ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

63, 49, 15, 10, 1, 0, 12, 7, 0, 2, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.026, 0.180, 0.333, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.180 std_dev=0.154
N3 B 0, -0.010, 0.150, 0.309, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.150 std_dev=0.160
N1 A 0, -0.037, 0.151, 0.340, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.151 std_dev=0.189
C4 B 0, -0.063, 0.140, 0.342, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.140 std_dev=0.202
C6 A 0, 0.002, 0.208, 0.415, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.208 std_dev=0.206
O2 A 0, 0.043, 0.272, 0.501, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.272 std_dev=0.229
C5 A 0, -0.018, 0.214, 0.445, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.214 std_dev=0.231
C2 B 0, -0.018, 0.215, 0.448, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.215 std_dev=0.233
N3 A 0, -0.025, 0.229, 0.483, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.229 std_dev=0.254
N1 B 0, -0.038, 0.243, 0.523, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.243 std_dev=0.281
C6 B 0, -0.029, 0.254, 0.538, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.254 std_dev=0.283
C5 B 0, -0.045, 0.239, 0.522, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.239 std_dev=0.284
C4 A 0, -0.073, 0.228, 0.528, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.228 std_dev=0.300
C1' A 0, -0.075, 0.273, 0.620, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.273 std_dev=0.348
C2' A 0, -0.081, 0.307, 0.695, 2.885 max_d=2.885 avg_d=0.307 std_dev=0.388
N9 B 0, -0.138, 0.264, 0.666, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.264 std_dev=0.402
C3' A 0, -0.069, 0.355, 0.779, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.355 std_dev=0.424
N6 B 0, -0.029, 0.405, 0.840, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.405 std_dev=0.434
O4' A 0, -0.054, 0.391, 0.836, 3.501 max_d=3.501 avg_d=0.391 std_dev=0.445
O4 A 0, -0.092, 0.358, 0.809, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.358 std_dev=0.451
C4' A 0, -0.063, 0.417, 0.896, 4.040 max_d=4.040 avg_d=0.417 std_dev=0.479
C1' B 0, -0.162, 0.332, 0.825, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.332 std_dev=0.493
N7 B 0, -0.099, 0.398, 0.896, 3.038 max_d=3.038 avg_d=0.398 std_dev=0.498
O3' A 0, -0.081, 0.462, 1.005, 3.979 max_d=3.979 avg_d=0.462 std_dev=0.543
C8 B 0, -0.147, 0.400, 0.946, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.400 std_dev=0.547
O5' A 0, 0.000, 0.549, 1.097, 3.820 max_d=3.820 avg_d=0.549 std_dev=0.548
C5' A 0, -0.072, 0.553, 1.178, 4.556 max_d=4.556 avg_d=0.553 std_dev=0.625
O2' A 0, -0.229, 0.495, 1.219, 4.144 max_d=4.144 avg_d=0.495 std_dev=0.724
P A 0, -0.160, 0.587, 1.335, 5.111 max_d=5.111 avg_d=0.587 std_dev=0.748
OP2 A 0, -0.170, 0.621, 1.412, 6.674 max_d=6.674 avg_d=0.621 std_dev=0.791
C2' B 0, -0.126, 0.684, 1.494, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.684 std_dev=0.810
O2' B 0, 0.362, 1.175, 1.988, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.175 std_dev=0.813
OP1 A 0, -0.068, 0.849, 1.767, 6.941 max_d=6.941 avg_d=0.849 std_dev=0.918
O4' B 0, -0.187, 0.827, 1.842, 3.554 max_d=3.554 avg_d=0.827 std_dev=1.015
C3' B 0, 0.032, 1.307, 2.581, 4.773 max_d=4.773 avg_d=1.307 std_dev=1.274
C4' B 0, -0.263, 1.066, 2.394, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.066 std_dev=1.329
O3' B 0, 0.404, 2.145, 3.885, 6.308 max_d=6.308 avg_d=2.145 std_dev=1.741
C5' B 0, -0.570, 1.594, 3.759, 7.205 max_d=7.205 avg_d=1.594 std_dev=2.164
O5' B 0, 0.293, 2.654, 5.014, 7.958 max_d=7.958 avg_d=2.654 std_dev=2.360
