ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 14, 10, 13, 15, 10, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.016, 0.151, 0.286, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.151 std_dev=0.135
C4 A 0, 0.019, 0.156, 0.294, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.156 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.018, 0.173, 0.327, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.173 std_dev=0.155
N2 B 0, 0.020, 0.200, 0.380, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.200 std_dev=0.180
C5 B 0, -0.001, 0.192, 0.385, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.192 std_dev=0.193
O6 B 0, -0.009, 0.224, 0.457, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.224 std_dev=0.233
C6 A 0, 0.010, 0.243, 0.477, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.243 std_dev=0.234
C5 A 0, -0.016, 0.219, 0.455, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.219 std_dev=0.235
N3 A 0, 0.003, 0.240, 0.478, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.240 std_dev=0.237
N1 A 0, -0.031, 0.207, 0.445, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.207 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.021, 0.260, 0.498, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.260 std_dev=0.238
C2 B 0, -0.025, 0.231, 0.487, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.231 std_dev=0.256
N9 B 0, -0.035, 0.231, 0.497, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.231 std_dev=0.266
N9 A 0, -0.049, 0.237, 0.523, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.237 std_dev=0.286
N1 B 0, -0.004, 0.287, 0.578, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.287 std_dev=0.291
C2 A 0, -0.047, 0.255, 0.557, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.255 std_dev=0.302
N7 B 0, -0.084, 0.247, 0.579, 3.311 max_d=3.311 avg_d=0.247 std_dev=0.331
C1' B 0, -0.011, 0.334, 0.679, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.334 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.017, 0.381, 0.745, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.381 std_dev=0.364
C8 B 0, -0.102, 0.270, 0.642, 3.695 max_d=3.695 avg_d=0.270 std_dev=0.372
C1' A 0, -0.075, 0.300, 0.674, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.300 std_dev=0.375
O6 A 0, -0.002, 0.389, 0.779, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.389 std_dev=0.390
C4' B 0, 0.041, 0.452, 0.862, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.452 std_dev=0.411
C3' B 0, 0.048, 0.473, 0.897, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.473 std_dev=0.425
C2' B 0, 0.012, 0.439, 0.866, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.439 std_dev=0.427
C8 A 0, -0.109, 0.347, 0.802, 3.957 max_d=3.957 avg_d=0.347 std_dev=0.455
N7 A 0, -0.100, 0.362, 0.823, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.362 std_dev=0.461
C2' A 0, -0.111, 0.398, 0.907, 3.095 max_d=3.095 avg_d=0.398 std_dev=0.509
N2 A 0, -0.136, 0.408, 0.952, 4.533 max_d=4.533 avg_d=0.408 std_dev=0.544
O4' A 0, -0.142, 0.434, 1.010, 4.787 max_d=4.787 avg_d=0.434 std_dev=0.576
C5' B 0, -0.097, 0.497, 1.091, 3.869 max_d=3.869 avg_d=0.497 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.018, 0.634, 1.250, 3.561 max_d=3.561 avg_d=0.634 std_dev=0.616
