ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

26, 107, 75, 14, 4, 7, 7, 13, 11, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.063, 0.138, 0.214, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.138 std_dev=0.075
C4 A 0, 0.053, 0.138, 0.223, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.138 std_dev=0.085
C5 B 0, 0.099, 0.228, 0.356, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.228 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.108, 0.282, 0.457, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.282 std_dev=0.174
N3 B 0, -0.003, 0.184, 0.370, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.184 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.042, 0.229, 0.416, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.229 std_dev=0.187
C5 A 0, 0.031, 0.254, 0.476, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.254 std_dev=0.222
N1 B 0, 0.105, 0.335, 0.565, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.335 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.024, 0.258, 0.492, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.258 std_dev=0.234
C6 A 0, 0.012, 0.247, 0.482, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.247 std_dev=0.235
N9 A 0, 0.001, 0.247, 0.494, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.247 std_dev=0.246
O4' B 0, 0.089, 0.342, 0.596, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.342 std_dev=0.253
N3 A 0, 0.011, 0.267, 0.523, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.267 std_dev=0.256
C2 B 0, 0.047, 0.311, 0.574, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.311 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.110, 0.379, 0.649, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.379 std_dev=0.270
N1 A 0, -0.024, 0.252, 0.527, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.252 std_dev=0.276
O6 B 0, 0.053, 0.346, 0.638, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.346 std_dev=0.292
C3' A 0, 0.095, 0.399, 0.702, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.399 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.061, 0.375, 0.689, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.375 std_dev=0.314
O4' A 0, 0.151, 0.475, 0.800, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.475 std_dev=0.324
C1' A 0, -0.048, 0.282, 0.613, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.282 std_dev=0.330
C2 A 0, -0.023, 0.316, 0.655, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.316 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.162, 0.503, 0.844, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.503 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.197, 0.549, 0.900, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.549 std_dev=0.351
C4' A 0, 0.192, 0.555, 0.917, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.555 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.068, 0.441, 0.814, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.441 std_dev=0.373
N6 A 0, -0.028, 0.400, 0.829, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.400 std_dev=0.429
N2 B 0, -0.100, 0.334, 0.769, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.334 std_dev=0.434
O3' A 0, 0.146, 0.592, 1.038, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.592 std_dev=0.446
C8 A 0, -0.045, 0.422, 0.889, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.422 std_dev=0.467
O3' B 0, 0.263, 0.744, 1.224, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.744 std_dev=0.480
N7 A 0, -0.035, 0.451, 0.938, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.451 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.228, 0.727, 1.226, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.727 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.160, 0.724, 1.287, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.724 std_dev=0.563
C5' A 0, 0.392, 0.957, 1.523, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.957 std_dev=0.565
C2' A 0, -0.028, 0.567, 1.162, 2.641 max_d=2.641 avg_d=0.567 std_dev=0.595
O5' A 0, 0.459, 1.075, 1.690, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.075 std_dev=0.616
O2' B 0, -0.174, 0.572, 1.318, 3.851 max_d=3.851 avg_d=0.572 std_dev=0.746
