ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42234

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 1, 10, 10, 55, 18, 30, 45, 33, 8, 3, 7, 18, 46, 11, 53, 26, 8, 44, 70,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.153, 0.308, 0.463, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.308 std_dev=0.155
N1 B 0, 0.311, 0.525, 0.738, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.525 std_dev=0.214
N9 A 0, 0.516, 0.858, 1.200, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.858 std_dev=0.342
N1 A 0, 0.649, 1.053, 1.458, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.053 std_dev=0.404
N3 A 0, 0.187, 0.608, 1.030, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.608 std_dev=0.422
C5 A 0, 0.455, 0.897, 1.340, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.897 std_dev=0.443
C2 A 0, 0.474, 0.923, 1.372, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.923 std_dev=0.449
C6 A 0, 0.626, 1.177, 1.729, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.177 std_dev=0.552
C1' A 0, 0.736, 1.299, 1.862, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.299 std_dev=0.563
C6 B 0, 0.507, 1.102, 1.697, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.102 std_dev=0.595
C8 A 0, 0.808, 1.429, 2.050, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.429 std_dev=0.621
C2 B 0, 0.477, 1.121, 1.766, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.121 std_dev=0.645
N7 A 0, 0.752, 1.523, 2.294, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.523 std_dev=0.771
C1' B 0, 0.747, 1.556, 2.366, 3.930 max_d=3.930 avg_d=1.556 std_dev=0.810
N2 A 0, 0.802, 1.617, 2.432, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.617 std_dev=0.815
C3' A 0, 1.296, 2.152, 3.008, 4.323 max_d=4.323 avg_d=2.152 std_dev=0.856
O4' A 0, 1.121, 1.982, 2.842, 3.797 max_d=3.797 avg_d=1.982 std_dev=0.860
C2' A 0, 1.120, 1.993, 2.867, 3.914 max_d=3.914 avg_d=1.993 std_dev=0.873
C4' A 0, 1.662, 2.543, 3.423, 4.349 max_d=4.349 avg_d=2.543 std_dev=0.880
N3 B 0, 0.664, 1.549, 2.433, 3.991 max_d=3.991 avg_d=1.549 std_dev=0.885
O6 A 0, 0.918, 1.815, 2.711, 4.854 max_d=4.854 avg_d=1.815 std_dev=0.896
C5 B 0, 0.581, 1.489, 2.397, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.489 std_dev=0.908
C4 B 0, 0.597, 1.539, 2.481, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.539 std_dev=0.942
O4' B 0, 0.944, 1.978, 3.011, 5.039 max_d=5.039 avg_d=1.978 std_dev=1.033
O3' A 0, 1.196, 2.281, 3.366, 6.226 max_d=6.226 avg_d=2.281 std_dev=1.085
O2 B 0, 0.861, 2.085, 3.309, 4.656 max_d=4.656 avg_d=2.085 std_dev=1.224
O2' A 0, 1.513, 2.850, 4.187, 5.017 max_d=5.017 avg_d=2.850 std_dev=1.337
C5' A 0, 2.396, 3.816, 5.237, 6.913 max_d=6.913 avg_d=3.816 std_dev=1.421
C2' B 0, 1.254, 2.708, 4.161, 5.848 max_d=5.848 avg_d=2.708 std_dev=1.453
N4 B 0, 1.010, 2.510, 4.009, 7.030 max_d=7.030 avg_d=2.510 std_dev=1.499
