ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42241

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 12, 26, 17, 30, 53, 12, 10, 24, 19, 7, 1, 1, 8, 47, 22, 72, 5, 1, 116,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.086, 0.250, 0.414, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.250 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.257, 0.536, 0.816, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.536 std_dev=0.280
N3 A 0, 0.294, 0.706, 1.118, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.706 std_dev=0.412
C5 A 0, 0.377, 0.816, 1.255, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.816 std_dev=0.439
N9 A 0, 0.366, 0.865, 1.364, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.865 std_dev=0.499
C6 A 0, 0.522, 1.115, 1.709, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.115 std_dev=0.594
C2 B 0, 0.369, 0.982, 1.595, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.982 std_dev=0.613
C2 A 0, 0.518, 1.155, 1.792, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.155 std_dev=0.637
N1 A 0, 0.561, 1.208, 1.854, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.208 std_dev=0.647
C6 B 0, 0.356, 1.045, 1.735, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.045 std_dev=0.689
C1' A 0, 0.531, 1.250, 1.968, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.250 std_dev=0.718
O4' A 0, 0.911, 1.662, 2.413, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.662 std_dev=0.751
N7 A 0, 0.665, 1.487, 2.309, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.487 std_dev=0.822
C8 A 0, 0.654, 1.478, 2.301, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.478 std_dev=0.823
N3 B 0, 0.448, 1.350, 2.251, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.350 std_dev=0.901
C4' A 0, 1.214, 2.119, 3.024, 4.757 max_d=4.757 avg_d=2.119 std_dev=0.905
O6 A 0, 0.767, 1.685, 2.603, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.685 std_dev=0.918
C3' A 0, 0.990, 1.959, 2.927, 4.606 max_d=4.606 avg_d=1.959 std_dev=0.969
C1' B 0, 0.602, 1.602, 2.602, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.602 std_dev=1.000
C2' A 0, 0.861, 1.901, 2.941, 4.222 max_d=4.222 avg_d=1.901 std_dev=1.040
O4' B 0, 0.861, 1.918, 2.975, 4.612 max_d=4.612 avg_d=1.918 std_dev=1.057
N2 A 0, 0.857, 1.930, 3.003, 4.280 max_d=4.280 avg_d=1.930 std_dev=1.073
C5 B 0, 0.446, 1.526, 2.606, 3.758 max_d=3.758 avg_d=1.526 std_dev=1.080
C4 B 0, 0.469, 1.614, 2.759, 4.103 max_d=4.103 avg_d=1.614 std_dev=1.145
C5' A 0, 1.666, 2.834, 4.002, 6.623 max_d=6.623 avg_d=2.834 std_dev=1.168
O2 B 0, 0.675, 1.906, 3.136, 4.471 max_d=4.471 avg_d=1.906 std_dev=1.231
O3' A 0, 1.068, 2.377, 3.686, 6.598 max_d=6.598 avg_d=2.377 std_dev=1.309
O5' A 0, 2.098, 3.535, 4.972, 8.163 max_d=8.163 avg_d=3.535 std_dev=1.437
O2' A 0, 0.860, 2.561, 4.262, 5.572 max_d=5.572 avg_d=2.561 std_dev=1.701
