ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43550

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 8, 0, 0, 2, 14, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 51, 4, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.050, 0.230, 0.411, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.230 std_dev=0.181
C4 A 0, 0.025, 0.236, 0.446, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.236 std_dev=0.211
O6 A 0, -0.076, 0.168, 0.411, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.168 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.067, 0.319, 0.571, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.319 std_dev=0.252
N2 A 0, -0.060, 0.201, 0.463, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.201 std_dev=0.261
C1' A 0, 0.088, 0.386, 0.684, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.386 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.108, 0.470, 0.832, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.470 std_dev=0.362
N1 A 0, 0.093, 0.503, 0.914, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.503 std_dev=0.411
N9 B 0, 0.060, 0.754, 1.448, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.754 std_dev=0.694
C6 B 0, 0.096, 0.832, 1.568, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.832 std_dev=0.736
N9 A 0, 0.018, 0.801, 1.585, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.801 std_dev=0.783
C6 A 0, 0.052, 0.877, 1.702, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.877 std_dev=0.825
N3 B 0, 0.007, 0.930, 1.853, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.930 std_dev=0.923
O4' B 0, 0.135, 1.080, 2.025, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.080 std_dev=0.945
N3 A 0, -0.013, 0.979, 1.970, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.979 std_dev=0.992
C2' A 0, 0.148, 1.143, 2.138, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.143 std_dev=0.995
C4' B 0, 0.159, 1.186, 2.214, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.186 std_dev=1.028
O4' A 0, 0.128, 1.183, 2.239, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.183 std_dev=1.056
C5 B 0, 0.004, 1.074, 2.145, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.074 std_dev=1.071
C2 B 0, -0.026, 1.102, 2.230, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.102 std_dev=1.128
C5 A 0, -0.035, 1.126, 2.288, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.126 std_dev=1.162
C2 A 0, -0.012, 1.220, 2.451, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.220 std_dev=1.232
C4' A 0, 0.027, 1.307, 2.588, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.307 std_dev=1.281
C3' B 0, 0.201, 1.577, 2.953, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.577 std_dev=1.376
C2' B 0, 0.103, 1.507, 2.910, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.507 std_dev=1.404
O3' B 0, 0.302, 1.709, 3.115, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.709 std_dev=1.406
N6 B 0, 0.137, 1.604, 3.070, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.604 std_dev=1.466