C4' B 0, 1.545, 3.230, 4.915, 7.058 max_d=7.058 avg_d=3.230 std_dev=1.685
O2' B 0, 1.898, 3.732, 5.566, 7.663 max_d=7.663 avg_d=3.732 std_dev=1.834
C3' B 0, 1.442, 3.339, 5.235, 7.142 max_d=7.142 avg_d=3.339 std_dev=1.897
O5' A 0, 2.222, 4.154, 6.087, 8.104 max_d=8.104 avg_d=4.154 std_dev=1.932
C5' B 0, 2.079, 4.073, 6.067, 7.948 max_d=7.948 avg_d=4.073 std_dev=1.994
O5' B 0, 2.080, 4.079, 6.077, 7.705 max_d=7.705 avg_d=4.079 std_dev=1.998
OP2 B 0, 2.998, 5.488, 7.977, 10.361 max_d=10.361 avg_d=5.488 std_dev=2.489
OP2 A 0, 2.001, 4.504, 7.007, 9.891 max_d=9.891 avg_d=4.504 std_dev=2.503
P B 0, 2.763, 5.282, 7.801, 10.225 max_d=10.225 avg_d=5.282 std_dev=2.519
OP1 A 0, 2.347, 4.909, 7.472, 10.628 max_d=10.628 avg_d=4.909 std_dev=2.562
P A 0, 1.942, 4.505, 7.069, 10.031 max_d=10.031 avg_d=4.505 std_dev=2.564
O3' B 0, 1.889, 4.551, 7.214, 9.905 max_d=9.905 avg_d=4.551 std_dev=2.662
OP1 B 0, 3.417, 6.432, 9.448, 12.529 max_d=12.529 avg_d=6.432 std_dev=3.015

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.27 0.03 0.57 0.35 0.28
C2 0.05 0.00 0.27 0.58 0.01 0.73 0.01 1.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.54 0.49 0.60 1.40 0.02 1.68 2.14 1.71
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.03 0.08 0.18 0.13 0.15 0.21 0.33 0.26 0.10 0.03 0.01 0.05 0.02 0.43 0.11 0.59 0.57 0.51
C3' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.34 0.01 0.33 0.03 0.39 0.41 0.49 0.70 0.55 0.39 0.21 0.02 0.01 0.03 0.29 0.39 0.38 0.42 0.30
C4 0.03 0.01 0.14 0.34 0.00 0.33 0.01 0.51 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.25 0.30 0.53 0.02 0.84 0.83 0.58
C4' 0.01 0.73 0.03 0.01 0.33 0.00 0.17 0.01 0.29 0.42 0.54 0.93 0.71 0.30 0.09 0.28 0.04 0.01 0.02 0.22 0.20 0.32 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.11 0.45 0.02 0.96 0.69 0.45
C5' 0.09 1.24 0.18 0.03 0.51 0.01 0.30 0.00 0.49 0.71 0.93 1.63 1.14 0.55 0.19 0.12 0.20 0.03 0.01 0.39 0.25 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.39 0.01 0.29 0.01 0.49 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.29 0.23 0.53 0.01 0.99 0.96 0.59
C8 0.02 0.02 0.15 0.41 0.01 0.42 0.01 0.71 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.31 0.34 1.12 0.03 1.54 1.23 1.22
N1 0.04 0.01 0.21 0.49 0.01 0.54 0.01 0.93 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.46 0.39 0.44 0.99 0.01 1.32 1.66 1.23
N2 0.07 0.01 0.33 0.70 0.02 0.93 0.02 1.63 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.66 0.64 0.73 1.92 0.03 2.36 2.99 2.44
N3 0.05 0.01 0.26 0.55 0.01 0.71 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.50 0.46 0.61 1.26 0.02 1.41 1.75 1.45
N7 0.01 0.01 0.10 0.39 0.01 0.30 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.30 0.20 0.95 0.04 1.49 1.16 1.08
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.14 0.02 0.43 0.03 0.83 0.47 0.42
