ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 42916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

11, 10, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.012, 0.115, 0.219, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.115 std_dev=0.104
C4 A 0, -0.010, 0.117, 0.244, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.117 std_dev=0.127
C5 B 0, -0.008, 0.138, 0.284, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.138 std_dev=0.146
N9 B 0, 0.001, 0.169, 0.337, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.169 std_dev=0.168
N9 A 0, -0.022, 0.151, 0.325, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.151 std_dev=0.174
N3 A 0, -0.052, 0.134, 0.320, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.134 std_dev=0.186
C8 B 0, 0.025, 0.224, 0.422, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.224 std_dev=0.198
N7 B 0, -0.001, 0.204, 0.409, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.204 std_dev=0.205
C5 A 0, -0.069, 0.171, 0.411, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.171 std_dev=0.240
N3 B 0, -0.059, 0.196, 0.452, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.196 std_dev=0.256
C1' A 0, -0.097, 0.177, 0.450, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.177 std_dev=0.273
C8 A 0, -0.064, 0.218, 0.500, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.218 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.087, 0.389, 0.691, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.389 std_dev=0.302
C2 A 0, -0.140, 0.163, 0.466, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.163 std_dev=0.303
C6 B 0, -0.085, 0.232, 0.549, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.232 std_dev=0.317
N7 A 0, -0.089, 0.232, 0.553, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.232 std_dev=0.321
O2' B 0, 0.269, 0.600, 0.930, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.600 std_dev=0.330
C2 B 0, -0.072, 0.266, 0.605, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.266 std_dev=0.338
C6 A 0, -0.166, 0.193, 0.552, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.193 std_dev=0.359
C1' B 0, -0.117, 0.251, 0.620, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.251 std_dev=0.368
N1 A 0, -0.196, 0.177, 0.549, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.177 std_dev=0.373
N1 B 0, -0.093, 0.288, 0.668, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.288 std_dev=0.381
N2 A 0, -0.190, 0.240, 0.670, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.240 std_dev=0.430
O4' A 0, -0.179, 0.283, 0.744, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.283 std_dev=0.462
N6 B 0, -0.130, 0.335, 0.801, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.335 std_dev=0.465
C2' A 0, -0.200, 0.266, 0.732, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.266 std_dev=0.466
C4' A 0, -0.165, 0.303, 0.772, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.303 std_dev=0.468
O6 A 0, -0.235, 0.259, 0.754, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.259 std_dev=0.495
C3' B 0, -0.083, 0.472, 1.027, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.472 std_dev=0.555
C3' A 0, -0.211, 0.349, 0.909, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.349 std_dev=0.560
O4' B 0, -0.208, 0.423, 1.053, 2.419 max_d=2.419 avg_d=0.423 std_dev=0.630
O3' B 0, -0.097, 0.606, 1.308, 3.063 max_d=3.063 avg_d=0.606 std_dev=0.703
O2' A 0, -0.363, 0.364, 1.092, 3.861 max_d=3.861 avg_d=0.364 std_dev=0.727
C4' B 0, -0.232, 0.512, 1.256, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.512 std_dev=0.744
O3' A 0, -0.301, 0.564, 1.428, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.564 std_dev=0.865
C5' A 0, -0.402, 0.487, 1.376, 4.008 max_d=4.008 avg_d=0.487 std_dev=0.889
O5' B 0, -0.301, 0.622, 1.545, 3.953 max_d=3.953 avg_d=0.622 std_dev=0.923
C5' B 0, -0.315, 0.692, 1.699, 4.263 max_d=4.263 avg_d=0.692 std_dev=1.007
OP2 B 0, -0.410, 0.723, 1.856, 4.466 max_d=4.466 avg_d=0.723 std_dev=1.133
P B 0, -0.477, 0.659, 1.795, 4.773 max_d=4.773 avg_d=0.659 std_dev=1.136