P B 0, 0.013, 0.783, 1.553, 4.506 max_d=4.506 avg_d=0.783 std_dev=0.770
P A 0, 0.619, 1.534, 2.449, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.534 std_dev=0.915
O2' A 0, 0.009, 0.947, 1.886, 3.976 max_d=3.976 avg_d=0.947 std_dev=0.939
OP2 B 0, -0.089, 0.985, 2.058, 5.794 max_d=5.794 avg_d=0.985 std_dev=1.074
OP2 A 0, 0.668, 1.744, 2.819, 4.798 max_d=4.798 avg_d=1.744 std_dev=1.076
OP1 A 0, 0.676, 1.766, 2.855, 4.716 max_d=4.716 avg_d=1.766 std_dev=1.089
OP1 B 0, -0.137, 1.172, 2.481, 6.568 max_d=6.568 avg_d=1.172 std_dev=1.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.20 0.31 0.28 0.19
C2 0.04 0.00 0.17 0.06 0.01 0.19 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.45 0.23 0.27 0.51 0.61 0.42
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.16 0.09 0.11 0.14 0.16 0.08 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.40 0.57 0.50 0.43
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.20 0.02 0.17 0.31 0.10 0.06 0.22 0.30 0.15 0.02 0.01 0.02 0.19 0.48 0.26 0.26
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.12 0.30 0.52 0.59 0.42
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.21 0.14 0.19 0.09 0.17 0.07 0.20 0.03 0.01 0.02 0.22 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.15 0.06 0.41 0.70 0.78 0.59
C5' 0.06 0.23 0.16 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.30 0.18 0.21 0.20 0.28 0.12 0.08 0.17 0.02 0.01 0.18 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.20 0.11 0.40 0.74 0.84 0.62
C8 0.02 0.02 0.11 0.31 0.01 0.21 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.17 0.13 0.49 0.71 0.74 0.61
N1 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.33 0.18 0.33 0.64 0.75 0.53
N3 0.03 0.01 0.16 0.06 0.01 0.19 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.46 0.23 0.23 0.43 0.50 0.34
N6 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.09 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.15 0.08 0.46 0.86 0.97 0.72
N7 0.01 0.02 0.07 0.30 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.16 0.08 0.51 0.82 0.88 0.70
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.32 0.48 0.51 0.39
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.19 0.20 0.23 0.08 0.24 0.34 0.26 0.30 0.26 0.32 0.16 0.00 0.07 0.14 0.33 0.58 0.58 0.42
O3' 0.27 0.45 0.04 0.01 0.26 0.03 0.15 0.17 0.20 0.17 0.33 0.46 0.15 0.16 0.15 0.07 0.00 0.18 0.21 0.50 0.33 0.28
O4' 0.00 0.23 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.18 0.23 0.08 0.08 0.02 0.14 0.18 0.00 0.17 0.25 0.33 0.22
O5' 0.20 0.27 0.40 0.19 0.30 0.02 0.41 0.01 0.40 0.49 0.33 0.23 0.46 0.51 0.32 0.33 0.21 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.51 0.57 0.48 0.52 0.22 0.70 0.18 0.74 0.71 0.64 0.43 0.86 0.82 0.48 0.58 0.50 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.61 0.50 0.26 0.59 0.22 0.78 0.24 0.84 0.74 0.75 0.50 0.97 0.88 0.51 0.58 0.33 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.42 0.43 0.26 0.42 0.07 0.59 0.02 0.62 0.61 0.53 0.34 0.72 0.70 0.39 0.42 0.28 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 0.40 0.57 0.25 0.35 0.28 0.40 0.46 0.43 0.46 0.42 0.42 0.35 0.46 0.37 0.80 0.52 0.18 0.25 0.37 0.41 0.16 0.18
C2 0.35 0.68 0.45 0.50 0.42 0.54 0.41 0.64 0.53 0.32 0.66 0.76 0.58 0.35 0.32 0.68 0.80 0.39 0.49 0.40 0.70 0.30 0.36
C2' 0.59 0.60 0.80 0.32 0.60 0.27 0.63 0.41 0.63 0.66 0.62 0.26 0.59 0.66 0.61 0.96 0.28 0.34 0.29 0.41 0.35 0.23 0.16
C3' 0.39 0.42 0.63 0.22 0.38 0.22 0.41 0.37 0.44 0.43 0.44 0.24 0.39 0.44 0.39 0.74 0.29 0.23 0.16 0.28 0.18 0.17 0.02
C4 0.31 0.40 0.48 0.25 0.26 0.30 0.30 0.44 0.37 0.37 0.41 0.47 0.32 0.37 0.28 0.75 0.53 0.20 0.28 0.38 0.45 0.37 0.16
C4' 0.38 0.48 0.63 0.23 0.43 0.18 0.49 0.32 0.54 0.50 0.52 0.42 0.42 0.53 0.42 0.76 0.37 0.18 0.11 0.46 0.35 0.29 0.16
C5 0.38 0.34 0.55 0.24 0.27 0.22 0.32 0.33 0.36 0.44 0.37 0.36 0.27 0.41 0.34 0.78 0.39 0.23 0.27 0.40 0.41 0.59 0.23
C5' 0.41 0.48 0.65 0.26 0.44 0.26 0.52 0.33 0.58 0.52 0.54 0.33 0.41 0.56 0.44 0.74 0.31 0.29 0.20 0.48 0.47 0.35 0.21
C6 0.33 0.41 0.47 0.23 0.24 0.27 0.29 0.38 0.38 0.38 0.43 0.42 0.31 0.36 0.28 0.72 0.45 0.22 0.28 0.41 0.43 0.57 0.20
C8 0.58 0.40 0.78 0.42 0.46 0.27 0.49 0.29 0.47 0.62 0.43 0.28 0.40 0.58 0.54 0.92 0.33 0.37 0.39 0.42 0.51 0.72 0.42
