ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 6, 0, 4, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 43,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.009, 0.260, 0.529, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.260 std_dev=0.269
C4 B 0, -0.016, 0.345, 0.706, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.345 std_dev=0.361
C5 A 0, -0.036, 0.555, 1.145, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.555 std_dev=0.591
N3 A 0, -0.024, 0.634, 1.292, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.634 std_dev=0.658
N3 B 0, -0.040, 0.647, 1.335, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.647 std_dev=0.688
C5 B 0, -0.045, 0.717, 1.479, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.717 std_dev=0.762
C6 B 0, -0.037, 0.769, 1.574, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.769 std_dev=0.806
C6 A 0, -0.094, 1.020, 2.135, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.020 std_dev=1.115
O6 B 0, -0.062, 1.146, 2.353, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.146 std_dev=1.208
N1 B 0, -0.139, 1.195, 2.530, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.195 std_dev=1.335
N9 A 0, -0.165, 1.170, 2.505, 3.168 max_d=3.168 avg_d=1.170 std_dev=1.335
N9 B 0, -0.149, 1.208, 2.565, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.208 std_dev=1.357
C2 B 0, -0.145, 1.253, 2.651, 3.374 max_d=3.374 avg_d=1.253 std_dev=1.398
N7 A 0, -0.120, 1.326, 2.772, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.326 std_dev=1.446
C2 A 0, -0.178, 1.323, 2.825, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.323 std_dev=1.502
O6 A 0, -0.146, 1.474, 3.094, 4.134 max_d=4.134 avg_d=1.474 std_dev=1.620
N1 A 0, -0.214, 1.465, 3.144, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.465 std_dev=1.679
C1' B 0, -0.198, 1.520, 3.238, 4.132 max_d=4.132 avg_d=1.520 std_dev=1.718
N7 B 0, -0.168, 1.637, 3.442, 4.772 max_d=4.772 avg_d=1.637 std_dev=1.805
C8 A 0, -0.225, 1.677, 3.580, 4.275 max_d=4.275 avg_d=1.677 std_dev=1.902
C1' A 0, -0.246, 1.666, 3.577, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.666 std_dev=1.912
C8 B 0, -0.228, 1.885, 3.998, 4.763 max_d=4.763 avg_d=1.885 std_dev=2.113
C2' B 0, -0.221, 2.054, 4.330, 5.413 max_d=5.413 avg_d=2.054 std_dev=2.275
N2 B 0, -0.283, 2.137, 4.558, 5.615 max_d=5.615 avg_d=2.137 std_dev=2.421
N2 A 0, -0.290, 2.141, 4.572, 5.669 max_d=5.669 avg_d=2.141 std_dev=2.431
C2' A 0, -0.230, 2.220, 4.670, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.220 std_dev=2.450
O2' B 0, -0.220, 2.308, 4.836, 6.110 max_d=6.110 avg_d=2.308 std_dev=2.528
O4' B 0, -0.350, 2.185, 4.721, 6.288 max_d=6.288 avg_d=2.185 std_dev=2.535
O2' A 0, -0.169, 2.538, 5.244, 6.794 max_d=6.794 avg_d=2.538 std_dev=2.706
O4' A 0, -0.422, 2.494, 5.411, 6.762 max_d=6.762 avg_d=2.494 std_dev=2.917
C3' B 0, -0.362, 2.870, 6.102, 7.593 max_d=7.593 avg_d=2.870 std_dev=3.232
C4' B 0, -0.455, 2.872, 6.198, 8.091 max_d=8.091 avg_d=2.872 std_dev=3.327
C3' A 0, -0.412, 2.995, 6.402, 7.513 max_d=7.513 avg_d=2.995 std_dev=3.407
