ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43511

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 51, 3, 27, 27, 15, 13, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 A 0, 0.090, 0.194, 0.299, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.194 std_dev=0.105
C4 A 0, 0.073, 0.187, 0.301, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.187 std_dev=0.114
N1 B 0, 0.067, 0.197, 0.326, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.197 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.090, 0.222, 0.354, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.222 std_dev=0.132
C6 A 0, 0.094, 0.229, 0.365, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.229 std_dev=0.135
C5 A 0, 0.151, 0.291, 0.431, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.291 std_dev=0.140
N6 B 0, 0.090, 0.256, 0.422, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.256 std_dev=0.166
N3 A 0, 0.109, 0.285, 0.461, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.285 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.199, 0.402, 0.606, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.402 std_dev=0.204
N1 A 0, 0.111, 0.342, 0.573, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.342 std_dev=0.231
N9 A 0, 0.133, 0.381, 0.628, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.381 std_dev=0.248
C2 A 0, 0.160, 0.430, 0.701, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.430 std_dev=0.270
N9 B 0, 0.146, 0.420, 0.695, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.420 std_dev=0.274
C6 B 0, -0.024, 0.260, 0.545, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.260 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.014, 0.299, 0.584, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.299 std_dev=0.285
N7 A 0, 0.280, 0.595, 0.910, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.595 std_dev=0.315
C1' A 0, 0.067, 0.387, 0.707, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.387 std_dev=0.320
C2 B 0, -0.019, 0.340, 0.699, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.340 std_dev=0.359
C5 B 0, -0.017, 0.361, 0.739, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.361 std_dev=0.378
C8 A 0, 0.250, 0.629, 1.008, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.629 std_dev=0.379
O4' B 0, 0.205, 0.642, 1.079, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.642 std_dev=0.437
C2' B 0, 0.315, 0.899, 1.483, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.899 std_dev=0.584
C8 B 0, 0.028, 0.672, 1.315, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.672 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.321, 0.998, 1.674, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.998 std_dev=0.677
C4' B 0, 0.274, 0.974, 1.674, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.974 std_dev=0.700
N7 B 0, -0.075, 0.659, 1.394, 2.912 max_d=2.912 avg_d=0.659 std_dev=0.735
C5' B 0, 0.448, 1.226, 2.003, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.226 std_dev=0.778
O2' B 0, 0.478, 1.376, 2.273, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.376 std_dev=0.898
