ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43568

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 11, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 44, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.029, 0.107, 0.184, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.107 std_dev=0.078
N1 B 0, 0.043, 0.136, 0.228, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.136 std_dev=0.093
O6 B 0, 0.018, 0.127, 0.237, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.127 std_dev=0.109
N2 B 0, -0.022, 0.137, 0.295, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.137 std_dev=0.158
C1' A 0, 0.064, 0.226, 0.388, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.226 std_dev=0.162
C4 A 0, 0.022, 0.205, 0.389, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.205 std_dev=0.183
N1 A 0, 0.003, 0.377, 0.751, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.377 std_dev=0.374
N9 B 0, -0.003, 0.396, 0.796, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.396 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.002, 0.481, 0.959, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.481 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.000, 0.618, 1.235, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.618 std_dev=0.618
N9 A 0, -0.026, 0.659, 1.345, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.659 std_dev=0.685
C6 A 0, -0.064, 0.695, 1.454, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.695 std_dev=0.759
C4' B 0, -0.021, 0.809, 1.639, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.809 std_dev=0.830
N3 A 0, -0.124, 0.822, 1.767, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.822 std_dev=0.946
C2' B 0, -0.060, 0.887, 1.834, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.887 std_dev=0.947
O3' A 0, -0.005, 1.033, 2.070, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.033 std_dev=1.038
C2 B 0, -0.143, 0.903, 1.949, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.903 std_dev=1.046
C5 A 0, -0.145, 0.911, 1.968, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.911 std_dev=1.057
N3 B 0, -0.149, 0.924, 1.998, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.924 std_dev=1.074
C4' A 0, -0.045, 1.078, 2.201, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.078 std_dev=1.123
O4' A 0, -0.043, 1.111, 2.266, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.111 std_dev=1.155
C6 B 0, -0.167, 0.991, 2.148, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.991 std_dev=1.158
C2' A 0, -0.016, 1.153, 2.322, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.153 std_dev=1.169
C3' A 0, -0.065, 1.108, 2.281, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.108 std_dev=1.173
C2 A 0, -0.170, 1.023, 2.217, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.023 std_dev=1.194
C5 B 0, -0.187, 1.013, 2.213, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.013 std_dev=1.200
O4' B 0, -0.105, 1.105, 2.314, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.105 std_dev=1.210
O6 A 0, -0.130, 1.254, 2.637, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.254 std_dev=1.383
O3' B 0, -0.131, 1.322, 2.774, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.322 std_dev=1.453
