ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43591

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 74, 43, 3, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.048, 0.140, 0.232, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.140 std_dev=0.092
C4 B 0, 0.038, 0.144, 0.250, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.144 std_dev=0.106
N9 A 0, 0.045, 0.184, 0.322, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.184 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.039, 0.207, 0.375, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.207 std_dev=0.168
N1 A 0, 0.038, 0.225, 0.411, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.225 std_dev=0.187
C1' B 0, -0.022, 0.193, 0.409, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.193 std_dev=0.216
N9 B 0, -0.026, 0.218, 0.462, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.218 std_dev=0.244
C2 A 0, -0.026, 0.231, 0.487, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.231 std_dev=0.256
C2' A 0, 0.009, 0.297, 0.585, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.297 std_dev=0.288
C5 A 0, -0.075, 0.213, 0.502, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.213 std_dev=0.289
N3 A 0, -0.060, 0.236, 0.532, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.236 std_dev=0.296
C3' A 0, 0.064, 0.374, 0.683, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.374 std_dev=0.309
O2' A 0, 0.001, 0.322, 0.642, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.322 std_dev=0.320
C1' A 0, -0.064, 0.265, 0.593, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.265 std_dev=0.329
C6 A 0, -0.067, 0.280, 0.626, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.280 std_dev=0.347
C8 A 0, -0.062, 0.285, 0.633, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.285 std_dev=0.347
C6 B 0, -0.070, 0.281, 0.632, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.281 std_dev=0.351
N3 B 0, -0.167, 0.197, 0.560, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.197 std_dev=0.364
C2 B 0, -0.169, 0.229, 0.627, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.229 std_dev=0.398
C5 B 0, -0.127, 0.282, 0.691, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.282 std_dev=0.409
N7 A 0, -0.187, 0.321, 0.830, 2.848 max_d=2.848 avg_d=0.321 std_dev=0.508
O3' A 0, -0.006, 0.526, 1.059, 2.790 max_d=2.790 avg_d=0.526 std_dev=0.533
O4' A 0, -0.175, 0.386, 0.947, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.386 std_dev=0.561
C4' A 0, -0.121, 0.460, 1.041, 3.500 max_d=3.500 avg_d=0.460 std_dev=0.581
C8 B 0, -0.253, 0.397, 1.047, 3.413 max_d=3.413 avg_d=0.397 std_dev=0.650
N6 B 0, -0.237, 0.438, 1.113, 3.979 max_d=3.979 avg_d=0.438 std_dev=0.675
O5' A 0, -0.137, 0.638, 1.413, 4.770 max_d=4.770 avg_d=0.638 std_dev=0.775
N7 B 0, -0.329, 0.448, 1.225, 4.225 max_d=4.225 avg_d=0.448 std_dev=0.777
C5' A 0, -0.147, 0.635, 1.417, 4.882 max_d=4.882 avg_d=0.635 std_dev=0.782
O4' B 0, -0.325, 0.457, 1.240, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.457 std_dev=0.782
