ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43562

back

Distances from reference structure (by RMSD)

55, 62, 13, 11, 2, 0, 0, 0, 6, 50, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.052, 0.184, 0.316, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.184 std_dev=0.132
C4 A 0, 0.028, 0.165, 0.303, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.165 std_dev=0.138
C1' B 0, 0.082, 0.221, 0.361, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.221 std_dev=0.139
C2' B 0, 0.094, 0.259, 0.423, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.259 std_dev=0.164
C4 B 0, -0.003, 0.192, 0.388, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.192 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.100, 0.306, 0.511, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.306 std_dev=0.205
N9 B 0, 0.026, 0.248, 0.470, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.248 std_dev=0.222
N6 B 0, 0.036, 0.269, 0.503, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.269 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.038, 0.335, 0.632, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.335 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.069, 0.377, 0.686, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.377 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.054, 0.366, 0.678, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.366 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.020, 0.340, 0.660, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.340 std_dev=0.320
C8 A 0, 0.094, 0.420, 0.746, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.420 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.088, 0.416, 0.744, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.416 std_dev=0.328
C5 A 0, 0.035, 0.375, 0.715, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.375 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.120, 0.476, 0.832, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.476 std_dev=0.356
N3 A 0, -0.009, 0.348, 0.705, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.348 std_dev=0.357
C1' A 0, -0.024, 0.343, 0.709, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.343 std_dev=0.367
C6 B 0, 0.015, 0.407, 0.799, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.407 std_dev=0.392
N7 A 0, 0.092, 0.509, 0.926, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.509 std_dev=0.417
C2 B 0, 0.003, 0.448, 0.892, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.448 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.033, 0.497, 0.961, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.497 std_dev=0.464
N1 B 0, -0.039, 0.429, 0.897, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.429 std_dev=0.468
N7 B 0, 0.048, 0.541, 1.034, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.541 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.126, 0.620, 1.113, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.620 std_dev=0.493
C2 A 0, -0.043, 0.532, 1.108, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.532 std_dev=0.575
O4' A 0, 0.001, 0.587, 1.172, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.587 std_dev=0.585
C6 A 0, -0.044, 0.557, 1.157, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.557 std_dev=0.601
C2' A 0, -0.034, 0.569, 1.171, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.569 std_dev=0.602
N1 A 0, -0.093, 0.601, 1.295, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.601 std_dev=0.694
C3' A 0, -0.020, 0.738, 1.496, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.738 std_dev=0.758
O2' A 0, -0.053, 0.748, 1.549, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.748 std_dev=0.801
C4' A 0, -0.022, 0.799, 1.620, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.799 std_dev=0.821
N6 A 0, -0.035, 0.795, 1.625, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.795 std_dev=0.830
