ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 12, 10, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 34,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, -0.023, 0.258, 0.539, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.258 std_dev=0.281
C4 A 0, -0.028, 0.276, 0.580, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.276 std_dev=0.304
O6 A 0, -0.120, 0.197, 0.514, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.197 std_dev=0.317
C5 B 0, -0.052, 0.265, 0.583, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.265 std_dev=0.317
N3 B 0, -0.090, 0.299, 0.687, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.299 std_dev=0.388
N2 A 0, -0.447, 0.237, 0.922, 6.013 max_d=6.013 avg_d=0.237 std_dev=0.685
C5 A 0, -0.126, 0.579, 1.283, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.579 std_dev=0.704
C6 A 0, -0.149, 0.663, 1.474, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.663 std_dev=0.812
N3 A 0, -0.208, 0.675, 1.559, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.675 std_dev=0.883
N7 B 0, -0.220, 0.711, 1.642, 4.127 max_d=4.127 avg_d=0.711 std_dev=0.931
C6 B 0, -0.225, 0.791, 1.807, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.791 std_dev=1.016
C2 B 0, -0.305, 0.890, 2.086, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.890 std_dev=1.196
O2' A 0, -0.172, 1.060, 2.291, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.060 std_dev=1.232
N9 B 0, -0.290, 0.944, 2.178, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.944 std_dev=1.234
N9 A 0, -0.326, 1.051, 2.428, 3.313 max_d=3.313 avg_d=1.051 std_dev=1.377
O6 B 0, -0.349, 1.097, 2.542, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.097 std_dev=1.445
N1 B 0, -0.393, 1.128, 2.649, 3.519 max_d=3.519 avg_d=1.128 std_dev=1.521
N1 A 0, -0.382, 1.145, 2.672, 3.737 max_d=3.737 avg_d=1.145 std_dev=1.527
C8 B 0, -0.365, 1.163, 2.692, 4.678 max_d=4.678 avg_d=1.163 std_dev=1.529
C2' A 0, -0.353, 1.267, 2.886, 5.134 max_d=5.134 avg_d=1.267 std_dev=1.620
C2 A 0, -0.421, 1.209, 2.839, 3.701 max_d=3.701 avg_d=1.209 std_dev=1.630
C1' A 0, -0.430, 1.338, 3.106, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.338 std_dev=1.768
N2 B 0, -0.493, 1.290, 3.072, 5.273 max_d=5.273 avg_d=1.290 std_dev=1.782
N7 A 0, -0.435, 1.424, 3.283, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.424 std_dev=1.859
C1' B 0, -0.473, 1.399, 3.271, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.399 std_dev=1.872
O2' B 0, -0.377, 1.544, 3.465, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.544 std_dev=1.921
C8 A 0, -0.534, 1.661, 3.856, 5.004 max_d=5.004 avg_d=1.661 std_dev=2.195
C2' B 0, -0.559, 1.698, 3.956, 5.275 max_d=5.275 avg_d=1.698 std_dev=2.258
C3' A 0, -0.784, 2.195, 5.173, 7.896 max_d=7.896 avg_d=2.195 std_dev=2.979
O4' B 0, -0.786, 2.217, 5.220, 7.128 max_d=7.128 avg_d=2.217 std_dev=3.003
O4' A 0, -0.826, 2.201, 5.228, 6.983 max_d=6.983 avg_d=2.201 std_dev=3.027
O3' A 0, -0.833, 2.445, 5.722, 9.867 max_d=9.867 avg_d=2.445 std_dev=3.277
C3' B 0, -0.902, 2.641, 6.183, 8.074 max_d=8.074 avg_d=2.641 std_dev=3.542