C3' B 0, -0.036, 0.754, 1.544, 4.087 max_d=4.087 avg_d=0.754 std_dev=0.790
C2' B 0, -0.336, 0.469, 1.273, 4.243 max_d=4.243 avg_d=0.469 std_dev=0.805
C4' B 0, -0.311, 0.563, 1.437, 3.815 max_d=3.815 avg_d=0.563 std_dev=0.874
N6 A 0, -0.382, 0.584, 1.549, 3.787 max_d=3.787 avg_d=0.584 std_dev=0.966
O3' B 0, -0.029, 1.133, 2.295, 4.887 max_d=4.887 avg_d=1.133 std_dev=1.162
P A 0, -0.324, 0.840, 2.003, 7.044 max_d=7.044 avg_d=0.840 std_dev=1.164
OP2 A 0, -0.346, 0.858, 2.062, 7.367 max_d=7.367 avg_d=0.858 std_dev=1.204
O2' B 0, -0.304, 0.967, 2.239, 6.038 max_d=6.038 avg_d=0.967 std_dev=1.272
OP1 A 0, -0.323, 0.976, 2.276, 8.192 max_d=8.192 avg_d=0.976 std_dev=1.300
C5' B 0, -0.826, 0.805, 2.435, 6.575 max_d=6.575 avg_d=0.805 std_dev=1.631
O5' B 0, -0.887, 1.123, 3.133, 7.338 max_d=7.338 avg_d=1.123 std_dev=2.010
P B 0, -1.457, 1.241, 3.940, 9.485 max_d=9.485 avg_d=1.241 std_dev=2.699
OP1 B 0, -1.472, 1.376, 4.224, 11.006 max_d=11.006 avg_d=1.376 std_dev=2.848
OP2 B 0, -1.744, 1.593, 4.930, 11.806 max_d=11.806 avg_d=1.593 std_dev=3.337

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.18 0.01 0.11 0.09 0.19 0.10
C2 0.04 0.00 0.14 0.16 0.02 0.18 0.04 0.37 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.20 0.15 0.31 0.58 0.26 0.40
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.09 0.07 0.08 0.10 0.14 0.05 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.15 0.14 0.21 0.18
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.15 0.25 0.14 0.15 0.20 0.25 0.12 0.02 0.01 0.01 0.09 0.15 0.19 0.10
C4 0.02 0.02 0.07 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.14 0.08 0.14 0.22 0.39 0.17
C4' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.19 0.13 0.18 0.09 0.16 0.06 0.15 0.02 0.00 0.02 0.08 0.13 0.02
C5 0.02 0.04 0.05 0.16 0.01 0.08 0.00 0.16 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.20 0.13 0.04 0.30 0.22 0.72 0.37
C5' 0.03 0.37 0.09 0.02 0.17 0.01 0.16 0.00 0.18 0.33 0.27 0.35 0.21 0.31 0.11 0.07 0.10 0.02 0.01 0.10 0.17 0.02
C6 0.03 0.07 0.07 0.15 0.02 0.09 0.02 0.18 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.23 0.16 0.07 0.23 0.26 0.66 0.30
C8 0.02 0.04 0.08 0.25 0.01 0.19 0.02 0.33 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.14 0.12 0.10 0.60 0.47 0.97 0.69
N1 0.04 0.02 0.10 0.14 0.03 0.13 0.02 0.27 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.23 0.18 0.11 0.19 0.43 0.39 0.25
N3 0.04 0.01 0.14 0.15 0.01 0.18 0.01 0.35 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.20 0.15 0.30 0.51 0.23 0.37
N6 0.03 0.02 0.05 0.20 0.02 0.09 0.03 0.21 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.35 0.10 0.08 0.40 0.24 1.23 0.54
N7 0.02 0.04 0.08 0.25 0.01 0.16 0.01 0.31 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.17 0.14 0.07 0.58 0.47 1.09 0.71
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.25 0.15 0.49 0.28
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.19 0.15 0.20 0.07 0.23 0.14 0.23 0.22 0.35 0.17 0.12 0.00 0.06 0.11 0.11 0.11 0.23 0.16
