ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 18, 26, 7, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.043, 0.105, 0.167, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.105 std_dev=0.062
N1 A 0, 0.027, 0.099, 0.171, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.099 std_dev=0.072
C6 B 0, 0.076, 0.199, 0.322, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.199 std_dev=0.123
C1' B 0, 0.057, 0.182, 0.306, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.182 std_dev=0.124
C5 A 0, 0.087, 0.212, 0.337, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.212 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.062, 0.192, 0.321, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.192 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.050, 0.180, 0.310, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.180 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.081, 0.218, 0.354, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.218 std_dev=0.136
C4 A 0, 0.091, 0.228, 0.365, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.228 std_dev=0.137
C6 A 0, 0.083, 0.221, 0.358, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.221 std_dev=0.137
C2 A 0, 0.103, 0.240, 0.378, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.240 std_dev=0.137
C1' A 0, 0.072, 0.212, 0.351, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.212 std_dev=0.140
O4' B 0, 0.094, 0.254, 0.415, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.254 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.072, 0.253, 0.435, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.253 std_dev=0.181
C2' B 0, 0.060, 0.251, 0.443, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.251 std_dev=0.191
O4 B 0, 0.073, 0.264, 0.456, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.264 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.101, 0.292, 0.484, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.292 std_dev=0.192
N3 A 0, 0.118, 0.315, 0.512, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.315 std_dev=0.197
C3' B 0, 0.089, 0.312, 0.535, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.312 std_dev=0.223
N4 A 0, 0.129, 0.355, 0.582, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.355 std_dev=0.226
O2 A 0, 0.160, 0.396, 0.631, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.396 std_dev=0.236
C2' A 0, 0.136, 0.381, 0.625, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.381 std_dev=0.245
O2 B 0, 0.120, 0.387, 0.654, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.387 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.175, 0.450, 0.724, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.450 std_dev=0.275
O2' B 0, 0.070, 0.369, 0.667, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.369 std_dev=0.299
O4' A 0, 0.157, 0.472, 0.788, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.472 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.155, 0.487, 0.818, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.487 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.023, 0.404, 0.784, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.404 std_dev=0.380
O3' B 0, 0.079, 0.464, 0.849, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.464 std_dev=0.385
P B 0, 0.212, 0.678, 1.144, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.678 std_dev=0.466
C3' A 0, 0.179, 0.657, 1.135, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.657 std_dev=0.478
C4' A 0, 0.201, 0.707, 1.213, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.707 std_dev=0.506
