ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43569

back

Distances from reference structure (by RMSD)

47, 16, 32, 36, 8, 7, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 26, 78, 30, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.088, 0.157, 0.227, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.157 std_dev=0.070
C4 A 0, 0.094, 0.222, 0.351, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.222 std_dev=0.129
C2 A 0, 0.103, 0.240, 0.377, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.240 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.140, 0.290, 0.439, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.290 std_dev=0.150
N9 B 0, 0.110, 0.289, 0.468, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.289 std_dev=0.179
N2 A 0, 0.098, 0.300, 0.502, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.300 std_dev=0.202
N2 B 0, 0.211, 0.432, 0.653, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.432 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.134, 0.366, 0.599, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.366 std_dev=0.233
N3 A 0, 0.112, 0.347, 0.581, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.347 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.138, 0.376, 0.614, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.376 std_dev=0.238
N9 A 0, 0.196, 0.450, 0.703, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.450 std_dev=0.254
C8 A 0, 0.102, 0.432, 0.761, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.432 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.292, 0.750, 1.208, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.750 std_dev=0.458
C5 B 0, 0.187, 0.672, 1.157, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.672 std_dev=0.485
C5 A 0, 0.151, 0.662, 1.173, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.662 std_dev=0.511
N7 A 0, 0.242, 0.852, 1.461, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.852 std_dev=0.609
N1 A 0, 0.088, 0.702, 1.316, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.702 std_dev=0.614
N7 B 0, 0.201, 0.839, 1.477, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.839 std_dev=0.638
C6 B 0, 0.333, 1.047, 1.761, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.047 std_dev=0.714
O5' A 0, 0.265, 1.071, 1.877, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.071 std_dev=0.806
C1' B 0, 0.125, 0.969, 1.814, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.969 std_dev=0.844
C6 A 0, 0.104, 0.968, 1.832, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.968 std_dev=0.864
C1' A 0, 0.210, 1.087, 1.963, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.087 std_dev=0.876
OP2 A 0, 0.327, 1.220, 2.113, 4.703 max_d=4.703 avg_d=1.220 std_dev=0.893
C3' B 0, 0.254, 1.162, 2.070, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.162 std_dev=0.908
O5' B 0, 0.754, 1.685, 2.615, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.685 std_dev=0.931
O4' B 0, 0.184, 1.236, 2.288, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.236 std_dev=1.052
P A 0, 0.332, 1.388, 2.444, 4.709 max_d=4.709 avg_d=1.388 std_dev=1.056
O4' A 0, 0.183, 1.241, 2.299, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.241 std_dev=1.058
C2' B 0, 0.284, 1.345, 2.407, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.345 std_dev=1.061
