ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43524

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 38, 9, 2, 1, 16, 44, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.069, 0.156, 0.243, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.156 std_dev=0.087
C5 B 0, 0.040, 0.128, 0.217, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.128 std_dev=0.088
C4 B 0, 0.042, 0.143, 0.245, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.143 std_dev=0.101
N9 B 0, 0.059, 0.168, 0.276, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.168 std_dev=0.108
C4 A 0, 0.050, 0.173, 0.297, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.173 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.051, 0.176, 0.300, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.176 std_dev=0.125
C8 B 0, 0.035, 0.195, 0.356, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.195 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.023, 0.196, 0.370, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.196 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.075, 0.260, 0.445, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.260 std_dev=0.185
O6 B 0, 0.004, 0.201, 0.399, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.201 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.066, 0.271, 0.476, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.271 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.061, 0.273, 0.484, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.273 std_dev=0.212
N9 A 0, 0.102, 0.314, 0.526, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.314 std_dev=0.212
N2 B 0, -0.019, 0.197, 0.414, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.197 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.093, 0.329, 0.564, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.329 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.066, 0.326, 0.585, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.326 std_dev=0.260
C1' A 0, 0.099, 0.431, 0.763, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.431 std_dev=0.332
C2 A 0, 0.155, 0.518, 0.881, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.518 std_dev=0.363
N3 A 0, 0.115, 0.539, 0.963, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.539 std_dev=0.424
C6 A 0, 0.088, 0.533, 0.979, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.533 std_dev=0.445
C5 A 0, 0.096, 0.562, 1.029, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.562 std_dev=0.466
C8 A 0, 0.193, 0.823, 1.454, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.823 std_dev=0.631
C4' A 0, 0.102, 0.782, 1.462, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.782 std_dev=0.680
O4' B 0, 0.107, 0.890, 1.673, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.890 std_dev=0.783
N6 A 0, 0.172, 0.996, 1.820, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.996 std_dev=0.824
N7 A 0, 0.195, 1.035, 1.875, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.035 std_dev=0.840
C2' A 0, 0.065, 1.156, 2.248, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.156 std_dev=1.092
C2' B 0, 0.054, 1.147, 2.240, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.147 std_dev=1.093
O2' B 0, 0.078, 1.210, 2.342, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.210 std_dev=1.132
C5' A 0, 0.117, 1.274, 2.431, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.274 std_dev=1.157
C3' A 0, 0.057, 1.308, 2.560, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.308 std_dev=1.251
C4' B 0, 0.091, 1.485, 2.880, 3.557 max_d=3.557 avg_d=1.485 std_dev=1.395
O2' A 0, 0.080, 1.543, 3.005, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.543 std_dev=1.462
C3' B 0, 0.095, 1.693, 3.291, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.693 std_dev=1.598
O3' A 0, 0.057, 1.796, 3.535, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.796 std_dev=1.739
O5' A 0, 0.074, 1.866, 3.659, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.866 std_dev=1.792
C5' B 0, 0.154, 2.380, 4.606, 5.699 max_d=5.699 avg_d=2.380 std_dev=2.226
