ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 45, 14, 12, 26, 60, 40, 15, 44, 8, 12, 7, 6, 21, 14, 18, 10, 6, 15, 30,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.147, 0.291, 0.435, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.291 std_dev=0.144
C4 A 0, 0.150, 0.307, 0.465, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.307 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.267, 0.636, 1.005, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.636 std_dev=0.369
N3 A 0, 0.300, 0.716, 1.133, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.716 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.257, 0.688, 1.119, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.688 std_dev=0.431
C5 A 0, 0.191, 0.768, 1.345, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.768 std_dev=0.577
N9 B 0, 0.054, 0.642, 1.230, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.642 std_dev=0.588
C6 B 0, 0.369, 0.974, 1.580, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.974 std_dev=0.606
C2 B 0, 0.188, 0.808, 1.428, 2.629 max_d=2.629 avg_d=0.808 std_dev=0.620
N9 A 0, 0.072, 0.735, 1.398, 3.163 max_d=3.163 avg_d=0.735 std_dev=0.663
C2 A 0, 0.234, 0.941, 1.647, 3.816 max_d=3.816 avg_d=0.941 std_dev=0.706
N1 B 0, 0.149, 0.858, 1.567, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.858 std_dev=0.709
C6 A 0, 0.310, 1.063, 1.817, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.063 std_dev=0.753
N7 B 0, 0.433, 1.193, 1.953, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.193 std_dev=0.760
C8 B 0, 0.249, 1.071, 1.894, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.071 std_dev=0.822
C1' B 0, 0.191, 1.062, 1.934, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.062 std_dev=0.871
N1 A 0, 0.012, 0.888, 1.764, 4.427 max_d=4.427 avg_d=0.888 std_dev=0.876
O6 B 0, 0.604, 1.524, 2.444, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.524 std_dev=0.920
C8 A 0, 0.320, 1.286, 2.252, 4.852 max_d=4.852 avg_d=1.286 std_dev=0.966
N7 A 0, 0.375, 1.371, 2.367, 4.457 max_d=4.457 avg_d=1.371 std_dev=0.996
N2 B 0, 0.347, 1.371, 2.396, 4.390 max_d=4.390 avg_d=1.371 std_dev=1.025
C1' A 0, 0.043, 1.096, 2.148, 4.972 max_d=4.972 avg_d=1.096 std_dev=1.052
O6 A 0, 0.493, 1.664, 2.835, 5.699 max_d=5.699 avg_d=1.664 std_dev=1.171
N2 A 0, 0.442, 1.625, 2.808, 6.214 max_d=6.214 avg_d=1.625 std_dev=1.183
C2' B 0, 0.437, 1.684, 2.931, 5.524 max_d=5.524 avg_d=1.684 std_dev=1.247
O4' A 0, 0.417, 1.747, 3.077, 7.019 max_d=7.019 avg_d=1.747 std_dev=1.330
O2' B 0, 0.778, 2.183, 3.587, 6.724 max_d=6.724 avg_d=2.183 std_dev=1.404
C2' A 0, 0.400, 1.929, 3.458, 6.904 max_d=6.904 avg_d=1.929 std_dev=1.529
O4' B 0, 0.093, 1.817, 3.540, 5.252 max_d=5.252 avg_d=1.817 std_dev=1.723
C4' A 0, 0.351, 2.187, 4.022, 9.447 max_d=9.447 avg_d=2.187 std_dev=1.836
C3' A 0, 0.008, 1.921, 3.835, 8.810 max_d=8.810 avg_d=1.921 std_dev=1.913
C3' B 0, 0.219, 2.186, 4.154, 6.885 max_d=6.885 avg_d=2.186 std_dev=1.967
O2' A 0, 0.823, 2.841, 4.859, 8.570 max_d=8.570 avg_d=2.841 std_dev=2.018
C4' B 0, 0.254, 2.444, 4.634, 7.073 max_d=7.073 avg_d=2.444 std_dev=2.190
O3' B 0, 0.362, 2.562, 4.762, 8.706 max_d=8.706 avg_d=2.562 std_dev=2.200