O3' B 0, 0.411, 1.514, 2.616, 3.240 max_d=3.240 avg_d=1.514 std_dev=1.103
C2' A 0, 0.296, 1.524, 2.752, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.524 std_dev=1.228
O4' A 0, 0.330, 1.590, 2.850, 3.817 max_d=3.817 avg_d=1.590 std_dev=1.260
O3' A 0, 0.655, 2.052, 3.449, 4.184 max_d=4.184 avg_d=2.052 std_dev=1.397
C3' A 0, 0.486, 1.979, 3.471, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.979 std_dev=1.492
C4' A 0, 0.507, 2.007, 3.507, 4.241 max_d=4.241 avg_d=2.007 std_dev=1.500
O5' B 0, 0.853, 2.424, 3.996, 5.300 max_d=5.300 avg_d=2.424 std_dev=1.572
O2' A 0, 0.375, 2.126, 3.877, 4.428 max_d=4.428 avg_d=2.126 std_dev=1.751
P B 0, 1.143, 3.074, 5.005, 6.770 max_d=6.770 avg_d=3.074 std_dev=1.931
OP2 B 0, 1.620, 3.691, 5.762, 7.596 max_d=7.596 avg_d=3.691 std_dev=2.071
OP1 B 0, 1.649, 4.311, 6.973, 7.490 max_d=7.490 avg_d=4.311 std_dev=2.662
C5' A 0, 0.557, 3.375, 6.193, 6.983 max_d=6.983 avg_d=3.375 std_dev=2.818
O5' A 0, 0.354, 3.788, 7.222, 8.199 max_d=8.199 avg_d=3.788 std_dev=3.434
P A 0, 0.362, 5.133, 9.904, 11.259 max_d=11.259 avg_d=5.133 std_dev=4.771
OP1 A 0, 0.501, 5.617, 10.733, 12.133 max_d=12.133 avg_d=5.617 std_dev=5.116
OP2 A 0, 0.423, 5.644, 10.864, 12.353 max_d=12.353 avg_d=5.644 std_dev=5.220

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.00 0.22 0.33 0.18 0.18
C2 0.03 0.00 0.27 0.82 0.01 0.85 0.03 1.33 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.57 0.46 0.66 1.73 1.96 2.52 2.16
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.20 0.12 0.16 0.23 0.26 0.04 0.11 0.04 0.00 0.03 0.01 0.50 0.77 0.61 0.59
C3' 0.01 0.82 0.01 0.00 0.44 0.00 0.35 0.02 0.46 0.34 0.70 0.78 0.14 0.30 0.18 0.02 0.01 0.04 0.14 0.47 0.16 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.44 0.00 0.36 0.00 0.46 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.15 0.32 0.56 0.54 0.80 0.69
C4' 0.01 0.85 0.01 0.00 0.36 0.00 0.14 0.00 0.29 0.47 0.63 0.82 0.04 0.32 0.07 0.31 0.03 0.00 0.01 0.17 0.12 0.03
C5 0.01 0.03 0.08 0.35 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.17 0.12 0.27 0.26 0.38 0.32
C5' 0.09 1.33 0.20 0.02 0.46 0.00 0.18 0.00 0.39 0.88 0.96 1.22 0.11 0.67 0.21 0.12 0.22 0.01 0.01 0.17 0.18 0.01
C6 0.03 0.07 0.12 0.46 0.02 0.29 0.01 0.39 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.44 0.22 0.24 0.52 0.61 0.90 0.73
C8 0.01 0.02 0.16 0.34 0.01 0.47 0.01 0.88 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.33 0.36 1.19 1.25 1.31 1.24
N1 0.03 0.02 0.23 0.70 0.03 0.63 0.02 0.96 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.51 0.37 0.50 1.24 1.48 1.95 1.63
N3 0.03 0.00 0.26 0.78 0.01 0.82 0.01 1.22 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.52 0.39 0.67 1.53 1.58 2.02 1.79
N6 0.01 0.00 0.04 0.14 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.04 0.14 0.19 0.32 0.22
N7 0.01 0.03 0.11 0.30 0.00 0.32 0.00 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.29 0.20 0.93 1.00 1.07 0.99
N9 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.01 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.15 0.02 0.34 0.38 0.28 0.29
