ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43217

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 51, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 46, 12, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 28, 148,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.648, 1.631, 2.615, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.631 std_dev=0.984
N1 B 0, 0.362, 1.346, 2.331, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.346 std_dev=0.985
O4' B 0, 0.544, 1.559, 2.575, 4.807 max_d=4.807 avg_d=1.559 std_dev=1.016
C1' B 0, 0.324, 1.368, 2.413, 4.429 max_d=4.429 avg_d=1.368 std_dev=1.044
C5 A 0, 0.341, 1.393, 2.445, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.393 std_dev=1.052
N6 A 0, 0.889, 1.977, 3.065, 3.701 max_d=3.701 avg_d=1.977 std_dev=1.088
C6 B 0, 0.280, 1.376, 2.471, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.376 std_dev=1.095
C8 A 0, 0.878, 1.976, 3.074, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.976 std_dev=1.098
N9 A 0, 0.412, 1.560, 2.708, 4.958 max_d=4.958 avg_d=1.560 std_dev=1.148
N7 A 0, 0.791, 1.945, 3.099, 3.646 max_d=3.646 avg_d=1.945 std_dev=1.154
N1 A 0, 0.865, 2.113, 3.362, 4.375 max_d=4.375 avg_d=2.113 std_dev=1.249
C4 A 0, 0.102, 1.384, 2.666, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.384 std_dev=1.282
C4' B 0, 0.902, 2.233, 3.563, 6.263 max_d=6.263 avg_d=2.233 std_dev=1.330
C1' A 0, 0.535, 1.931, 3.326, 6.437 max_d=6.437 avg_d=1.931 std_dev=1.396
O4' A 0, 0.682, 2.093, 3.503, 7.321 max_d=7.321 avg_d=2.093 std_dev=1.410
C4' A 0, 1.162, 2.736, 4.310, 7.691 max_d=7.691 avg_d=2.736 std_dev=1.574
C3' B 0, 0.732, 2.310, 3.888, 6.853 max_d=6.853 avg_d=2.310 std_dev=1.578
C2 A 0, 0.835, 2.419, 4.004, 5.303 max_d=5.303 avg_d=2.419 std_dev=1.584
C2' B 0, 0.277, 1.879, 3.481, 6.707 max_d=6.707 avg_d=1.879 std_dev=1.602
C2' A 0, 1.124, 2.729, 4.334, 5.889 max_d=5.889 avg_d=2.729 std_dev=1.605
N3 A 0, 0.448, 2.082, 3.716, 4.639 max_d=4.639 avg_d=2.082 std_dev=1.634
C2 B 0, 0.512, 2.204, 3.895, 4.910 max_d=4.910 avg_d=2.204 std_dev=1.692
C5' B 0, 0.947, 2.666, 4.385, 5.727 max_d=5.727 avg_d=2.666 std_dev=1.719
O5' B 0, 0.990, 2.720, 4.451, 5.632 max_d=5.632 avg_d=2.720 std_dev=1.730
C5 B 0, 0.161, 1.920, 3.679, 5.110 max_d=5.110 avg_d=1.920 std_dev=1.759
O2' A 0, 1.283, 3.102, 4.921, 7.712 max_d=7.712 avg_d=3.102 std_dev=1.819
C3' A 0, 1.391, 3.242, 5.092, 6.484 max_d=6.484 avg_d=3.242 std_dev=1.850
O2 B 0, 0.906, 2.836, 4.766, 5.856 max_d=5.856 avg_d=2.836 std_dev=1.930
C5' A 0, 0.985, 2.918, 4.851, 8.066 max_d=8.066 avg_d=2.918 std_dev=1.933
O5' A 0, 1.837, 3.899, 5.962, 9.193 max_d=9.193 avg_d=3.899 std_dev=2.063
C4 B 0, 0.477, 2.628, 4.779, 6.600 max_d=6.600 avg_d=2.628 std_dev=2.151
O3' B 0, 0.875, 3.099, 5.322, 9.432 max_d=9.432 avg_d=3.099 std_dev=2.223
N3 B 0, 0.476, 2.754, 5.031, 6.317 max_d=6.317 avg_d=2.754 std_dev=2.278
O2' B 0, -0.196, 2.142, 4.480, 8.772 max_d=8.772 avg_d=2.142 std_dev=2.338
P B 0, 0.999, 3.406, 5.813, 7.175 max_d=7.175 avg_d=3.406 std_dev=2.407
P A 0, 2.076, 4.579, 7.082, 10.207 max_d=10.207 avg_d=4.579 std_dev=2.503
O3' A 0, 1.237, 3.777, 6.316, 7.674 max_d=7.674 avg_d=3.777 std_dev=2.539
OP2 B 0, 1.361, 3.959, 6.558, 8.048 max_d=8.048 avg_d=3.959 std_dev=2.598
N4 B 0, 0.893, 3.584, 6.275, 8.967 max_d=8.967 avg_d=3.584 std_dev=2.691
OP1 A 0, 2.162, 5.037, 7.912, 11.588 max_d=11.588 avg_d=5.037 std_dev=2.875
OP2 A 0, 2.022, 4.903, 7.783, 10.312 max_d=10.312 avg_d=4.903 std_dev=2.881
OP1 B 0, 0.526, 3.778, 7.030, 9.222 max_d=9.222 avg_d=3.778 std_dev=3.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.45 0.39 0.37 0.31
