ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 22, 6, 10, 13, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 8, 13,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 B 0, 0.007, 0.166, 0.326, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.166 std_dev=0.160
N6 A 0, 0.044, 0.350, 0.656, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.350 std_dev=0.306
C5 A 0, -0.017, 0.296, 0.609, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.296 std_dev=0.313
C4 B 0, -0.087, 0.240, 0.567, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.240 std_dev=0.327
C6 A 0, -0.006, 0.331, 0.669, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.331 std_dev=0.337
N3 A 0, -0.014, 0.331, 0.675, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.331 std_dev=0.345
N3 B 0, -0.034, 0.317, 0.669, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.317 std_dev=0.351
C4 A 0, -0.096, 0.286, 0.667, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.286 std_dev=0.381
N7 B 0, -0.072, 0.431, 0.934, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.431 std_dev=0.503
C2 A 0, -0.122, 0.407, 0.936, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.407 std_dev=0.529
C6 B 0, -0.151, 0.400, 0.952, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.400 std_dev=0.551
N1 A 0, -0.209, 0.403, 1.015, 2.841 max_d=2.841 avg_d=0.403 std_dev=0.612
C2 B 0, -0.098, 0.545, 1.187, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.545 std_dev=0.642
N7 A 0, -0.124, 0.642, 1.407, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.642 std_dev=0.765
N1 B 0, -0.186, 0.632, 1.451, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.632 std_dev=0.818
N9 B 0, -0.261, 0.559, 1.379, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.559 std_dev=0.820
N9 A 0, -0.301, 0.588, 1.477, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.588 std_dev=0.889
O6 B 0, -0.264, 0.641, 1.546, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.641 std_dev=0.905
C8 B 0, -0.224, 0.682, 1.587, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.682 std_dev=0.905
C8 A 0, -0.316, 0.755, 1.826, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.755 std_dev=1.071
N2 B 0, -0.306, 0.780, 1.865, 3.030 max_d=3.030 avg_d=0.780 std_dev=1.086
O2' A 0, -0.149, 0.980, 2.110, 3.611 max_d=3.611 avg_d=0.980 std_dev=1.129
C2' B 0, -0.217, 0.921, 2.059, 3.921 max_d=3.921 avg_d=0.921 std_dev=1.138
C2' A 0, -0.283, 0.892, 2.067, 3.490 max_d=3.490 avg_d=0.892 std_dev=1.175
C1' A 0, -0.387, 0.814, 2.015, 3.749 max_d=3.749 avg_d=0.814 std_dev=1.201
C1' B 0, -0.405, 0.812, 2.029, 4.036 max_d=4.036 avg_d=0.812 std_dev=1.217
O2' B 0, -0.360, 0.934, 2.227, 4.351 max_d=4.351 avg_d=0.934 std_dev=1.294
C3' B 0, -0.267, 1.491, 3.249, 5.497 max_d=5.497 avg_d=1.491 std_dev=1.758
O4' B 0, -0.397, 1.372, 3.141, 5.553 max_d=5.553 avg_d=1.372 std_dev=1.769
C3' A 0, -0.512, 1.334, 3.180, 5.754 max_d=5.754 avg_d=1.334 std_dev=1.846
O4' A 0, -0.561, 1.352, 3.264, 6.098 max_d=6.098 avg_d=1.352 std_dev=1.912