O2' 0.02 0.57 0.00 0.02 0.36 0.31 0.34 0.12 0.44 0.25 0.51 0.52 0.16 0.27 0.19 0.00 0.04 0.19 0.34 0.68 0.65 0.48
O3' 0.29 0.46 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.22 0.22 0.33 0.37 0.39 0.08 0.29 0.15 0.04 0.00 0.22 0.25 0.21 0.28 0.19
O4' 0.00 0.66 0.01 0.04 0.32 0.00 0.12 0.01 0.24 0.36 0.50 0.67 0.04 0.20 0.02 0.19 0.22 0.00 0.18 0.17 0.27 0.22
O5' 0.22 1.73 0.50 0.14 0.56 0.01 0.27 0.01 0.52 1.19 1.24 1.53 0.14 0.93 0.34 0.34 0.25 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 1.96 0.77 0.47 0.54 0.17 0.26 0.17 0.61 1.25 1.48 1.58 0.19 1.00 0.38 0.68 0.21 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 2.52 0.61 0.16 0.80 0.12 0.38 0.18 0.90 1.31 1.95 2.02 0.32 1.07 0.28 0.65 0.28 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 2.16 0.59 0.24 0.69 0.03 0.32 0.01 0.73 1.24 1.63 1.79 0.22 0.99 0.29 0.48 0.19 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.36 0.90 0.59 0.39 0.59 0.55 0.70 0.46 0.89 0.28 0.41 0.39 0.92 0.54 0.83 0.55 0.47 0.34 0.48 0.50 0.15
C2 0.61 0.50 1.05 0.49 0.46 0.55 0.45 0.62 0.40 0.62 0.39 0.55 0.36 0.63 0.52 1.21 0.38 0.52 0.82 0.93 1.37 0.89
C2' 0.66 0.51 0.50 0.69 0.77 0.48 1.07 0.43 0.97 1.39 0.68 0.48 0.74 1.46 0.91 0.56 0.77 0.58 0.73 0.81 1.21 0.84
C3' 0.79 0.53 0.88 0.62 0.64 0.55 0.77 0.55 0.59 1.23 0.43 0.56 0.23 1.17 0.86 0.83 0.59 0.70 0.98 1.45 1.58 1.43
C4 0.47 0.36 0.88 0.38 0.27 0.49 0.32 0.59 0.25 0.61 0.18 0.41 0.18 0.65 0.38 0.97 0.32 0.43 0.58 0.52 1.09 0.52
C4' 1.47 1.57 1.63 1.10 1.49 1.08 1.41 0.86 1.33 1.61 1.43 1.58 1.26 1.50 1.53 1.47 0.97 1.30 0.77 0.89 0.92 0.85
C5 0.42 0.38 0.76 0.32 0.23 0.48 0.28 0.59 0.25 0.53 0.23 0.40 0.25 0.60 0.32 0.91 0.30 0.44 0.61 0.49 1.24 0.54
C5' 2.08 2.71 2.00 1.35 2.45 1.37 2.35 0.88 2.39 2.18 2.59 2.63 2.39 2.19 2.27 1.84 1.24 1.84 0.92 1.07 1.05 0.94
C6 0.48 0.43 0.83 0.32 0.32 0.50 0.31 0.60 0.29 0.50 0.32 0.46 0.30 0.54 0.37 1.04 0.27 0.48 0.71 0.63 1.38 0.69
C8 0.44 0.46 0.70 0.50 0.37 0.56 0.54 0.65 0.50 0.78 0.39 0.46 0.57 0.90 0.45 0.73 0.52 0.48 0.44 0.54 0.95 0.28
N1 0.56 0.49 0.95 0.42 0.42 0.54 0.40 0.63 0.38 0.54 0.39 0.53 0.38 0.57 0.46 1.16 0.35 0.52 0.84 0.85 1.47 0.88
N3 0.56 0.42 1.02 0.47 0.38 0.52 0.38 0.59 0.32 0.62 0.28 0.48 0.22 0.63 0.47 1.13 0.35 0.46 0.70 0.77 1.16 0.72
N6 0.11 0.11 0.20 0.13 0.10 0.22 0.11 0.26 0.14 0.09 0.13 0.10 0.17 0.12 0.09 0.26 0.15 0.23 0.37 0.80 0.56 0.54
N7 0.38 0.43 0.65 0.40 0.28 0.51 0.40 0.61 0.39 0.61 0.34 0.43 0.46 0.72 0.34 0.76 0.42 0.45 0.52 0.46 1.15 0.38
N9 0.45 0.36 0.81 0.46 0.29 0.53 0.44 0.64 0.36 0.74 0.23 0.40 0.35 0.80 0.42 0.84 0.44 0.44 0.43 0.44 0.86 0.26
O2' 1.51 1.54 1.13 1.38 1.67 1.28 1.84 1.05 1.77 2.05 1.62 1.52 1.62 2.07 1.73 1.24 1.43 1.49 1.13 0.55 0.84 0.64
O3' 1.03 0.31 1.14 1.09 0.79 0.93 1.00 1.07 0.77 1.55 0.41 0.43 0.28 1.46 1.12 1.18 1.08 0.95 1.56 1.94 2.10 2.07
O4' 1.48 1.49 1.80 1.26 1.45 1.22 1.35 1.11 1.25 1.57 1.33 1.54 1.19 1.46 1.49 1.70 1.16 1.28 0.60 0.48 0.37 0.26
O5' 1.84 2.74 1.70 1.01 2.31 1.14 2.22 0.67 2.36 1.86 2.63 2.58 2.37 1.97 2.02 1.58 0.89 1.64 0.81 1.36 1.24 1.07