C4' A 0, -0.498, 3.213, 6.924, 8.396 max_d=8.396 avg_d=3.213 std_dev=3.711
C5' B 0, -0.719, 3.482, 7.684, 10.234 max_d=10.234 avg_d=3.482 std_dev=4.202
O5' B 0, -0.706, 3.509, 7.725, 10.521 max_d=10.521 avg_d=3.509 std_dev=4.215
O3' B 0, -0.417, 3.806, 8.028, 9.671 max_d=9.671 avg_d=3.806 std_dev=4.222
O3' A 0, -0.510, 3.780, 8.071, 9.497 max_d=9.497 avg_d=3.780 std_dev=4.291
O5' A 0, -0.399, 4.013, 8.424, 9.964 max_d=9.964 avg_d=4.013 std_dev=4.411
C5' A 0, -0.552, 4.026, 8.604, 10.045 max_d=10.045 avg_d=4.026 std_dev=4.578
OP2 B 0, -0.699, 4.459, 9.617, 13.010 max_d=13.010 avg_d=4.459 std_dev=5.158
OP2 A 0, -0.316, 4.850, 10.016, 11.671 max_d=11.671 avg_d=4.850 std_dev=5.166
P B 0, -0.913, 4.330, 9.573, 12.953 max_d=12.953 avg_d=4.330 std_dev=5.243
P A 0, -0.580, 4.733, 10.045, 11.959 max_d=11.959 avg_d=4.733 std_dev=5.313
OP1 A 0, -0.578, 5.386, 11.350, 13.993 max_d=13.993 avg_d=5.386 std_dev=5.964
OP1 B 0, -1.099, 4.978, 11.056, 15.255 max_d=15.255 avg_d=4.978 std_dev=6.078

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.16 0.02 0.42 0.16 0.17
C2 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.09 0.37 0.02 0.73 0.53 0.34
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09 0.17 0.26 0.21 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.26 0.09 0.40 0.22 0.32
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.26 0.20 0.26 0.24 0.21 0.24 0.15 0.02 0.01 0.01 0.30 0.28 0.29 0.18 0.23
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.05 0.38 0.01 0.72 0.51 0.33
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.18 0.02 0.00 0.01 0.12 0.14 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.03 0.48 0.01 0.88 0.71 0.44
C5' 0.04 0.11 0.09 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.20 0.15 0.10 0.09 0.22 0.11 0.11 0.10 0.01 0.01 0.22 0.28 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.04 0.50 0.01 0.93 0.79 0.48
C8 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.15 0.06 0.47 0.02 0.82 0.60 0.40
N1 0.03 0.00 0.17 0.26 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.21 0.07 0.45 0.01 0.85 0.69 0.42
N2 0.04 0.01 0.26 0.24 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.28 0.10 0.33 0.02 0.68 0.48 0.31
N3 0.03 0.01 0.21 0.21 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.22 0.08 0.32 0.01 0.64 0.43 0.29
N7 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.04 0.53 0.02 0.96 0.79 0.49
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.34 0.02 0.65 0.40 0.28
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.14 0.18 0.18 0.11 0.19 0.18 0.18 0.19 0.16 0.20 0.12 0.00 0.04 0.13 0.18 0.20 0.27 0.26 0.25
O3' 0.15 0.23 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.10 0.20 0.15 0.21 0.28 0.22 0.18 0.09 0.04 0.00 0.10 0.28 0.22 0.44 0.20 0.21
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.13 0.10 0.00 0.08 0.04 0.33 0.21 0.12
O5' 0.16 0.37 0.26 0.30 0.38 0.01 0.48 0.01 0.50 0.47 0.45 0.33 0.32 0.53 0.34 0.18 0.28 0.08 0.00 0.55 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.28 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.22 0.04 0.55 0.00 1.02 0.90 0.54