C5' B 0, -0.104, 1.549, 3.201, 3.922 max_d=3.922 avg_d=1.549 std_dev=1.652
C8 B 0, -0.235, 1.441, 3.117, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.441 std_dev=1.676
O2' A 0, 0.121, 1.884, 3.648, 4.232 max_d=4.232 avg_d=1.884 std_dev=1.764
C8 A 0, -0.234, 1.613, 3.459, 4.075 max_d=4.075 avg_d=1.613 std_dev=1.847
O2' B 0, -0.131, 1.734, 3.599, 4.242 max_d=4.242 avg_d=1.734 std_dev=1.865
N7 A 0, -0.307, 1.805, 3.918, 4.595 max_d=4.595 avg_d=1.805 std_dev=2.113
N7 B 0, -0.349, 1.856, 4.061, 4.707 max_d=4.707 avg_d=1.856 std_dev=2.205
O5' B 0, -0.192, 2.028, 4.249, 5.261 max_d=5.261 avg_d=2.028 std_dev=2.221
N2 A 0, -0.340, 1.943, 4.227, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.943 std_dev=2.283
C5' A 0, -0.267, 2.108, 4.483, 5.235 max_d=5.235 avg_d=2.108 std_dev=2.375
O5' A 0, -0.411, 2.627, 5.664, 6.613 max_d=6.613 avg_d=2.627 std_dev=3.037
P B 0, -0.412, 2.810, 6.032, 7.207 max_d=7.207 avg_d=2.810 std_dev=3.222
OP1 B 0, -0.312, 2.943, 6.198, 7.608 max_d=7.608 avg_d=2.943 std_dev=3.255
OP2 B 0, -0.496, 3.273, 7.042, 8.340 max_d=8.340 avg_d=3.273 std_dev=3.769
OP1 A 0, -0.474, 3.468, 7.410, 8.710 max_d=8.710 avg_d=3.468 std_dev=3.942
P A 0, -0.544, 3.505, 7.555, 8.785 max_d=8.785 avg_d=3.505 std_dev=4.049
OP2 A 0, -0.574, 4.134, 8.842, 10.271 max_d=10.271 avg_d=4.134 std_dev=4.708

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.37 0.01 0.11 0.02 0.35 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.34 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.33 0.23 0.15 0.01 0.14 0.38 0.24
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.19 0.01 0.13 0.22 0.20 0.12 0.29 0.39 0.31 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.49 0.17 0.86 0.80 0.69
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.29 0.00 0.42 0.01 0.43 0.43 0.35 0.17 0.17 0.49 0.28 0.02 0.01 0.02 0.07 0.49 0.56 0.28 0.29
C4 0.01 0.01 0.19 0.29 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.13 0.17 0.01 0.13 0.36 0.26
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.09 0.24 0.06 0.16 0.10 0.22 0.10 0.34 0.04 0.01 0.01 0.13 0.24 0.12 0.09
C5 0.01 0.01 0.13 0.42 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.08 0.30 0.02 0.32 0.59 0.46
C5' 0.07 0.15 0.22 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.22 0.12 0.19 0.14 0.23 0.08 0.12 0.22 0.02 0.01 0.17 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.43 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.13 0.13 0.32 0.01 0.35 0.67 0.50
C8 0.01 0.01 0.12 0.43 0.01 0.24 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.23 0.11 0.33 0.02 0.33 0.47 0.43
N1 0.02 0.01 0.29 0.35 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.19 0.23 0.01 0.21 0.55 0.38
N2 0.04 0.00 0.39 0.17 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.46 0.27 0.13 0.02 0.20 0.33 0.18
N3 0.03 0.01 0.31 0.17 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.39 0.22 0.11 0.01 0.18 0.27 0.16
N7 0.01 0.01 0.05 0.49 0.01 0.22 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.29 0.05 0.40 0.03 0.48 0.70 0.58
N9 0.00 0.02 0.03 0.28 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.14 0.02 0.12 0.25 0.20
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.17 0.34 0.29 0.12 0.26 0.40 0.16 0.23 0.14 0.41 0.23 0.00 0.06 0.22 0.36 0.32 0.83 0.94 0.65
