ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43589

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 115, 69, 16, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 13, 111, 15, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.065, 0.176, 0.287, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.176 std_dev=0.111
C4 B 0, 0.060, 0.247, 0.433, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.247 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.088, 0.595, 1.102, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.595 std_dev=0.507
C6 B 0, 0.087, 0.659, 1.231, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.659 std_dev=0.572
C5 B 0, 0.075, 0.662, 1.248, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.662 std_dev=0.587
N1 B 0, 0.075, 0.674, 1.274, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.674 std_dev=0.600
N3 A 0, 0.024, 0.650, 1.275, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.650 std_dev=0.625
N9 A 0, 0.017, 0.676, 1.334, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.676 std_dev=0.658
N9 B 0, 0.019, 0.708, 1.398, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.708 std_dev=0.690
C5 A 0, 0.025, 0.723, 1.421, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.723 std_dev=0.698
C2 B 0, 0.084, 0.800, 1.516, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.800 std_dev=0.716
C6 A 0, 0.068, 0.799, 1.530, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.799 std_dev=0.731
C1' A 0, 0.066, 0.862, 1.657, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.862 std_dev=0.796
N1 A 0, 0.060, 0.857, 1.654, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.857 std_dev=0.797
C1' B 0, 0.024, 0.892, 1.760, 2.394 max_d=2.394 avg_d=0.892 std_dev=0.868
C2 A 0, 0.013, 0.933, 1.854, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.933 std_dev=0.921
O4' B 0, 0.178, 1.203, 2.229, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.203 std_dev=1.026
N6 B 0, 0.114, 1.152, 2.190, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.152 std_dev=1.038
O4' A 0, 0.214, 1.336, 2.458, 3.127 max_d=3.127 avg_d=1.336 std_dev=1.122
C5' B 0, 1.772, 2.933, 4.095, 5.958 max_d=5.958 avg_d=2.933 std_dev=1.162
C8 B 0, 0.051, 1.249, 2.447, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.249 std_dev=1.198
N7 B 0, 0.080, 1.294, 2.509, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.294 std_dev=1.214
N6 A 0, 0.075, 1.309, 2.542, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.309 std_dev=1.234
C4' B 0, 0.696, 1.982, 3.267, 4.011 max_d=4.011 avg_d=1.982 std_dev=1.286
C8 A 0, -0.037, 1.305, 2.647, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.305 std_dev=1.342
C2' A 0, 0.138, 1.511, 2.884, 3.744 max_d=3.744 avg_d=1.511 std_dev=1.373
N7 A 0, -0.033, 1.378, 2.790, 3.737 max_d=3.737 avg_d=1.378 std_dev=1.411
C2' B 0, -0.009, 1.470, 2.950, 3.881 max_d=3.881 avg_d=1.470 std_dev=1.479
O2' B 0, 0.280, 1.843, 3.406, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.843 std_dev=1.563