O2' B 0, -0.048, 0.587, 1.222, 4.629 max_d=4.629 avg_d=0.587 std_dev=0.635
O5' B 0, -0.144, 0.504, 1.152, 3.876 max_d=3.876 avg_d=0.504 std_dev=0.648
O2' A 0, -0.188, 0.485, 1.157, 4.398 max_d=4.398 avg_d=0.485 std_dev=0.673
C3' A 0, -0.163, 0.530, 1.223, 3.710 max_d=3.710 avg_d=0.530 std_dev=0.693
C4' A 0, -0.164, 0.543, 1.249, 5.068 max_d=5.068 avg_d=0.543 std_dev=0.706
O3' A 0, -0.209, 0.710, 1.630, 5.092 max_d=5.092 avg_d=0.710 std_dev=0.919
P B 0, -0.235, 0.740, 1.715, 6.125 max_d=6.125 avg_d=0.740 std_dev=0.975
OP2 B 0, -0.185, 0.864, 1.913, 6.052 max_d=6.052 avg_d=0.864 std_dev=1.049
C5' A 0, -0.309, 0.751, 1.810, 7.363 max_d=7.363 avg_d=0.751 std_dev=1.059
O5' A 0, -0.311, 0.759, 1.830, 7.626 max_d=7.626 avg_d=0.759 std_dev=1.071
OP1 B 0, -0.337, 0.969, 2.275, 8.247 max_d=8.247 avg_d=0.969 std_dev=1.306
P A 0, -0.570, 0.911, 2.393, 9.876 max_d=9.876 avg_d=0.911 std_dev=1.482
OP2 A 0, -0.650, 0.929, 2.508, 10.190 max_d=10.190 avg_d=0.929 std_dev=1.579
OP1 A 0, -0.565, 1.109, 2.783, 10.822 max_d=10.822 avg_d=1.109 std_dev=1.674

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.19 0.11
C2 0.03 0.00 0.20 0.31 0.01 0.25 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.35 0.13 0.36 0.02 0.43 0.53 0.43
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.10 0.10 0.16 0.25 0.20 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08 0.16 0.17 0.10
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.16 0.00 0.13 0.01 0.17 0.19 0.25 0.39 0.30 0.16 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.17 0.22 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.10 0.16 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.17 0.07 0.25 0.02 0.26 0.31 0.25
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.14 0.00 0.12 0.00 0.15 0.13 0.21 0.30 0.23 0.11 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.15 0.11 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.30 0.02 0.30 0.34 0.29
C5' 0.03 0.42 0.02 0.01 0.25 0.00 0.23 0.00 0.30 0.22 0.38 0.50 0.37 0.21 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.30 0.12 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.20 0.08 0.33 0.01 0.37 0.41 0.36
C8 0.01 0.02 0.10 0.19 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.20 0.07 0.34 0.03 0.32 0.36 0.31
N1 0.02 0.00 0.16 0.25 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.28 0.10 0.36 0.02 0.42 0.50 0.42
N2 0.04 0.00 0.25 0.39 0.02 0.30 0.02 0.50 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.45 0.15 0.41 0.02 0.51 0.63 0.51
N3 0.03 0.01 0.20 0.30 0.00 0.23 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.31 0.12 0.30 0.01 0.34 0.43 0.34
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.00 0.21 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.04 0.35 0.04 0.34 0.39 0.34
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.20 0.03 0.20 0.23 0.18
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.05 0.06 0.05 0.10 0.07 0.16 0.25 0.19 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.08 0.16 0.16 0.09