O5' A 0, -0.636, 0.624, 1.884, 5.227 max_d=5.227 avg_d=0.624 std_dev=1.260
OP1 B 0, -0.444, 0.876, 2.197, 5.802 max_d=5.802 avg_d=0.876 std_dev=1.321
P A 0, -0.961, 0.873, 2.708, 8.330 max_d=8.330 avg_d=0.873 std_dev=1.834
OP1 A 0, -0.813, 1.181, 3.175, 9.547 max_d=9.547 avg_d=1.181 std_dev=1.994
OP2 A 0, -1.152, 0.902, 2.957, 9.112 max_d=9.112 avg_d=0.902 std_dev=2.055

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.18 0.14 0.13
C2 0.02 0.00 0.15 0.35 0.01 0.30 0.01 0.47 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.34 0.22 0.58 0.02 1.07 0.83 0.80
C2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.04 0.10 0.07 0.13 0.17 0.14 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.15 0.10 0.29 0.23 0.16
C3' 0.01 0.35 0.02 0.00 0.17 0.01 0.16 0.05 0.20 0.24 0.27 0.44 0.33 0.22 0.11 0.04 0.01 0.01 0.20 0.20 0.32 0.24 0.18
C4 0.01 0.01 0.09 0.17 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.17 0.12 0.25 0.01 0.51 0.40 0.37
C4' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.21 0.22 0.39 0.29 0.17 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.10 0.12 0.04 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.08 0.21 0.02 0.40 0.44 0.39
C5' 0.02 0.47 0.04 0.05 0.18 0.01 0.12 0.00 0.18 0.33 0.35 0.62 0.42 0.27 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.16 0.08 0.05 0.02
C6 0.01 0.02 0.10 0.20 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.23 0.12 0.27 0.01 0.57 0.53 0.46
C8 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.21 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.23 0.12 0.44 0.02 0.41 0.62 0.62
N1 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.28 0.18 0.45 0.02 0.88 0.72 0.66
N2 0.03 0.01 0.17 0.44 0.01 0.39 0.01 0.62 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.44 0.26 0.75 0.03 1.39 1.07 1.05
N3 0.02 0.01 0.14 0.33 0.00 0.29 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.30 0.22 0.52 0.02 0.91 0.67 0.66
N7 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.25 0.07 0.38 0.02 0.41 0.65 0.60
N9 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.03 0.15 0.02 0.23 0.29 0.28
O2' 0.02 0.13 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.16 0.12 0.05 0.03 0.00 0.09 0.06 0.11 0.07 0.24 0.16 0.10
O3' 0.03 0.34 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.04 0.23 0.23 0.28 0.44 0.30 0.25 0.10 0.09 0.00 0.03 0.22 0.26 0.36 0.25 0.17
O4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.12 0.18 0.26 0.22 0.07 0.03 0.06 0.03 0.00 0.14 0.10 0.16 0.10 0.12
O5' 0.09 0.58 0.15 0.20 0.25 0.02 0.21 0.01 0.27 0.44 0.45 0.75 0.52 0.38 0.15 0.11 0.22 0.14 0.00 0.26 0.03 0.04 0.01
O6 0.01 0.02 0.10 0.20 0.01 0.10 0.02 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.26 0.10 0.26 0.00 0.51 0.54 0.47
OP1 0.18 1.07 0.29 0.32 0.51 0.12 0.40 0.08 0.57 0.41 0.88 1.39 0.91 0.41 0.23 0.24 0.36 0.16 0.03 0.51 0.00 0.04 0.01
OP2 0.14 0.83 0.23 0.24 0.40 0.04 0.44 0.05 0.53 0.62 0.72 1.07 0.67 0.65 0.29 0.16 0.25 0.10 0.04 0.54 0.04 0.00 0.00
P 0.13 0.80 0.16 0.18 0.37 0.04 0.39 0.02 0.46 0.62 0.66 1.05 0.66 0.60 0.28 0.10 0.17 0.12 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.45 0.27 0.32 0.31 0.36 0.29 0.45 0.29 0.36 0.41 0.39 0.27 0.36 0.32 0.27 0.35 0.39 0.46 0.65 0.72 0.62
C2 0.44 0.60 0.42 0.40 0.40 0.41 0.27 0.37 0.29 0.22 0.46 0.57 0.29 0.20 0.35 0.46 0.43 0.45 0.33 0.36 0.50 0.31
C2' 0.30 0.52 0.24 0.24 0.31 0.32 0.23 0.39 0.27 0.26 0.46 0.44 0.22 0.25 0.27 0.28 0.27 0.36 0.33 0.54 0.61 0.48
C3' 0.40 0.65 0.30 0.27 0.45 0.37 0.36 0.40 0.45 0.24 0.62 0.58 0.39 0.21 0.36 0.36 0.27 0.43 0.17 0.36 0.42 0.26
C4 0.28 0.51 0.26 0.26 0.29 0.25 0.17 0.26 0.21 0.14 0.41 0.45 0.19 0.14 0.22 0.28 0.31 0.29 0.25 0.39 0.52 0.34
C4' 0.30 0.54 0.21 0.21 0.36 0.29 0.31 0.36 0.40 0.21 0.54 0.47 0.37 0.20 0.29 0.25 0.25 0.34 0.22 0.44 0.47 0.37
C5 0.34 0.54 0.31 0.32 0.34 0.31 0.22 0.30 0.25 0.19 0.44 0.48 0.24 0.17 0.28 0.33 0.34 0.35 0.31 0.40 0.52 0.34
C5' 0.42 0.64 0.40 0.41 0.50 0.40 0.49 0.44 0.58 0.38 0.65 0.57 0.59 0.40 0.43 0.40 0.44 0.41 0.34 0.46 0.48 0.36
C6 0.51 0.64 0.48 0.48 0.47 0.49 0.37 0.47 0.37 0.35 0.51 0.61 0.38 0.32 0.44 0.49 0.48 0.53 0.45 0.47 0.58 0.43