O2' A 0, 0.256, 1.726, 3.197, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.726 std_dev=1.471
C3' A 0, 0.032, 1.716, 3.401, 3.769 max_d=3.769 avg_d=1.716 std_dev=1.684
C8 B 0, -0.048, 1.840, 3.728, 4.179 max_d=4.179 avg_d=1.840 std_dev=1.888
C8 A 0, -0.088, 1.960, 4.008, 4.515 max_d=4.515 avg_d=1.960 std_dev=2.048
N7 B 0, -0.056, 2.091, 4.238, 4.724 max_d=4.724 avg_d=2.091 std_dev=2.147
O2' B 0, 0.087, 2.241, 4.396, 4.827 max_d=4.827 avg_d=2.241 std_dev=2.155
C5' B 0, 0.136, 2.344, 4.551, 5.366 max_d=5.366 avg_d=2.344 std_dev=2.207
N7 A 0, -0.106, 2.207, 4.521, 5.064 max_d=5.064 avg_d=2.207 std_dev=2.314
C5' A 0, 0.028, 2.499, 4.969, 5.539 max_d=5.539 avg_d=2.499 std_dev=2.470
O3' A 0, 0.080, 2.567, 5.053, 5.618 max_d=5.618 avg_d=2.567 std_dev=2.487
O5' B 0, 0.125, 2.958, 5.790, 6.693 max_d=6.693 avg_d=2.958 std_dev=2.833
O5' A 0, 0.015, 3.285, 6.554, 7.234 max_d=7.234 avg_d=3.285 std_dev=3.269
OP1 A 0, 0.208, 4.107, 8.006, 8.784 max_d=8.784 avg_d=4.107 std_dev=3.899
P A 0, -0.081, 3.995, 8.071, 8.883 max_d=8.883 avg_d=3.995 std_dev=4.076
P B 0, -0.019, 4.175, 8.369, 9.398 max_d=9.398 avg_d=4.175 std_dev=4.194
OP1 B 0, -0.069, 4.787, 9.644, 10.785 max_d=10.785 avg_d=4.787 std_dev=4.856
OP2 B 0, -0.117, 4.906, 9.930, 11.058 max_d=11.058 avg_d=4.906 std_dev=5.024
OP2 A 0, -0.070, 5.195, 10.461, 11.454 max_d=11.454 avg_d=5.195 std_dev=5.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.23 0.02 0.34 0.40 0.16
C2 0.03 0.00 0.23 0.29 0.01 0.15 0.03 0.16 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.34 0.10 0.53 0.01 0.36 1.19 0.56
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.06 0.08 0.12 0.18 0.14 0.24 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.36 0.05 0.46 0.46 0.23
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.12 0.01 0.15 0.20 0.24 0.21 0.28 0.17 0.08 0.02 0.01 0.01 0.44 0.07 0.39 0.48 0.23
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.05 0.57 0.01 0.36 1.17 0.62
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.14 0.13 0.10 0.14 0.11 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.05 0.50 0.15 0.27
C5 0.01 0.03 0.05 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.74 0.01 0.63 1.58 0.95
C5' 0.03 0.16 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.19 0.15 0.13 0.15 0.17 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.10 0.18 0.27 0.02
C6 0.02 0.07 0.08 0.15 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.76 0.01 0.67 1.71 1.01
C8 0.01 0.02 0.12 0.20 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.07 0.76 0.01 0.67 1.40 0.94
N1 0.04 0.02 0.18 0.24 0.03 0.13 0.02 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.26 0.09 0.64 0.01 0.48 1.48 0.79
N2 0.03 0.01 0.14 0.21 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.27 0.03 0.18 0.01 0.24 0.47 0.14
N3 0.03 0.01 0.24 0.28 0.00 0.14 0.01 0.15 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.32 0.10 0.44 0.01 0.34 0.96 0.42
N7 0.01 0.03 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.04 0.85 0.01 0.87 1.76 1.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.53 0.01 0.31 0.98 0.54