P B 0, 0.633, 3.882, 7.131, 10.651 max_d=10.651 avg_d=3.882 std_dev=3.249
OP2 B 0, 0.628, 4.159, 7.690, 11.962 max_d=11.962 avg_d=4.159 std_dev=3.531
OP1 B 0, 1.575, 5.302, 9.029, 11.986 max_d=11.986 avg_d=5.302 std_dev=3.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.13 0.23 0.23 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.18 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02 0.04 0.25 0.29 0.18 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.09 0.02 0.09 0.20 0.00 0.04 0.05 0.01 0.26 0.34 0.25 0.24
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.21 0.00 0.20 0.02 0.17 0.14 0.21 0.19 0.03 0.01 0.23 0.02 0.24 0.30 0.10 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.01 0.03 0.35 0.30 0.24 0.25
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.06 0.18 0.02 0.09 0.00 0.02 0.13 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.01 0.04 0.36 0.28 0.24 0.24
C5' 0.04 0.09 0.07 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.12 0.07 0.11 0.11 0.17 0.01 0.01 0.12 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.16 0.01 0.05 0.32 0.24 0.20 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.01 0.01 0.23 0.26 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.09 0.21 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.01 0.04 0.31 0.31 0.20 0.21
O2 0.05 0.01 0.20 0.19 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.15 0.02 0.07 0.21 0.30 0.18 0.15
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.15 0.18 0.16 0.11 0.14 0.09 0.13 0.15 0.00 0.07 0.16 0.12 0.13 0.28 0.26 0.16
O3' 0.08 0.12 0.04 0.01 0.20 0.02 0.20 0.11 0.16 0.08 0.17 0.15 0.07 0.00 0.23 0.06 0.21 0.31 0.19 0.20
O4 0.02 0.02 0.05 0.23 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.23 0.00 0.03 0.37 0.32 0.27 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.12 0.06 0.03 0.00 0.08 0.20 0.33 0.16
O5' 0.13 0.25 0.26 0.24 0.35 0.02 0.36 0.01 0.32 0.23 0.31 0.21 0.13 0.21 0.37 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.29 0.34 0.30 0.30 0.13 0.28 0.12 0.24 0.26 0.31 0.30 0.28 0.31 0.32 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.18 0.25 0.10 0.24 0.23 0.24 0.26 0.20 0.19 0.20 0.18 0.26 0.19 0.27 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.24 0.18 0.25 0.04 0.24 0.01 0.18 0.14 0.21 0.15 0.16 0.20 0.27 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.28 0.61 0.91 0.39 0.91 0.30 1.05 0.22 0.68 0.31 0.33 0.33 0.51 0.58 0.73 0.88 0.87 1.69 2.67 2.33 2.18
C2 0.54 0.23 0.54 0.77 0.36 0.65 0.36 0.70 0.18 0.64 0.23 0.27 0.16 0.58 0.52 0.71 0.69 0.60 1.36 2.29 2.17 1.86
C2' 0.39 0.34 0.45 0.79 0.19 0.75 0.23 0.97 0.40 0.41 0.45 0.22 0.60 0.33 0.31 0.65 0.84 0.64 1.70 2.95 2.34 2.31
C3' 0.59 0.32 0.61 1.04 0.27 1.10 0.18 1.39 0.33 0.46 0.39 0.31 0.54 0.25 0.44 0.75 1.15 0.94 2.07 3.38 2.58 2.69
C4 0.59 0.26 0.58 0.80 0.41 0.70 0.40 0.76 0.24 0.68 0.24 0.31 0.20 0.61 0.56 0.76 0.74 0.66 1.39 2.34 2.18 1.89
C4' 0.82 0.37 0.75 1.12 0.47 1.26 0.31 1.54 0.26 0.67 0.34 0.46 0.39 0.41 0.66 0.84 1.18 1.18 2.12 3.24 2.59 2.62
C5 0.66 0.26 0.64 0.88 0.43 0.83 0.39 0.91 0.22 0.72 0.25 0.33 0.19 0.60 0.61 0.80 0.85 0.79 1.54 2.53 2.22 2.02
C5' 0.89 0.41 0.83 1.19 0.53 1.34 0.36 1.64 0.29 0.71 0.36 0.52 0.37 0.45 0.72 0.94 1.28 1.25 2.19 3.35 2.67 2.70
C6 0.68 0.27 0.65 0.91 0.43 0.89 0.37 1.00 0.21 0.72 0.27 0.34 0.21 0.58 0.62 0.80 0.89 0.85 1.62 2.64 2.27 2.11
N1 0.63 0.25 0.60 0.86 0.39 0.81 0.34 0.90 0.19 0.69 0.26 0.31 0.22 0.57 0.57 0.74 0.82 0.77 1.55 2.53 2.25 2.04
N3 0.53 0.25 0.53 0.75 0.38 0.63 0.39 0.68 0.23 0.63 0.24 0.29 0.19 0.59 0.52 0.72 0.67 0.57 1.32 2.24 2.16 1.82