OP2 B 0, 0.195, 0.723, 1.251, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.723 std_dev=0.528
OP1 B 0, 0.271, 0.812, 1.352, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.812 std_dev=0.541
O3' A 0, 0.244, 0.906, 1.568, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.906 std_dev=0.662
C5' A 0, 0.251, 1.000, 1.748, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.000 std_dev=0.748
O5' A 0, -0.008, 1.478, 2.965, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.478 std_dev=1.486
P A 0, -0.219, 1.615, 3.448, 5.570 max_d=5.570 avg_d=1.615 std_dev=1.834
OP2 A 0, 0.371, 2.629, 4.886, 6.980 max_d=6.980 avg_d=2.629 std_dev=2.258
OP1 A 0, 0.230, 2.506, 4.783, 7.272 max_d=7.272 avg_d=2.506 std_dev=2.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.14 0.01 0.20 0.47 0.40 0.26
C2 0.03 0.00 0.10 0.17 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.15 0.06 0.43 0.76 0.88 0.57
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.10 0.11 0.03 0.08 0.05 0.19 0.01 0.03 0.01 0.37 0.55 0.32 0.36
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.20 0.01 0.20 0.03 0.18 0.12 0.19 0.21 0.19 0.03 0.01 0.01 0.39 0.50 0.30 0.31
C4 0.03 0.02 0.05 0.20 0.00 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.18 0.05 0.63 1.05 1.36 0.87
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.10 0.14 0.09 0.13 0.02 0.01 0.02 0.27 0.30 0.06
C5 0.03 0.02 0.10 0.20 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.20 0.06 0.65 1.08 1.35 0.89
C5' 0.06 0.17 0.10 0.03 0.27 0.01 0.29 0.00 0.24 0.16 0.22 0.30 0.15 0.07 0.09 0.02 0.01 0.35 0.43 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.18 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.18 0.06 0.56 0.89 1.04 0.71
N1 0.02 0.01 0.03 0.12 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.11 0.03 0.41 0.71 0.77 0.52
N3 0.03 0.01 0.08 0.19 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.17 0.05 0.54 0.92 1.15 0.73
N4 0.04 0.02 0.05 0.21 0.01 0.14 0.02 0.30 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.19 0.21 0.06 0.68 1.15 1.54 0.96
O2 0.06 0.01 0.19 0.19 0.02 0.09 0.02 0.15 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.22 0.23 0.10 0.34 0.65 0.71 0.45
O2' 0.02 0.15 0.01 0.03 0.17 0.13 0.17 0.07 0.14 0.10 0.17 0.19 0.22 0.00 0.06 0.11 0.23 0.46 0.28 0.26
O3' 0.14 0.15 0.03 0.01 0.18 0.02 0.20 0.09 0.18 0.11 0.17 0.21 0.23 0.06 0.00 0.11 0.34 0.50 0.46 0.26
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.10 0.11 0.11 0.00 0.15 0.38 0.36 0.20
O5' 0.20 0.43 0.37 0.39 0.63 0.02 0.65 0.01 0.56 0.41 0.54 0.68 0.34 0.23 0.34 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.47 0.76 0.55 0.50 1.05 0.27 1.08 0.35 0.89 0.71 0.92 1.15 0.65 0.46 0.50 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.88 0.32 0.30 1.36 0.30 1.35 0.43 1.04 0.77 1.15 1.54 0.71 0.28 0.46 0.36 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.57 0.36 0.31 0.87 0.06 0.89 0.02 0.71 0.52 0.73 0.96 0.45 0.26 0.26 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.22 0.17 0.24 0.24 0.13 0.22 0.14 0.20 0.20 0.23 0.25 0.14 0.41 0.25 0.23 0.17 0.21 0.23 0.17
C2 0.20 0.22 0.13 0.15 0.21 0.12 0.19 0.12 0.18 0.19 0.22 0.25 0.11 0.28 0.22 0.21 0.11 0.14 0.15 0.11
C2' 0.32 0.28 0.20 0.22 0.28 0.29 0.28 0.30 0.29 0.29 0.28 0.30 0.22 0.35 0.29 0.40 0.25 0.31 0.24 0.27
C3' 0.45 0.38 0.26 0.23 0.38 0.39 0.39 0.40 0.40 0.40 0.37 0.39 0.29 0.32 0.38 0.54 0.34 0.38 0.31 0.37
C4 0.18 0.18 0.15 0.18 0.21 0.17 0.19 0.16 0.17 0.16 0.21 0.20 0.17 0.27 0.23 0.21 0.14 0.15 0.19 0.15