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.10 0.09 0.05 0.09 0.15 0.12 0.12 0.15 0.14 0.07 0.00 0.05 0.08 0.10 0.05 0.81 0.23 0.48
O3' 0.11 0.34 0.02 0.01 0.13 0.02 0.06 0.08 0.10 0.20 0.26 0.27 0.32 0.16 0.05 0.05 0.00 0.07 0.34 0.08 0.60 0.28 0.23
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.03 0.10 0.04 0.01 0.08 0.07 0.00 0.06 0.02 0.35 0.15 0.18
O5' 0.23 0.53 0.36 0.44 0.57 0.02 0.74 0.01 0.76 0.76 0.64 0.18 0.44 0.85 0.53 0.10 0.34 0.06 0.00 0.36 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.36 0.00 0.32 0.95 0.54
OP1 0.34 0.36 0.46 0.39 0.36 0.50 0.63 0.18 0.67 0.67 0.48 0.24 0.34 0.87 0.31 0.81 0.60 0.35 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.19 0.46 0.48 1.17 0.15 1.58 0.27 1.71 1.40 1.48 0.47 0.96 1.76 0.98 0.23 0.28 0.15 0.02 0.95 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.56 0.23 0.23 0.62 0.27 0.95 0.02 1.01 0.94 0.79 0.14 0.42 1.17 0.54 0.48 0.23 0.18 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.96 0.34 0.75 0.22 1.06 0.81 2.30 0.53 1.59 0.40 0.88 1.01 1.69 0.60 1.36 0.53 0.80 2.81 4.42 4.89 4.06
C2 1.08 0.20 0.80 1.31 1.26 1.83 2.18 2.99 1.85 3.00 0.77 0.21 2.54 3.27 1.76 0.49 0.88 1.84 3.56 5.73 5.24 4.91
C2' 0.32 0.81 0.26 0.66 0.32 1.06 1.00 2.33 0.72 1.79 0.25 0.76 1.23 1.91 0.74 1.32 0.41 0.90 2.97 4.56 5.16 4.31
C3' 1.16 1.89 1.21 0.67 1.00 0.48 0.33 1.23 0.51 0.59 1.28 1.88 0.20 0.70 0.62 2.44 1.23 0.63 1.88 3.32 4.15 3.20
C4 0.19 1.24 0.35 0.53 0.13 0.95 0.81 2.16 0.49 1.68 0.55 1.11 1.09 1.84 0.54 1.46 0.42 0.78 2.66 4.66 4.56 4.00
C4' 1.22 1.91 1.18 0.66 1.11 0.46 0.50 1.12 0.70 0.36 1.38 1.89 0.30 0.42 0.74 2.37 1.11 0.68 1.71 2.95 3.89 2.85
C5 0.87 2.17 1.03 0.48 0.91 0.33 0.16 1.48 0.47 0.84 1.48 2.01 0.28 1.00 0.36 2.13 0.79 0.23 1.91 3.97 3.74 3.24
C5' 2.43 2.98 2.26 1.65 2.29 1.50 1.69 0.49 1.86 1.09 2.49 2.99 1.41 0.96 1.96 3.38 2.07 1.91 0.67 1.73 2.61 1.59
C6 0.63 1.99 0.85 0.38 0.66 0.48 0.29 1.64 0.25 1.16 1.26 1.80 0.60 1.35 0.18 1.90 0.65 0.36 2.06 4.23 3.79 3.40
C8 1.60 2.75 1.64 0.97 1.66 0.51 0.93 0.91 1.24 0.20 2.13 2.64 0.70 0.17 1.14 2.77 1.26 0.80 1.31 3.12 3.25 2.55
N1 0.42 0.91 0.27 0.69 0.50 1.23 1.39 2.38 1.06 2.23 0.25 0.76 1.77 2.49 1.01 1.06 0.43 1.19 2.89 5.10 4.55 4.24
N2 0.35 0.28 0.26 0.33 0.31 0.26 0.33 0.27 0.30 0.41 0.28 0.29 0.30 0.39 0.35 0.29 0.47 0.44 0.20 0.61 0.32 0.23
N3 0.98 0.19 0.75 1.31 1.11 1.80 1.97 3.00 1.64 2.82 0.62 0.15 2.26 3.03 1.62 0.57 0.87 1.74 3.57 5.63 5.38 4.92
N7 1.78 3.12 1.84 1.15 1.91 0.63 1.16 0.76 1.51 0.28 2.47 2.96 0.93 0.19 1.34 2.91 1.42 0.92 1.11 3.06 2.96 2.38
N9 0.56 1.62 0.69 0.40 0.54 0.59 0.29 1.80 0.17 1.10 0.99 1.52 0.51 1.23 0.18 1.86 0.58 0.35 2.28 4.10 4.28 3.57
O2' 1.19 0.36 1.05 1.62 1.26 2.01 1.92 3.26 1.64 2.69 0.86 0.42 2.09 2.77 1.71 0.40 1.04 1.84 3.89 5.21 6.05 5.13
O3' 1.24 1.77 1.30 0.85 1.00 0.75 0.47 1.25 0.54 0.75 1.18 1.79 0.39 0.82 0.73 2.47 1.47 0.85 1.94 3.10 4.23 3.22
O4' 0.80 1.60 0.82 0.59 0.76 0.59 0.36 1.66 0.44 0.81 1.08 1.54 0.37 0.88 0.46 1.94 0.75 0.40 2.15 3.54 4.23 3.29