O6 B 0, 0.521, 1.602, 2.683, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.602 std_dev=1.081
C3' A 0, 0.225, 1.379, 2.533, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.379 std_dev=1.154
C4' B 0, 0.358, 1.527, 2.697, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.527 std_dev=1.170
C5' B 0, 0.669, 1.903, 3.136, 3.636 max_d=3.636 avg_d=1.903 std_dev=1.233
C2' A 0, 0.225, 1.463, 2.701, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.463 std_dev=1.238
OP1 A 0, 0.414, 1.680, 2.945, 5.515 max_d=5.515 avg_d=1.680 std_dev=1.266
C5' A 0, 0.239, 1.522, 2.805, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.522 std_dev=1.283
C4' A 0, 0.158, 1.461, 2.764, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.461 std_dev=1.303
O6 A 0, 0.156, 1.460, 2.765, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.460 std_dev=1.304
P B 0, 1.245, 2.633, 4.020, 4.465 max_d=4.465 avg_d=2.633 std_dev=1.388
OP2 B 0, 1.357, 2.826, 4.296, 4.790 max_d=4.790 avg_d=2.826 std_dev=1.469
OP1 B 0, 1.519, 3.038, 4.558, 5.245 max_d=5.245 avg_d=3.038 std_dev=1.519
O3' B 0, 0.184, 1.748, 3.312, 3.953 max_d=3.953 avg_d=1.748 std_dev=1.564
O3' A 0, 0.276, 1.973, 3.670, 4.336 max_d=4.336 avg_d=1.973 std_dev=1.697
O2' B 0, 0.345, 2.606, 4.868, 5.316 max_d=5.316 avg_d=2.606 std_dev=2.261
O2' A 0, 0.169, 2.602, 5.035, 5.618 max_d=5.618 avg_d=2.602 std_dev=2.433

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.38 0.01 0.19 0.03 0.27 0.27 0.19
C2 0.05 0.00 0.23 0.13 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.50 0.21 0.14 0.01 0.15 0.24 0.14
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.24 0.09 0.16 0.17 0.29 0.24 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.47 0.07 0.66 0.68 0.57
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.21 0.01 0.32 0.02 0.31 0.40 0.22 0.10 0.10 0.42 0.23 0.02 0.01 0.02 0.09 0.36 0.27 0.20 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.27 0.10 0.15 0.02 0.16 0.22 0.15
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.01 0.09 0.27 0.05 0.20 0.13 0.25 0.10 0.33 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.10 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.32 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.09 0.04 0.24 0.01 0.27 0.36 0.29
C5' 0.08 0.12 0.24 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.16 0.27 0.09 0.19 0.14 0.29 0.09 0.09 0.24 0.01 0.01 0.22 0.08 0.06 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.31 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.41 0.15 0.07 0.25 0.01 0.31 0.43 0.33
C8 0.02 0.01 0.16 0.40 0.01 0.27 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.46 0.19 0.15 0.28 0.02 0.26 0.26 0.26
N1 0.04 0.01 0.17 0.22 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.34 0.15 0.18 0.01 0.21 0.35 0.24
N2 0.06 0.00 0.29 0.10 0.01 0.20 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.64 0.26 0.15 0.02 0.16 0.22 0.13
N3 0.04 0.01 0.24 0.10 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.51 0.21 0.14 0.02 0.17 0.19 0.12
N7 0.02 0.01 0.11 0.42 0.01 0.25 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.18 0.10 0.35 0.02 0.38 0.42 0.38
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.14 0.01 0.14 0.02 0.16 0.19 0.12