O3' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.17 0.02 0.15 0.04 0.20 0.20 0.28 0.45 0.31 0.19 0.07 0.04 0.00 0.02 0.16 0.20 0.30 0.18 0.17
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.10 0.15 0.12 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.07 0.13 0.22 0.14
O5' 0.09 0.36 0.11 0.15 0.25 0.01 0.30 0.01 0.33 0.34 0.36 0.41 0.30 0.35 0.20 0.08 0.16 0.07 0.00 0.35 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.17 0.02 0.15 0.02 0.30 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.20 0.07 0.35 0.00 0.40 0.44 0.39
OP1 0.12 0.43 0.16 0.22 0.26 0.11 0.30 0.12 0.37 0.32 0.42 0.51 0.34 0.34 0.20 0.16 0.30 0.13 0.02 0.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.53 0.17 0.15 0.31 0.14 0.34 0.15 0.41 0.36 0.50 0.63 0.43 0.39 0.23 0.16 0.18 0.22 0.02 0.44 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.43 0.10 0.13 0.25 0.04 0.29 0.01 0.36 0.31 0.42 0.51 0.34 0.34 0.18 0.09 0.17 0.14 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.43 0.67 0.37 0.27 0.54 0.26 0.57 0.40 0.62 0.48 0.68 0.53 0.59 0.53 0.48 0.52 0.35 0.36 0.54 0.56 0.71 0.61 0.62
C2 0.52 0.34 0.51 0.47 0.39 0.47 0.45 0.41 0.41 0.58 0.39 0.24 0.32 0.55 0.49 0.68 0.59 0.47 0.46 0.24 0.65 0.54 0.48
C2' 0.53 0.60 0.50 0.34 0.54 0.31 0.55 0.37 0.57 0.53 0.61 0.54 0.56 0.54 0.53 0.68 0.39 0.46 0.48 0.55 0.61 0.53 0.53
C3' 0.48 0.75 0.37 0.34 0.61 0.44 0.65 0.58 0.72 0.54 0.78 0.64 0.66 0.60 0.54 0.49 0.35 0.55 0.68 0.59 0.82 0.74 0.76
C4 0.34 0.45 0.32 0.28 0.33 0.25 0.38 0.29 0.42 0.39 0.48 0.31 0.36 0.40 0.33 0.53 0.45 0.25 0.40 0.35 0.65 0.53 0.50
C4' 0.51 0.88 0.37 0.45 0.72 0.55 0.76 0.70 0.85 0.60 0.91 0.73 0.78 0.68 0.61 0.35 0.46 0.62 0.79 0.67 0.91 0.83 0.87
C5 0.30 0.46 0.32 0.35 0.29 0.31 0.34 0.34 0.41 0.35 0.50 0.27 0.34 0.35 0.28 0.52 0.55 0.24 0.43 0.29 0.68 0.57 0.51
C5' 0.75 1.09 0.64 0.76 0.94 0.85 0.99 0.95 1.10 0.85 1.14 0.76 0.97 0.93 0.84 0.54 0.75 0.89 1.03 0.68 1.10 1.07 1.09
C6 0.38 0.39 0.42 0.46 0.28 0.43 0.34 0.42 0.37 0.43 0.43 0.21 0.29 0.41 0.34 0.59 0.65 0.34 0.48 0.23 0.72 0.60 0.53
C8 0.29 0.67 0.27 0.28 0.45 0.24 0.49 0.35 0.60 0.35 0.70 0.44 0.53 0.42 0.34 0.45 0.45 0.24 0.49 0.43 0.69 0.60 0.58
N1 0.49 0.34 0.50 0.52 0.36 0.50 0.41 0.46 0.39 0.55 0.39 0.22 0.30 0.52 0.46 0.66 0.67 0.46 0.51 0.22 0.72 0.60 0.53
N2 0.68 0.39 0.65 0.60 0.53 0.62 0.58 0.53 0.51 0.74 0.45 0.31 0.43 0.70 0.64 0.78 0.66 0.65 0.57 0.24 0.68 0.57 0.53
N3 0.44 0.37 0.42 0.33 0.37 0.32 0.42 0.29 0.40 0.50 0.41 0.26 0.33 0.49 0.42 0.62 0.47 0.35 0.38 0.32 0.63 0.50 0.46
N7 0.25 0.59 0.28 0.33 0.35 0.28 0.40 0.35 0.51 0.29 0.62 0.35 0.44 0.34 0.26 0.47 0.54 0.19 0.46 0.34 0.70 0.59 0.55
N9 0.34 0.59 0.30 0.24 0.43 0.21 0.47 0.33 0.54 0.39 0.61 0.42 0.49 0.43 0.37 0.49 0.39 0.26 0.46 0.45 0.68 0.57 0.56
O2' 0.75 0.69 0.75 0.56 0.71 0.47 0.69 0.45 0.67 0.71 0.68 0.61 0.70 0.70 0.73 0.91 0.59 0.60 0.52 0.65 0.58 0.52 0.53
O3' 0.57 0.80 0.50 0.43 0.68 0.51 0.71 0.62 0.79 0.62 0.83 0.71 0.72 0.67 0.62 0.63 0.44 0.64 0.70 0.64 0.86 0.77 0.80
O4' 0.40 0.82 0.30 0.37 0.63 0.43 0.67 0.60 0.76 0.50 0.83 0.66 0.71 0.59 0.51 0.33 0.43 0.46 0.72 0.64 0.86 0.77 0.80
O5' 0.72 1.04 0.66 0.74 0.88 0.78 0.93 0.82 1.04 0.79 1.10 0.69 0.92 0.86 0.79 0.62 0.76 0.82 0.91 0.61 0.93 0.95 0.94