C4' A 0, -1.022, 2.611, 6.245, 8.394 max_d=8.394 avg_d=2.611 std_dev=3.633
C4' B 0, -0.976, 2.873, 6.722, 8.720 max_d=8.720 avg_d=2.873 std_dev=3.849
O3' B 0, -1.085, 3.187, 7.459, 9.820 max_d=9.820 avg_d=3.187 std_dev=4.272
O5' B 0, -1.121, 3.688, 8.497, 11.328 max_d=11.328 avg_d=3.688 std_dev=4.809
C5' A 0, -1.390, 3.491, 8.372, 11.016 max_d=11.016 avg_d=3.491 std_dev=4.881
C5' B 0, -1.178, 3.752, 8.683, 11.218 max_d=11.218 avg_d=3.752 std_dev=4.931
OP2 B 0, -1.167, 4.167, 9.502, 13.161 max_d=13.161 avg_d=4.167 std_dev=5.334
P B 0, -1.311, 4.042, 9.394, 13.188 max_d=13.188 avg_d=4.042 std_dev=5.352
O5' A 0, -1.514, 3.856, 9.227, 12.171 max_d=12.171 avg_d=3.856 std_dev=5.370
OP1 B 0, -1.282, 4.191, 9.665, 13.533 max_d=13.533 avg_d=4.191 std_dev=5.473
P A 0, -1.920, 4.689, 11.299, 14.742 max_d=14.742 avg_d=4.689 std_dev=6.610
OP1 A 0, -1.966, 4.921, 11.807, 16.386 max_d=16.386 avg_d=4.921 std_dev=6.887
OP2 A 0, -1.985, 5.012, 12.009, 15.936 max_d=15.936 avg_d=5.012 std_dev=6.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.03 0.49 0.26 0.14
C2 0.04 0.00 0.13 0.09 0.01 0.04 0.03 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.16 0.05 0.35 0.02 0.64 0.70 0.30
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.09 0.14 0.13 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.32 0.06 0.24 0.49 0.24
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.19 0.02 0.17 0.28 0.14 0.12 0.08 0.28 0.14 0.03 0.01 0.02 0.46 0.07 0.36 0.60 0.37
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.08 0.03 0.43 0.02 0.60 0.76 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.20 0.08 0.05 0.04 0.20 0.09 0.13 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.07 0.03
C5 0.01 0.03 0.04 0.19 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.18 0.03 0.63 0.02 0.61 1.11 0.53
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.25 0.30 0.21 0.08 0.08 0.33 0.15 0.11 0.06 0.02 0.01 0.13 0.14 0.11 0.02
C6 0.03 0.06 0.06 0.17 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.24 0.15 0.03 0.63 0.01 0.62 1.18 0.56
C8 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.30 0.06 0.73 0.02 0.56 1.09 0.55
N1 0.04 0.01 0.09 0.14 0.03 0.08 0.02 0.21 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.29 0.12 0.06 0.52 0.01 0.62 0.98 0.46
N2 0.05 0.01 0.14 0.12 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.16 0.06 0.17 0.02 0.15 0.34 0.20
N3 0.04 0.01 0.13 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.16 0.05 0.29 0.02 0.61 0.56 0.24
N7 0.02 0.02 0.08 0.28 0.01 0.20 0.00 0.33 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.31 0.05 0.80 0.02 0.58 1.34 0.68
N9 0.00 0.02 0.03 0.14 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.43 0.03 0.57 0.68 0.31
O2' 0.02 0.34 0.01 0.03 0.21 0.13 0.17 0.11 0.24 0.06 0.29 0.17 0.32 0.08 0.07 0.00 0.05 0.12 0.22 0.07 0.27 0.28 0.20
O3' 0.05 0.16 0.02 0.01 0.08 0.02 0.18 0.06 0.15 0.30 0.12 0.16 0.16 0.31 0.12 0.05 0.00 0.03 0.46 0.08 0.73 0.65 0.50
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.01 0.12 0.03 0.00 0.16 0.04 0.61 0.20 0.26