N1 0.30 0.58 0.42 0.36 0.33 0.41 0.35 0.51 0.47 0.31 0.58 0.62 0.47 0.33 0.26 0.67 0.64 0.29 0.37 0.39 0.56 0.41 0.23
N3 0.33 0.59 0.45 0.47 0.37 0.52 0.37 0.64 0.47 0.31 0.57 0.71 0.51 0.34 0.30 0.70 0.77 0.36 0.47 0.39 0.69 0.26 0.37
N6 0.39 0.37 0.52 0.26 0.25 0.25 0.30 0.34 0.37 0.42 0.41 0.35 0.28 0.39 0.32 0.75 0.38 0.26 0.31 0.44 0.45 0.71 0.29
N7 0.56 0.36 0.74 0.42 0.41 0.29 0.44 0.32 0.43 0.59 0.39 0.29 0.35 0.54 0.51 0.90 0.32 0.37 0.40 0.44 0.53 0.79 0.44
N9 0.40 0.36 0.60 0.22 0.33 0.20 0.38 0.35 0.40 0.48 0.39 0.36 0.32 0.46 0.38 0.82 0.42 0.20 0.23 0.38 0.36 0.40 0.15
O2' 0.61 0.81 0.75 0.33 0.79 0.39 0.89 0.55 0.92 0.86 0.88 0.38 0.75 0.94 0.75 0.92 0.55 0.35 0.37 0.67 0.52 0.32 0.27
O3' 0.34 0.45 0.57 0.28 0.37 0.18 0.41 0.25 0.45 0.42 0.47 0.41 0.39 0.42 0.36 0.61 0.45 0.17 0.02 0.33 0.03 0.02 0.01
O4' 0.36 0.49 0.59 0.27 0.42 0.23 0.47 0.39 0.53 0.49 0.53 0.54 0.42 0.51 0.40 0.78 0.48 0.17 0.19 0.50 0.41 0.22 0.20
O5' 0.42 0.43 0.64 0.31 0.42 0.34 0.50 0.38 0.54 0.52 0.49 0.29 0.39 0.56 0.43 0.73 0.35 0.33 0.28 0.50 0.56 0.42 0.32
OP1 0.52 0.73 0.58 0.50 0.71 0.55 0.84 0.58 0.89 0.78 0.82 0.49 0.65 0.90 0.66 0.57 0.64 0.53 0.59 0.73 0.98 0.92 0.72
OP2 0.50 0.52 0.64 0.41 0.53 0.49 0.60 0.49 0.62 0.61 0.57 0.34 0.50 0.66 0.53 0.70 0.44 0.49 0.41 0.57 0.72 0.60 0.47
P 0.40 0.49 0.59 0.34 0.48 0.40 0.59 0.43 0.64 0.57 0.57 0.27 0.43 0.65 0.46 0.65 0.44 0.36 0.36 0.52 0.71 0.56 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.17 0.02 0.26 0.29 0.19
C2 0.04 0.00 0.29 0.34 0.01 0.13 0.03 0.23 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.25 0.13 0.45 0.01 0.83 0.54 0.53
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.13 0.12 0.14 0.23 0.17 0.29 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.29 0.06 0.35 0.58 0.41
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.25 0.01 0.26 0.02 0.30 0.19 0.35 0.23 0.30 0.23 0.15 0.03 0.01 0.02 0.13 0.14 0.31 0.43 0.18
C4 0.02 0.01 0.14 0.25 0.00 0.11 0.00 0.20 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.07 0.39 0.01 0.65 0.49 0.42
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.16 0.15 0.13 0.12 0.17 0.09 0.20 0.02 0.00 0.02 0.11 0.22 0.21 0.06
C5 0.01 0.03 0.07 0.26 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.04 0.47 0.01 0.80 0.66 0.54
C5' 0.06 0.23 0.13 0.02 0.20 0.01 0.27 0.00 0.29 0.26 0.28 0.19 0.20 0.30 0.16 0.08 0.15 0.02 0.01 0.25 0.20 0.19 0.02
C6 0.03 0.07 0.12 0.30 0.02 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.19 0.16 0.07 0.51 0.00 0.96 0.74 0.63
C8 0.02 0.03 0.14 0.19 0.01 0.16 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.24 0.13 0.09 0.37 0.03 0.50 0.52 0.36
N1 0.04 0.02 0.23 0.35 0.03 0.15 0.02 0.28 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.16 0.23 0.10 0.51 0.01 0.96 0.68 0.63
N2 0.07 0.00 0.17 0.23 0.01 0.13 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.28 0.08 0.39 0.03 0.46 0.45 0.37
N3 0.04 0.01 0.29 0.30 0.01 0.12 0.01 0.20 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.23 0.13 0.38 0.01 0.68 0.45 0.43
N7 0.01 0.03 0.08 0.23 0.01 0.17 0.00 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.06 0.45 0.03 0.73 0.70 0.51
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.01 0.30 0.02 0.44 0.39 0.29
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.13 0.20 0.19 0.08 0.19 0.24 0.16 0.18 0.15 0.25 0.14 0.00 0.06 0.16 0.20 0.12 0.36 0.59 0.40
O3' 0.19 0.25 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.15 0.16 0.13 0.23 0.28 0.23 0.14 0.08 0.06 0.00 0.14 0.20 0.12 0.40 0.38 0.21
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.10 0.08 0.13 0.06 0.01 0.16 0.14 0.00 0.13 0.04 0.25 0.21 0.13
O5' 0.17 0.45 0.29 0.13 0.39 0.02 0.47 0.01 0.51 0.37 0.51 0.39 0.38 0.45 0.30 0.20 0.20 0.13 0.00 0.44 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.12 0.12 0.04 0.44 0.00 0.55 0.67 0.46
OP1 0.26 0.83 0.35 0.31 0.65 0.22 0.80 0.20 0.96 0.50 0.96 0.46 0.68 0.73 0.44 0.36 0.40 0.25 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.54 0.58 0.43 0.49 0.21 0.66 0.19 0.74 0.52 0.68 0.45 0.45 0.70 0.39 0.59 0.38 0.21 0.02 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.53 0.41 0.18 0.42 0.06 0.54 0.02 0.63 0.36 0.63 0.37 0.43 0.51 0.29 0.40 0.21 0.13 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00