O2' 0.02 0.54 0.01 0.02 0.31 0.28 0.29 0.12 0.36 0.32 0.46 0.66 0.50 0.31 0.18 0.00 0.07 0.19 0.30 0.35 0.46 0.58 0.41
O3' 0.25 0.49 0.05 0.01 0.25 0.04 0.23 0.20 0.29 0.31 0.39 0.64 0.46 0.30 0.14 0.07 0.00 0.17 0.32 0.30 0.60 0.47 0.37
O4' 0.01 0.60 0.02 0.03 0.30 0.01 0.11 0.03 0.23 0.34 0.44 0.73 0.61 0.20 0.02 0.19 0.17 0.00 0.20 0.15 0.44 0.31 0.20
O5' 0.27 1.40 0.43 0.29 0.53 0.02 0.45 0.01 0.53 1.12 0.99 1.92 1.26 0.95 0.43 0.30 0.32 0.20 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.39 0.02 0.22 0.02 0.39 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.35 0.30 0.15 0.49 0.00 1.05 0.90 0.53
OP1 0.57 1.68 0.59 0.38 0.84 0.20 0.96 0.25 0.99 1.54 1.32 2.36 1.41 1.49 0.83 0.46 0.60 0.44 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 2.14 0.57 0.42 0.83 0.32 0.69 0.40 0.96 1.23 1.66 2.99 1.75 1.16 0.47 0.58 0.47 0.31 0.02 0.90 0.01 0.00 0.01
P 0.28 1.71 0.51 0.30 0.58 0.10 0.45 0.02 0.59 1.22 1.23 2.44 1.45 1.08 0.42 0.41 0.37 0.20 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.40 0.97 1.83 1.92 0.57 1.74 0.77 1.80 0.98 0.99 0.76 1.10 1.42 2.05 2.14 1.41 2.03 2.30 1.88 2.07
C2 0.85 0.71 1.01 1.31 0.46 1.10 0.61 1.18 0.69 0.69 0.59 0.67 0.95 1.11 1.41 0.87 1.38 1.62 1.60 1.43
C2' 1.28 0.62 1.73 2.04 0.98 1.93 1.25 2.23 1.31 0.92 0.76 1.60 0.97 1.86 2.27 1.53 2.56 3.00 2.62 2.76
C3' 1.59 0.86 2.21 2.47 0.95 2.27 0.98 2.50 1.18 1.06 0.87 1.70 1.25 2.42 2.85 1.75 2.73 3.12 2.60 2.86
C4 0.67 0.55 0.89 0.91 0.37 0.74 0.48 0.74 0.55 0.49 0.51 0.64 0.80 1.13 0.99 0.64 0.99 1.22 1.02 0.99
C4' 2.12 1.34 2.80 2.96 0.67 2.67 0.66 2.66 1.19 1.48 0.97 1.31 1.80 3.11 3.42 2.13 2.70 2.87 2.22 2.60
C5 0.73 0.63 0.91 0.74 0.44 0.63 0.46 0.62 0.56 0.56 0.61 0.63 0.83 1.33 0.76 0.63 0.68 0.93 1.11 0.79
C5' 2.60 1.64 3.35 3.60 0.83 3.24 0.80 3.10 1.46 1.86 1.15 1.32 2.05 3.70 4.20 2.61 2.96 2.90 2.12 2.62
C6 0.88 0.67 1.03 0.98 0.33 0.89 0.41 0.95 0.61 0.67 0.60 0.58 0.87 1.45 1.00 0.81 0.87 1.08 1.52 1.04
C8 1.34 1.01 1.74 1.68 0.73 1.47 0.78 1.43 0.98 1.03 0.87 1.10 1.33 2.04 1.80 1.28 1.53 1.66 1.42 1.48
N1 0.90 0.73 1.05 1.19 0.40 1.01 0.52 1.07 0.65 0.72 0.58 0.64 0.95 1.31 1.25 0.84 1.13 1.33 1.65 1.26
N2 1.25 1.00 1.49 1.89 0.71 1.67 0.86 1.81 0.99 1.00 0.84 1.01 1.34 1.55 2.07 1.32 2.01 2.32 2.19 2.09
N3 0.84 0.61 1.07 1.31 0.35 1.09 0.56 1.11 0.62 0.61 0.50 0.64 0.87 1.14 1.44 0.87 1.33 1.58 1.31 1.32
N7 1.22 0.98 1.56 1.38 0.69 1.21 0.73 1.16 0.87 0.95 0.86 0.97 1.25 1.96 1.48 1.12 1.14 1.35 1.38 1.19
N9 1.09 0.82 1.43 1.44 0.56 1.26 0.67 1.27 0.83 0.82 0.70 0.96 1.16 1.65 1.56 1.07 1.48 1.66 1.33 1.46
O2' 1.34 0.72 1.69 2.05 1.18 2.05 1.63 2.45 1.59 1.06 0.86 1.66 1.04 1.83 2.24 1.68 2.84 3.42 3.22 3.22
O3' 1.54 0.82 2.18 2.50 1.13 2.35 1.20 2.71 1.28 1.04 0.96 1.86 1.19 2.39 2.90 1.80 2.98 3.55 3.15 3.33
O4' 2.11 1.56 2.64 2.66 0.73 2.41 0.72 2.29 1.23 1.60 1.15 1.08 1.99 2.90 2.96 2.03 2.33 2.38 1.78 2.16