O5' 0.15 0.35 0.32 0.46 0.43 0.02 0.63 0.01 0.63 0.73 0.52 0.17 0.29 0.80 0.43 0.22 0.46 0.16 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.08 0.04 0.26 0.00 0.26 0.52 0.33
OP1 0.49 0.64 0.24 0.36 0.60 0.14 0.61 0.14 0.62 0.56 0.62 0.15 0.61 0.58 0.57 0.27 0.73 0.61 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.70 0.49 0.60 0.76 0.07 1.11 0.11 1.18 1.09 0.98 0.34 0.56 1.34 0.68 0.28 0.65 0.20 0.02 0.52 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.24 0.37 0.34 0.03 0.53 0.02 0.56 0.55 0.46 0.20 0.24 0.68 0.31 0.20 0.50 0.26 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 2.91 0.46 1.62 1.60 2.06 1.87 3.01 2.73 0.51 3.21 3.31 2.09 1.17 0.67 0.49 2.29 1.10 2.73 2.99 3.20 2.75 3.03
C2 3.13 0.17 3.07 4.14 1.32 5.06 0.85 5.86 0.23 2.28 0.44 0.35 0.98 1.44 2.28 3.07 4.50 4.26 5.20 0.65 5.00 4.93 5.26
C2' 0.35 2.46 0.71 1.94 1.14 2.22 1.31 3.13 2.09 0.31 2.64 2.97 1.70 0.66 0.28 0.57 2.63 1.28 2.99 2.28 3.47 3.06 3.29
C3' 0.91 3.41 0.70 0.79 2.16 0.99 2.18 1.94 2.85 0.97 3.44 3.89 2.76 1.45 1.33 1.08 1.46 0.18 1.92 2.90 2.61 2.17 2.34
C4 1.57 1.30 1.58 2.79 0.20 3.54 0.47 4.54 1.30 1.02 1.67 1.68 0.53 0.37 0.87 1.47 3.23 2.70 4.10 1.66 4.39 4.08 4.37
C4' 1.82 4.60 1.50 0.41 3.30 0.30 3.39 1.16 4.13 2.03 4.71 5.00 3.87 2.60 2.37 1.75 0.83 0.84 1.05 4.18 1.74 1.25 1.46
C5 1.62 1.05 1.44 2.60 0.24 3.49 0.29 4.59 1.00 1.18 1.35 1.42 0.38 0.52 1.00 1.28 2.87 2.78 4.19 1.31 4.65 4.37 4.62
C5' 3.03 5.49 2.75 1.44 4.37 1.10 4.35 0.22 4.93 3.10 5.48 5.77 4.93 3.56 3.52 3.01 0.93 2.02 0.23 4.87 0.79 0.49 0.49
C6 2.51 0.24 2.19 3.27 0.99 4.32 0.68 5.38 0.27 1.99 0.53 0.56 0.62 1.27 1.86 2.05 3.41 3.72 4.89 0.59 5.09 5.02 5.27
C8 0.33 2.48 0.47 1.26 1.41 1.92 1.56 3.02 2.26 0.39 2.68 2.82 1.85 0.91 0.62 0.65 1.67 1.15 2.80 2.43 3.57 3.16 3.33
N1 3.24 0.39 2.98 4.01 1.54 5.08 1.12 5.99 0.29 2.50 0.19 0.18 1.18 1.69 2.47 2.92 4.19 4.44 5.35 0.33 5.20 5.23 5.51
N2 0.97 0.22 0.98 1.27 0.53 1.47 0.42 1.67 0.21 0.78 0.14 0.16 0.43 0.57 0.77 0.99 1.38 1.25 1.51 0.19 1.47 1.43 1.49
N3 2.31 0.76 2.38 3.55 0.54 4.29 0.23 5.14 0.88 1.55 1.21 1.15 0.21 0.76 1.50 2.36 4.05 3.40 4.58 1.34 4.59 4.35 4.69
N7 0.69 1.77 0.59 1.64 0.75 2.46 0.92 3.60 1.59 0.46 1.97 2.10 1.17 0.37 0.31 0.54 1.91 1.80 3.36 1.79 4.14 3.80 3.96
N9 0.58 2.26 0.69 1.89 1.06 2.51 1.32 3.54 2.13 0.28 2.55 2.64 1.51 0.67 0.26 0.61 2.42 1.64 3.22 2.40 3.73 3.33 3.58
O2' 0.57 2.41 1.04 2.25 1.03 2.43 1.27 3.23 2.11 0.46 2.66 2.98 1.56 0.70 0.24 0.90 3.03 1.45 3.06 2.36 3.40 2.98 3.27
O3' 1.07 3.44 0.76 0.68 2.19 0.72 2.12 1.61 2.73 1.01 3.36 3.99 2.84 1.42 1.40 1.20 1.35 0.27 1.68 2.72 2.40 1.94 2.09
O4' 1.22 4.14 1.00 0.57 2.85 0.88 3.10 1.84 3.94 1.65 4.43 4.47 3.33 2.34 1.89 1.16 1.24 0.28 1.60 4.13 2.18 1.70 1.96
O5' 3.36 5.45 3.29 2.01 4.54 1.50 4.50 0.48 4.99 3.41 5.44 5.67 5.00 3.81 3.80 3.54 1.53 2.30 0.56 4.94 0.49 0.39 0.23
O6 0.80 0.23 0.69 0.85 0.43 1.12 0.35 1.28 0.23 0.62 0.20 0.19 0.36 0.46 0.62 0.75 0.84 1.06 1.12 0.25 1.02 1.06 1.10