C8 0.28 0.48 0.24 0.26 0.31 0.28 0.26 0.33 0.31 0.24 0.46 0.42 0.27 0.24 0.27 0.26 0.29 0.31 0.34 0.50 0.58 0.46
N1 0.54 0.66 0.52 0.50 0.49 0.52 0.36 0.48 0.37 0.34 0.51 0.64 0.38 0.30 0.46 0.55 0.51 0.56 0.45 0.44 0.55 0.40
N2 0.49 0.63 0.47 0.44 0.43 0.45 0.29 0.40 0.31 0.25 0.47 0.61 0.31 0.22 0.39 0.52 0.47 0.50 0.35 0.35 0.50 0.31
N3 0.31 0.53 0.30 0.29 0.30 0.28 0.17 0.26 0.21 0.13 0.41 0.48 0.20 0.13 0.24 0.33 0.33 0.32 0.24 0.37 0.51 0.32
N7 0.27 0.50 0.23 0.26 0.30 0.25 0.20 0.27 0.26 0.16 0.45 0.43 0.22 0.15 0.23 0.25 0.28 0.28 0.29 0.43 0.54 0.37
N9 0.26 0.47 0.22 0.25 0.28 0.26 0.22 0.32 0.25 0.23 0.41 0.40 0.22 0.24 0.24 0.24 0.29 0.30 0.33 0.50 0.60 0.46
O2' 0.42 0.44 0.40 0.45 0.36 0.50 0.36 0.60 0.30 0.50 0.38 0.40 0.31 0.50 0.41 0.38 0.47 0.50 0.61 0.82 0.88 0.77
O3' 0.48 0.71 0.37 0.33 0.52 0.46 0.43 0.49 0.51 0.33 0.67 0.65 0.45 0.30 0.44 0.43 0.30 0.53 0.21 0.34 0.41 0.28
O4' 0.29 0.46 0.22 0.28 0.31 0.33 0.28 0.42 0.33 0.27 0.45 0.40 0.29 0.26 0.28 0.22 0.33 0.36 0.39 0.58 0.61 0.54
O5' 0.66 0.82 0.63 0.63 0.75 0.61 0.76 0.63 0.83 0.67 0.85 0.77 0.87 0.71 0.69 0.60 0.63 0.65 0.55 0.55 0.61 0.49
O6 0.65 0.72 0.60 0.61 0.60 0.64 0.50 0.62 0.49 0.50 0.59 0.71 0.50 0.46 0.58 0.60 0.58 0.67 0.61 0.61 0.68 0.57
OP1 1.03 0.98 1.04 1.08 1.05 1.05 1.10 1.10 1.09 1.12 1.02 1.00 1.14 1.15 1.07 0.98 1.07 1.03 1.07 1.11 1.14 1.04
OP2 1.25 1.20 1.23 1.28 1.31 1.24 1.40 1.28 1.38 1.39 1.25 1.22 1.49 1.45 1.32 1.15 1.25 1.25 1.29 1.27 1.35 1.24
P 1.06 1.08 1.06 1.08 1.13 1.03 1.19 1.05 1.20 1.16 1.13 1.08 1.28 1.21 1.12 1.01 1.06 1.04 1.03 1.01 1.07 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.24 0.17 0.15
C2 0.03 0.00 0.20 0.17 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.13 0.24 0.30 0.35 0.25
C2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.11 0.02 0.07 0.03 0.10 0.11 0.16 0.20 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.35 0.16 0.14
C3' 0.01 0.17 0.02 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.13 0.10 0.16 0.16 0.13 0.10 0.06 0.04 0.01 0.02 0.17 0.38 0.21 0.21
C4 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.06 0.21 0.28 0.31 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.04 0.06 0.07 0.10 0.04 0.08 0.03 0.01 0.03 0.17 0.05 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.23 0.30 0.36 0.25
C5' 0.01 0.09 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.14 0.08 0.09 0.11 0.14 0.05 0.08 0.07 0.02 0.01 0.13 0.04 0.03
C6 0.02 0.02 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.05 0.24 0.31 0.38 0.27
C8 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.12 0.24 0.28 0.30 0.24
N1 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.09 0.24 0.31 0.38 0.26
N3 0.03 0.00 0.20 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.13 0.22 0.29 0.31 0.23
N6 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.16 0.04 0.24 0.32 0.40 0.28
N7 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.11 0.09 0.24 0.30 0.36 0.27
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.19 0.27 0.26 0.20
O2' 0.02 0.20 0.01 0.04 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.16 0.20 0.10 0.08 0.03 0.00 0.07 0.06 0.05 0.33 0.11 0.12
O3' 0.02 0.23 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.07 0.16 0.12 0.21 0.21 0.16 0.11 0.05 0.07 0.00 0.02 0.26 0.48 0.31 0.31
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.12 0.09 0.13 0.04 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.21 0.23 0.22 0.22
O5' 0.14 0.24 0.09 0.17 0.21 0.03 0.23 0.01 0.24 0.24 0.24 0.22 0.24 0.24 0.19 0.05 0.26 0.21 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.24 0.30 0.35 0.38 0.28 0.17 0.30 0.13 0.31 0.28 0.31 0.29 0.32 0.30 0.27 0.33 0.48 0.23 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.17 0.35 0.16 0.21 0.31 0.05 0.36 0.04 0.38 0.30 0.38 0.31 0.40 0.36 0.26 0.11 0.31 0.22 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.14 0.21 0.23 0.06 0.25 0.03 0.27 0.24 0.26 0.23 0.28 0.27 0.20 0.12 0.31 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00