O3' B 0, 0.176, 2.407, 4.638, 5.392 max_d=5.392 avg_d=2.407 std_dev=2.231
OP1 A 0, 0.092, 2.476, 4.860, 6.177 max_d=6.177 avg_d=2.476 std_dev=2.384
P A 0, 0.027, 2.449, 4.871, 5.405 max_d=5.405 avg_d=2.449 std_dev=2.422
OP1 B 0, 0.249, 3.320, 6.391, 7.481 max_d=7.481 avg_d=3.320 std_dev=3.071
O5' B 0, 0.028, 3.121, 6.214, 7.002 max_d=7.002 avg_d=3.121 std_dev=3.093
OP2 A 0, 0.037, 3.164, 6.290, 6.905 max_d=6.905 avg_d=3.164 std_dev=3.126
P B 0, -0.034, 3.714, 7.463, 8.486 max_d=8.486 avg_d=3.714 std_dev=3.749
OP2 B 0, 0.119, 4.171, 8.224, 9.198 max_d=9.198 avg_d=4.171 std_dev=4.053

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.09 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.17 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.06 0.13 0.15 0.30 0.13
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.06 0.13 0.17 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.13 0.06
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.12 0.10 0.15 0.16 0.12 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.09 0.16 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.03 0.15 0.14 0.30 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.19 0.20 0.38 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.11 0.14 0.09 0.05 0.13 0.15 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.19 0.21 0.40 0.18
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.24 0.17 0.36 0.16
N1 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.05 0.16 0.19 0.36 0.16
N3 0.02 0.00 0.17 0.16 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.05 0.12 0.12 0.26 0.11
N6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.16 0.03 0.21 0.25 0.44 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.24 0.23 0.43 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.16 0.12 0.27 0.11
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.14 0.16 0.08 0.03 0.02 0.00 0.08 0.05 0.04 0.08 0.11 0.05
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.16 0.10 0.20 0.19 0.16 0.10 0.05 0.08 0.00 0.02 0.19 0.13 0.28 0.18
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.15 0.15 0.11
O5' 0.10 0.13 0.05 0.09 0.15 0.01 0.19 0.01 0.19 0.24 0.16 0.12 0.21 0.24 0.16 0.04 0.19 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.15 0.07 0.09 0.14 0.08 0.20 0.12 0.21 0.17 0.19 0.12 0.25 0.23 0.12 0.08 0.13 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.30 0.13 0.16 0.30 0.08 0.38 0.10 0.40 0.36 0.36 0.26 0.44 0.43 0.27 0.11 0.28 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.06 0.10 0.13 0.04 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.11 0.20 0.20 0.11 0.05 0.18 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 0.66 0.84 1.67 0.54 1.80 0.48 2.63 0.50 0.43 0.61 0.28 0.64 0.43 0.49 0.53 1.95 1.05 3.30 0.25 3.35 3.42 3.78
C2 0.51 0.59 0.63 1.42 0.48 1.76 0.42 2.49 0.41 0.40 0.51 0.29 0.57 0.38 0.45 0.39 1.67 1.19 2.82 0.16 2.79 2.72 3.07
C2' 1.22 1.41 1.59 2.38 1.32 2.41 1.28 3.22 1.28 1.17 1.37 0.32 1.39 1.19 1.25 1.23 2.63 1.65 3.80 0.32 3.88 3.63 4.21
C3' 0.91 1.43 1.27 1.96 1.24 1.86 1.26 2.62 1.36 0.99 1.47 0.34 1.32 1.11 1.05 0.87 2.14 1.19 3.47 0.36 3.64 3.65 4.09
C4 0.21 0.44 0.33 1.10 0.25 1.42 0.22 2.22 0.26 0.19 0.39 0.26 0.37 0.20 0.19 0.22 1.32 0.84 2.77 0.13 2.68 2.87 3.10
C4' 0.35 0.76 0.74 1.47 0.55 1.39 0.56 2.14 0.67 0.37 0.78 0.32 0.66 0.45 0.41 0.42 1.73 0.68 3.03 0.35 3.30 3.49 3.76
C5 0.45 0.22 0.44 0.43 0.25 0.81 0.26 1.61 0.21 0.45 0.21 0.29 0.19 0.38 0.38 0.78 0.58 0.38 2.23 0.17 2.09 2.52 2.57
C5' 0.34 0.48 0.17 0.72 0.15 0.62 0.22 1.27 0.38 0.40 0.54 0.31 0.28 0.31 0.25 0.29 0.94 0.18 2.30 0.36 2.52 3.09 3.08
C6 0.44 0.25 0.52 0.35 0.28 0.78 0.29 1.55 0.26 0.44 0.24 0.33 0.23 0.38 0.39 0.87 0.49 0.41 2.06 0.22 1.94 2.30 2.36
C8 0.63 0.19 0.52 0.35 0.36 0.62 0.36 1.44 0.22 0.63 0.16 0.28 0.25 0.52 0.55 0.83 0.52 0.22 2.27 0.15 2.13 2.77 2.73
N1 0.19 0.39 0.21 0.85 0.21 1.27 0.21 2.00 0.25 0.20 0.34 0.33 0.31 0.21 0.17 0.37 1.02 0.82 2.38 0.18 2.31 2.43 2.63
N3 0.59 0.66 0.80 1.62 0.56 1.91 0.49 2.67 0.47 0.47 0.57 0.27 0.65 0.45 0.54 0.53 1.90 1.26 3.06 0.16 3.05 2.96 3.35