O6 0.39 0.40 0.44 0.52 0.28 0.47 0.34 0.48 0.38 0.44 0.44 0.20 0.29 0.41 0.35 0.60 0.73 0.37 0.53 0.23 0.78 0.65 0.58
OP1 1.10 1.31 1.06 1.07 1.22 1.06 1.28 1.04 1.37 1.17 1.40 0.75 1.22 1.23 1.15 1.05 1.06 1.13 1.15 0.64 1.09 1.18 1.15
OP2 1.12 1.27 1.16 1.23 1.19 1.17 1.24 1.13 1.32 1.18 1.34 0.66 1.17 1.22 1.15 1.13 1.28 1.15 1.23 0.58 1.14 1.26 1.21
P 0.97 1.19 0.97 1.03 1.08 1.00 1.14 1.00 1.24 1.03 1.28 0.68 1.08 1.09 1.01 0.95 1.06 1.02 1.10 0.58 1.05 1.13 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.20 0.13 0.14
C2 0.03 0.00 0.18 0.14 0.01 0.17 0.03 0.29 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.20 0.20 0.22 0.35 0.01 0.59 0.44 0.49
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.14 0.15 0.18 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.04 0.17 0.22 0.12
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.09 0.16 0.12 0.18 0.13 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.17 0.07 0.23 0.27 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.22 0.01 0.41 0.33 0.32
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.12 0.08 0.16 0.11 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.11 0.03
C5 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.05 0.24 0.01 0.45 0.41 0.34
C5' 0.03 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.14 0.00 0.17 0.22 0.24 0.09 0.27 0.20 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.11 0.08 0.12 0.01
C6 0.03 0.06 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.12 0.10 0.26 0.00 0.52 0.45 0.39
C8 0.02 0.02 0.10 0.16 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.16 0.11 0.31 0.03 0.41 0.36 0.31
N1 0.03 0.01 0.14 0.12 0.03 0.12 0.02 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.16 0.17 0.31 0.01 0.58 0.45 0.45
N2 0.05 0.00 0.15 0.18 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.25 0.05 0.15 0.02 0.32 0.28 0.14
N3 0.03 0.00 0.18 0.13 0.00 0.16 0.01 0.27 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.22 0.32 0.01 0.50 0.38 0.43
N7 0.01 0.03 0.06 0.14 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.06 0.31 0.03 0.46 0.46 0.35
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.17 0.02 0.30 0.24 0.22
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.14 0.15 0.16 0.19 0.11 0.04 0.00 0.03 0.06 0.07 0.06 0.17 0.18 0.08
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.12 0.16 0.16 0.25 0.18 0.15 0.06 0.03 0.00 0.02 0.18 0.09 0.37 0.35 0.24
O4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.17 0.05 0.22 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.03 0.19 0.15 0.15
O5' 0.08 0.35 0.12 0.17 0.22 0.01 0.24 0.01 0.26 0.31 0.31 0.15 0.32 0.31 0.17 0.07 0.18 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.03 0.20 0.00 0.44 0.36 0.19
OP1 0.20 0.59 0.17 0.23 0.41 0.09 0.45 0.08 0.52 0.41 0.58 0.32 0.50 0.46 0.30 0.17 0.37 0.19 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.44 0.22 0.27 0.33 0.11 0.41 0.12 0.45 0.36 0.45 0.28 0.38 0.46 0.24 0.18 0.35 0.15 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.49 0.12 0.16 0.32 0.03 0.34 0.01 0.39 0.31 0.45 0.14 0.43 0.35 0.22 0.08 0.24 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00