ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

56, 30, 11, 6, 5, 4, 2, 0, 2, 3, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, -0.032, 0.137, 0.305, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.137 std_dev=0.169
C2 B 0, -0.006, 0.171, 0.349, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.171 std_dev=0.178
C6 A 0, -0.029, 0.152, 0.332, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.152 std_dev=0.181
N1 B 0, -0.027, 0.172, 0.371, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.172 std_dev=0.199
N1 A 0, -0.053, 0.155, 0.364, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.155 std_dev=0.209
N3 B 0, -0.040, 0.179, 0.397, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.179 std_dev=0.218
N9 B 0, -0.047, 0.198, 0.443, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.198 std_dev=0.245
C2 A 0, -0.041, 0.240, 0.521, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.240 std_dev=0.281
N3 A 0, -0.034, 0.269, 0.572, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.269 std_dev=0.303
C5 B 0, -0.096, 0.209, 0.513, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.209 std_dev=0.304
N2 B 0, -0.047, 0.285, 0.617, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.285 std_dev=0.332
C5 A 0, -0.143, 0.194, 0.531, 3.324 max_d=3.324 avg_d=0.194 std_dev=0.337
C6 B 0, -0.110, 0.240, 0.589, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.240 std_dev=0.349
C1' B 0, -0.092, 0.275, 0.642, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.275 std_dev=0.367
C8 B 0, -0.104, 0.272, 0.648, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.272 std_dev=0.376
C4 A 0, -0.114, 0.265, 0.644, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.265 std_dev=0.379
C1' A 0, -0.150, 0.294, 0.737, 2.999 max_d=2.999 avg_d=0.294 std_dev=0.443
N7 B 0, -0.146, 0.316, 0.778, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.316 std_dev=0.462
O2 A 0, -0.108, 0.380, 0.867, 3.572 max_d=3.572 avg_d=0.380 std_dev=0.488
C2' B 0, -0.117, 0.407, 0.931, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.407 std_dev=0.524
O4' B 0, -0.089, 0.443, 0.975, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.443 std_dev=0.532
O6 B 0, -0.170, 0.369, 0.908, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.369 std_dev=0.539
O4 A 0, -0.180, 0.420, 1.019, 4.613 max_d=4.613 avg_d=0.420 std_dev=0.600
C3' B 0, -0.107, 0.494, 1.096, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.494 std_dev=0.601
C4' B 0, -0.134, 0.490, 1.115, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.490 std_dev=0.624
C2' A 0, -0.048, 0.589, 1.227, 4.312 max_d=4.312 avg_d=0.589 std_dev=0.638
O4' A 0, -0.136, 0.630, 1.397, 3.642 max_d=3.642 avg_d=0.630 std_dev=0.767
O5' B 0, -0.004, 0.768, 1.540, 2.645 max_d=2.645 avg_d=0.768 std_dev=0.772
O2' B 0, -0.202, 0.574, 1.350, 2.905 max_d=2.905 avg_d=0.574 std_dev=0.776
C3' A 0, -0.137, 0.683, 1.504, 4.917 max_d=4.917 avg_d=0.683 std_dev=0.821
C5' B 0, -0.080, 0.742, 1.565, 3.236 max_d=3.236 avg_d=0.742 std_dev=0.823
O3' B 0, -0.167, 0.716, 1.600, 3.710 max_d=3.710 avg_d=0.716 std_dev=0.884
C4' A 0, -0.121, 0.768, 1.658, 4.111 max_d=4.111 avg_d=0.768 std_dev=0.889
P B 0, -0.076, 1.041, 2.158, 3.740 max_d=3.740 avg_d=1.041 std_dev=1.117
O2' A 0, -0.107, 1.126, 2.359, 6.587 max_d=6.587 avg_d=1.126 std_dev=1.233
O3' A 0, -0.433, 0.826, 2.086, 7.363 max_d=7.363 avg_d=0.826 std_dev=1.260
OP2 B 0, -0.184, 1.152, 2.488, 5.153 max_d=5.153 avg_d=1.152 std_dev=1.336
C5' A 0, -0.216, 1.171, 2.558, 5.680 max_d=5.680 avg_d=1.171 std_dev=1.387
OP1 B 0, -0.192, 1.286, 2.765, 5.272 max_d=5.272 avg_d=1.286 std_dev=1.479
O5' A 0, -0.360, 1.264, 2.889, 6.656 max_d=6.656 avg_d=1.264 std_dev=1.625
P A 0, -0.601, 1.634, 3.869, 8.496 max_d=8.496 avg_d=1.634 std_dev=2.235
OP1 A 0, -0.205, 2.312, 4.829, 8.024 max_d=8.024 avg_d=2.312 std_dev=2.517