O5' B 0, 0.047, 2.117, 4.187, 6.494 max_d=6.494 avg_d=2.117 std_dev=2.070
C4' B 0, -0.374, 1.746, 3.867, 6.559 max_d=6.559 avg_d=1.746 std_dev=2.120
O3' B 0, -0.297, 1.831, 3.958, 6.554 max_d=6.554 avg_d=1.831 std_dev=2.128
C4' A 0, -0.627, 1.548, 3.722, 7.029 max_d=7.029 avg_d=1.548 std_dev=2.174
O3' A 0, -0.525, 1.672, 3.870, 6.967 max_d=6.967 avg_d=1.672 std_dev=2.198
C5' B 0, -0.322, 2.336, 4.993, 7.869 max_d=7.869 avg_d=2.336 std_dev=2.658
C5' A 0, -0.517, 2.146, 4.809, 8.699 max_d=8.699 avg_d=2.146 std_dev=2.663
OP2 B 0, 0.015, 2.699, 5.383, 7.670 max_d=7.670 avg_d=2.699 std_dev=2.684
P B 0, -0.357, 2.398, 5.153, 7.648 max_d=7.648 avg_d=2.398 std_dev=2.755
O5' A 0, -0.798, 2.050, 4.898, 9.462 max_d=9.462 avg_d=2.050 std_dev=2.848
OP1 B 0, 0.033, 2.957, 5.882, 8.472 max_d=8.472 avg_d=2.957 std_dev=2.924
OP2 A 0, -1.092, 1.982, 5.057, 9.757 max_d=9.757 avg_d=1.982 std_dev=3.075
P A 0, -1.196, 2.117, 5.430, 10.521 max_d=10.521 avg_d=2.117 std_dev=3.313
OP1 A 0, -1.334, 2.415, 6.164, 12.225 max_d=12.225 avg_d=2.415 std_dev=3.749

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.29 0.28 0.25 0.26
C2 0.03 0.00 0.29 0.19 0.01 0.06 0.03 0.38 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.40 0.30 0.12 0.33 0.27 0.52 0.33
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.05 0.12 0.14 0.23 0.29 0.08 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.16 0.22 0.24 0.15
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.10 0.31 0.14 0.19 0.12 0.26 0.12 0.02 0.01 0.02 0.10 0.22 0.27 0.10
C4 0.02 0.01 0.15 0.08 0.00 0.11 0.00 0.41 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.07 0.32 0.28 0.48 0.33
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.16 0.25 0.10 0.05 0.17 0.25 0.14 0.08 0.03 0.00 0.01 0.21 0.23 0.05
C5 0.01 0.03 0.07 0.12 0.00 0.18 0.00 0.52 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.03 0.33 0.38 0.59 0.41
C5' 0.13 0.38 0.05 0.02 0.41 0.01 0.52 0.00 0.53 0.54 0.45 0.32 0.52 0.58 0.38 0.07 0.13 0.05 0.01 0.35 0.35 0.02
C6 0.03 0.06 0.12 0.10 0.02 0.16 0.01 0.53 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.20 0.09 0.06 0.33 0.40 0.62 0.43
C8 0.01 0.02 0.14 0.31 0.01 0.25 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.32 0.08 0.32 0.37 0.51 0.39
N1 0.03 0.02 0.23 0.14 0.03 0.10 0.02 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.21 0.08 0.33 0.32 0.57 0.37
N3 0.03 0.00 0.29 0.19 0.01 0.05 0.01 0.32 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.29 0.12 0.32 0.25 0.44 0.30
N6 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.17 0.01 0.52 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.09 0.04 0.33 0.34 0.45 0.34
N7 0.01 0.03 0.08 0.26 0.01 0.25 0.00 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.27 0.05 0.34 0.46 0.63 0.46
N9 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.14 0.01 0.38 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.31 0.27 0.40 0.31
O2' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.20 0.08 0.14 0.07 0.20 0.11 0.33 0.38 0.16 0.07 0.06 0.00 0.05 0.13 0.07 0.22 0.24 0.10