C4' 0.26 0.24 0.14 0.22 0.24 0.18 0.23 0.18 0.22 0.23 0.25 0.28 0.14 0.42 0.26 0.32 0.17 0.23 0.22 0.19
C5 0.17 0.19 0.17 0.23 0.24 0.15 0.22 0.15 0.19 0.17 0.23 0.20 0.14 0.34 0.28 0.21 0.16 0.18 0.25 0.18
C5' 0.36 0.33 0.19 0.22 0.31 0.26 0.30 0.24 0.29 0.32 0.33 0.38 0.23 0.40 0.32 0.42 0.20 0.24 0.22 0.22
C6 0.17 0.20 0.16 0.23 0.24 0.12 0.22 0.13 0.19 0.17 0.23 0.21 0.10 0.37 0.27 0.21 0.16 0.19 0.24 0.17
N1 0.19 0.21 0.14 0.20 0.22 0.11 0.20 0.12 0.18 0.18 0.22 0.23 0.10 0.35 0.24 0.22 0.13 0.17 0.19 0.14
N3 0.18 0.21 0.12 0.13 0.21 0.14 0.18 0.14 0.17 0.18 0.22 0.24 0.12 0.23 0.22 0.20 0.12 0.14 0.15 0.12
N4 0.23 0.19 0.21 0.21 0.21 0.23 0.20 0.22 0.19 0.19 0.21 0.20 0.24 0.26 0.24 0.26 0.19 0.20 0.23 0.20
O2 0.24 0.25 0.18 0.15 0.24 0.16 0.23 0.15 0.23 0.23 0.25 0.28 0.19 0.26 0.24 0.25 0.14 0.18 0.17 0.14
O2' 0.30 0.32 0.26 0.32 0.32 0.25 0.31 0.27 0.30 0.31 0.33 0.34 0.24 0.48 0.33 0.33 0.27 0.29 0.28 0.27
O3' 0.50 0.43 0.30 0.29 0.44 0.47 0.46 0.50 0.47 0.46 0.42 0.42 0.33 0.37 0.44 0.62 0.43 0.48 0.41 0.48
O4' 0.20 0.23 0.20 0.30 0.27 0.15 0.26 0.18 0.23 0.21 0.25 0.25 0.15 0.47 0.30 0.22 0.24 0.29 0.31 0.25
O5' 0.67 0.67 0.41 0.32 0.61 0.47 0.58 0.42 0.59 0.63 0.65 0.74 0.49 0.42 0.61 0.69 0.37 0.37 0.38 0.38
OP1 1.01 1.05 0.78 0.71 0.97 0.82 0.93 0.79 0.93 0.98 1.03 1.13 0.83 0.72 0.97 1.03 0.76 0.74 0.76 0.78
OP2 1.39 1.52 1.11 0.95 1.47 1.11 1.40 1.04 1.37 1.42 1.53 1.58 1.11 0.79 1.49 1.37 1.04 0.90 1.07 1.03
P 0.85 0.88 0.58 0.44 0.79 0.62 0.75 0.56 0.75 0.82 0.85 0.97 0.65 0.43 0.79 0.87 0.49 0.43 0.48 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.04 0.15 0.16 0.18 0.16
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.12 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.10 0.09 0.06
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.14 0.08 0.11 0.12 0.02 0.01 0.15 0.01 0.07 0.12 0.10 0.07
C4 0.04 0.02 0.07 0.13 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.16 0.01 0.05 0.21 0.23 0.26 0.24
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03
C5 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.18 0.01 0.06 0.21 0.24 0.24 0.24
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.09 0.07 0.04 0.15 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.02 0.05 0.18 0.19 0.18 0.19
N1 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.03 0.14 0.15 0.15 0.14
N3 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.02 0.04 0.18 0.20 0.23 0.20
O2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.03 0.07 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.14 0.04 0.07 0.14 0.16 0.17 0.15
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.14 0.00 0.06 0.07 0.05 0.06 0.12 0.08 0.07
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.16 0.02 0.18 0.04 0.16 0.08 0.12 0.14 0.06 0.00 0.18 0.02 0.13 0.19 0.18 0.13
O4 0.04 0.03 0.08 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.18 0.00 0.05 0.22 0.26 0.29 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.05 0.00 0.08 0.11 0.12 0.09
O5' 0.08 0.15 0.05 0.07 0.21 0.02 0.21 0.01 0.18 0.14 0.18 0.14 0.06 0.13 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.16 0.10 0.12 0.23 0.09 0.24 0.09 0.19 0.15 0.20 0.16 0.12 0.19 0.26 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.18 0.09 0.10 0.26 0.04 0.24 0.03 0.18 0.15 0.23 0.17 0.08 0.18 0.29 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.06 0.07 0.24 0.03 0.24 0.02 0.19 0.14 0.20 0.15 0.07 0.13 0.27 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00