N6 0.88 0.40 1.08 0.38 0.63 0.31 0.59 1.05 0.49 0.78 0.39 0.39 0.54 0.68 0.77 1.47 0.43 0.23 1.58 0.31 1.44 1.96 1.88
N7 0.93 0.30 0.93 0.24 0.63 0.32 0.58 1.12 0.42 0.86 0.27 0.30 0.49 0.73 0.82 1.27 0.29 0.27 1.89 0.21 1.72 2.42 2.30
N9 0.19 0.43 0.31 1.08 0.21 1.32 0.19 2.15 0.24 0.19 0.38 0.26 0.34 0.19 0.16 0.23 1.29 0.71 2.84 0.15 2.76 3.06 3.26
O2' 1.66 1.53 2.18 3.04 1.59 2.97 1.52 3.75 1.44 1.57 1.48 0.34 1.59 1.51 1.62 1.83 3.42 2.05 4.15 0.39 4.47 3.81 4.59
O3' 1.42 1.86 1.88 2.55 1.77 2.24 1.83 2.92 1.90 1.61 1.94 0.38 1.77 1.73 1.62 1.44 2.72 1.53 3.73 0.48 4.27 3.78 4.53
O4' 0.18 0.32 0.39 1.18 0.15 1.26 0.17 2.08 0.22 0.23 0.30 0.29 0.26 0.24 0.15 0.20 1.47 0.54 2.90 0.29 3.02 3.30 3.53
O5' 0.93 0.30 0.67 0.21 0.40 0.24 0.37 0.56 0.19 0.97 0.37 0.25 0.17 0.73 0.79 0.94 0.22 0.68 1.62 0.25 1.66 2.51 2.30
OP1 1.54 0.42 1.31 0.94 1.08 0.98 1.10 0.61 0.66 1.76 0.36 0.27 0.73 1.55 1.49 1.47 0.80 1.38 0.81 0.38 0.77 1.94 1.45
OP2 2.54 0.79 2.38 1.97 1.86 1.87 1.79 1.32 1.12 2.70 0.64 0.35 1.34 2.32 2.45 2.52 1.85 2.25 0.25 0.25 0.39 1.07 0.54
P 1.85 0.62 1.62 1.14 1.37 1.09 1.36 0.57 0.89 2.02 0.53 0.20 1.00 1.78 1.79 1.80 0.98 1.55 0.75 0.28 0.69 1.84 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.55 0.02 0.49 0.81 0.58
C2 0.03 0.00 0.48 0.24 0.01 0.34 0.03 0.66 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.50 0.39 0.54 1.62 0.01 1.08 2.56 1.76
C2' 0.00 0.48 0.00 0.00 0.25 0.01 0.11 0.05 0.23 0.27 0.35 0.08 0.46 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.04 0.53 0.53 0.34
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.15 0.00 0.15 0.01 0.19 0.19 0.20 0.06 0.22 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.17 0.51 0.25 0.23
C4 0.01 0.01 0.25 0.15 0.00 0.17 0.00 0.34 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.19 0.27 1.27 0.01 0.89 2.00 1.37
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.17 0.00 0.13 0.01 0.17 0.22 0.30 0.15 0.32 0.16 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.14 0.23 0.23 0.08
C5 0.01 0.03 0.11 0.15 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.12 1.24 0.02 0.92 2.20 1.44
C5' 0.03 0.66 0.05 0.01 0.34 0.01 0.27 0.00 0.38 0.38 0.59 0.33 0.59 0.29 0.13 0.04 0.06 0.01 0.01 0.27 0.11 0.32 0.02
C6 0.02 0.07 0.23 0.19 0.02 0.17 0.01 0.38 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.26 0.23 0.22 1.42 0.00 1.04 2.61 1.69
C8 0.01 0.02 0.27 0.19 0.00 0.22 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.21 0.29 0.61 0.03 0.59 1.18 0.76
N1 0.04 0.02 0.35 0.20 0.03 0.30 0.02 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.38 0.31 0.44 1.63 0.01 1.14 2.78 1.85
N2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.15 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.16 0.49 0.02 0.38 0.62 0.45
N3 0.03 0.01 0.46 0.22 0.00 0.32 0.01 0.59 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.48 0.34 0.53 1.46 0.01 0.98 2.19 1.54
N7 0.01 0.02 0.14 0.17 0.01 0.16 0.00 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.15 0.87 0.03 0.76 1.72 1.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.86 0.02 0.67 1.35 0.94
O2' 0.01 0.50 0.00 0.02 0.25 0.09 0.15 0.04 0.26 0.26 0.38 0.18 0.48 0.19 0.07 0.00 0.05 0.08 0.11 0.19 0.41 0.28 0.13
O3' 0.09 0.39 0.02 0.01 0.19 0.02 0.14 0.06 0.23 0.21 0.31 0.26 0.34 0.16 0.06 0.05 0.00 0.06 0.59 0.11 0.50 0.41 0.44
O4' 0.01 0.54 0.01 0.01 0.27 0.00 0.12 0.01 0.22 0.29 0.44 0.16 0.53 0.15 0.01 0.08 0.06 0.00 0.52 0.06 0.32 0.54 0.47
O5' 0.55 1.62 0.20 0.20 1.27 0.01 1.24 0.01 1.42 0.61 1.63 0.49 1.46 0.87 0.86 0.11 0.59 0.52 0.00 0.53 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.14 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.19 0.11 0.06 0.53 0.00 0.62 0.77 0.59
OP1 0.49 1.08 0.53 0.51 0.89 0.23 0.92 0.11 1.04 0.59 1.14 0.38 0.98 0.76 0.67 0.41 0.50 0.32 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00
OP2 0.81 2.56 0.53 0.25 2.00 0.23 2.20 0.32 2.61 1.18 2.78 0.62 2.19 1.72 1.35 0.28 0.41 0.54 0.01 0.77 0.01 0.00 0.00
P 0.58 1.76 0.34 0.23 1.37 0.08 1.44 0.02 1.69 0.76 1.85 0.45 1.54 1.09 0.94 0.13 0.44 0.47 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00