O2' A 0, 0.358, 2.107, 3.856, 5.107 max_d=5.107 avg_d=2.107 std_dev=1.749
C4' A 0, 0.061, 2.004, 3.946, 5.059 max_d=5.059 avg_d=2.004 std_dev=1.942
C3' B 0, 0.143, 2.210, 4.277, 5.447 max_d=5.447 avg_d=2.210 std_dev=2.067
O5' B 0, 0.591, 2.755, 4.919, 7.497 max_d=7.497 avg_d=2.755 std_dev=2.164
OP1 A 0, 0.334, 2.663, 4.992, 7.054 max_d=7.054 avg_d=2.663 std_dev=2.329
O5' A 0, 0.699, 3.087, 5.474, 6.949 max_d=6.949 avg_d=3.087 std_dev=2.387
C3' A 0, -0.091, 2.315, 4.721, 5.825 max_d=5.825 avg_d=2.315 std_dev=2.406
C5' A 0, 0.382, 2.979, 5.575, 7.130 max_d=7.130 avg_d=2.979 std_dev=2.597
OP1 B 0, 0.699, 3.393, 6.087, 11.257 max_d=11.257 avg_d=3.393 std_dev=2.694
O3' B 0, 0.075, 2.779, 5.484, 6.996 max_d=6.996 avg_d=2.779 std_dev=2.705
P A 0, 0.351, 3.093, 5.834, 7.199 max_d=7.199 avg_d=3.093 std_dev=2.742
P B 0, 0.166, 3.074, 5.982, 10.519 max_d=10.519 avg_d=3.074 std_dev=2.908
O3' A 0, -0.091, 3.020, 6.131, 7.435 max_d=7.435 avg_d=3.020 std_dev=3.111
OP2 A 0, 0.585, 3.857, 7.128, 8.673 max_d=8.673 avg_d=3.857 std_dev=3.272
OP2 B 0, 0.175, 3.666, 7.156, 11.557 max_d=11.557 avg_d=3.666 std_dev=3.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.01 0.37 0.69 0.43 0.36
C2 0.03 0.00 0.29 0.34 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.30 0.11 0.43 1.24 0.63 0.67
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.22 0.13 0.13 0.23 0.30 0.10 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.76 0.60 0.83 0.65
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.34 0.01 0.42 0.03 0.44 0.37 0.41 0.28 0.49 0.44 0.27 0.02 0.01 0.02 0.40 0.40 0.51 0.28
C4 0.02 0.01 0.16 0.34 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.19 0.06 0.43 1.31 0.58 0.69
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.18 0.22 0.15 0.09 0.22 0.23 0.12 0.33 0.03 0.01 0.01 0.38 0.20 0.19
C5 0.01 0.01 0.08 0.42 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.16 0.03 0.45 1.67 0.63 0.86
C5' 0.07 0.15 0.22 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.26 0.26 0.21 0.12 0.31 0.31 0.14 0.11 0.25 0.02 0.01 0.28 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.18 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.43 0.19 0.05 0.45 1.70 0.65 0.89
C8 0.01 0.02 0.13 0.37 0.01 0.22 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.32 0.15 0.09 0.46 1.69 0.60 0.88
N1 0.03 0.01 0.23 0.41 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.23 0.08 0.44 1.50 0.65 0.79
N3 0.03 0.01 0.30 0.28 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.33 0.11 0.42 1.08 0.59 0.59
N6 0.02 0.01 0.10 0.49 0.01 0.22 0.01 0.31 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.47 0.23 0.04 0.45 1.89 0.67 0.98
N7 0.01 0.01 0.07 0.44 0.01 0.23 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.20 0.06 0.46 1.90 0.64 0.98
N9 0.01 0.02 0.02 0.27 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.14 0.02 0.43 1.23 0.54 0.64
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.32 0.33 0.40 0.11 0.43 0.32 0.42 0.32 0.47 0.39 0.24 0.00 0.06 0.25 0.50 0.37 0.65 0.37
