.39 0.30 0.02 0.11 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.22 0.19 0.18 0.15 0.03 0.48 0.45 0.24
N3 0.05 0.01 0.31 0.26 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.16 0.14 0.14 0.02 0.44 0.41 0.19
N7 0.01 0.01 0.11 0.33 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.20 0.05 0.29 0.03 0.59 0.58 0.23
N9 0.00 0.02 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.07 0.01 0.19 0.02 0.38 0.41 0.11
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.18 0.29 0.28 0.09 0.27 0.34 0.20 0.22 0.16 0.36 0.20 0.00 0.05 0.20 0.40 0.31 0.97 0.53 0.58
O3' 0.28 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.20 0.15 0.15 0.10 0.19 0.16 0.20 0.07 0.05 0.00 0.21 0.18 0.21 0.55 0.44 0.20
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.18 0.14 0.05 0.01 0.20 0.21 0.00 0.10 0.08 0.40 0.19 0.18
O5' 0.19 0.14 0.51 0.14 0.16 0.02 0.22 0.01 0.21 0.29 0.17 0.15 0.14 0.29 0.19 0.40 0.18 0.10 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.39 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.31 0.21 0.08 0.24 0.00 0.65 0.60 0.25
OP1 0.36 0.48 0.90 0.61 0.44 0.30 0.53 0.27 0.58 0.47 0.53 0.48 0.44 0.59 0.38 0.97 0.55 0.40 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.46 0.58 0.20 0.45 0.19 0.53 0.31 0.56 0.51 0.52 0.45 0.41 0.58 0.41 0.53 0.44 0.19 0.02 0.60 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.20 0.62 0.27 0.14 0.09 0.18 0.02 0.21 0.18 0.20 0.24 0.19 0.23 0.11 0.58 0.20 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 1.46 0.34 0.34 0.86 0.81 0.85 0.96 1.11 0.39 1.37 1.73 1.22 0.56 0.46 0.27 0.35 0.67 0.71 1.11 0.98 0.61 0.75
C2 1.51 0.22 1.40 1.36 0.78 1.63 0.57 1.56 0.25 1.07 0.24 0.44 0.64 0.78 1.15 1.68 1.31 1.65 1.34 0.22 1.29 0.85 1.10
C2' 0.27 1.65 0.34 0.29 0.98 0.84 0.97 1.08 1.27 0.40 1.57 1.94 1.37 0.62 0.51 0.31 0.31 0.70 0.81 1.26 1.15 0.61 0.89
C3' 0.31 1.55 0.34 0.36 0.93 0.91 0.87 1.29 1.14 0.39 1.44 1.84 1.32 0.55 0.51 0.40 0.41 0.65 1.05 1.11 1.55 0.89 1.23
C4 0.85 0.70 0.68 0.78 0.27 1.16 0.28 1.18 0.49 0.55 0.72 1.07 0.36 0.35 0.52 0.91 0.75 1.15 0.96 0.54 1.05 0.70 0.86
C4' 0.77 1.69 0.77 0.26 1.28 0.29 1.23 0.63 1.41 0.79 1.61 1.86 1.55 0.96 0.96 0.80 0.22 0.24 0.46 1.39 0.95 0.60 0.66
C5 0.79 0.49 0.64 0.71 0.30 1.01 0.27 1.03 0.36 0.55 0.52 0.78 0.28 0.38 0.53 0.79 0.71 1.04 0.86 0.41 0.95 0.76 0.80
C5' 1.00 1.62 1.04 0.62 1.34 0.29 1.30 0.28 1.44 1.00 1.57 1.75 1.53 1.12 1.12 1.11 0.54 0.57 0.42 1.42 0.66 0.77 0.55
C6 1.05 0.23 0.89 0.90 0.53 1.18 0.41 1.16 0.23 0.77 0.24 0.38 0.41 0.57 0.79 1.07 0.87 1.23 0.99 0.22 1.02 0.78 0.86
C8 0.37 1.00 0.55 0.53 0.58 0.61 0.58 0.72 0.77 0.39 0.96 1.25 0.79 0.43 0.39 0.49 0.60 0.58 0.61 0.78 0.79 0.83 0.68
N1 1.37 0.32 1.22 1.18 0.79 1.46 0.61 1.40 0.32 1.01 0.22 0.25 0.68 0.78 1.07 1.46 1.13 1.50 1.20 0.23 1.18 0.80 1.00
N2 1.84 0.52 1.80 1.70 1.17 1.89 0.89 1.79 0.47 1.38 0.29 0.24 1.10 1.07 1.50 2.02 1.67 1.90 1.58 0.30 1.47 1.06 1.29
N3 1.28 0.54 1.14 1.18 0.41 1.54 0.29 1.49 0.35 0.82 0.60 1.01 0.23 0.51 0.85 1.47 1.15 1.52 1.23 0.44 1.25 0.78 1.04
N7 0.49 0.70 0.53 0.58 0.36 0.72 0.38 0.79 0.53 0.40 0.69 0.95 0.49 0.34 0.36 0.52 0.67 0.73 0.68 0.56 0.82 0.86 0.72
N9 0.43 1.08 0.40 0.49 0.53 0.85 0.55 0.94 0.80 0.36 1.03 1.39 0.80 0.38 0.32 0.43 0.49 0.80 0.74 0.82 0.93 0.69 0.75
O2' 0.40 1.56 0.57 0.50 0.98 0.85 0.97 1.02 1.24 0.41 1.49 1.74 1.33 0.63 0.54 0.60 0.55 0.75 0.77 1.23 1.04 0.62 0.84
