ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 33, 67, 71, 28, 7, 22, 16, 25, 10, 1, 7, 9, 9, 10, 8, 10, 28, 13, 109,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.121, 0.277, 0.433, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.277 std_dev=0.156
C4 A 0, 0.096, 0.269, 0.442, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.269 std_dev=0.173
N3 A 0, 0.191, 0.689, 1.187, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.689 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.219, 0.719, 1.220, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.719 std_dev=0.500
C5 B 0, 0.181, 0.738, 1.296, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.738 std_dev=0.558
C5 A 0, 0.136, 0.717, 1.297, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.717 std_dev=0.581
N9 A 0, 0.157, 0.803, 1.450, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.803 std_dev=0.647
N9 B 0, 0.122, 0.818, 1.515, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.818 std_dev=0.697
C6 B 0, 0.222, 1.055, 1.887, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.055 std_dev=0.833
C2 A 0, 0.198, 1.031, 1.865, 3.502 max_d=3.502 avg_d=1.031 std_dev=0.833
C6 A 0, 0.214, 1.050, 1.886, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.050 std_dev=0.836
C2 B 0, 0.243, 1.088, 1.933, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.088 std_dev=0.845
N1 A 0, 0.238, 1.124, 2.009, 3.973 max_d=3.973 avg_d=1.124 std_dev=0.885
N1 B 0, 0.229, 1.196, 2.162, 4.342 max_d=4.342 avg_d=1.196 std_dev=0.967
C1' A 0, 0.196, 1.227, 2.258, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.227 std_dev=1.031
C1' B 0, 0.147, 1.224, 2.301, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.224 std_dev=1.077
N7 B 0, 0.208, 1.298, 2.388, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.298 std_dev=1.090
C8 A 0, 0.135, 1.229, 2.323, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.229 std_dev=1.094
N7 A 0, 0.124, 1.227, 2.330, 4.005 max_d=4.005 avg_d=1.227 std_dev=1.103
C8 B 0, 0.170, 1.295, 2.420, 4.592 max_d=4.592 avg_d=1.295 std_dev=1.125
O6 A 0, 0.278, 1.575, 2.873, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.575 std_dev=1.297
N6 B 0, 0.298, 1.630, 2.962, 5.190 max_d=5.190 avg_d=1.630 std_dev=1.332
O4' B 0, 0.307, 1.696, 3.085, 5.479 max_d=5.479 avg_d=1.696 std_dev=1.389
N2 A 0, 0.214, 1.654, 3.095, 5.660 max_d=5.660 avg_d=1.654 std_dev=1.441
O4' A 0, 0.253, 1.744, 3.235, 6.192 max_d=6.192 avg_d=1.744 std_dev=1.491
C2' A 0, 0.131, 1.665, 3.198, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.665 std_dev=1.533
C2' B 0, 0.205, 1.763, 3.321, 6.409 max_d=6.409 avg_d=1.763 std_dev=1.558
O2' B 0, 0.290, 2.117, 3.944, 7.366 max_d=7.366 avg_d=2.117 std_dev=1.827
O2' A 0, 0.334, 2.233, 4.133, 6.652 max_d=6.652 avg_d=2.233 std_dev=1.900
C4' B 0, 0.353, 2.307, 4.260, 7.966 max_d=7.966 avg_d=2.307 std_dev=1.954
C3' A 0, 0.347, 2.444, 4.541, 7.579 max_d=7.579 avg_d=2.444 std_dev=2.097
C4' A 0, 0.164, 2.272, 4.379, 8.038 max_d=8.038 avg_d=2.272 std_dev=2.107