O3' 0.18 0.20 0.03 0.01 0.14 0.02 0.13 0.10 0.16 0.12 0.18 0.20 0.10 0.14 0.11 0.06 0.00 0.10 0.17 0.35 0.22 0.19
O4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.10 0.11 0.15 0.08 0.07 0.01 0.11 0.10 0.00 0.13 0.13 0.17 0.13
O5' 0.11 0.31 0.15 0.09 0.14 0.02 0.30 0.01 0.23 0.60 0.19 0.30 0.40 0.58 0.25 0.11 0.17 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.58 0.14 0.15 0.22 0.08 0.22 0.10 0.26 0.47 0.43 0.51 0.24 0.47 0.15 0.11 0.35 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.26 0.21 0.19 0.39 0.13 0.72 0.17 0.66 0.97 0.39 0.23 1.23 1.09 0.49 0.23 0.22 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.40 0.18 0.10 0.17 0.02 0.37 0.02 0.30 0.69 0.25 0.37 0.54 0.71 0.28 0.16 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.37 0.58 0.44 0.45 0.71 0.60 0.94 0.61 0.62 0.50 0.32 0.72 0.69 0.46 1.06 0.72 0.84 1.34 1.53 2.03 1.76
C2 0.40 0.36 0.59 0.35 0.30 0.59 0.46 0.81 0.47 0.53 0.33 0.39 0.68 0.64 0.34 1.06 0.54 0.71 1.09 1.09 1.81 1.34
C2' 0.35 0.34 0.53 0.40 0.44 0.81 0.60 1.10 0.59 0.64 0.47 0.29 0.68 0.71 0.48 1.04 0.61 0.89 1.54 1.70 2.21 1.95
C3' 0.35 0.34 0.55 0.45 0.43 0.85 0.56 1.18 0.56 0.61 0.45 0.31 0.62 0.66 0.46 1.07 0.59 0.86 1.64 2.06 2.46 2.25
C4 0.34 0.30 0.64 0.37 0.27 0.66 0.43 0.92 0.43 0.51 0.30 0.30 0.59 0.59 0.33 1.16 0.65 0.77 1.28 1.41 2.09 1.66
C4' 0.43 0.44 0.63 0.65 0.52 0.83 0.64 1.06 0.63 0.67 0.54 0.41 0.70 0.72 0.54 1.03 0.81 0.87 1.50 1.97 2.23 2.07
C5 0.39 0.45 0.73 0.44 0.29 0.67 0.34 0.96 0.33 0.45 0.32 0.44 0.46 0.50 0.32 1.24 0.69 0.76 1.31 1.52 2.22 1.74
C5' 0.39 0.35 0.67 0.68 0.43 0.79 0.53 1.02 0.52 0.59 0.43 0.33 0.58 0.63 0.47 1.09 0.84 0.77 1.47 2.13 2.33 2.13
C6 0.47 0.60 0.76 0.46 0.37 0.67 0.36 0.93 0.36 0.45 0.43 0.59 0.46 0.50 0.37 1.24 0.68 0.76 1.25 1.39 2.13 1.63
C8 0.32 0.31 0.72 0.47 0.26 0.71 0.36 1.01 0.34 0.47 0.27 0.30 0.45 0.52 0.32 1.24 0.75 0.79 1.41 1.75 2.34 1.94
N1 0.45 0.54 0.68 0.41 0.34 0.62 0.37 0.86 0.37 0.47 0.37 0.54 0.53 0.54 0.35 1.15 0.59 0.72 1.14 1.19 1.94 1.44
N3 0.34 0.28 0.55 0.31 0.33 0.61 0.53 0.84 0.55 0.57 0.38 0.28 0.74 0.68 0.37 1.05 0.56 0.75 1.16 1.18 1.86 1.44
N6 0.55 0.94 1.07 0.76 0.43 0.49 0.23 0.88 0.20 0.44 0.58 0.89 0.30 0.51 0.34 1.63 0.92 0.42 1.42 1.77 2.43 1.97
N7 0.37 0.45 0.76 0.48 0.28 0.70 0.33 1.01 0.31 0.44 0.33 0.43 0.41 0.48 0.31 1.28 0.74 0.77 1.39 1.72 2.37 1.91
N9 0.30 0.25 0.64 0.41 0.30 0.69 0.45 0.96 0.45 0.53 0.32 0.23 0.58 0.59 0.35 1.16 0.70 0.80 1.36 1.58 2.18 1.81
O2' 0.34 0.38 0.54 0.42 0.44 0.73 0.55 0.93 0.55 0.57 0.47 0.34 0.61 0.62 0.45 1.00 0.70 0.85 1.28 1.33 1.65 1.53
O3' 0.48 0.45 0.54 0.55 0.53 1.01 0.64 1.38 0.62 0.70 0.53 0.43 0.65 0.74 0.57 0.98 0.55 0.96 1.80 2.33 2.47 2.47
O4' 0.39 0.43 0.63 0.59 0.50 0.76 0.63 0.96 0.63 0.64 0.54 0.38 0.72 0.71 0.51 1.04 0.82 0.84 1.39 1.72 2.10 1.88
O5' 0.30 0.26 0.66 0.52 0.29 0.69 0.41 0.98 0.40 0.47 0.31 0.24 0.47 0.52 0.33 1.19 0.69 0.67 1.44 2.14 2.47 2.15
OP1 0.45 0.40 0.73 0.70 0.42 0.79 0.49 1.11 0.47 0.58 0.41 0.40 0.48 0.60 0.47 1.19 0.81 0.69 1.56 2.51 2.65 2.35