C5' A 0, 0.016, 1.013, 2.010, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.013 std_dev=0.997
O3' A 0, -0.041, 0.994, 2.028, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.994 std_dev=1.034
O5' A 0, 0.495, 1.839, 3.182, 4.663 max_d=4.663 avg_d=1.839 std_dev=1.344
O5' B 0, -0.156, 1.314, 2.784, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.314 std_dev=1.470
P B 0, -0.112, 1.704, 3.519, 4.725 max_d=4.725 avg_d=1.704 std_dev=1.815
OP1 B 0, -0.085, 1.800, 3.686, 4.908 max_d=4.908 avg_d=1.800 std_dev=1.886
OP2 B 0, -0.051, 1.893, 3.837, 5.099 max_d=5.099 avg_d=1.893 std_dev=1.944
P A 0, 0.858, 3.204, 5.550, 6.442 max_d=6.442 avg_d=3.204 std_dev=2.346
OP1 A 0, 0.829, 3.293, 5.758, 7.249 max_d=7.249 avg_d=3.293 std_dev=2.465
OP2 A 0, 1.154, 4.102, 7.050, 7.448 max_d=7.448 avg_d=4.102 std_dev=2.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.27 0.37 0.35 0.14
C2 0.03 0.00 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.03 0.53 0.40 1.10 0.52
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.13 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.39 0.44 0.10
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.09 0.15 0.16 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.40 0.33 0.51 0.20
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.02 0.55 0.42 1.05 0.55
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.48 0.17 0.26
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.69 0.62 1.40 0.84
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.15 0.11 0.18 0.17 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.28 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.70 0.66 1.52 0.90
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.69 0.62 1.19 0.80
N1 0.03 0.00 0.11 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.63 0.53 1.36 0.74
N3 0.03 0.00 0.13 0.16 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.03 0.46 0.36 0.90 0.39
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.04 0.77 0.83 1.74 1.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.76 0.78 1.52 1.01
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.51 0.38 0.85 0.47
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.11 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.08 0.67 0.11 0.37
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.05 0.13 0.09 0.19 0.19 0.12 0.08 0.04 0.05 0.00 0.02 0.36 0.40 0.38 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.22 0.43 0.17 0.25
O5' 0.27 0.53 0.30 0.40 0.55 0.01 0.69 0.01 0.70 0.69 0.63 0.46 0.77 0.76 0.51 0.08 0.36 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.37 0.40 0.39 0.33 0.42 0.48 0.62 0.28 0.66 0.62 0.53 0.36 0.83 0.78 0.38 0.67 0.40 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 1.10 0.44 0.51 1.05 0.17 1.40 0.22 1.52 1.19 1.36 0.90 1.74 1.52 0.85 0.11 0.38 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.52 0.10 0.20 0.55 0.26 0.84 0.01 0.90 0.80 0.74 0.39 1.08 1.01 0.47 0.37 0.13 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.39 0.25 0.17 0.26 0.24 0.25 0.19 0.25 0.26 0.25 0.39 0.34 0.29 0.25 0.39 0.18 0.30 0.48 0.65 0.73 0.59
C2 0.58 0.67 0.69 0.78 0.73 0.66 0.85 0.71 0.92 0.80 0.83 0.63 0.19 0.88 0.70 0.55 0.80 0.58 1.11 1.21 1.31 1.17
C2' 0.47 0.64 0.36 0.24 0.46 0.34 0.39 0.28 0.39 0.35 0.50 0.61 0.37 0.36 0.42 0.47 0.19 0.44 0.31 0.47 0.49 0.40
C3' 0.71 0.69 0.63 0.54 0.61 0.64 0.52 0.58 0.46 0.54 0.54 0.72 0.36 0.50 0.62 0.75 0.49 0.70 0.32 0.29 0.31 0.29
C4 0.27 0.29 0.34 0.41 0.38 0.32 0.52 0.35 0.59 0.47 0.47 0.27 0.24 0.56 0.36 0.30 0.44 0.27 0.74 0.86 0.98 0.83
C4' 0.69 0.64 0.66 0.58 0.57 0.66 0.46 0.61 0.40 0.50 0.47 0.69 0.36 0.45 0.59 0.79 0.57 0.70 0.32 0.33 0.36 0.31
C5 0.40 0.59 0.45 0.49 0.58 0.41 0.72 0.43 0.83 0.62 0.77 0.51 0.19 0.72 0.52 0.38 0.50 0.38 0.76 0.84 1.00 0.83
C5' 0.78 0.58 0.76 0.72 0.58 0.81 0.46 0.77 0.36 0.55 0.41 0.67 0.34 0.47 0.64 0.91 0.73 0.82 0.46 0.41 0.36 0.41