C5' A 0, 0.883, 3.096, 5.309, 11.368 max_d=11.368 avg_d=3.096 std_dev=2.213
O3' A 0, -0.249, 2.206, 4.661, 11.260 max_d=11.260 avg_d=2.206 std_dev=2.455
O5' A 0, 1.289, 3.872, 6.456, 10.636 max_d=10.636 avg_d=3.872 std_dev=2.584
C5' B 0, 0.397, 3.430, 6.463, 9.412 max_d=9.412 avg_d=3.430 std_dev=3.033
O5' B 0, 0.584, 3.775, 6.966, 10.409 max_d=10.409 avg_d=3.775 std_dev=3.191
P A 0, 1.729, 5.181, 8.632, 12.979 max_d=12.979 avg_d=5.181 std_dev=3.452
OP1 A 0, 1.976, 5.763, 9.550, 15.326 max_d=15.326 avg_d=5.763 std_dev=3.787
OP2 B 0, 1.175, 5.198, 9.222, 13.511 max_d=13.511 avg_d=5.198 std_dev=4.024
P B 0, 0.827, 4.942, 9.057, 12.814 max_d=12.814 avg_d=4.942 std_dev=4.115
OP2 A 0, 1.622, 5.747, 9.873, 12.354 max_d=12.354 avg_d=5.747 std_dev=4.125
OP1 B 0, 1.004, 5.747, 10.489, 15.142 max_d=15.142 avg_d=5.747 std_dev=4.743

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.37 0.01 0.26 0.03 0.23 0.52 0.18
C2 0.05 0.00 0.38 0.25 0.01 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.46 0.34 0.33 0.02 0.42 0.67 0.38
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.22 0.19 0.18 0.31 0.45 0.37 0.09 0.03 0.00 0.03 0.03 0.30 0.16 0.34 0.53 0.25
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.28 0.01 0.39 0.02 0.40 0.41 0.33 0.23 0.21 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.40 0.45 0.32 0.48 0.17
C4 0.02 0.01 0.21 0.28 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.17 0.44 0.01 0.34 0.78 0.39
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.11 0.33 0.12 0.29 0.20 0.29 0.12 0.33 0.03 0.01 0.02 0.16 0.36 0.39 0.27
C5 0.02 0.01 0.12 0.39 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.19 0.07 0.68 0.01 0.66 1.18 0.76
C5' 0.08 0.26 0.22 0.02 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.38 0.22 0.35 0.25 0.38 0.15 0.11 0.22 0.02 0.01 0.29 0.21 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.40 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.23 0.14 0.63 0.01 0.64 1.14 0.71
C8 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.33 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.50 0.21 0.21 0.96 0.03 0.92 1.46 1.10
N1 0.04 0.01 0.31 0.33 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.33 0.26 0.44 0.01 0.42 0.83 0.43
N2 0.06 0.01 0.45 0.23 0.01 0.29 0.02 0.35 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.58 0.42 0.35 0.03 0.63 0.74 0.58
N3 0.05 0.01 0.37 0.21 0.01 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.47 0.34 0.29 0.02 0.40 0.63 0.36
N7 0.01 0.01 0.09 0.46 0.01 0.29 0.00 0.38 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.25 0.12 0.97 0.03 1.04 1.65 1.20
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.54 0.02 0.39 0.84 0.49
O2' 0.03 0.27 0.00 0.02 0.16 0.33 0.30 0.11 0.27 0.50 0.20 0.40 0.27 0.49 0.23 0.00 0.07 0.24 0.35 0.33 0.28 0.64 0.27
O3' 0.37 0.46 0.03 0.01 0.26 0.03 0.19 0.22 0.23 0.21 0.33 0.58 0.47 0.25 0.16 0.07 0.00 0.25 0.43 0.25 0.42 0.44 0.19
O4' 0.01 0.34 0.03 0.02 0.17 0.01 0.07 0.02 0.14 0.21 0.26 0.42 0.34 0.12 0.02 0.24 0.25 0.00 0.16 0.10 0.27 0.49 0.24