O5' 3.14 3.94 2.92 2.14 3.19 1.92 2.63 0.79 2.86 1.93 3.49 3.90 2.44 1.88 2.78 4.00 2.40 2.48 0.67 1.27 2.03 1.10
O6 0.17 0.24 0.14 0.35 0.20 0.09 0.24 0.10 0.28 0.19 0.28 0.21 0.32 0.23 0.18 0.15 0.50 0.23 0.27 0.13 0.46 0.24
OP1 4.03 4.41 3.55 2.84 3.99 2.93 3.57 1.80 3.69 3.07 4.11 4.43 3.38 3.01 3.73 4.37 2.94 3.65 1.41 0.51 0.96 0.47
OP2 4.67 5.86 4.18 3.19 5.11 2.99 4.67 1.77 4.95 3.80 5.52 5.75 4.60 3.89 4.58 5.00 3.17 3.87 1.65 0.69 0.48 0.69
P 3.82 4.59 3.37 2.51 3.98 2.44 3.53 1.27 3.74 2.85 4.26 4.55 3.40 2.86 3.59 4.27 2.59 3.21 1.02 0.48 1.13 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.01 0.18 0.85 0.12 0.30
C2 0.03 0.00 0.25 0.23 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.32 0.11 0.22 1.06 0.66 0.22
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.14 0.01 0.09 0.23 0.13 0.10 0.20 0.24 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.50 0.79 0.37 0.60
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.27 0.00 0.36 0.02 0.37 0.36 0.31 0.18 0.41 0.41 0.25 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.26 0.10
C4 0.02 0.01 0.14 0.27 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.06 0.26 1.09 0.60 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.16 0.07 0.04 0.12 0.16 0.09 0.32 0.02 0.00 0.01 0.16 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.36 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.08 0.04 0.37 1.21 0.86 0.29
C5' 0.07 0.06 0.23 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.15 0.17 0.07 0.09 0.23 0.02 0.01 0.17 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.06 0.38 1.21 0.96 0.29
C8 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.11 0.06 0.40 1.23 0.70 0.31
N1 0.03 0.00 0.20 0.31 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.20 0.09 0.31 1.15 0.85 0.25
N3 0.03 0.00 0.24 0.18 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.37 0.10 0.18 1.01 0.51 0.22
N6 0.02 0.01 0.11 0.41 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.10 0.06 0.44 1.26 1.12 0.34
N7 0.01 0.01 0.06 0.41 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.15 0.03 0.46 1.28 0.96 0.35
N9 0.00 0.01 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.14 0.01 0.24 1.06 0.44 0.27
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.26 0.32 0.33 0.09 0.35 0.30 0.30 0.19 0.39 0.35 0.21 0.00 0.05 0.23 0.39 0.64 0.39 0.51
O3' 0.37 0.32 0.02 0.01 0.19 0.02 0.08 0.23 0.11 0.11 0.20 0.37 0.10 0.15 0.14 0.05 0.00 0.26 0.20 0.52 0.38 0.32
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.03 0.01 0.23 0.26 0.00 0.13 0.66 0.08 0.16
O5' 0.18 0.22 0.50 0.06 0.26 0.01 0.37 0.01 0.38 0.40 0.31 0.18 0.44 0.46 0.24 0.39 0.20 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.85 1.06 0.79 0.13 1.09 0.16 1.21 0.17 1.21 1.23 1.15 1.01 1.26 1.28 1.06 0.64 0.52 0.66 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.66 0.37 0.26 0.60 0.24 0.86 0.41 0.96 0.70 0.85 0.51 1.12 0.96 0.44 0.39 0.38 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.22 0.60 0.10 0.25 0.06 0.29 0.02 0.29 0.31 0.25 0.22 0.34 0.35 0.27 0.51 0.32 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00