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.24 0.33 0.41 0.09 0.41 0.46 0.28 0.17 0.13 0.52 0.26 0.00 0.04 0.24 0.35 0.49 0.61 0.81 0.53
O3' 0.38 0.50 0.03 0.01 0.27 0.02 0.09 0.24 0.15 0.19 0.34 0.64 0.51 0.18 0.14 0.04 0.00 0.26 0.30 0.09 0.39 0.36 0.32
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.15 0.15 0.26 0.21 0.10 0.01 0.24 0.26 0.00 0.09 0.05 0.09 0.15 0.09
O5' 0.19 0.14 0.47 0.09 0.15 0.01 0.24 0.01 0.25 0.28 0.18 0.15 0.14 0.35 0.14 0.35 0.30 0.09 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.36 0.02 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.49 0.09 0.05 0.32 0.00 0.42 0.54 0.43
OP1 0.27 0.15 0.66 0.27 0.16 0.13 0.27 0.08 0.31 0.26 0.21 0.16 0.17 0.38 0.16 0.61 0.39 0.09 0.02 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.24 0.68 0.20 0.22 0.10 0.36 0.06 0.43 0.26 0.35 0.22 0.19 0.42 0.19 0.81 0.36 0.15 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.14 0.57 0.13 0.15 0.03 0.29 0.02 0.33 0.26 0.24 0.13 0.12 0.38 0.12 0.53 0.32 0.09 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 1.18 0.19 0.18 1.04 0.17 1.66 0.34 2.14 1.15 1.87 0.93 0.75 1.67 0.74 1.07 0.96 0.21 0.84 2.66 0.91 1.56 1.11
C2 1.06 0.23 1.00 1.06 0.22 1.11 0.64 0.76 0.97 0.31 0.67 0.32 0.43 0.75 0.37 1.98 1.75 1.05 0.34 1.40 0.60 0.72 0.38
C2' 0.25 1.14 0.25 0.16 1.11 0.21 1.79 0.51 2.28 1.32 1.93 0.80 0.74 1.85 0.86 0.92 0.90 0.32 1.05 2.89 1.11 1.83 1.36
C3' 0.28 1.22 0.24 0.16 1.05 0.22 1.56 0.48 2.02 1.10 1.85 1.04 0.83 1.54 0.78 0.82 0.80 0.35 0.93 2.49 0.98 1.57 1.18
C4 0.82 0.33 0.88 0.82 0.26 0.79 0.84 0.44 1.24 0.43 0.90 0.32 0.31 0.94 0.24 1.98 1.53 0.72 0.31 1.76 0.63 1.03 0.58
C4' 0.20 1.24 0.18 0.14 1.00 0.16 1.50 0.36 1.97 1.01 1.82 1.11 0.82 1.46 0.70 0.95 0.88 0.25 0.81 2.43 0.89 1.46 1.06
C5 1.35 0.57 1.46 1.22 0.56 1.16 0.45 0.77 0.75 0.37 0.50 0.74 0.85 0.53 0.75 2.63 1.82 1.14 0.42 1.26 0.71 0.87 0.52
C5' 0.19 0.96 0.33 0.31 0.73 0.21 1.21 0.21 1.67 0.74 1.52 0.87 0.57 1.18 0.44 1.30 1.07 0.16 0.64 2.16 0.81 1.31 0.91
C6 1.82 0.89 1.94 1.65 0.96 1.59 0.47 1.19 0.46 0.71 0.47 1.03 1.23 0.42 1.19 3.13 2.14 1.60 0.77 0.83 0.89 0.72 0.65
C8 0.85 0.43 1.00 0.80 0.34 0.70 0.78 0.35 1.19 0.41 0.86 0.49 0.46 0.88 0.36 2.15 1.48 0.64 0.40 1.77 0.74 1.18 0.73
N1 1.66 0.63 1.69 1.57 0.70 1.56 0.32 1.17 0.50 0.48 0.32 0.80 1.00 0.37 0.95 2.78 2.14 1.54 0.71 0.92 0.84 0.63 0.58
N2 0.92 0.30 0.76 0.97 0.27 1.10 0.73 0.80 1.02 0.41 0.76 0.27 0.32 0.82 0.30 1.58 1.67 1.03 0.34 1.39 0.58 0.63 0.33
N3 0.63 0.48 0.61 0.69 0.41 0.72 1.02 0.41 1.40 0.60 1.09 0.29 0.18 1.10 0.20 1.60 1.44 0.63 0.30 1.85 0.56 0.99 0.53
N7 1.31 0.67 1.47 1.16 0.64 1.07 0.51 0.68 0.77 0.44 0.58 0.83 0.90 0.56 0.78 2.67 1.74 1.06 0.41 1.29 0.73 0.97 0.59
N9 0.52 0.56 0.63 0.56 0.48 0.50 1.11 0.21 1.55 0.66 1.22 0.39 0.25 1.19 0.25 1.71 1.31 0.41 0.50 2.11 0.73 1.27 0.80
O2' 1.25 2.15 1.14 0.98 2.22 1.09 2.95 1.47 3.46 2.45 3.03 1.64 1.76 3.01 1.95 0.32 0.23 1.29 2.05 4.05 2.01 2.82 2.35
O3' 1.02 1.83 1.01 0.87 1.67 0.90 2.04 1.13 2.40 1.67 2.32 1.68 1.51 2.00 1.44 0.30 0.23 1.02 1.54 2.70 1.50 2.04 1.72
O4' 0.15 1.16 0.21 0.23 0.94 0.19 1.49 0.25 1.96 0.97 1.78 1.01 0.73 1.46 0.62 1.14 0.99 0.17 0.71 2.45 0.82 1.39 0.96
O5' 0.50 0.60 0.68 0.57 0.44 0.44 0.92 0.24 1.36 0.50 1.15 0.50 0.30 0.93 0.27 1.73 1.29 0.35 0.51 1.89 0.78 1.21 0.81