OP2 A 0, -0.561, 2.027, 4.615, 9.630 max_d=9.630 avg_d=2.027 std_dev=2.588

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.25 0.02 0.01 0.30 0.53 0.24 0.32
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.02 0.24 0.02 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.17 0.02 0.22 0.40 0.86 0.73 0.58
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.18 0.16 0.02 0.11 0.27 0.00 0.02 0.06 0.02 0.48 0.52 0.47 0.47
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.26 0.01 0.26 0.02 0.24 0.15 0.25 0.29 0.02 0.01 0.27 0.02 0.24 0.39 0.23 0.21
C4 0.02 0.02 0.05 0.26 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.12 0.01 0.04 0.51 1.17 0.55 0.70
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.25 0.05 0.18 0.44 0.24 0.03 0.09 0.01 0.02 0.24 0.22 0.06
C5 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.21 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.16 0.02 0.16 0.78 1.31 0.65 0.96
C5' 0.08 0.41 0.18 0.02 0.19 0.01 0.38 0.00 0.42 0.13 0.34 0.76 0.09 0.18 0.21 0.02 0.01 0.31 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.24 0.01 0.25 0.01 0.42 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.12 0.02 0.22 0.80 1.16 0.60 0.90
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.11 0.02 0.02 0.41 0.80 0.34 0.49
N3 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.18 0.01 0.34 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.12 0.02 0.15 0.40 1.01 0.74 0.62
O2 0.05 0.01 0.27 0.29 0.02 0.44 0.02 0.76 0.02 0.02 0.02 0.00 0.35 0.28 0.03 0.40 0.68 0.98 1.13 0.89
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.27 0.24 0.34 0.09 0.33 0.16 0.23 0.35 0.00 0.06 0.29 0.16 0.40 0.49 0.49 0.41
O3' 0.25 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.16 0.18 0.12 0.11 0.12 0.28 0.06 0.00 0.14 0.18 0.29 0.50 0.32 0.32
O4 0.02 0.02 0.06 0.27 0.01 0.09 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.03 0.29 0.14 0.00 0.05 0.51 1.25 0.62 0.74
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.04 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.15 0.40 0.16 0.18 0.05 0.00 0.21 0.53 0.25 0.26
O5' 0.30 0.40 0.48 0.24 0.51 0.02 0.78 0.01 0.80 0.41 0.40 0.68 0.40 0.29 0.51 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.86 0.52 0.39 1.17 0.24 1.31 0.31 1.16 0.80 1.01 0.98 0.49 0.50 1.25 0.53 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.73 0.47 0.23 0.55 0.22 0.65 0.32 0.60 0.34 0.74 1.13 0.49 0.32 0.62 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.58 0.47 0.21 0.70 0.06 0.96 0.02 0.90 0.49 0.62 0.89 0.41 0.32 0.74 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 0.34 0.40 0.44 0.46 0.56 0.46 0.66 0.41 0.57 0.36 0.33 0.38 0.53 0.54 0.61 0.76 0.74 0.60 0.41 0.75 0.88 0.75
C2 0.49 0.38 0.31 0.35 0.47 0.49 0.48 0.57 0.44 0.53 0.40 0.34 0.41 0.52 0.51 0.50 0.67 0.66 0.54 0.45 0.65 0.81 0.66
C2' 0.46 0.35 0.39 0.56 0.43 0.61 0.47 0.72 0.44 0.54 0.39 0.33 0.36 0.53 0.48 0.56 0.92 0.69 0.66 0.47 0.84 0.96 0.82
C3' 0.54 0.34 0.36 0.66 0.42 0.74 0.44 0.88 0.38 0.56 0.35 0.38 0.36 0.52 0.51 0.37 0.97 0.83 0.80 0.39 0.95 1.14 0.98
C4 0.31 0.21 0.33 0.24 0.25 0.32 0.23 0.39 0.20 0.28 0.20 0.24 0.24 0.25 0.29 0.47 0.51 0.46 0.38 0.19 0.57 0.71 0.53
C4' 0.71 0.40 0.50 0.81 0.54 0.96 0.54 1.10 0.48 0.69 0.42 0.38 0.46 0.63 0.65 0.45 1.01 1.02 1.02 0.48 1.11 1.38 1.18
C5 0.34 0.20 0.37 0.28 0.24 0.34 0.21 0.40 0.18 0.28 0.19 0.23 0.22 0.24 0.29 0.55 0.58 0.48 0.38 0.18 0.56 0.73 0.54
C5' 1.03 0.59 0.92 1.31 0.82 1.40 0.83 1.55 0.74 1.02 0.63 0.49 0.68 0.95 0.96 0.76 1.46 1.34 1.49 0.75 1.48 1.82 1.60
C6 0.41 0.22 0.38 0.32 0.30 0.39 0.27 0.45 0.23 0.36 0.21 0.22 0.27 0.31 0.36 0.60 0.65 0.55 0.42 0.22 0.58 0.75 0.57
N1 0.48 0.30 0.35 0.35 0.40 0.47 0.40 0.55 0.35 0.48 0.31 0.28 0.35 0.45 0.46 0.57 0.69 0.64 0.51 0.35 0.64 0.81 0.65
N3 0.37 0.33 0.27 0.24 0.38 0.38 0.38 0.45 0.36 0.40 0.33 0.30 0.35 0.39 0.39 0.44 0.55 0.53 0.44 0.36 0.59 0.74 0.57