C2 0.03 0.00 0.30 0.32 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.49 0.18 0.72 0.90 0.74 0.80
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.25 0.14 0.16 0.24 0.30 0.10 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.58 0.64 0.94 0.60
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.26 0.01 0.32 0.02 0.34 0.36 0.33 0.29 0.38 0.38 0.22 0.02 0.01 0.03 0.33 0.52 0.65 0.35
C4 0.02 0.01 0.16 0.26 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.27 0.10 0.76 0.72 0.63 0.66
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.19 0.14 0.16 0.13 0.17 0.08 0.32 0.02 0.01 0.02 0.22 0.40 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.32 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.16 0.05 0.95 0.90 0.91 0.84
C5' 0.11 0.31 0.25 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.24 0.28 0.28 0.28 0.26 0.28 0.16 0.08 0.26 0.02 0.01 0.41 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.34 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.23 0.09 0.94 0.95 0.97 0.89
C8 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.21 0.11 1.09 0.97 0.95 0.92
N1 0.03 0.01 0.24 0.33 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.37 0.14 0.83 0.94 0.87 0.85
N3 0.04 0.00 0.30 0.29 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.50 0.17 0.65 0.78 0.60 0.69
N6 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.13 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.37 0.21 0.07 1.04 1.07 1.16 1.01
N7 0.02 0.02 0.09 0.38 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.21 0.06 1.13 1.07 1.14 1.03
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.14 0.02 0.77 0.64 0.55 0.57
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.25 0.32 0.32 0.08 0.34 0.34 0.31 0.27 0.37 0.38 0.21 0.00 0.07 0.21 0.40 0.47 1.03 0.50
O3' 0.34 0.49 0.03 0.01 0.27 0.02 0.16 0.26 0.23 0.21 0.37 0.50 0.21 0.21 0.14 0.07 0.00 0.24 0.28 0.54 0.59 0.34
O4' 0.01 0.18 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.14 0.17 0.07 0.06 0.02 0.21 0.24 0.00 0.34 0.43 0.33 0.40
O5' 0.45 0.72 0.58 0.33 0.76 0.02 0.95 0.01 0.94 1.09 0.83 0.65 1.04 1.13 0.77 0.40 0.28 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.90 0.64 0.52 0.72 0.22 0.90 0.41 0.95 0.97 0.94 0.78 1.07 1.07 0.64 0.47 0.54 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.74 0.94 0.65 0.63 0.40 0.91 0.40 0.97 0.95 0.87 0.60 1.16 1.14 0.55 1.03 0.59 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.80 0.60 0.35 0.66 0.12 0.84 0.01 0.89 0.92 0.85 0.69 1.01 1.03 0.57 0.50 0.34 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.24 3.29 2.57 2.17 3.85 1.49 3.20 1.03 2.61 2.69 3.82 4.46 3.33 2.51 2.20 1.53 1.03 0.85 1.15 0.58
C2 2.64 4.04 2.69 2.06 4.28 1.48 3.50 0.95 2.97 3.25 4.52 4.60 4.16 2.48 1.83 1.94 1.01 0.79 1.10 0.39
C2' 2.30 3.43 2.57 2.14 4.06 1.46 3.37 0.95 2.73 2.79 4.02 4.78 3.47 2.52 2.17 1.55 0.99 0.86 1.14 0.58
C3' 2.59 3.52 2.91 2.53 4.11 1.84 3.50 1.28 2.91 2.97 4.03 4.79 3.57 2.92 2.65 1.88 1.34 0.81 1.39 0.81
C4 2.11 3.31 2.28 1.83 3.86 1.22 3.25 0.80 2.64 2.70 3.84 4.29 3.31 2.08 1.69 1.44 0.91 0.82 1.16 0.46
C4' 2.44 3.13 2.91 2.59 3.61 1.89 3.08 1.36 2.59 2.67 3.56 4.23 3.22 3.02 2.80 1.79 1.28 0.76 1.28 0.77
C5 1.80 2.81 1.94 1.57 3.29 1.04 2.88 0.72 2.35 2.33 3.23 3.59 2.77 1.72 1.43 1.25 0.81 0.78 1.16 0.41
C5' 2.53 2.79 3.05 2.82 3.11 2.20 2.77 1.67 2.44 2.52 3.05 3.63 2.91 3.26 3.16 2.03 1.47 0.79 1.34 0.97
C6 2.02 3.01 2.08 1.68 3.28 1.20 2.86 0.85 2.44 2.53 3.34 3.46 3.02 1.85 1.49 1.52 0.87 0.75 1.09 0.32
C8 1.74 2.43 2.05 1.82 2.99 1.30 2.65 0.96 2.14 2.07 2.84 3.43 2.41 1.98 1.85 1.24 0.92 0.77 1.13 0.56