C2' B 0, 0.745, 2.472, 4.199, 5.234 max_d=5.234 avg_d=2.472 std_dev=1.727
O4 B 0, 0.763, 2.515, 4.268, 6.319 max_d=6.319 avg_d=2.515 std_dev=1.752
C4' B 0, 1.294, 3.058, 4.822, 7.267 max_d=7.267 avg_d=3.058 std_dev=1.764
C5' B 0, 1.620, 3.603, 5.586, 8.774 max_d=8.774 avg_d=3.603 std_dev=1.983
O5' B 0, 1.520, 3.508, 5.497, 8.385 max_d=8.385 avg_d=3.508 std_dev=1.989
O2' B 0, 1.172, 3.247, 5.323, 7.028 max_d=7.028 avg_d=3.247 std_dev=2.075
C3' B 0, 1.195, 3.378, 5.562, 7.717 max_d=7.717 avg_d=3.378 std_dev=2.183
P A 0, 2.314, 4.547, 6.779, 10.709 max_d=10.709 avg_d=4.547 std_dev=2.233
OP1 A 0, 2.874, 5.332, 7.791, 11.865 max_d=11.865 avg_d=5.332 std_dev=2.458
P B 0, 1.937, 4.463, 6.989, 10.612 max_d=10.612 avg_d=4.463 std_dev=2.526
OP2 A 0, 2.078, 4.631, 7.183, 11.390 max_d=11.390 avg_d=4.631 std_dev=2.552
OP2 B 0, 1.842, 4.513, 7.184, 10.392 max_d=10.392 avg_d=4.513 std_dev=2.671
O3' B 0, 1.269, 4.185, 7.102, 9.844 max_d=9.844 avg_d=4.185 std_dev=2.917
OP1 B 0, 2.464, 5.574, 8.683, 13.066 max_d=13.066 avg_d=5.574 std_dev=3.110

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.34 0.03 0.43 0.53 0.38
C2 0.05 0.00 0.40 0.41 0.01 0.47 0.01 0.88 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.45 0.40 1.19 0.01 1.49 1.93 1.54
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.18 0.21 0.31 0.48 0.39 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.53 0.14 0.58 0.58 0.52
C3' 0.02 0.41 0.01 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.37 0.48 0.37 0.50 0.38 0.48 0.25 0.02 0.01 0.03 0.31 0.41 0.40 0.27 0.25
C4 0.03 0.01 0.21 0.28 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.25 0.20 0.67 0.01 0.84 1.06 0.81
C4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.19 0.00 0.12 0.01 0.16 0.38 0.33 0.62 0.46 0.30 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.15 0.20 0.32 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.18 0.08 0.70 0.01 0.98 1.12 0.86
C5' 0.09 0.88 0.22 0.02 0.35 0.01 0.20 0.00 0.32 0.57 0.63 1.16 0.81 0.46 0.14 0.12 0.25 0.02 0.01 0.26 0.29 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.37 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.23 0.16 0.75 0.01 1.06 1.28 0.97
C8 0.02 0.02 0.21 0.48 0.01 0.38 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.23 0.23 1.06 0.02 1.28 1.32 1.18
N1 0.04 0.01 0.31 0.37 0.01 0.33 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.33 0.30 0.95 0.01 1.27 1.63 1.27
N2 0.07 0.01 0.48 0.50 0.02 0.62 0.02 1.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.41 0.57 0.48 1.54 0.02 1.99 2.53 2.04
N3 0.05 0.01 0.39 0.38 0.01 0.46 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.31 0.45 0.40 1.10 0.01 1.27 1.63 1.34
N7 0.02 0.01 0.12 0.48 0.01 0.30 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.26 0.14 1.00 0.02 1.33 1.40 1.19
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.14 0.02 0.56 0.02 0.72 0.80 0.63