O3' 0.04 0.30 0.02 0.01 0.09 0.03 0.09 0.13 0.09 0.32 0.21 0.29 0.09 0.27 0.09 0.05 0.00 0.04 0.25 0.34 0.33 0.24
O4' 0.00 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.08 0.12 0.04 0.05 0.01 0.13 0.04 0.00 0.36 0.44 0.21 0.37
O5' 0.29 0.33 0.16 0.10 0.32 0.01 0.33 0.01 0.33 0.32 0.33 0.32 0.33 0.34 0.31 0.07 0.25 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.27 0.22 0.22 0.28 0.21 0.38 0.35 0.40 0.37 0.32 0.25 0.34 0.46 0.27 0.22 0.34 0.44 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.52 0.24 0.27 0.48 0.23 0.59 0.35 0.62 0.51 0.57 0.44 0.45 0.63 0.40 0.24 0.33 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.33 0.15 0.10 0.33 0.05 0.41 0.02 0.43 0.39 0.37 0.30 0.34 0.46 0.31 0.10 0.24 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 1.59 0.54 1.31 0.88 1.65 0.95 2.18 1.34 0.33 1.63 2.10 1.21 0.59 0.38 0.65 1.79 0.97 1.71 1.54 2.50 1.74 1.96
C2 1.52 0.45 1.65 2.12 0.67 2.50 0.57 2.91 0.36 1.26 0.49 0.66 0.46 0.91 1.15 1.74 2.32 2.08 2.48 0.40 2.97 2.48 2.66
C2' 0.42 1.82 0.19 0.81 1.21 1.15 1.21 1.83 1.53 0.53 1.81 2.29 1.53 0.82 0.73 0.36 1.25 0.54 1.37 1.70 2.35 1.53 1.74
C3' 1.23 2.44 0.84 0.37 1.86 0.74 1.77 1.31 2.04 1.13 2.34 2.98 2.22 1.35 1.43 0.96 0.68 0.87 0.87 2.20 1.93 1.14 1.27
C4 0.77 0.95 1.01 1.59 0.27 1.95 0.37 2.40 0.74 0.55 1.02 1.43 0.55 0.31 0.41 1.12 1.92 1.39 1.93 0.91 2.56 1.94 2.14
C4' 1.25 2.67 0.76 0.57 1.99 0.98 1.91 1.49 2.23 1.22 2.57 3.29 2.40 1.47 1.49 0.77 0.98 1.06 1.15 2.41 2.09 1.32 1.46
C5 0.62 1.00 0.83 1.36 0.35 1.70 0.43 2.14 0.78 0.47 1.05 1.48 0.62 0.31 0.34 0.95 1.67 1.20 1.67 0.95 2.29 1.72 1.88
C5' 1.73 3.02 1.33 0.88 2.31 1.17 2.19 1.39 2.49 1.55 2.87 3.75 2.76 1.74 1.86 1.39 0.94 1.46 1.12 2.65 1.88 1.28 1.34
C6 0.93 0.69 1.08 1.55 0.30 1.89 0.32 2.31 0.52 0.74 0.76 1.11 0.36 0.49 0.62 1.20 1.80 1.46 1.84 0.67 2.39 1.89 2.04
C8 0.28 1.67 0.23 0.82 1.00 1.14 1.04 1.63 1.38 0.43 1.67 2.21 1.32 0.69 0.54 0.35 1.24 0.66 1.16 1.56 1.92 1.26 1.42
N1 1.36 0.46 1.49 1.93 0.59 2.28 0.51 2.69 0.37 1.14 0.50 0.72 0.41 0.82 1.03 1.59 2.14 1.88 2.24 0.44 2.74 2.27 2.43
N3 1.26 0.60 1.46 2.01 0.36 2.40 0.30 2.84 0.41 0.98 0.68 0.98 0.29 0.62 0.86 1.56 2.27 1.88 2.39 0.56 2.94 2.36 2.58
N6 0.32 0.32 0.26 0.47 0.15 0.85 0.18 1.17 0.18 0.36 0.29 0.31 0.19 0.30 0.26 0.32 0.52 0.75 0.71 0.19 0.80 0.85 0.78
N7 0.24 1.41 0.39 0.92 0.75 1.24 0.81 1.71 1.15 0.31 1.43 1.93 1.06 0.50 0.35 0.50 1.28 0.77 1.23 1.32 1.92 1.32 1.47
N9 0.31 1.41 0.58 1.25 0.70 1.59 0.77 2.08 1.16 0.28 1.44 1.93 1.02 0.45 0.26 0.70 1.66 0.99 1.60 1.34 2.33 1.65 1.84
O2' 0.32 1.71 0.36 1.04 1.13 1.34 1.16 2.07 1.48 0.47 1.73 2.09 1.42 0.77 0.64 0.48 1.46 0.59 1.69 1.65 2.68 1.79 2.06
O3' 1.82 2.68 1.41 0.65 2.25 0.79 2.10 1.00 2.28 1.56 2.55 3.17 2.56 1.70 1.91 1.58 0.46 1.33 0.57 2.43 1.66 0.88 0.96
O4' 0.61 2.19 0.27 1.01 1.44 1.37 1.48 1.87 1.88 0.76 2.20 2.79 1.80 1.07 0.91 0.34 1.58 0.90 1.48 2.10 2.31 1.53 1.73