C3' B 0, 0.267, 2.382, 4.496, 8.609 max_d=8.609 avg_d=2.382 std_dev=2.115
C5' B 0, 0.479, 2.894, 5.309, 10.170 max_d=10.170 avg_d=2.894 std_dev=2.415
O3' B 0, 0.312, 2.869, 5.426, 9.903 max_d=9.903 avg_d=2.869 std_dev=2.557
O5' B 0, 0.626, 3.186, 5.747, 10.291 max_d=10.291 avg_d=3.186 std_dev=2.560
C5' A 0, 0.386, 3.079, 5.772, 9.430 max_d=9.430 avg_d=3.079 std_dev=2.693
O3' A 0, 0.579, 3.276, 5.973, 9.108 max_d=9.108 avg_d=3.276 std_dev=2.697
O5' A 0, 0.584, 3.513, 6.443, 10.910 max_d=10.910 avg_d=3.513 std_dev=2.929
P B 0, 0.674, 3.906, 7.139, 12.558 max_d=12.558 avg_d=3.906 std_dev=3.232
OP1 B 0, 1.431, 4.743, 8.055, 12.988 max_d=12.988 avg_d=4.743 std_dev=3.312
OP2 B 0, 0.783, 4.230, 7.678, 13.860 max_d=13.860 avg_d=4.230 std_dev=3.448
P A 0, 0.982, 4.734, 8.486, 13.583 max_d=13.583 avg_d=4.734 std_dev=3.752
OP2 A 0, 1.520, 5.369, 9.218, 13.674 max_d=13.674 avg_d=5.369 std_dev=3.849
OP1 A 0, 1.270, 5.365, 9.460, 15.650 max_d=15.650 avg_d=5.365 std_dev=4.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.25 0.03 0.47 0.37 0.23
C2 0.05 0.00 0.36 0.43 0.01 0.59 0.01 1.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.44 0.52 1.30 0.02 1.73 1.72 1.52
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.21 0.18 0.17 0.29 0.43 0.35 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.49 0.15 0.65 0.55 0.50
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.34 0.48 0.37 0.53 0.40 0.46 0.24 0.03 0.01 0.02 0.34 0.37 0.53 0.20 0.30
C4 0.02 0.01 0.19 0.27 0.00 0.24 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.23 0.26 0.61 0.02 0.90 0.69 0.57
C4' 0.02 0.59 0.02 0.01 0.24 0.00 0.13 0.01 0.21 0.42 0.42 0.77 0.57 0.32 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.17 0.23 0.30 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.17 0.10 0.57 0.02 0.91 0.75 0.51
C5' 0.08 1.05 0.21 0.02 0.42 0.01 0.22 0.00 0.38 0.65 0.76 1.39 0.97 0.51 0.15 0.11 0.22 0.02 0.01 0.29 0.30 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.22 0.20 0.66 0.01 1.07 0.87 0.65
C8 0.02 0.02 0.17 0.48 0.01 0.42 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 0.25 0.30 1.00 0.03 1.18 1.27 1.07
N1 0.04 0.01 0.29 0.37 0.01 0.42 0.01 0.76 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.33 0.38 0.99 0.02 1.46 1.32 1.13
N2 0.06 0.01 0.43 0.53 0.02 0.77 0.02 1.39 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.57 0.57 0.63 1.71 0.03 2.28 2.43 2.12
N3 0.04 0.01 0.35 0.40 0.01 0.57 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.44 0.44 0.52 1.18 0.02 1.46 1.41 1.29
N7 0.02 0.02 0.09 0.46 0.01 0.32 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.25 0.17 0.90 0.03 1.17 1.28 1.00
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.14 0.02 0.44 0.02 0.67 0.54 0.38
O2' 0.02 0.48 0.01 0.03 0.32 0.31 0.37 0.11 0.41 0.40 0.45 0.57 0.44 0.42 0.23 0.00 0.06 0.21 0.38 0.44 0.58 0.60 0.43
O3' 0.33 0.44 0.04 0.01 0.23 0.03 0.17 0.22 0.22 0.25 0.33 0.57 0.44 0.25 0.14 0.06 0.00 0.22 0.33 0.23 0.67 0.31 0.40