O3' 0.38 0.30 0.04 0.01 0.19 0.03 0.16 0.25 0.19 0.15 0.23 0.33 0.23 0.20 0.14 0.06 0.00 0.27 0.22 0.83 0.35 0.38
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.08 0.11 0.04 0.06 0.02 0.25 0.27 0.00 0.17 0.52 0.23 0.20
O5' 0.37 0.43 0.76 0.40 0.43 0.01 0.45 0.01 0.45 0.46 0.44 0.42 0.45 0.46 0.43 0.50 0.22 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.69 1.24 0.60 0.40 1.31 0.38 1.67 0.28 1.70 1.69 1.50 1.08 1.89 1.90 1.23 0.37 0.83 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.63 0.83 0.51 0.58 0.20 0.63 0.36 0.65 0.60 0.65 0.59 0.67 0.64 0.54 0.65 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.67 0.65 0.28 0.69 0.19 0.86 0.02 0.89 0.88 0.79 0.59 0.98 0.98 0.64 0.37 0.38 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 1.50 0.34 1.09 0.67 1.03 0.63 1.74 1.19 0.38 1.62 1.08 1.27 0.24 0.21 0.28 1.01 0.47 1.62 1.09 1.88 1.29
C2 1.78 0.39 2.15 2.95 0.89 2.85 0.57 3.42 0.27 1.43 0.32 0.76 0.58 0.87 1.40 2.04 3.07 2.13 3.15 2.26 2.81 2.54
C2' 0.34 1.90 0.16 0.87 1.03 0.84 1.06 1.57 1.69 0.21 2.09 1.43 1.86 0.43 0.48 0.52 0.84 0.29 1.37 0.95 1.69 1.04
C3' 1.16 2.90 0.99 0.32 1.92 0.25 1.88 0.84 2.56 0.84 3.06 2.39 2.66 1.12 1.30 1.45 0.30 0.65 0.74 0.88 1.33 0.61
C4 0.76 0.54 1.12 1.86 0.20 1.68 0.17 2.25 0.55 0.77 0.73 0.24 0.79 0.45 0.57 0.89 1.87 1.04 1.98 1.23 1.89 1.44
C4' 1.02 2.68 0.87 0.31 1.65 0.26 1.47 0.88 2.08 0.52 2.72 2.21 1.97 0.66 1.06 1.35 0.36 0.55 0.85 0.90 1.42 0.74
C5 0.67 0.29 1.11 1.79 0.27 1.44 0.17 1.89 0.31 0.63 0.40 0.23 0.49 0.39 0.53 0.90 1.82 0.80 1.52 0.88 1.35 0.91
C5' 1.77 3.34 1.62 0.91 2.28 0.86 1.98 0.50 2.52 1.10 3.27 2.90 2.21 1.14 1.73 2.16 1.10 1.29 0.60 1.28 1.21 0.80
C6 1.33 0.57 1.82 2.51 0.83 2.10 0.55 2.45 0.29 1.03 0.36 0.80 0.28 0.65 1.09 1.67 2.62 1.40 1.94 1.08 1.42 1.18
C8 0.46 1.22 0.20 0.72 0.77 0.44 0.69 1.01 0.97 0.29 1.22 1.02 0.89 0.34 0.49 0.43 0.65 0.31 0.82 0.90 1.17 0.59
N1 1.88 0.70 2.34 3.10 1.10 2.87 0.73 3.32 0.34 1.42 0.39 1.06 0.35 0.88 1.51 2.24 3.26 2.11 2.87 1.92 2.23 2.11
N3 1.28 0.37 1.60 2.40 0.48 2.33 0.28 2.94 0.46 1.15 0.63 0.31 0.80 0.68 0.99 1.42 2.45 1.66 2.73 1.90 2.62 2.21
N6 1.34 0.98 1.96 2.56 1.04 1.93 0.73 2.06 0.57 0.89 0.74 1.14 0.29 0.60 1.14 1.84 2.73 1.22 1.43 0.72 0.94 0.62
N7 0.25 0.64 0.38 0.97 0.41 0.56 0.39 1.02 0.53 0.28 0.65 0.53 0.51 0.29 0.28 0.25 0.95 0.25 0.76 0.93 1.10 0.56
N9 0.20 1.11 0.49 1.21 0.47 1.04 0.48 1.67 0.93 0.38 1.23 0.78 1.02 0.23 0.16 0.28 1.16 0.45 1.47 0.95 1.61 1.05
O2' 0.37 1.66 0.61 1.52 0.66 1.54 0.73 2.33 1.44 0.48 1.90 1.10 1.67 0.23 0.23 0.41 1.55 0.86 2.14 1.57 2.42 1.82
O3' 0.87 2.91 0.80 0.37 1.75 0.49 1.74 1.27 2.54 0.57 3.12 2.30 2.70 0.90 1.05 1.28 0.29 0.37 1.17 0.83 1.72 0.95
O4' 0.46 1.88 0.30 0.62 0.98 0.57 0.80 1.30 1.33 0.26 1.89 1.48 1.21 0.25 0.47 0.67 0.47 0.22 1.26 0.95 1.66 1.04
O5' 1.65 3.10 1.43 0.77 2.04 0.78 1.62 0.63 2.06 0.87 2.88 2.72 1.60 0.82 1.53 1.99 0.97 1.21 0.67 1.13 1.22 0.77