O5' 1.82 3.09 1.56 0.76 2.42 0.77 2.29 0.77 2.57 1.64 2.93 3.81 2.87 1.84 1.97 1.70 0.43 1.32 0.51 2.77 1.34 0.65 0.73
OP1 2.40 3.39 2.30 1.50 2.80 1.30 2.61 0.70 2.84 2.05 3.19 4.08 3.24 2.18 2.43 2.60 1.15 1.85 0.71 2.96 0.83 0.52 0.40
OP2 1.73 3.01 1.52 0.79 2.32 0.73 2.22 0.63 2.52 1.58 2.88 3.75 2.75 1.79 1.88 1.66 0.45 1.26 0.40 2.71 1.09 0.51 0.52
P 1.95 3.19 1.76 0.96 2.52 0.87 2.38 0.62 2.66 1.74 3.03 3.93 2.96 1.94 2.08 1.93 0.56 1.45 0.48 2.83 1.10 0.56 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.02 0.34 0.35 0.17
C2 0.04 0.00 0.26 0.31 0.01 0.09 0.03 0.15 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.37 0.09 0.42 0.02 0.43 0.67 0.44
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.02 0.09 0.03 0.13 0.09 0.23 0.11 0.25 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.28 0.06 0.41 0.39 0.25
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.19 0.00 0.17 0.04 0.21 0.09 0.30 0.13 0.28 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.36 0.08 0.47 0.34 0.30
C4 0.02 0.01 0.14 0.19 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.05 0.45 0.01 0.44 0.63 0.43
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.09 0.05 0.08 0.03 0.00 0.03 0.09 0.36 0.28 0.09
C5 0.01 0.03 0.09 0.17 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.20 0.04 0.57 0.01 0.55 0.78 0.57
C5' 0.05 0.15 0.03 0.04 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.19 0.14 0.12 0.23 0.14 0.08 0.05 0.02 0.01 0.26 0.28 0.39 0.01
C6 0.02 0.06 0.13 0.21 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.26 0.06 0.59 0.00 0.58 0.84 0.62
C8 0.02 0.02 0.09 0.09 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.06 0.59 0.02 0.53 0.67 0.53
N1 0.04 0.01 0.23 0.30 0.03 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.37 0.06 0.50 0.01 0.50 0.76 0.52
N2 0.05 0.00 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.16 0.04 0.28 0.02 0.39 0.50 0.25
N3 0.04 0.01 0.25 0.28 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.32 0.08 0.36 0.01 0.39 0.57 0.35
N7 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.65 0.02 0.63 0.83 0.65
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.43 0.01 0.41 0.53 0.37
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.17 0.18 0.18 0.06 0.03 0.00 0.07 0.07 0.08 0.10 0.44 0.26 0.13
O3' 0.03 0.37 0.03 0.01 0.21 0.03 0.20 0.05 0.26 0.10 0.37 0.16 0.32 0.12 0.08 0.07 0.00 0.03 0.28 0.10 0.47 0.26 0.23
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.17 0.04 0.34 0.33 0.16
O5' 0.22 0.42 0.28 0.36 0.45 0.03 0.57 0.01 0.59 0.59 0.50 0.28 0.36 0.65 0.43 0.08 0.28 0.17 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.04 0.53 0.00 0.48 0.63 0.42
OP1 0.34 0.43 0.41 0.47 0.44 0.36 0.55 0.28 0.58 0.53 0.50 0.39 0.39 0.63 0.41 0.44 0.47 0.34 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.67 0.39 0.34 0.63 0.28 0.78 0.39 0.84 0.67 0.76 0.50 0.57 0.83 0.53 0.26 0.26 0.33 0.02 0.63 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.44 0.25 0.30 0.43 0.09 0.57 0.01 0.62 0.53 0.52 0.25 0.35 0.65 0.37 0.13 0.23 0.16 0.01 0.42 0.01 0.00 0.00