N1 2.54 3.72 2.58 2.03 3.84 1.51 3.22 1.02 2.80 3.07 4.06 4.04 3.81 2.35 1.81 1.94 1.00 0.75 1.06 0.34
N3 2.46 3.87 2.57 1.99 4.31 1.36 3.52 0.85 2.91 3.10 4.44 4.76 3.94 2.36 1.80 1.72 0.98 0.83 1.15 0.44
N6 1.79 2.48 1.83 1.58 2.61 1.24 2.33 0.99 2.06 2.14 2.68 2.72 2.50 1.64 1.45 1.47 0.88 0.73 1.00 0.30
N7 1.47 2.17 1.70 1.47 2.69 1.02 2.45 0.77 1.96 1.84 2.54 3.01 2.13 1.57 1.43 1.04 0.78 0.75 1.15 0.48
N9 2.02 3.03 2.30 1.94 3.63 1.32 3.08 0.91 2.49 2.50 3.54 4.15 3.03 2.18 1.91 1.38 0.95 0.82 1.16 0.54
O2' 2.23 3.46 2.47 1.97 4.03 1.33 3.25 0.90 2.62 2.74 4.07 4.75 3.56 2.45 2.00 1.45 0.84 1.11 1.08 0.69
O3' 2.66 3.70 2.94 2.51 4.32 1.81 3.66 1.23 3.03 3.10 4.26 5.04 3.76 2.96 2.62 1.92 1.31 0.76 1.38 0.80
O4' 2.31 3.05 2.77 2.42 3.51 1.76 2.96 1.28 2.48 2.57 3.48 4.09 3.12 2.81 2.56 1.67 1.18 0.82 1.20 0.70
O5' 3.02 3.15 3.48 3.32 3.42 2.72 3.22 2.22 2.98 3.00 3.33 3.81 3.23 3.61 3.60 2.58 2.19 1.24 2.12 1.72
OP1 3.26 3.09 3.65 3.52 3.01 3.09 2.89 2.56 2.86 3.02 3.05 3.24 3.31 3.96 4.00 2.93 2.38 1.44 2.20 1.89
OP2 3.18 3.04 3.45 3.35 3.02 2.99 3.00 2.54 2.96 3.02 3.01 3.17 3.16 3.59 3.59 2.90 2.48 1.51 2.36 2.03
P 3.14 2.98 3.54 3.44 2.95 2.99 2.85 2.48 2.80 2.92 2.96 3.18 3.15 3.77 3.84 2.83 2.32 1.35 2.11 1.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.18 0.01 0.33 0.34 0.55 0.31
C2 0.02 0.00 0.22 0.18 0.01 0.14 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.20 0.18 0.42 0.57 0.87 0.40
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.12 0.16 0.04 0.19 0.10 0.35 0.00 0.03 0.02 0.25 0.37 0.44 0.29
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.24 0.01 0.29 0.02 0.28 0.15 0.21 0.27 0.23 0.02 0.01 0.02 0.22 0.30 0.29 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.20 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.06 0.56 0.71 1.24 0.61
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.20 0.00 0.22 0.01 0.20 0.11 0.17 0.22 0.19 0.19 0.03 0.00 0.02 0.13 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.22 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.21 0.11 0.68 0.74 1.35 0.76
C5' 0.09 0.36 0.12 0.02 0.45 0.01 0.42 0.00 0.34 0.26 0.44 0.50 0.40 0.09 0.14 0.02 0.01 0.16 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.28 0.01 0.20 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.19 0.17 0.67 0.63 1.14 0.69
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.47 0.47 0.84 0.44
N3 0.02 0.01 0.19 0.21 0.01 0.17 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.18 0.15 0.47 0.67 1.04 0.48
N4 0.02 0.02 0.10 0.27 0.01 0.22 0.01 0.50 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.19 0.07 0.57 0.78 1.33 0.65
O2 0.04 0.01 0.35 0.23 0.02 0.19 0.02 0.40 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.35 0.35 0.29 0.41 0.63 0.76 0.40
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.24 0.19 0.25 0.09 0.23 0.13 0.25 0.26 0.35 0.00 0.08 0.16 0.18 0.29 0.32 0.21
O3' 0.18 0.20 0.03 0.01 0.15 0.03 0.21 0.14 0.19 0.07 0.18 0.19 0.35 0.08 0.00 0.13 0.30 0.44 0.41 0.29
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.06 0.00 0.11 0.02 0.17 0.02 0.15 0.07 0.29 0.16 0.13 0.00 0.32 0.27 0.46 0.29
O5' 0.33 0.42 0.25 0.22 0.56 0.02 0.68 0.01 0.67 0.47 0.47 0.57 0.41 0.18 0.30 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.57 0.37 0.30 0.71 0.13 0.74 0.16 0.63 0.47 0.67 0.78 0.63 0.29 0.44 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.87 0.44 0.29 1.24 0.15 1.35 0.21 1.14 0.84 1.04 1.33 0.76 0.32 0.41 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.40 0.29 0.20 0.61 0.04 0.76 0.02 0.69 0.44 0.48 0.65 0.40 0.21 0.29 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00