ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43606

back

Distances from reference structure (by RMSD)

33, 43, 30, 5, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.097, 0.182, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.097 std_dev=0.085
C4 B 0, 0.010, 0.103, 0.197, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.103 std_dev=0.093
C5 B 0, 0.032, 0.132, 0.233, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.132 std_dev=0.101
C5 A 0, 0.047, 0.148, 0.249, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.148 std_dev=0.101
C6 A 0, 0.070, 0.182, 0.294, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.182 std_dev=0.112
N3 B 0, 0.035, 0.151, 0.267, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.151 std_dev=0.116
N3 A 0, 0.054, 0.176, 0.298, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.176 std_dev=0.122
C6 B 0, 0.030, 0.157, 0.285, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.157 std_dev=0.128
N9 A 0, 0.008, 0.135, 0.263, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.135 std_dev=0.128
C2 B 0, 0.032, 0.168, 0.304, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.168 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.013, 0.154, 0.295, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.154 std_dev=0.141
N1 A 0, 0.021, 0.165, 0.308, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.165 std_dev=0.144
O6 B 0, 0.062, 0.213, 0.365, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.213 std_dev=0.152
C2 A 0, 0.040, 0.197, 0.353, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.197 std_dev=0.157
N9 B 0, -0.007, 0.150, 0.308, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.150 std_dev=0.158
O6 A 0, 0.086, 0.243, 0.401, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.243 std_dev=0.158
C1' A 0, 0.021, 0.189, 0.357, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.189 std_dev=0.168
N7 B 0, 0.032, 0.208, 0.385, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.208 std_dev=0.176
N2 B 0, 0.060, 0.238, 0.417, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.238 std_dev=0.178
N7 A 0, 0.051, 0.234, 0.417, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.234 std_dev=0.183
C8 A 0, 0.024, 0.208, 0.392, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.208 std_dev=0.184
N2 A 0, 0.064, 0.251, 0.439, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.251 std_dev=0.188
C8 B 0, 0.011, 0.205, 0.399, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.205 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.045, 0.281, 0.516, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.281 std_dev=0.236
C1' B 0, -0.041, 0.199, 0.438, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.199 std_dev=0.240
O4' B 0, -0.042, 0.280, 0.602, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.280 std_dev=0.322
C4' A 0, 0.063, 0.416, 0.768, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.416 std_dev=0.352
C2' A 0, -0.066, 0.358, 0.781, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.358 std_dev=0.423
C3' A 0, -0.050, 0.453, 0.956, 3.424 max_d=3.424 avg_d=0.453 std_dev=0.503
O2' A 0, -0.129, 0.461, 1.050, 3.833 max_d=3.833 avg_d=0.461 std_dev=0.590
C4' B 0, -0.239, 0.376, 0.990, 4.129 max_d=4.129 avg_d=0.376 std_dev=0.615
C2' B 0, -0.324, 0.324, 0.972, 4.563 max_d=4.563 avg_d=0.324 std_dev=0.648
C5' A 0, 0.059, 0.716, 1.372, 4.322 max_d=4.322 avg_d=0.716 std_dev=0.657
O3' A 0, -0.139, 0.591, 1.321, 5.045 max_d=5.045 avg_d=0.591 std_dev=0.730
O2' B 0, -0.360, 0.442, 1.244, 5.759 max_d=5.759 avg_d=0.442 std_dev=0.802
C3' B 0, -0.410, 0.406, 1.221, 5.354 max_d=5.354 avg_d=0.406 std_dev=0.816
C5' B 0, -0.358, 0.618, 1.594, 6.623 max_d=6.623 avg_d=0.618 std_dev=0.976
O5' A 0, 0.485, 1.463, 2.441, 4.710 max_d=4.710 avg_d=1.463 std_dev=0.978
O3' B 0, -0.628, 0.527, 1.683, 7.507 max_d=7.507 avg_d=0.527 std_dev=1.156
O5' B 0, -0.483, 0.710, 1.902, 7.655 max_d=7.655 avg_d=0.710 std_dev=1.193
P A 0, 0.394, 1.753, 3.112, 7.146 max_d=7.146 avg_d=1.753 std_dev=1.359
OP2 A 0, 0.458, 1.867, 3.275, 8.180 max_d=8.180 avg_d=1.867 std_dev=1.408
P B 0, -0.091, 1.366, 2.823, 9.286 max_d=9.286 avg_d=1.366 std_dev=1.457
OP2 B 0, -0.275, 1.347, 2.969, 10.344 max_d=10.344 avg_d=1.347 std_dev=1.622
OP1 A 0, 0.520, 2.144, 3.768, 7.843 max_d=7.843 avg_d=2.144 std_dev=1.624
OP1 B 0, 0.322, 2.117, 3.912, 11.319 max_d=11.319 avg_d=2.117 std_dev=1.795