C6 0.62 0.92 0.66 0.71 0.85 0.61 0.98 0.65 1.12 0.85 1.10 0.80 0.18 0.96 0.76 0.54 0.70 0.59 0.95 1.01 1.18 1.01
C8 0.23 0.24 0.23 0.22 0.27 0.23 0.40 0.20 0.51 0.34 0.41 0.22 0.25 0.44 0.25 0.34 0.25 0.23 0.48 0.59 0.74 0.57
N1 0.72 1.01 0.79 0.85 0.95 0.74 1.08 0.79 1.20 0.96 1.18 0.89 0.18 1.06 0.87 0.64 0.85 0.70 1.13 1.19 1.34 1.18
N3 0.33 0.24 0.43 0.54 0.40 0.42 0.53 0.47 0.57 0.54 0.41 0.26 0.26 0.60 0.42 0.35 0.59 0.34 0.91 1.04 1.13 0.99
N6 0.73 1.13 0.74 0.78 1.00 0.70 1.14 0.73 1.30 0.97 1.31 0.97 0.20 1.10 0.89 0.62 0.74 0.70 0.99 1.02 1.21 1.03
N7 0.32 0.50 0.34 0.35 0.47 0.31 0.62 0.31 0.75 0.50 0.68 0.42 0.20 0.62 0.41 0.34 0.36 0.30 0.59 0.67 0.85 0.67
N9 0.20 0.15 0.19 0.21 0.20 0.19 0.33 0.18 0.39 0.30 0.26 0.17 0.28 0.38 0.21 0.30 0.25 0.20 0.55 0.69 0.81 0.65
O2' 0.58 0.92 0.47 0.33 0.66 0.40 0.59 0.34 0.62 0.50 0.78 0.84 0.44 0.52 0.57 0.55 0.23 0.51 0.43 0.62 0.60 0.52
O3' 1.00 0.94 0.93 0.84 0.91 0.92 0.81 0.87 0.74 0.83 0.81 1.00 0.39 0.79 0.92 1.03 0.76 0.99 0.60 0.47 0.49 0.54
O4' 0.46 0.45 0.41 0.33 0.36 0.41 0.29 0.35 0.27 0.31 0.30 0.48 0.35 0.31 0.36 0.57 0.32 0.45 0.33 0.47 0.57 0.43
O5' 0.67 0.58 0.65 0.59 0.51 0.69 0.38 0.64 0.35 0.43 0.44 0.63 0.33 0.35 0.53 0.82 0.63 0.70 0.42 0.46 0.41 0.41
OP1 1.01 0.81 1.09 1.20 0.83 1.19 0.74 1.22 0.62 0.86 0.66 0.88 0.33 0.78 0.90 1.15 1.32 1.08 0.94 1.01 0.94 0.95
OP2 0.95 1.09 0.83 0.69 0.91 0.83 0.80 0.74 0.85 0.72 0.98 1.07 0.86 0.70 0.85 1.02 0.71 0.93 0.48 0.38 0.36 0.39
P 0.70 0.64 0.73 0.76 0.54 0.79 0.39 0.78 0.32 0.46 0.46 0.68 0.23 0.36 0.56 0.86 0.86 0.74 0.46 0.55 0.48 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.09 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.03 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.17 0.03 0.41 0.41 0.41 0.41
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.10 0.12 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.32 0.15 0.26
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.12 0.12 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.40 0.43 0.18 0.35
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.41 0.40 0.33 0.39
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.22 0.02
C5 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.52 0.51 0.47 0.51
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.12 0.07 0.16 0.14 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.16 0.37 0.02
C6 0.02 0.07 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.55 0.56 0.55 0.56
C8 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.50 0.45 0.33 0.45
N1 0.04 0.02 0.10 0.12 0.03 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.15 0.04 0.47 0.48 0.49 0.48
N3 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.34 0.34 0.30 0.33
N6 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.02 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.08 0.04 0.21 0.29 0.36 0.28
N7 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.57 0.55 0.49 0.55
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.37 0.34 0.22 0.32
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.11 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.15 0.08 0.08
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.10 0.15 0.15 0.08 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.34 0.46 0.21 0.36
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.26 0.08
O5' 0.15 0.41 0.28 0.40 0.41 0.01 0.52 0.01 0.55 0.50 0.47 0.34 0.21 0.57 0.37 0.07 0.34 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.41 0.32 0.43 0.40 0.11 0.51 0.16 0.56 0.45 0.48 0.34 0.29 0.55 0.34 0.15 0.46 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.41 0.15 0.18 0.33 0.22 0.47 0.37 0.55 0.33 0.49 0.30 0.36 0.49 0.22 0.08 0.21 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.41 0.26 0.35 0.39 0.02 0.51 0.02 0.56 0.45 0.48 0.33 0.28 0.55 0.32 0.08 0.36 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00