OP1 0.42 0.73 0.40 0.29 0.72 0.14 0.88 0.28 0.93 0.82 0.85 0.68 0.64 0.96 0.65 0.27 0.44 0.33 0.02 1.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.53 0.22 0.18 0.51 0.26 0.71 0.40 0.79 0.60 0.69 0.48 0.43 0.79 0.40 0.26 0.20 0.21 0.01 0.90 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.34 0.32 0.23 0.33 0.05 0.44 0.01 0.48 0.40 0.42 0.31 0.29 0.49 0.28 0.25 0.21 0.12 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 3.14 0.47 1.41 1.63 1.57 1.68 2.32 2.45 0.47 3.16 3.99 2.33 0.92 0.76 0.60 2.27 0.79 2.19 2.53 3.48 2.32 2.68
C2 3.15 0.36 3.45 4.44 1.80 4.68 1.80 5.28 1.02 3.13 0.35 0.78 1.05 2.60 2.72 3.50 5.17 3.83 4.98 0.93 6.16 5.01 5.38
C2' 0.83 3.42 0.53 1.17 1.96 1.33 1.87 2.16 2.54 0.72 3.29 4.29 2.72 1.10 1.14 0.46 1.88 0.86 2.17 2.51 3.39 2.39 2.67
C3' 1.71 4.45 1.27 0.69 2.94 1.03 2.84 1.77 3.53 1.60 4.31 5.35 3.73 2.02 2.07 1.24 0.87 1.35 1.85 3.47 2.92 2.00 2.30
C4 1.54 1.53 1.85 2.85 0.28 3.11 0.27 3.80 0.79 1.47 1.52 2.44 0.74 0.94 1.08 1.98 3.65 2.25 3.56 0.87 4.94 3.71 4.09
C4' 1.93 4.90 1.44 0.69 3.37 0.94 3.42 1.56 4.20 2.09 4.93 5.74 4.06 2.62 2.44 1.28 0.71 1.47 1.60 4.25 2.50 1.60 1.93
C5 1.75 1.41 1.95 2.93 0.33 3.32 0.33 4.04 0.66 1.70 1.42 2.34 0.59 1.13 1.27 2.12 3.66 2.51 3.78 0.75 5.21 3.95 4.36
C5' 2.51 5.58 2.06 1.15 4.04 1.23 4.14 1.54 4.97 2.74 5.69 6.37 4.70 3.32 3.08 1.86 0.50 1.97 1.67 5.06 2.27 1.60 1.85
C6 2.68 0.53 2.80 3.76 1.21 4.23 1.21 4.95 0.41 2.67 0.52 1.46 0.43 2.09 2.21 2.92 4.39 3.47 4.64 0.35 6.03 4.77 5.21
C8 0.39 2.90 0.58 1.54 1.28 1.89 1.34 2.67 2.19 0.30 2.94 3.79 2.03 0.52 0.37 0.91 2.36 1.07 2.47 2.30 3.95 2.69 3.09
N1 3.36 0.38 3.52 4.49 1.94 4.91 1.94 5.58 1.12 3.35 0.40 0.72 1.14 2.79 2.91 3.59 5.12 4.12 5.24 1.04 6.50 5.29 5.71
N2 3.98 1.19 4.33 5.29 2.69 5.46 2.68 5.94 1.92 3.95 1.21 0.38 1.94 3.44 3.58 4.32 6.02 4.60 5.63 1.84 6.61 5.58 5.91
N3 2.18 0.80 2.56 3.56 0.87 3.72 0.85 4.33 0.28 2.13 0.76 1.66 0.36 1.62 1.75 2.63 4.38 2.83 4.09 0.27 5.34 4.18 4.53
N7 0.99 2.25 1.17 2.12 0.62 2.53 0.66 3.30 1.50 0.90 2.28 3.17 1.38 0.36 0.50 1.44 2.87 1.75 3.06 1.62 4.56 3.28 3.69
N9 0.57 2.56 0.89 1.90 0.99 2.15 1.03 2.88 1.83 0.48 2.58 3.45 1.72 0.32 0.27 1.09 2.74 1.28 2.69 1.92 4.10 2.87 3.25
O2' 1.02 3.38 0.79 1.26 2.04 1.28 1.95 2.01 2.56 0.93 3.25 4.18 2.74 1.26 1.30 0.68 1.94 0.95 2.01 2.52 3.04 2.12 2.38
O3' 2.46 4.97 2.00 1.16 3.55 1.46 3.35 1.87 3.93 2.21 4.71 5.84 4.35 2.55 2.74 2.02 0.48 2.06 1.98 3.78 2.63 1.91 2.22
O4' 1.03 4.05 0.59 0.70 2.51 0.96 2.63 1.75 3.46 1.28 4.16 4.87 3.17 1.85 1.58 0.50 1.50 0.72 1.65 3.58 2.87 1.72 2.11
O5' 2.19 5.28 1.85 0.95 3.72 0.97 3.82 1.40 4.68 2.39 5.40 6.07 4.40 2.99 2.75 1.72 0.68 1.61 1.48 4.80 2.43 1.59 1.83
O6 2.91 0.38 2.93 3.86 1.42 4.43 1.42 5.19 0.58 2.92 0.37 1.30 0.59 2.33 2.44 3.06 4.40 3.74 4.87 0.50 6.28 5.02 5.47
OP1 3.15 6.13 2.89 2.01 4.68 1.80 4.85 1.69 5.72 3.45 6.35 6.76 5.26 4.07 3.74 2.70 1.54 2.51 1.91 5.90 2.16 1.86 1.89
OP2 2.34 5.44 2.12 1.33 3.89 1.23 4.03 1.58 4.92 2.57 5.62 6.19 4.54 3.19 2.90 1.99 1.08 1.77 1.67 5.10 2.58 1.82 2.04