OP2 0.46 0.30 0.78 0.49 0.30 0.63 0.33 0.83 0.33 0.38 0.28 0.35 0.39 0.40 0.35 1.37 0.66 0.65 1.22 1.96 2.38 1.94
P 0.41 0.32 0.75 0.56 0.32 0.64 0.37 0.88 0.36 0.44 0.31 0.34 0.39 0.46 0.36 1.28 0.73 0.63 1.31 2.12 2.39 2.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.13 0.35 0.19 0.19
C2 0.04 0.00 0.27 0.29 0.01 0.32 0.02 0.61 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.59 0.25 0.69 1.26 0.76 0.91
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.01 0.08 0.24 0.13 0.13 0.23 0.27 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.30 0.41 0.31 0.34
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.23 0.33 0.26 0.27 0.28 0.32 0.16 0.02 0.01 0.04 0.28 0.34 0.35 0.25
C4 0.02 0.01 0.14 0.18 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.38 0.12 0.34 0.73 0.42 0.46
C4' 0.02 0.32 0.01 0.01 0.14 0.00 0.10 0.01 0.14 0.20 0.25 0.30 0.11 0.16 0.07 0.29 0.03 0.01 0.02 0.32 0.11 0.20
C5 0.01 0.02 0.08 0.23 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.26 0.06 0.35 0.69 0.53 0.47
C5' 0.09 0.61 0.24 0.02 0.28 0.01 0.25 0.00 0.32 0.38 0.49 0.55 0.24 0.34 0.17 0.09 0.25 0.02 0.01 0.14 0.21 0.02
C6 0.02 0.04 0.13 0.23 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.33 0.11 0.39 0.87 0.55 0.56
C8 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.20 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.16 0.13 0.54 0.48 0.71 0.56
N1 0.03 0.01 0.23 0.26 0.02 0.25 0.02 0.49 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.20 0.48 0.20 0.54 1.14 0.64 0.77
N3 0.04 0.00 0.27 0.27 0.00 0.30 0.01 0.55 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.60 0.25 0.62 1.07 0.65 0.77
N6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.11 0.02 0.24 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.29 0.06 0.37 0.42 0.65 0.47
N7 0.01 0.02 0.07 0.32 0.01 0.16 0.00 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.18 0.08 0.52 0.56 0.76 0.57
N9 0.00 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.23 0.02 0.26 0.44 0.37 0.31
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.18 0.29 0.28 0.09 0.26 0.35 0.20 0.15 0.30 0.36 0.20 0.00 0.07 0.17 0.31 0.26 0.37 0.25
O3' 0.35 0.59 0.03 0.01 0.38 0.03 0.26 0.25 0.33 0.16 0.48 0.60 0.29 0.18 0.23 0.07 0.00 0.23 0.31 0.36 0.38 0.23
O4' 0.00 0.25 0.03 0.04 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.20 0.25 0.06 0.08 0.02 0.17 0.23 0.00 0.17 0.34 0.20 0.21
O5' 0.13 0.69 0.30 0.28 0.34 0.02 0.35 0.01 0.39 0.54 0.54 0.62 0.37 0.52 0.26 0.31 0.31 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 1.26 0.41 0.34 0.73 0.32 0.69 0.14 0.87 0.48 1.14 1.07 0.42 0.56 0.44 0.26 0.36 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.76 0.31 0.35 0.42 0.11 0.53 0.21 0.55 0.71 0.64 0.65 0.65 0.76 0.37 0.37 0.38 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.91 0.34 0.25 0.46 0.20 0.47 0.02 0.56 0.56 0.77 0.77 0.47 0.57 0.31 0.25 0.23 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00