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.26 0.33 0.36 0.12 0.37 0.41 0.34 0.41 0.31 0.44 0.24 0.00 0.09 0.23 0.40 0.41 0.51 0.63 0.45
O3' 0.36 0.45 0.04 0.01 0.25 0.03 0.18 0.25 0.23 0.23 0.33 0.57 0.45 0.26 0.14 0.09 0.00 0.24 0.36 0.25 0.68 0.46 0.44
O4' 0.01 0.40 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.16 0.23 0.30 0.48 0.40 0.14 0.02 0.23 0.24 0.00 0.26 0.11 0.33 0.48 0.31
O5' 0.34 1.19 0.53 0.31 0.67 0.02 0.70 0.01 0.75 1.06 0.95 1.54 1.10 1.00 0.56 0.40 0.36 0.26 0.00 0.78 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.41 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.25 0.11 0.78 0.00 1.15 1.33 1.01
OP1 0.43 1.49 0.58 0.40 0.84 0.20 0.98 0.29 1.06 1.28 1.27 1.99 1.27 1.33 0.72 0.51 0.68 0.33 0.02 1.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 1.93 0.58 0.27 1.06 0.32 1.12 0.39 1.28 1.32 1.63 2.53 1.63 1.40 0.80 0.63 0.46 0.48 0.02 1.33 0.01 0.00 0.01
P 0.38 1.54 0.52 0.25 0.81 0.09 0.86 0.02 0.97 1.18 1.27 2.04 1.34 1.19 0.63 0.45 0.44 0.31 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.17 0.64 1.48 1.69 0.78 1.57 1.02 1.72 0.96 0.78 0.46 1.08 1.65 1.81 1.23 1.30 1.88 2.25 1.96 2.11
C2 1.15 0.89 1.36 1.67 0.66 1.46 0.65 1.56 0.83 0.91 0.77 1.07 1.44 1.68 0.94 1.20 1.69 1.96 1.89 1.78
C2' 1.26 0.63 1.56 1.93 1.11 1.88 1.34 2.17 1.25 0.87 0.72 1.06 1.67 2.08 1.67 1.55 2.38 2.88 2.50 2.68
C3' 1.52 0.78 1.97 2.30 1.20 2.21 1.36 2.49 1.32 1.04 0.80 1.21 2.15 2.54 1.82 1.76 2.70 3.20 2.79 3.02
C4 0.62 0.41 0.73 0.98 0.50 0.81 0.57 0.89 0.47 0.42 0.34 0.64 0.98 0.98 0.74 0.67 1.05 1.31 1.22 1.18
C4' 1.78 0.94 2.31 2.60 0.76 2.42 1.00 2.56 1.17 1.17 0.55 1.43 2.53 2.90 1.35 1.93 2.64 3.06 2.63 2.87
C5 0.52 0.54 0.59 0.67 0.40 0.51 0.45 0.64 0.39 0.42 0.47 0.73 1.13 0.74 0.51 0.45 0.81 1.06 1.27 1.00
C5' 2.19 1.19 2.79 3.17 0.63 2.93 0.94 2.98 1.33 1.49 0.64 1.65 3.03 3.61 1.18 2.34 2.91 3.22 2.71 2.98
C6 0.66 0.55 0.83 0.98 0.50 0.85 0.64 1.07 0.63 0.51 0.54 0.78 1.25 1.00 0.67 0.67 1.27 1.50 1.82 1.46
C8 1.24 0.91 1.51 1.54 0.54 1.37 0.79 1.39 0.96 0.98 0.64 1.21 1.83 1.64 0.77 1.20 1.43 1.55 1.42 1.47
N1 1.07 0.74 1.30 1.52 0.51 1.34 0.71 1.50 0.89 0.86 0.60 0.92 1.48 1.48 0.75 1.11 1.67 1.89 2.08 1.81
N2 1.63 1.30 1.92 2.25 0.82 2.01 0.79 2.12 1.08 1.27 1.07 1.63 2.02 2.36 1.17 1.66 2.21 2.58 2.35 2.31
N3 0.93 0.66 1.13 1.47 0.71 1.26 0.66 1.31 0.61 0.66 0.67 0.86 1.20 1.52 1.01 1.01 1.42 1.72 1.50 1.51
N7 1.11 0.95 1.33 1.24 0.55 1.05 0.60 1.02 0.73 0.90 0.77 1.20 1.83 1.40 0.68 0.96 1.00 1.15 1.27 1.09
N9 0.95 0.60 1.16 1.30 0.57 1.17 0.80 1.25 0.79 0.69 0.37 0.93 1.38 1.36 0.90 1.00 1.38 1.62 1.42 1.51
O2' 1.56 0.95 1.66 2.01 1.35 2.14 1.72 2.46 1.63 1.22 0.96 1.27 1.75 2.07 1.77 1.91 2.67 3.22 2.98 3.07
O3' 1.59 0.78 2.03 2.36 1.31 2.36 1.49 2.74 1.40 1.07 0.85 1.21 2.23 2.57 1.96 1.90 2.96 3.63 3.21 3.48