P 2.50 5.62 2.24 1.34 4.08 1.18 4.24 1.34 5.13 2.78 5.81 6.34 4.72 3.42 3.10 2.07 0.96 1.87 1.50 5.31 2.20 1.55 1.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.21 0.03 0.15 0.22 0.13
C2 0.03 0.00 0.27 0.27 0.01 0.49 0.01 1.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.41 0.69 0.02 1.27 0.44 0.80
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.01 0.09 0.16 0.14 0.12 0.22 0.30 0.26 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.11 0.16 0.23 0.10
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.13 0.00 0.22 0.02 0.20 0.41 0.20 0.38 0.27 0.38 0.18 0.02 0.01 0.02 0.20 0.24 0.27 0.28 0.17
C4 0.02 0.01 0.14 0.13 0.00 0.20 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.22 0.17 0.01 0.49 0.26 0.15
C4' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.20 0.00 0.05 0.01 0.15 0.34 0.34 0.62 0.48 0.25 0.06 0.23 0.02 0.00 0.02 0.09 0.13 0.42 0.15
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.10 0.40 0.02 0.22 0.70 0.38
C5' 0.09 1.01 0.16 0.02 0.46 0.01 0.23 0.00 0.41 0.46 0.76 1.28 0.95 0.33 0.11 0.09 0.15 0.02 0.01 0.31 0.15 0.21 0.02
C6 0.02 0.02 0.14 0.20 0.01 0.15 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.18 0.25 0.01 0.45 0.59 0.23
C8 0.02 0.01 0.12 0.41 0.01 0.34 0.01 0.46 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.18 0.22 1.01 0.03 0.61 1.16 0.99
N1 0.03 0.01 0.22 0.20 0.01 0.34 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.29 0.31 0.38 0.01 0.95 0.21 0.45
N2 0.05 0.01 0.30 0.38 0.01 0.62 0.01 1.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.41 0.46 1.04 0.02 1.65 0.79 1.18
N3 0.03 0.01 0.26 0.27 0.00 0.48 0.01 0.95 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.30 0.42 0.62 0.02 1.10 0.45 0.71
N7 0.01 0.01 0.07 0.38 0.01 0.25 0.00 0.33 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.20 0.12 0.92 0.04 0.51 1.27 0.95
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.06 0.02 0.43 0.03 0.13 0.47 0.34
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.15 0.23 0.21 0.09 0.21 0.31 0.23 0.34 0.27 0.30 0.14 0.00 0.05 0.16 0.16 0.25 0.21 0.22 0.11
O3' 0.21 0.33 0.02 0.01 0.16 0.02 0.16 0.15 0.23 0.18 0.29 0.41 0.30 0.20 0.06 0.05 0.00 0.16 0.24 0.24 0.46 0.41 0.23
O4' 0.01 0.41 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.02 0.18 0.22 0.31 0.46 0.42 0.12 0.02 0.16 0.16 0.00 0.23 0.13 0.22 0.28 0.16
O5' 0.21 0.69 0.11 0.20 0.17 0.02 0.40 0.01 0.25 1.01 0.38 1.04 0.62 0.92 0.43 0.16 0.24 0.23 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.24 0.01 0.09 0.02 0.31 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.25 0.24 0.13 0.38 0.00 0.29 0.85 0.40
OP1 0.15 1.27 0.16 0.27 0.49 0.13 0.22 0.15 0.45 0.61 0.95 1.65 1.10 0.51 0.13 0.21 0.46 0.22 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.44 0.23 0.28 0.26 0.42 0.70 0.21 0.59 1.16 0.21 0.79 0.45 1.27 0.47 0.22 0.41 0.28 0.02 0.85 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.80 0.10 0.17 0.15 0.15 0.38 0.02 0.23 0.99 0.45 1.18 0.71 0.95 0.34 0.11 0.23 0.16 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00