O4' 0.01 0.52 0.02 0.02 0.26 0.01 0.10 0.02 0.20 0.30 0.38 0.63 0.52 0.17 0.02 0.21 0.22 0.00 0.17 0.14 0.37 0.41 0.25
O5' 0.25 1.30 0.49 0.34 0.61 0.02 0.57 0.01 0.66 1.00 0.99 1.71 1.18 0.90 0.44 0.38 0.33 0.17 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.37 0.02 0.17 0.02 0.29 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.44 0.23 0.14 0.65 0.00 1.08 0.92 0.64
OP1 0.47 1.73 0.65 0.53 0.90 0.23 0.91 0.30 1.07 1.18 1.46 2.28 1.46 1.17 0.67 0.58 0.67 0.37 0.02 1.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 1.72 0.55 0.20 0.69 0.30 0.75 0.38 0.87 1.27 1.32 2.43 1.41 1.28 0.54 0.60 0.31 0.41 0.02 0.92 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.52 0.50 0.30 0.57 0.09 0.51 0.02 0.65 1.07 1.13 2.12 1.29 1.00 0.38 0.43 0.40 0.25 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.33 1.05 1.63 1.75 0.76 1.79 0.73 2.10 0.83 1.35 1.05 0.93 1.19 1.17 1.10 1.75 1.79 1.58 2.38 2.94 2.34 2.69
C2 1.03 0.95 1.16 1.57 0.66 1.34 0.39 1.35 0.51 0.76 0.78 0.93 0.82 0.62 0.80 1.04 1.60 1.12 1.51 2.03 1.82 1.61
C2' 1.49 1.00 1.78 2.04 0.71 2.17 0.83 2.61 0.94 1.70 1.12 0.78 1.43 1.47 1.26 1.80 2.06 1.91 2.91 3.62 2.92 3.33
C3' 2.05 0.98 2.44 2.72 1.04 2.86 0.96 3.36 0.90 2.00 1.04 0.98 1.39 1.59 1.69 2.38 2.73 2.48 3.63 4.10 3.50 4.00
C4 0.67 0.74 0.81 0.96 0.41 0.91 0.35 1.07 0.47 0.68 0.69 0.63 0.65 0.64 0.54 1.01 0.98 0.84 1.27 1.96 1.37 1.48
C4' 1.98 1.05 2.45 2.70 1.02 2.72 0.90 3.12 0.92 1.73 1.06 1.08 1.37 1.38 1.55 2.53 2.81 2.30 3.33 3.66 3.24 3.63
C5 0.65 0.53 0.81 0.78 0.39 0.74 0.34 0.88 0.31 0.66 0.44 0.50 0.51 0.60 0.56 1.22 0.80 0.71 0.99 1.70 1.33 1.19
C5' 2.31 1.11 2.89 3.21 1.22 3.11 1.01 3.40 1.02 1.77 1.11 1.25 1.47 1.38 1.76 3.03 3.43 2.58 3.44 3.52 3.18 3.54
C6 0.78 0.52 0.92 1.04 0.47 0.93 0.42 1.03 0.41 0.74 0.48 0.53 0.65 0.68 0.67 1.18 1.01 0.81 1.12 1.72 1.74 1.31
C8 1.34 0.81 1.69 1.61 0.75 1.55 0.60 1.72 0.58 1.19 0.75 0.83 0.91 0.96 1.10 2.08 1.67 1.40 1.81 2.23 1.67 1.91
N1 0.99 0.69 1.12 1.44 0.62 1.24 0.45 1.29 0.45 0.84 0.57 0.76 0.79 0.72 0.81 1.12 1.41 1.06 1.44 1.90 1.98 1.55
N2 1.47 1.21 1.69 2.16 0.90 1.88 0.55 1.89 0.66 1.06 0.97 1.22 1.08 0.82 1.13 1.55 2.27 1.55 2.01 2.41 2.26 2.05
N3 0.86 0.98 1.01 1.35 0.55 1.18 0.38 1.23 0.60 0.67 0.89 0.87 0.81 0.63 0.64 0.95 1.42 1.02 1.43 2.10 1.57 1.62
N7 1.15 0.73 1.45 1.27 0.68 1.20 0.53 1.30 0.49 0.98 0.63 0.78 0.77 0.82 0.95 1.95 1.37 1.11 1.32 1.87 1.44 1.45
N9 1.07 0.85 1.32 1.35 0.62 1.36 0.56 1.59 0.64 1.07 0.83 0.77 0.92 0.93 0.90 1.55 1.38 1.24 1.79 2.35 1.70 2.00
O2' 1.40 1.35 1.65 1.92 0.84 2.09 1.06 2.59 1.30 1.72 1.51 1.00 1.74 1.62 1.22 1.68 1.92 1.83 2.96 3.78 3.28 3.52
O3' 2.15 0.98 2.50 2.89 1.00 3.17 0.98 3.84 0.91 2.14 1.06 0.93 1.45 1.72 1.75 2.35 2.84 2.73 4.16 4.73 4.30 4.77
O4' 1.70 1.20 2.08 2.19 1.09 2.17 0.98 2.45 1.02 1.50 1.17 1.20 1.32 1.28 1.40 2.22 2.27 1.90 2.66 3.02 2.54 2.90
O5' 2.73 1.17 3.32 3.65 1.57 3.45 1.22 3.59 0.97 2.05 0.98 1.54 1.27 1.55 2.14 3.47 3.86 2.94 3.53 3.46 3.00 3.42
O6 1.13 0.80 1.38 1.44 0.65 1.32 0.60 1.42 0.66 1.04 0.81 0.74 0.95 0.93 0.94 1.65 1.43 1.13 1.48 1.97 2.17 1.67