O3' 0.37 0.33 0.03 0.01 0.16 0.04 0.12 0.22 0.13 0.23 0.17 0.46 0.39 0.29 0.10 0.06 0.00 0.25 0.21 0.21 0.23 0.16 0.08
O4' 0.01 0.23 0.03 0.02 0.13 0.01 0.08 0.02 0.13 0.11 0.19 0.27 0.22 0.05 0.02 0.22 0.25 0.00 0.09 0.11 0.10 0.18 0.14
O5' 0.11 0.15 0.49 0.07 0.17 0.01 0.30 0.01 0.32 0.33 0.23 0.13 0.11 0.40 0.14 0.36 0.21 0.09 0.00 0.38 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.17 0.49 0.01 0.13 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.21 0.11 0.38 0.00 0.50 0.82 0.61
OP1 0.35 0.14 0.86 0.56 0.13 0.24 0.32 0.06 0.35 0.33 0.21 0.20 0.18 0.48 0.12 0.83 0.23 0.10 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.38 0.80 0.28 0.36 0.12 0.59 0.04 0.67 0.47 0.55 0.33 0.27 0.70 0.25 0.94 0.16 0.18 0.02 0.82 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.69 0.29 0.26 0.09 0.46 0.01 0.50 0.43 0.38 0.18 0.16 0.58 0.20 0.65 0.08 0.14 0.00 0.61 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.49 0.90 0.91 0.59 0.18 0.31 0.86 1.38 0.74 1.40 0.22 0.19 0.99 1.70 0.36 2.02 1.32 0.35 1.48 0.20 1.89 3.14 2.36
C2 0.46 0.21 0.21 0.39 0.50 0.79 0.94 1.84 0.77 1.49 0.24 0.14 0.18 1.52 0.82 0.82 0.83 0.84 1.93 0.16 1.45 2.77 2.11
C2' 0.52 0.20 0.22 0.44 0.86 1.13 1.67 2.32 1.50 2.19 0.63 0.20 0.22 2.46 1.18 1.22 0.40 1.25 2.51 0.20 3.07 4.22 3.53
C3' 0.30 0.93 0.75 0.30 0.24 0.65 0.97 1.83 0.85 1.45 0.26 0.30 0.94 1.75 0.48 1.77 0.81 0.72 2.06 0.29 2.98 3.85 3.24
C4 0.43 0.73 0.77 0.50 0.11 0.21 0.60 1.32 0.50 1.08 0.20 0.13 0.80 1.27 0.22 1.96 1.48 0.21 1.58 0.10 1.67 3.12 2.21
C4' 1.30 1.85 1.72 1.28 0.94 0.59 0.29 0.72 0.28 0.60 0.97 0.31 1.97 0.98 0.64 2.61 1.76 0.54 0.82 0.34 1.68 2.55 1.91
C5 0.83 0.93 1.10 0.81 0.40 0.46 0.26 0.85 0.23 0.61 0.41 0.13 1.05 0.84 0.23 2.31 1.78 0.42 1.33 0.11 1.52 2.97 1.99
C5' 2.15 2.67 2.36 1.88 1.80 1.27 0.84 0.32 0.83 0.51 1.73 0.44 2.83 0.40 1.50 3.22 2.23 1.36 0.38 0.49 1.32 2.09 1.41
C6 0.60 0.74 0.82 0.58 0.28 0.30 0.29 0.87 0.25 0.61 0.32 0.14 0.82 0.78 0.14 1.93 1.62 0.27 1.39 0.13 1.33 2.74 1.83
C8 1.35 1.35 1.60 1.22 0.76 0.82 0.17 0.63 0.16 0.44 0.67 0.14 1.53 0.77 0.60 2.88 1.97 0.82 1.07 0.16 1.68 3.04 2.02
N1 0.12 0.40 0.26 0.13 0.19 0.34 0.61 1.36 0.50 1.02 0.12 0.14 0.41 1.11 0.41 1.24 1.15 0.37 1.68 0.14 1.30 2.66 1.90
N2 1.06 0.25 0.87 1.02 0.90 1.34 1.23 2.19 1.01 1.86 0.51 0.17 0.35 1.78 1.28 0.20 0.29 1.37 2.09 0.22 1.33 2.51 2.04
N3 0.33 0.33 0.15 0.21 0.45 0.70 0.99 1.85 0.81 1.60 0.20 0.14 0.32 1.67 0.79 1.14 0.98 0.79 1.89 0.14 1.63 3.01 2.28
N7 1.37 1.29 1.57 1.24 0.79 0.93 0.15 0.48 0.14 0.28 0.68 0.14 1.46 0.56 0.67 2.84 2.06 0.93 1.02 0.15 1.54 2.93 1.88
N9 0.77 1.01 1.14 0.79 0.32 0.35 0.51 1.12 0.44 0.97 0.36 0.15 1.13 1.24 0.16 2.37 1.62 0.29 1.39 0.14 1.78 3.17 2.24
O2' 1.54 1.10 0.93 1.15 2.08 1.83 2.93 2.85 2.74 3.38 1.83 0.41 1.09 3.72 2.35 0.43 0.52 2.15 2.92 0.45 3.26 4.34 3.81
O3' 0.30 0.48 0.64 0.28 0.58 0.88 1.34 1.96 1.27 1.66 0.47 0.36 0.49 2.00 0.81 1.57 0.74 1.12 2.18 0.34 3.18 3.79 3.40
O4' 1.56 1.84 1.97 1.58 1.06 0.96 0.23 0.43 0.23 0.45 1.01 0.20 2.02 0.82 0.80 2.97 2.19 0.89 0.49 0.24 1.11 2.19 1.43
O5' 2.09 2.53 2.23 1.69 1.69 1.15 0.78 0.30 0.78 0.43 1.65 0.41 2.67 0.34 1.42 3.23 2.09 1.32 0.57 0.42 1.71 2.57 1.77
O6 0.81 0.84 0.96 0.74 0.45 0.55 0.16 0.54 0.15 0.34 0.44 0.16 0.94 0.53 0.34 2.05 1.72 0.53 1.19 0.17 1.17 2.54 1.60