O2 0.47 0.23 0.49 0.71 0.33 0.56 0.34 0.62 0.16 0.58 0.24 0.25 0.13 0.55 0.46 0.67 0.63 0.49 1.26 2.15 2.11 1.76
O2' 0.45 0.39 0.49 0.73 0.33 0.68 0.40 0.88 0.48 0.57 0.48 0.31 0.64 0.54 0.43 0.66 0.75 0.64 1.60 2.87 2.22 2.20
O3' 0.68 0.44 0.70 1.18 0.40 1.28 0.32 1.64 0.41 0.48 0.45 0.46 0.57 0.32 0.52 0.82 1.35 1.08 2.32 3.76 2.73 2.98
O4 0.57 0.28 0.57 0.79 0.41 0.67 0.42 0.74 0.27 0.67 0.26 0.32 0.24 0.61 0.55 0.76 0.71 0.63 1.34 2.27 2.17 1.84
O4' 0.89 0.41 0.79 1.07 0.57 1.17 0.44 1.35 0.29 0.84 0.35 0.52 0.30 0.61 0.78 0.86 1.06 1.16 1.91 2.83 2.43 2.34
O5' 0.84 0.39 0.78 1.12 0.53 1.25 0.40 1.52 0.28 0.73 0.34 0.49 0.29 0.51 0.71 0.90 1.20 1.18 2.07 3.27 2.59 2.61
OP1 1.07 0.63 1.02 1.35 0.77 1.53 0.66 1.86 0.56 0.93 0.58 0.73 0.52 0.73 0.93 1.09 1.48 1.42 2.35 3.57 2.81 2.88
OP2 0.83 0.47 0.84 1.14 0.53 1.18 0.43 1.39 0.39 0.72 0.47 0.52 0.43 0.51 0.70 0.98 1.24 1.08 1.93 3.15 2.45 2.46
P 0.92 0.47 0.87 1.19 0.60 1.31 0.49 1.59 0.39 0.80 0.43 0.56 0.39 0.59 0.78 0.98 1.28 1.24 2.10 3.27 2.59 2.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.01 0.47 0.66 0.55 0.50
C2 0.03 0.00 0.40 0.66 0.01 0.59 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.73 0.44 0.86 0.88 1.57 1.11
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.22 0.01 0.12 0.23 0.20 0.19 0.32 0.40 0.16 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.74 1.00 0.58 0.75
C3' 0.01 0.66 0.00 0.00 0.41 0.01 0.38 0.02 0.48 0.37 0.59 0.61 0.46 0.36 0.22 0.02 0.01 0.04 0.39 0.61 0.48 0.39
C4 0.02 0.01 0.22 0.41 0.00 0.30 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.38 0.22 0.59 0.86 1.12 0.79
C4' 0.01 0.59 0.01 0.01 0.30 0.00 0.19 0.01 0.30 0.25 0.47 0.57 0.24 0.17 0.08 0.33 0.03 0.01 0.02 0.27 0.28 0.09
C5 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.19 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.24 0.09 0.73 1.25 1.36 1.03
C5' 0.10 0.99 0.23 0.02 0.45 0.01 0.30 0.00 0.49 0.39 0.80 0.90 0.40 0.28 0.14 0.10 0.24 0.02 0.01 0.34 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.48 0.01 0.30 0.01 0.49 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.39 0.18 0.69 1.13 1.49 1.03
C8 0.02 0.01 0.19 0.37 0.01 0.25 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.25 0.23 1.10 1.78 1.38 1.36
N1 0.03 0.01 0.32 0.59 0.01 0.47 0.01 0.80 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.60 0.33 0.75 0.90 1.58 1.05
N3 0.04 0.00 0.40 0.61 0.00 0.57 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.68 0.44 0.75 0.74 1.29 0.92
N6 0.02 0.01 0.16 0.46 0.01 0.24 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.38 0.33 0.12 0.75 1.36 1.62 1.16
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.18 0.13 1.03 1.81 1.53 1.38
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.16 0.01 0.69 1.07 0.96 0.84
O2' 0.02 0.48 0.00 0.02 0.29 0.33 0.32 0.10 0.36 0.40 0.42 0.46 0.38 0.40 0.21 0.00 0.05 0.21 0.45 0.71 0.55 0.46
O3' 0.36 0.73 0.03 0.01 0.38 0.03 0.24 0.24 0.39 0.25 0.60 0.68 0.33 0.18 0.16 0.05 0.00 0.25 0.34 0.64 0.87 0.41
O4' 0.01 0.44 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.02 0.18 0.23 0.33 0.44 0.12 0.13 0.01 0.21 0.25 0.00 0.27 0.37 0.35 0.25
O5' 0.47 0.86 0.74 0.39 0.59 0.02 0.73 0.01 0.69 1.10 0.75 0.75 0.75 1.03 0.69 0.45 0.34 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.66 0.88 1.00 0.61 0.86 0.27 1.25 0.34 1.13 1.78 0.90 0.74 1.36 1.81 1.07 0.71 0.64 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 1.57 0.58 0.48 1.12 0.28 1.36 0.27 1.49 1.38 1.58 1.29 1.62 1.53 0.96 0.55 0.87 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.50 1.11 0.75 0.39 0.79 0.09 1.03 0.02 1.03 1.36 1.05 0.92 1.16 1.38 0.84 0.46 0.41 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00