OP1 1.06 2.04 1.06 1.21 1.25 1.13 1.16 1.64 1.31 1.19 1.84 1.71 1.27 1.30 1.07 1.28 1.11 0.96 1.51 1.18 1.80 1.34
OP2 1.95 3.08 1.75 1.10 2.04 1.16 1.41 0.60 1.64 0.89 2.55 2.83 1.02 0.69 1.64 2.46 1.50 1.56 0.64 1.32 1.08 0.86
P 1.28 2.56 1.07 0.55 1.52 0.56 1.07 0.75 1.40 0.55 2.23 2.23 0.97 0.53 1.09 1.67 0.79 0.90 0.72 0.95 1.26 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.26 0.66 0.37 0.30
C2 0.03 0.00 0.25 0.32 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.35 0.08 0.40 0.93 0.98 0.56
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.18 0.12 0.11 0.19 0.25 0.09 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.59 0.56 0.62 0.51
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.30 0.01 0.38 0.02 0.40 0.37 0.37 0.28 0.44 0.42 0.25 0.02 0.01 0.02 0.41 0.34 0.53 0.29
C4 0.02 0.01 0.14 0.30 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.04 0.39 0.99 0.90 0.56
C4' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.25 0.18 0.13 0.25 0.27 0.14 0.28 0.03 0.01 0.02 0.41 0.15 0.22
C5 0.02 0.01 0.07 0.38 0.01 0.21 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.14 0.03 0.49 1.22 1.16 0.76
C5' 0.06 0.29 0.18 0.02 0.26 0.01 0.37 0.00 0.39 0.37 0.35 0.24 0.45 0.44 0.22 0.11 0.20 0.02 0.01 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.21 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.18 0.04 0.50 1.24 1.27 0.80
C8 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.25 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.18 0.08 0.51 1.27 0.99 0.74
N1 0.03 0.00 0.19 0.37 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.25 0.06 0.45 1.10 1.17 0.70
N3 0.03 0.00 0.25 0.28 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.37 0.09 0.36 0.84 0.82 0.47
N6 0.02 0.01 0.09 0.44 0.01 0.25 0.01 0.45 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.45 0.20 0.04 0.56 1.38 1.43 0.93
N7 0.01 0.01 0.07 0.42 0.01 0.27 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.21 0.06 0.56 1.39 1.25 0.88
N9 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.12 0.02 0.36 0.96 0.73 0.50
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.30 0.28 0.37 0.11 0.41 0.28 0.39 0.27 0.45 0.35 0.22 0.00 0.07 0.21 0.34 0.55 0.28 0.34
O3' 0.33 0.35 0.04 0.01 0.19 0.03 0.14 0.20 0.18 0.18 0.25 0.37 0.20 0.21 0.12 0.07 0.00 0.21 0.33 0.73 0.47 0.41
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.06 0.02 0.21 0.21 0.00 0.15 0.60 0.18 0.29
O5' 0.26 0.40 0.59 0.41 0.39 0.02 0.49 0.01 0.50 0.51 0.45 0.36 0.56 0.56 0.36 0.34 0.33 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.66 0.93 0.56 0.34 0.99 0.41 1.22 0.20 1.24 1.27 1.10 0.84 1.38 1.39 0.96 0.55 0.73 0.60 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.98 0.62 0.53 0.90 0.15 1.16 0.27 1.27 0.99 1.17 0.82 1.43 1.25 0.73 0.28 0.47 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.56 0.51 0.29 0.56 0.22 0.76 0.02 0.80 0.74 0.70 0.47 0.93 0.88 0.50 0.34 0.41 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00