OP1 4.45 5.81 4.59 3.31 5.09 2.74 4.74 1.58 5.01 3.89 5.52 5.99 5.65 4.04 4.54 5.09 2.98 3.37 1.47 4.70 0.52 0.77 0.66
OP2 4.36 5.70 4.60 3.45 5.12 2.73 5.03 1.68 5.33 4.27 5.65 5.85 5.46 4.51 4.63 4.84 3.09 3.33 1.81 5.25 0.69 1.16 1.09
P 4.34 5.85 4.44 3.18 5.19 2.58 5.04 1.48 5.34 4.17 5.74 5.97 5.60 4.42 4.62 4.72 2.74 3.28 1.53 5.19 0.46 0.92 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.68 0.34 0.21
C2 0.03 0.00 0.33 0.38 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.41 0.15 0.34 0.02 0.80 0.29 0.16
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.12 0.02 0.18 0.10 0.27 0.39 0.31 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.14 0.15 0.58 0.29 0.24
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.29 0.00 0.30 0.02 0.36 0.15 0.39 0.40 0.33 0.22 0.17 0.02 0.01 0.02 0.21 0.35 0.32 0.28 0.20
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.28 0.08 0.36 0.01 0.82 0.30 0.15
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.11 0.17 0.07 0.08 0.05 0.18 0.08 0.11 0.03 0.01 0.02 0.13 0.21 0.45 0.12
C5 0.01 0.01 0.12 0.30 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.32 0.05 0.48 0.01 0.87 0.50 0.20
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.23 0.31 0.15 0.08 0.07 0.33 0.16 0.10 0.05 0.02 0.01 0.27 0.30 0.48 0.01
C6 0.02 0.02 0.18 0.36 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.40 0.08 0.51 0.01 0.87 0.55 0.22
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.15 0.09 0.47 0.02 0.88 0.50 0.19
N1 0.03 0.01 0.27 0.39 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.44 0.13 0.44 0.01 0.84 0.40 0.18
N2 0.04 0.00 0.39 0.40 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.45 0.18 0.30 0.02 0.76 0.29 0.17
N3 0.03 0.01 0.31 0.33 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.33 0.15 0.28 0.02 0.78 0.27 0.16
N7 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.18 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.25 0.04 0.55 0.02 0.90 0.69 0.26
N9 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.32 0.02 0.80 0.27 0.14
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.21 0.15 0.12 0.07 0.00 0.07 0.11 0.12 0.10 0.39 0.32 0.17
O3' 0.03 0.41 0.02 0.01 0.28 0.03 0.32 0.05 0.40 0.15 0.44 0.45 0.33 0.25 0.15 0.07 0.00 0.04 0.25 0.41 0.22 0.29 0.17
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.18 0.15 0.04 0.01 0.11 0.04 0.00 0.10 0.07 0.57 0.52 0.24
O5' 0.11 0.34 0.14 0.21 0.36 0.02 0.48 0.01 0.51 0.47 0.44 0.30 0.28 0.55 0.32 0.12 0.25 0.10 0.00 0.56 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.35 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.41 0.07 0.56 0.00 0.88 0.69 0.27
OP1 0.68 0.80 0.58 0.32 0.82 0.21 0.87 0.30 0.87 0.88 0.84 0.76 0.78 0.90 0.80 0.39 0.22 0.57 0.03 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.29 0.29 0.28 0.30 0.45 0.50 0.48 0.55 0.50 0.40 0.29 0.27 0.69 0.27 0.32 0.29 0.52 0.02 0.69 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.16 0.24 0.20 0.15 0.12 0.20 0.01 0.22 0.19 0.18 0.17 0.16 0.26 0.14 0.17 0.17 0.24 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00