O5' 0.26 0.33 0.30 0.40 0.44 0.02 0.68 0.01 0.63 0.96 0.44 0.35 0.29 0.97 0.54 0.35 0.43 0.16 0.00 0.74 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.45 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.33 0.25 0.10 0.74 0.00 0.85 1.40 0.92
OP1 0.23 0.42 0.34 0.32 0.34 0.36 0.66 0.21 0.64 0.92 0.42 0.63 0.40 1.04 0.39 0.28 0.42 0.27 0.02 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.67 0.53 0.48 0.78 0.39 1.18 0.25 1.14 1.46 0.83 0.74 0.63 1.65 0.84 0.64 0.44 0.49 0.03 1.40 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.38 0.25 0.17 0.39 0.27 0.76 0.02 0.71 1.10 0.43 0.58 0.36 1.20 0.49 0.27 0.19 0.24 0.01 0.92 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.08 0.76 1.03 1.12 0.55 1.72 0.73 2.22 0.99 1.05 0.92 1.13 0.68 1.07 0.84 1.12 0.95 1.73 2.22 1.44 2.63 2.48 2.58
C2 0.73 0.85 1.04 1.28 0.62 0.94 0.90 0.99 1.05 0.91 0.96 1.05 0.71 1.09 0.64 1.02 1.41 0.92 1.29 1.28 1.33 1.69 1.31
C2' 1.57 0.98 1.54 1.72 0.75 2.39 0.66 2.94 0.87 1.29 0.94 1.52 1.01 1.16 1.16 1.56 1.60 2.30 2.86 1.45 3.30 2.91 3.20
C3' 1.68 1.30 1.74 2.00 0.95 2.61 0.66 3.28 0.84 1.30 1.18 1.79 1.30 1.04 1.27 1.70 1.83 2.40 3.33 1.22 3.90 3.54 3.84
C4 0.68 0.59 0.60 0.59 0.35 0.84 0.54 1.10 0.71 0.66 0.56 0.88 0.59 0.79 0.49 0.97 0.66 1.07 1.23 1.05 1.44 1.68 1.42
C4' 1.41 1.08 1.47 1.71 0.74 2.29 0.60 2.98 0.82 1.13 1.02 1.53 1.04 0.96 1.04 1.47 1.49 2.11 3.03 1.22 3.68 3.38 3.59
C5 0.90 0.86 0.94 0.84 0.67 0.74 0.48 0.86 0.52 0.60 0.61 1.05 0.93 0.61 0.70 1.44 0.95 0.93 1.11 0.74 1.31 1.74 1.28
C5' 1.56 1.32 1.67 1.89 0.98 2.38 0.80 3.05 0.99 1.22 1.21 1.76 1.27 1.03 1.20 1.74 1.68 2.18 3.11 1.33 3.82 3.58 3.71
C6 0.99 0.94 1.19 1.28 0.70 0.88 0.48 0.91 0.60 0.55 0.73 1.14 1.00 0.57 0.72 1.63 1.41 0.81 1.32 0.80 1.49 2.00 1.45
C8 1.23 1.07 1.29 1.13 0.87 1.39 0.70 1.68 0.75 1.00 0.87 1.32 1.09 0.87 1.02 1.65 1.06 1.47 1.73 1.04 2.03 2.15 1.99
N1 0.78 0.85 1.18 1.47 0.45 0.98 0.58 1.03 0.78 0.62 0.79 1.10 0.78 0.80 0.47 1.35 1.63 0.76 1.45 1.05 1.55 1.99 1.51
N2 1.17 1.18 1.62 1.81 1.05 1.42 1.22 1.40 1.33 1.32 1.29 1.37 1.06 1.40 1.11 1.45 1.93 1.25 1.61 1.55 1.60 1.82 1.55
N3 0.69 0.75 0.72 0.85 0.56 0.94 0.90 1.12 1.09 0.88 0.94 0.96 0.60 1.07 0.61 0.78 0.92 1.12 1.24 1.35 1.38 1.59 1.36
N7 1.27 1.17 1.36 1.13 1.03 1.17 0.83 1.29 0.81 0.97 0.96 1.35 1.22 0.87 1.09 1.85 1.17 1.28 1.39 0.92 1.63 1.94 1.59
N9 0.95 0.71 0.89 0.83 0.52 1.29 0.57 1.67 0.73 0.87 0.64 1.04 0.72 0.87 0.75 1.17 0.74 1.43 1.71 1.15 2.01 2.06 1.99
O2' 1.50 1.03 1.52 1.80 0.89 2.46 1.29 3.05 1.67 1.54 1.49 1.43 0.84 1.67 1.21 1.48 1.67 2.25 2.94 2.31 3.45 2.99 3.29
O3' 1.63 1.40 1.82 2.22 0.87 2.77 0.71 3.58 1.05 1.25 1.41 1.94 1.25 1.05 1.17 1.69 2.07 2.38 3.71 1.43 4.48 3.91 4.37
O4' 1.11 0.83 1.14 1.26 0.58 1.80 0.61 2.39 0.81 0.98 0.85 1.20 0.78 0.93 0.84 1.22 1.05 1.75 2.44 1.21 2.95 2.80 2.90
O5' 1.95 1.85 1.97 2.06 1.59 2.51 1.46 3.06 1.58 1.68 1.75 2.17 1.80 1.52 1.71 2.11 1.85 2.43 3.07 1.76 3.63 3.53 3.58
O6 1.41 1.19 1.67 1.74 1.03 1.36 0.74 1.41 0.80 0.96 1.00 1.39 1.26 0.80 1.14 2.16 1.83 1.16 1.78 0.96 1.99 2.47 1.93
OP1 1.93 1.88 2.07 2.34 1.56 2.69 1.56 3.31 1.76 1.74 1.87 2.29 1.74 1.67 1.68 2.15 2.18 2.45 3.37 2.08 4.16 4.02 3.98