OP1 3.12 1.51 3.77 4.25 1.80 4.01 1.32 4.03 1.14 2.08 1.25 1.89 1.42 1.51 2.34 4.01 4.64 3.35 3.69 3.39 3.06 3.41
OP2 2.90 1.55 3.55 3.88 1.75 3.53 1.32 3.47 1.20 1.96 1.30 1.89 1.48 1.51 2.21 3.99 4.29 2.98 3.17 3.15 2.63 2.95
P 2.91 1.34 3.55 3.97 1.65 3.69 1.18 3.68 0.98 1.96 1.08 1.72 1.28 1.41 2.19 3.83 4.39 3.09 3.40 3.21 2.75 3.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.35 0.01 0.31 0.81 0.49 0.35
C2 0.04 0.00 0.27 0.36 0.01 0.35 0.01 0.58 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.47 0.32 0.65 1.11 1.13 0.72
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.24 0.13 0.16 0.21 0.27 0.10 0.10 0.03 0.01 0.04 0.03 0.56 0.84 0.74 0.62
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.03 0.35 0.38 0.35 0.33 0.38 0.40 0.23 0.02 0.01 0.02 0.35 0.53 0.49 0.34
C4 0.02 0.01 0.14 0.27 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.16 0.48 1.09 0.89 0.52
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.17 0.00 0.15 0.01 0.18 0.27 0.27 0.34 0.18 0.23 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.30 0.32 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.15 0.07 0.61 1.31 1.14 0.71
C5' 0.11 0.58 0.24 0.03 0.29 0.01 0.29 0.00 0.34 0.47 0.47 0.53 0.35 0.43 0.21 0.12 0.24 0.02 0.01 0.31 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.18 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.43 0.20 0.13 0.61 1.29 1.22 0.71
C8 0.02 0.02 0.16 0.38 0.01 0.27 0.01 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.22 0.19 0.82 1.47 1.17 0.93
N1 0.04 0.01 0.21 0.35 0.01 0.27 0.01 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.34 0.24 0.61 1.19 1.19 0.69
N3 0.04 0.01 0.27 0.33 0.01 0.34 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.47 0.48 0.32 0.58 1.02 0.95 0.61
N6 0.03 0.01 0.10 0.38 0.01 0.18 0.02 0.35 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.44 0.18 0.09 0.68 1.42 1.38 0.83
N7 0.02 0.02 0.10 0.40 0.01 0.23 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.37 0.21 0.12 0.82 1.55 1.35 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.49 1.09 0.78 0.54
O2' 0.03 0.50 0.01 0.02 0.35 0.31 0.37 0.12 0.43 0.33 0.48 0.47 0.44 0.37 0.22 0.00 0.08 0.22 0.50 0.82 0.85 0.60
O3' 0.35 0.47 0.04 0.01 0.25 0.03 0.15 0.24 0.20 0.22 0.34 0.48 0.18 0.21 0.15 0.08 0.00 0.25 0.35 0.62 0.55 0.41
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.19 0.24 0.32 0.09 0.12 0.02 0.22 0.25 0.00 0.21 0.71 0.36 0.30
O5' 0.31 0.65 0.56 0.35 0.48 0.02 0.61 0.01 0.61 0.82 0.61 0.58 0.68 0.82 0.49 0.50 0.35 0.21 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.81 1.11 0.84 0.53 1.09 0.30 1.31 0.31 1.29 1.47 1.19 1.02 1.42 1.55 1.09 0.82 0.62 0.71 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 1.13 0.74 0.49 0.89 0.32 1.14 0.42 1.22 1.17 1.19 0.95 1.38 1.35 0.78 0.85 0.55 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.72 0.62 0.34 0.52 0.11 0.71 0.02 0.71 0.93 0.69 0.61 0.83 0.97 0.54 0.60 0.41 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00