O5' 2.71 1.69 3.49 3.76 0.91 3.34 0.88 3.09 1.53 1.96 1.17 1.36 2.06 3.82 4.38 2.71 2.88 2.64 1.80 2.36
O6 1.33 0.90 1.59 1.59 0.42 1.50 0.58 1.60 0.89 0.98 0.76 0.83 1.21 2.03 1.66 1.29 1.40 1.61 2.06 1.59
OP1 3.27 2.14 4.11 4.41 1.18 3.98 1.16 3.64 1.87 2.40 1.54 1.42 2.57 4.60 5.26 3.25 3.21 2.96 1.98 2.58
OP2 2.64 1.68 3.37 3.73 1.14 3.31 1.07 3.03 1.49 1.90 1.26 1.55 2.04 3.82 4.46 2.65 2.70 2.49 1.63 2.12
P 3.09 1.96 3.87 4.25 1.06 3.82 1.07 3.48 1.76 2.26 1.37 1.35 2.35 4.29 5.08 3.12 3.08 2.75 1.76 2.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.25 0.01 0.21 0.42 0.43 0.25
C2 0.03 0.00 0.17 0.24 0.01 0.11 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.24 0.15 0.37 0.65 0.67 0.42
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.03 0.14 0.18 0.17 0.04 0.14 0.08 0.31 0.01 0.04 0.02 0.42 0.52 0.43 0.41
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.36 0.01 0.39 0.03 0.35 0.22 0.30 0.38 0.24 0.02 0.01 0.02 0.31 0.36 0.30 0.22
C4 0.02 0.01 0.07 0.36 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.04 0.56 0.91 0.99 0.68
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.26 0.09 0.10 0.17 0.23 0.26 0.04 0.01 0.02 0.18 0.32 0.07
C5 0.02 0.02 0.14 0.39 0.01 0.26 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.32 0.13 0.69 1.02 1.09 0.82
C5' 0.08 0.17 0.18 0.03 0.30 0.01 0.45 0.00 0.43 0.18 0.20 0.33 0.32 0.14 0.18 0.02 0.01 0.19 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.26 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.17 0.63 0.88 0.88 0.70
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.15 0.02 0.37 0.63 0.62 0.41
N3 0.03 0.01 0.14 0.30 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.23 0.12 0.45 0.77 0.83 0.53
N4 0.03 0.02 0.08 0.38 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.33 0.30 0.05 0.61 0.99 1.11 0.76
O2 0.05 0.01 0.31 0.24 0.02 0.23 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.33 0.39 0.27 0.43 0.65 0.66 0.47
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.30 0.26 0.33 0.14 0.30 0.18 0.28 0.33 0.33 0.00 0.08 0.19 0.32 0.43 0.46 0.36
O3' 0.25 0.24 0.04 0.01 0.26 0.04 0.32 0.18 0.26 0.15 0.23 0.30 0.39 0.08 0.00 0.18 0.32 0.57 0.39 0.34
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.12 0.05 0.27 0.19 0.18 0.00 0.17 0.31 0.44 0.24
O5' 0.21 0.37 0.42 0.31 0.56 0.02 0.69 0.01 0.63 0.37 0.45 0.61 0.43 0.32 0.32 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.65 0.52 0.36 0.91 0.18 1.02 0.19 0.88 0.63 0.77 0.99 0.65 0.43 0.57 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.67 0.43 0.30 0.99 0.32 1.09 0.36 0.88 0.62 0.83 1.11 0.66 0.46 0.39 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.42 0.41 0.22 0.68 0.07 0.82 0.02 0.70 0.41 0.53 0.76 0.47 0.36 0.34 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00