O4' 1.67 1.04 2.09 2.26 0.62 2.08 0.87 2.13 1.07 1.17 0.61 1.48 2.27 2.45 1.06 1.73 2.19 2.49 2.11 2.34
O5' 2.20 1.37 2.79 3.19 0.84 2.88 0.85 2.86 1.25 1.53 0.98 1.81 3.02 3.65 1.34 2.30 2.70 2.87 2.29 2.62
O6 0.96 0.77 1.25 1.36 0.74 1.24 0.86 1.48 0.83 0.69 0.75 1.14 1.67 1.47 1.03 0.98 1.66 1.93 2.28 1.89
OP1 2.75 1.81 3.36 3.86 1.15 3.58 1.20 3.52 1.66 2.00 1.38 2.23 3.69 4.52 1.48 2.88 3.12 3.31 2.58 2.94
OP2 2.40 1.73 2.92 3.35 1.24 3.01 1.14 2.92 1.46 1.80 1.45 2.10 3.28 3.88 1.56 2.45 2.62 2.71 1.95 2.36
P 2.59 1.71 3.16 3.66 1.01 3.34 1.03 3.24 1.52 1.88 1.28 2.11 3.46 4.28 1.33 2.71 2.89 2.97 2.25 2.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.33 0.03 0.01 0.22 0.36 0.38 0.23
C2 0.02 0.00 0.18 0.25 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.27 0.02 0.18 0.37 0.59 0.70 0.44
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.21 0.19 0.03 0.14 0.32 0.00 0.05 0.08 0.03 0.51 0.56 0.61 0.53
C3' 0.03 0.25 0.01 0.00 0.38 0.01 0.42 0.03 0.38 0.23 0.32 0.28 0.03 0.01 0.41 0.02 0.24 0.31 0.29 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.19 0.01 0.04 0.42 0.77 0.82 0.49
C4' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.25 0.09 0.14 0.31 0.32 0.03 0.16 0.01 0.02 0.19 0.24 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.24 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.29 0.01 0.15 0.54 0.85 0.87 0.62
C5' 0.09 0.26 0.21 0.03 0.22 0.01 0.33 0.00 0.33 0.12 0.24 0.47 0.12 0.23 0.24 0.03 0.01 0.17 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.38 0.01 0.25 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.25 0.02 0.19 0.52 0.74 0.73 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.02 0.29 0.50 0.52 0.31
N3 0.02 0.00 0.14 0.32 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.19 0.01 0.12 0.39 0.69 0.80 0.48
O2 0.04 0.01 0.32 0.28 0.02 0.31 0.02 0.47 0.02 0.02 0.01 0.00 0.36 0.49 0.02 0.32 0.57 0.71 0.86 0.65
O2' 0.03 0.27 0.00 0.03 0.40 0.32 0.44 0.12 0.40 0.23 0.33 0.36 0.00 0.07 0.43 0.22 0.39 0.45 0.66 0.45
O3' 0.33 0.27 0.05 0.01 0.19 0.03 0.29 0.23 0.25 0.14 0.19 0.49 0.07 0.00 0.23 0.23 0.31 0.53 0.39 0.34
O4 0.03 0.02 0.08 0.41 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.43 0.23 0.00 0.05 0.45 0.84 0.90 0.54
O4' 0.01 0.18 0.03 0.02 0.04 0.01 0.15 0.03 0.19 0.02 0.12 0.32 0.22 0.23 0.05 0.00 0.14 0.29 0.41 0.23
O5' 0.22 0.37 0.51 0.24 0.42 0.02 0.54 0.01 0.52 0.29 0.39 0.57 0.39 0.31 0.45 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.59 0.56 0.31 0.77 0.19 0.85 0.17 0.74 0.50 0.69 0.71 0.45 0.53 0.84 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.70 0.61 0.29 0.82 0.24 0.87 0.28 0.73 0.52 0.80 0.86 0.66 0.39 0.90 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.44 0.53 0.21 0.49 0.07 0.62 0.02 0.56 0.31 0.48 0.65 0.45 0.34 0.54 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00