OP2 2.40 2.23 2.36 2.40 2.18 2.73 2.27 3.14 2.38 2.40 2.31 2.40 2.17 2.41 2.29 2.59 2.23 2.74 3.12 2.65 3.59 3.60 3.54
P 1.92 1.81 1.99 2.12 1.60 2.47 1.61 3.00 1.76 1.79 1.81 2.13 1.72 1.73 1.72 2.16 1.95 2.36 3.04 2.05 3.66 3.61 3.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.11 0.08 0.02 0.01 0.03 0.35 0.01 0.35 0.04 0.52 0.47 0.31
C2 0.08 0.00 0.44 0.44 0.02 0.57 0.01 0.97 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.47 0.34 0.56 1.23 0.02 1.46 1.74 1.45
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.23 0.03 0.13 0.21 0.21 0.21 0.35 0.52 0.42 0.12 0.04 0.00 0.04 0.02 0.41 0.17 0.61 0.58 0.45
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.31 0.01 0.39 0.03 0.41 0.46 0.41 0.52 0.40 0.48 0.27 0.02 0.01 0.03 0.28 0.44 0.41 0.36 0.24
C4 0.03 0.02 0.23 0.31 0.00 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.28 0.19 0.28 0.69 0.02 0.77 0.86 0.64
C4' 0.02 0.57 0.03 0.01 0.23 0.00 0.13 0.01 0.20 0.43 0.40 0.75 0.55 0.33 0.11 0.35 0.03 0.01 0.02 0.16 0.26 0.33 0.17
C5 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.18 0.11 0.79 0.02 0.89 1.03 0.77
C5' 0.07 0.97 0.21 0.03 0.36 0.01 0.18 0.00 0.32 0.66 0.69 1.31 0.90 0.52 0.14 0.15 0.23 0.02 0.01 0.24 0.29 0.32 0.02
C6 0.04 0.01 0.21 0.41 0.01 0.20 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.22 0.23 0.80 0.01 0.91 1.09 0.79
C8 0.03 0.02 0.21 0.46 0.01 0.43 0.01 0.66 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.49 0.23 0.32 1.26 0.03 1.36 1.50 1.34
N1 0.06 0.01 0.35 0.41 0.02 0.40 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.40 0.26 0.42 0.97 0.02 1.15 1.39 1.09
N2 0.11 0.01 0.52 0.52 0.03 0.75 0.02 1.31 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.60 0.46 0.69 1.63 0.03 2.02 2.43 2.04
N3 0.08 0.01 0.42 0.40 0.01 0.55 0.01 0.90 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.44 0.35 0.56 1.13 0.02 1.26 1.46 1.25
N7 0.02 0.02 0.12 0.48 0.01 0.33 0.01 0.52 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.48 0.26 0.18 1.19 0.03 1.36 1.57 1.32
N9 0.01 0.03 0.04 0.27 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.65 0.03 0.72 0.75 0.59
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.28 0.35 0.35 0.15 0.37 0.49 0.40 0.60 0.44 0.48 0.24 0.00 0.08 0.25 0.35 0.41 0.67 0.68 0.47
O3' 0.35 0.34 0.04 0.01 0.19 0.03 0.18 0.23 0.22 0.23 0.26 0.46 0.35 0.26 0.13 0.08 0.00 0.24 0.32 0.26 0.54 0.47 0.36
O4' 0.01 0.56 0.02 0.03 0.28 0.01 0.11 0.02 0.23 0.32 0.42 0.69 0.56 0.18 0.02 0.25 0.24 0.00 0.30 0.16 0.44 0.42 0.28
O5' 0.35 1.23 0.41 0.28 0.69 0.02 0.79 0.01 0.80 1.26 0.97 1.63 1.13 1.19 0.65 0.35 0.32 0.30 0.00 0.86 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.17 0.44 0.02 0.16 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.41 0.26 0.16 0.86 0.00 1.00 1.21 0.89
OP1 0.52 1.46 0.61 0.41 0.77 0.26 0.89 0.29 0.91 1.36 1.15 2.02 1.26 1.36 0.72 0.67 0.54 0.44 0.02 1.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.74 0.58 0.36 0.86 0.33 1.03 0.32 1.09 1.50 1.39 2.43 1.46 1.57 0.75 0.68 0.47 0.42 0.02 1.21 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.45 0.45 0.24 0.64 0.17 0.77 0.02 0.79 1.34 1.09 2.04 1.25 1.32 0.59 0.47 0.36 0.28 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00