O6 2.28 1.30 2.48 2.04 1.45 1.95 0.92 1.55 0.64 1.24 0.83 1.39 1.66 0.80 1.70 3.69 2.37 1.99 1.17 0.57 1.17 0.87 0.97
OP1 0.56 0.72 0.76 0.61 0.57 0.48 0.93 0.40 1.32 0.59 1.16 0.65 0.48 0.92 0.46 1.76 1.26 0.44 0.67 1.79 0.92 1.29 0.95
OP2 1.08 0.57 1.35 1.06 0.60 0.90 0.64 0.62 0.91 0.59 0.75 0.59 0.68 0.66 0.72 2.45 1.67 0.84 0.56 1.39 0.86 1.06 0.75
P 0.75 0.51 1.00 0.81 0.41 0.65 0.74 0.41 1.14 0.45 0.96 0.46 0.38 0.75 0.43 2.07 1.48 0.56 0.48 1.65 0.79 1.10 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.22 0.03 0.33 0.32 0.22
C2 0.04 0.00 0.25 0.13 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.49 0.24 0.24 0.01 0.25 0.42 0.22
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.12 0.01 0.04 0.23 0.08 0.17 0.17 0.31 0.25 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.51 0.06 0.72 0.77 0.63
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.20 0.01 0.31 0.02 0.30 0.39 0.21 0.10 0.10 0.40 0.23 0.02 0.01 0.02 0.16 0.35 0.39 0.23 0.17
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.27 0.11 0.32 0.02 0.31 0.45 0.29
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.11 0.33 0.07 0.26 0.17 0.30 0.12 0.32 0.02 0.01 0.02 0.16 0.23 0.16 0.09
C5 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.13 0.04 0.48 0.01 0.49 0.68 0.51
C5' 0.09 0.17 0.23 0.02 0.17 0.01 0.31 0.00 0.29 0.46 0.19 0.24 0.18 0.48 0.20 0.10 0.23 0.02 0.01 0.37 0.13 0.18 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.30 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.18 0.07 0.49 0.01 0.52 0.75 0.54
C8 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.33 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.51 0.16 0.19 0.58 0.02 0.56 0.62 0.56
N1 0.04 0.00 0.17 0.21 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.35 0.16 0.36 0.01 0.36 0.60 0.38
N2 0.05 0.00 0.31 0.10 0.01 0.26 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.62 0.30 0.19 0.02 0.24 0.35 0.16
N3 0.04 0.01 0.25 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.50 0.25 0.21 0.01 0.25 0.34 0.17
N7 0.01 0.01 0.12 0.40 0.01 0.30 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.55 0.15 0.14 0.64 0.02 0.67 0.82 0.69
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.15 0.02 0.33 0.02 0.33 0.40 0.29
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.20 0.32 0.40 0.10 0.38 0.51 0.22 0.22 0.14 0.55 0.26 0.00 0.05 0.23 0.42 0.47 0.70 0.92 0.61
O3' 0.36 0.49 0.03 0.01 0.27 0.02 0.13 0.23 0.18 0.16 0.35 0.62 0.50 0.15 0.15 0.05 0.00 0.24 0.25 0.14 0.43 0.29 0.26
O4' 0.01 0.24 0.03 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.07 0.19 0.16 0.30 0.25 0.14 0.02 0.23 0.24 0.00 0.10 0.05 0.16 0.13 0.11
O5' 0.22 0.24 0.51 0.16 0.32 0.02 0.48 0.01 0.49 0.58 0.36 0.19 0.21 0.64 0.33 0.42 0.25 0.10 0.00 0.58 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.35 0.02 0.16 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.47 0.14 0.05 0.58 0.00 0.66 0.91 0.69
OP1 0.33 0.25 0.72 0.39 0.31 0.23 0.49 0.13 0.52 0.56 0.36 0.24 0.25 0.67 0.33 0.70 0.43 0.16 0.02 0.66 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.42 0.77 0.23 0.45 0.16 0.68 0.18 0.75 0.62 0.60 0.35 0.34 0.82 0.40 0.92 0.29 0.13 0.02 0.91 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.22 0.63 0.17 0.29 0.09 0.51 0.02 0.54 0.56 0.38 0.16 0.17 0.69 0.29 0.61 0.26 0.11 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00