O2 0.61 0.48 0.35 0.49 0.60 0.64 0.64 0.73 0.60 0.70 0.53 0.44 0.49 0.69 0.65 0.51 0.78 0.80 0.69 0.61 0.77 0.92 0.79
O2' 0.63 0.66 0.58 0.70 0.72 0.72 0.82 0.86 0.83 0.84 0.76 0.61 0.62 0.88 0.74 0.77 1.06 0.80 0.83 0.89 1.06 1.01 0.98
O3' 0.78 0.50 0.42 0.61 0.68 0.88 0.75 1.09 0.67 0.92 0.56 0.45 0.54 0.88 0.80 0.37 0.76 1.07 1.03 0.70 1.27 1.30 1.26
O4 0.31 0.23 0.36 0.27 0.24 0.34 0.22 0.41 0.19 0.28 0.21 0.29 0.25 0.24 0.28 0.44 0.46 0.46 0.40 0.19 0.63 0.70 0.55
O4' 0.71 0.40 0.46 0.66 0.53 0.85 0.52 0.96 0.46 0.65 0.41 0.37 0.45 0.59 0.63 0.57 0.87 0.97 0.89 0.45 0.99 1.24 1.05
O5' 1.06 0.57 1.02 1.41 0.80 1.44 0.79 1.59 0.67 1.03 0.57 0.51 0.68 0.93 0.96 0.90 1.67 1.32 1.52 0.66 1.49 1.78 1.61
OP1 1.64 1.22 1.81 2.05 1.39 1.90 1.38 1.97 1.28 1.60 1.21 1.19 1.30 1.50 1.54 1.79 2.21 1.72 1.97 1.27 1.87 2.07 1.95
OP2 1.80 1.13 1.86 2.21 1.49 2.15 1.51 2.23 1.35 1.81 1.18 0.94 1.29 1.70 1.71 1.79 2.46 1.98 2.22 1.35 2.09 2.39 2.23
P 1.50 0.85 1.55 1.92 1.16 1.87 1.16 1.98 1.00 1.46 0.86 0.75 1.00 1.34 1.38 1.45 2.17 1.69 1.95 0.98 1.86 2.11 1.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.17 0.01 0.16 0.03 0.24 0.29 0.21
C2 0.05 0.00 0.24 0.17 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.31 0.21 0.32 0.02 0.68 0.62 0.50
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.12 0.13 0.11 0.20 0.28 0.23 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.25 0.12 0.26 0.33 0.27
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.18 0.20 0.17 0.20 0.15 0.21 0.10 0.02 0.01 0.02 0.17 0.20 0.19 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.13 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.11 0.31 0.02 0.58 0.47 0.42
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.13 0.10 0.18 0.13 0.11 0.05 0.13 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.06 0.37 0.01 0.71 0.49 0.48
C5' 0.05 0.23 0.12 0.02 0.16 0.01 0.16 0.00 0.19 0.15 0.22 0.27 0.21 0.16 0.10 0.07 0.10 0.02 0.01 0.20 0.20 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.18 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.17 0.10 0.39 0.01 0.80 0.57 0.54
C8 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.13 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.11 0.35 0.03 0.51 0.36 0.36
N1 0.04 0.01 0.20 0.17 0.02 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.25 0.17 0.36 0.01 0.77 0.61 0.54
N2 0.06 0.01 0.28 0.20 0.02 0.18 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.39 0.26 0.32 0.03 0.68 0.67 0.52
N3 0.04 0.01 0.23 0.15 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.30 0.21 0.29 0.02 0.58 0.55 0.44
N7 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.05 0.40 0.03 0.69 0.47 0.46
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.27 0.02 0.44 0.34 0.32
O2' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.13 0.12 0.07 0.14 0.19 0.19 0.30 0.22 0.17 0.09 0.00 0.04 0.10 0.17 0.15 0.17 0.36 0.22
O3' 0.17 0.31 0.02 0.01 0.17 0.02 0.13 0.10 0.17 0.16 0.25 0.39 0.30 0.15 0.09 0.04 0.00 0.13 0.19 0.17 0.31 0.18 0.18
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.02 0.10 0.11 0.17 0.26 0.21 0.05 0.01 0.10 0.13 0.00 0.12 0.08 0.16 0.29 0.16
O5' 0.16 0.32 0.25 0.17 0.31 0.02 0.37 0.01 0.39 0.35 0.36 0.32 0.29 0.40 0.27 0.17 0.19 0.12 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.20 0.02 0.09 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.15 0.17 0.08 0.42 0.00 0.87 0.59 0.57
OP1 0.24 0.68 0.26 0.19 0.58 0.12 0.71 0.20 0.80 0.51 0.77 0.68 0.58 0.69 0.44 0.17 0.31 0.16 0.02 0.87 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.62 0.33 0.15 0.47 0.21 0.49 0.23 0.57 0.36 0.61 0.67 0.55 0.47 0.34 0.36 0.18 0.29 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.50 0.27 0.13 0.42 0.05 0.48 0.02 0.54 0.36 0.54 0.52 0.44 0.46 0.32 0.22 0.18 0.16 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00