O3' 0.56 1.21 0.51 1.02 0.66 1.55 0.58 1.97 0.81 0.50 1.11 1.49 1.01 0.40 0.45 0.50 1.11 1.17 1.69 0.78 2.24 1.56 1.92
O4' 0.67 1.57 0.78 0.45 1.18 0.46 1.14 0.64 1.31 0.74 1.50 1.73 1.44 0.90 0.88 0.71 0.41 0.39 0.51 1.29 0.78 0.75 0.63
O5' 0.70 1.35 0.92 0.61 1.01 0.27 0.97 0.36 1.11 0.68 1.28 1.53 1.23 0.79 0.79 1.04 0.68 0.32 0.40 1.10 0.70 0.77 0.56
O6 1.01 0.26 0.86 0.86 0.57 1.10 0.47 1.09 0.27 0.78 0.22 0.26 0.48 0.60 0.80 1.01 0.86 1.17 0.94 0.22 0.97 0.82 0.84
OP1 0.90 1.22 1.34 1.21 0.99 0.74 0.92 0.59 0.99 0.79 1.12 1.37 1.17 0.82 0.88 1.54 1.51 0.62 0.67 0.95 0.70 1.18 0.77
OP2 1.02 1.22 1.17 1.04 1.10 0.81 1.11 0.67 1.16 1.02 1.21 1.30 1.17 1.06 1.04 1.28 1.15 0.84 0.76 1.17 0.62 1.20 0.78
P 0.83 1.29 1.11 0.88 1.03 0.49 0.98 0.36 1.09 0.78 1.22 1.45 1.21 0.85 0.87 1.26 1.04 0.51 0.49 1.07 0.59 0.94 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.16 0.25 0.13
C2 0.04 0.00 0.16 0.23 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.27 0.04 0.26 0.02 0.41 0.48 0.45
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.12 0.19 0.16 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.23 0.44 0.20
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.13 0.19 0.28 0.21 0.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.10 0.11 0.27 0.53 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.20 0.02 0.32 0.34 0.31
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.06 0.11 0.13 0.10 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.10 0.18 0.34 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.22 0.02 0.39 0.37 0.33
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.19 0.12 0.19 0.19 0.15 0.15 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.20 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.25 0.01 0.47 0.39 0.41
C8 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.17 0.02 0.24 0.46 0.19
N1 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.22 0.03 0.27 0.02 0.47 0.43 0.46
N2 0.05 0.01 0.19 0.28 0.02 0.13 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.35 0.06 0.27 0.03 0.43 0.57 0.49
N3 0.04 0.01 0.16 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.04 0.22 0.02 0.33 0.45 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.19 0.03 0.35 0.51 0.24
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.22 0.27 0.19
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.09 0.14 0.10 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.24 0.48 0.15
O3' 0.02 0.27 0.02 0.02 0.13 0.02 0.08 0.05 0.13 0.15 0.22 0.35 0.25 0.11 0.04 0.05 0.00 0.02 0.14 0.11 0.35 0.71 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.04 0.15 0.18 0.13
O5' 0.09 0.26 0.07 0.10 0.20 0.02 0.22 0.01 0.25 0.17 0.27 0.27 0.22 0.19 0.15 0.05 0.14 0.12 0.00 0.25 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.11 0.04 0.25 0.00 0.52 0.41 0.41
OP1 0.16 0.41 0.23 0.27 0.32 0.18 0.39 0.16 0.47 0.24 0.47 0.43 0.33 0.35 0.22 0.24 0.35 0.15 0.02 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.48 0.44 0.53 0.34 0.34 0.37 0.27 0.39 0.46 0.43 0.57 0.45 0.51 0.27 0.48 0.71 0.18 0.03 0.41 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.45 0.20 0.22 0.31 0.07 0.33 0.02 0.41 0.19 0.46 0.49 0.38 0.24 0.19 0.15 0.25 0.13 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00