OP1 2.11 2.89 2.26 1.69 1.89 1.09 1.01 0.31 1.07 0.59 2.01 0.58 2.89 0.40 1.54 3.17 2.03 1.28 0.61 0.56 1.97 2.56 1.88
OP2 2.15 2.66 2.15 1.55 1.81 1.13 0.95 0.31 0.99 0.55 1.85 0.43 2.74 0.31 1.52 3.22 1.95 1.42 0.77 0.42 2.08 2.88 2.01
P 2.29 2.91 2.32 1.76 1.99 1.27 1.09 0.24 1.12 0.66 2.04 0.47 2.98 0.39 1.67 3.28 2.11 1.52 0.49 0.46 1.74 2.50 1.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.33 0.01 0.30 0.02 0.27 0.23 0.12
C2 0.03 0.00 0.46 0.32 0.01 0.18 0.03 0.29 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.27 0.15 0.40 0.15 0.01 0.62 0.21 0.49
C2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.25 0.01 0.15 0.21 0.23 0.20 0.40 0.10 0.44 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.05 0.43 0.28 0.10
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.33 0.00 0.43 0.02 0.44 0.38 0.43 0.10 0.27 0.45 0.28 0.02 0.01 0.02 0.42 0.06 0.73 0.47 0.40
C4 0.01 0.01 0.25 0.33 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.22 0.44 0.01 0.21 0.29 0.11
C4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.04 0.28 0.09 0.05 0.18 0.23 0.09 0.33 0.02 0.00 0.02 0.05 0.33 0.26 0.17
C5 0.01 0.03 0.15 0.43 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.11 0.70 0.01 0.22 0.53 0.22
C5' 0.09 0.29 0.21 0.02 0.14 0.01 0.11 0.00 0.14 0.27 0.20 0.05 0.27 0.23 0.08 0.12 0.25 0.02 0.01 0.12 0.42 0.41 0.02
C6 0.02 0.07 0.23 0.44 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.14 0.15 0.22 0.59 0.00 0.14 0.47 0.11
C8 0.02 0.02 0.20 0.38 0.01 0.28 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.47 0.19 0.22 1.08 0.02 0.73 0.77 0.68
N1 0.03 0.02 0.40 0.43 0.03 0.09 0.02 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.09 0.30 0.36 0.01 0.40 0.25 0.26
N2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.14 0.05 0.08 0.02 0.12 0.14 0.08
N3 0.03 0.01 0.44 0.27 0.00 0.18 0.01 0.27 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.21 0.38 0.15 0.01 0.53 0.22 0.44
N7 0.01 0.03 0.08 0.45 0.01 0.23 0.00 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.27 0.10 1.06 0.03 0.65 0.86 0.67
N9 0.00 0.01 0.03 0.28 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.05 0.01 0.61 0.02 0.29 0.37 0.17
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.06 0.33 0.20 0.12 0.14 0.47 0.14 0.13 0.28 0.42 0.21 0.00 0.06 0.23 0.41 0.06 0.66 0.31 0.24
O3' 0.33 0.15 0.02 0.01 0.06 0.02 0.15 0.25 0.15 0.19 0.09 0.14 0.21 0.27 0.05 0.06 0.00 0.25 0.44 0.08 1.00 0.70 0.57
O4' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.22 0.00 0.11 0.02 0.22 0.22 0.30 0.05 0.38 0.10 0.01 0.23 0.25 0.00 0.15 0.04 0.31 0.38 0.32
O5' 0.30 0.15 0.26 0.42 0.44 0.02 0.70 0.01 0.59 1.08 0.36 0.08 0.15 1.06 0.61 0.41 0.44 0.15 0.00 0.09 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.09 0.00 0.12 0.18 0.12
OP1 0.27 0.62 0.43 0.73 0.21 0.33 0.22 0.42 0.14 0.73 0.40 0.12 0.53 0.65 0.29 0.66 1.00 0.31 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.21 0.28 0.47 0.29 0.26 0.53 0.41 0.47 0.77 0.25 0.14 0.22 0.86 0.37 0.31 0.70 0.38 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.49 0.10 0.40 0.11 0.17 0.22 0.02 0.11 0.68 0.26 0.08 0.44 0.67 0.17 0.24 0.57 0.32 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00