OP1 2.20 3.57 1.89 1.29 2.82 1.49 2.64 0.94 2.94 1.97 3.41 3.30 2.86 2.12 2.35 1.71 1.19 2.06 1.44 2.01 1.51 1.54
OP2 1.99 3.40 1.74 1.00 2.69 1.21 2.60 0.68 2.94 1.90 3.34 3.09 2.95 2.12 2.20 1.68 0.92 1.78 0.84 1.59 1.43 1.17
P 2.22 3.56 1.96 1.27 2.89 1.43 2.76 0.84 3.05 2.09 3.45 3.30 3.01 2.28 2.42 1.84 1.19 2.01 1.06 1.58 1.24 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.40 0.00 0.16 0.39 0.23 0.17
C2 0.05 0.00 0.33 0.18 0.01 0.23 0.02 0.31 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.50 0.34 0.22 0.29 0.63 0.23
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.09 0.23 0.16 0.16 0.25 0.33 0.09 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.37 0.82 0.47 0.49
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.25 0.01 0.37 0.02 0.37 0.44 0.27 0.14 0.42 0.47 0.27 0.02 0.01 0.03 0.44 1.04 0.30 0.54
C4 0.02 0.01 0.18 0.25 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.17 0.34 0.25 0.72 0.33
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.11 0.34 0.16 0.23 0.17 0.30 0.12 0.35 0.03 0.01 0.03 0.41 0.24 0.11
C5 0.01 0.02 0.09 0.37 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.12 0.06 0.56 0.36 1.12 0.59
C5' 0.08 0.31 0.23 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.19 0.39 0.24 0.30 0.27 0.37 0.12 0.13 0.23 0.02 0.01 0.41 0.41 0.02
C6 0.02 0.05 0.16 0.37 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.35 0.19 0.12 0.52 0.32 1.18 0.58
C8 0.02 0.02 0.16 0.44 0.01 0.34 0.00 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.51 0.17 0.21 0.78 0.55 1.12 0.72
N1 0.04 0.01 0.25 0.27 0.02 0.16 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.35 0.27 0.35 0.24 0.93 0.38
N3 0.05 0.01 0.33 0.14 0.00 0.23 0.01 0.30 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.53 0.34 0.19 0.32 0.47 0.19
N6 0.02 0.01 0.09 0.42 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.10 0.03 0.69 0.43 1.52 0.76
N7 0.01 0.02 0.09 0.47 0.01 0.30 0.00 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.17 0.13 0.81 0.58 1.38 0.84
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.15 0.02 0.41 0.31 0.65 0.35
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.22 0.35 0.36 0.13 0.35 0.51 0.28 0.29 0.45 0.52 0.25 0.00 0.06 0.24 0.43 1.03 0.58 0.56
O3' 0.40 0.50 0.04 0.01 0.28 0.03 0.12 0.23 0.19 0.17 0.35 0.53 0.10 0.17 0.15 0.06 0.00 0.25 0.47 1.26 0.41 0.67
O4' 0.00 0.34 0.03 0.03 0.17 0.01 0.06 0.02 0.12 0.21 0.27 0.34 0.03 0.13 0.02 0.24 0.25 0.00 0.15 0.18 0.21 0.15
O5' 0.16 0.22 0.37 0.44 0.34 0.03 0.56 0.01 0.52 0.78 0.35 0.19 0.69 0.81 0.41 0.43 0.47 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.39 0.29 0.82 1.04 0.25 0.41 0.36 0.41 0.32 0.55 0.24 0.32 0.43 0.58 0.31 1.03 1.26 0.18 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.63 0.47 0.30 0.72 0.24 1.12 0.41 1.18 1.12 0.93 0.47 1.52 1.38 0.65 0.58 0.41 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.23 0.49 0.54 0.33 0.11 0.59 0.02 0.58 0.72 0.38 0.19 0.76 0.84 0.35 0.56 0.67 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00