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.27 0.02 0.23 0.51 0.30
C2 0.04 0.00 0.15 0.29 0.01 0.24 0.03 0.40 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.31 0.14 0.55 0.01 0.46 0.41 0.39
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.13 0.16 0.14 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.32 0.05 0.35 0.32 0.22
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.14 0.01 0.12 0.02 0.14 0.21 0.22 0.19 0.28 0.18 0.08 0.02 0.01 0.02 0.41 0.13 0.54 0.23 0.28
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.07 0.51 0.02 0.36 0.47 0.35
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.12 0.20 0.18 0.08 0.23 0.17 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.12 0.20 0.42 0.15
C5 0.02 0.03 0.06 0.12 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.04 0.62 0.01 0.43 0.62 0.47
C5' 0.05 0.40 0.02 0.02 0.22 0.01 0.23 0.00 0.27 0.34 0.34 0.16 0.37 0.32 0.16 0.08 0.05 0.02 0.01 0.30 0.35 0.43 0.02
C6 0.02 0.07 0.07 0.14 0.02 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.16 0.07 0.63 0.01 0.46 0.59 0.46
C8 0.02 0.02 0.07 0.21 0.01 0.20 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.21 0.10 0.68 0.02 0.49 0.77 0.61
N1 0.05 0.02 0.13 0.22 0.03 0.18 0.02 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.25 0.11 0.58 0.01 0.46 0.46 0.40
N2 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.05 0.44 0.02 0.33 0.44 0.34
N3 0.04 0.01 0.14 0.28 0.01 0.23 0.01 0.37 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.28 0.14 0.49 0.01 0.40 0.42 0.35
N7 0.02 0.03 0.06 0.18 0.01 0.17 0.00 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.19 0.07 0.72 0.02 0.53 0.82 0.64
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.48 0.02 0.33 0.54 0.37
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.16 0.17 0.16 0.07 0.03 0.00 0.06 0.08 0.10 0.10 0.21 0.37 0.18
O3' 0.03 0.31 0.03 0.01 0.14 0.03 0.13 0.05 0.16 0.21 0.25 0.23 0.28 0.19 0.08 0.06 0.00 0.03 0.33 0.14 0.69 0.22 0.31
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.11 0.05 0.14 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.18 0.04 0.28 0.64 0.39
O5' 0.27 0.55 0.32 0.41 0.51 0.02 0.62 0.01 0.63 0.68 0.58 0.44 0.49 0.72 0.48 0.10 0.33 0.18 0.00 0.70 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02 0.12 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.14 0.04 0.70 0.00 0.55 0.53 0.57
OP1 0.23 0.46 0.35 0.54 0.36 0.20 0.43 0.35 0.46 0.49 0.46 0.33 0.40 0.53 0.33 0.21 0.69 0.28 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.41 0.32 0.23 0.47 0.42 0.62 0.43 0.59 0.77 0.46 0.44 0.42 0.82 0.54 0.37 0.22 0.64 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.39 0.22 0.28 0.35 0.15 0.47 0.02 0.46 0.61 0.40 0.34 0.35 0.64 0.37 0.18 0.31 0.39 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.25 0.38 0.31 0.29 0.48 0.28 0.84 0.26 0.31 0.25 0.23 0.27 0.30 0.31 0.56 0.31 0.40 0.91 0.26 1.48 1.24 1.30
C2 0.37 0.28 0.65 0.46 0.25 0.26 0.23 0.35 0.25 0.28 0.28 0.32 0.25 0.24 0.29 0.88 0.63 0.28 0.38 0.23 0.72 0.67 0.67
C2' 0.38 0.28 0.35 0.54 0.32 0.77 0.30 1.14 0.27 0.34 0.26 0.26 0.31 0.32 0.35 0.42 0.52 0.66 1.18 0.27 1.69 1.40 1.53
C3' 0.53 0.47 0.45 0.75 0.53 0.97 0.51 1.34 0.49 0.54 0.46 0.31 0.52 0.52 0.54 0.37 0.71 0.88 1.45 0.29 1.91 1.75 1.83
C4 0.33 0.22 0.50 0.29 0.24 0.31 0.22 0.58 0.21 0.28 0.22 0.23 0.23 0.24 0.28 0.72 0.37 0.34 0.63 0.21 1.08 0.94 0.98
C4' 0.39 0.43 0.33 0.60 0.43 0.77 0.45 1.15 0.47 0.43 0.45 0.28 0.42 0.45 0.42 0.33 0.57 0.67 1.31 0.31 1.88 1.74 1.75
C5 0.33 0.22 0.51 0.31 0.23 0.30 0.22 0.55 0.21 0.27 0.22 0.23 0.22 0.24 0.28 0.73 0.41 0.34 0.59 0.20 1.03 0.90 0.93
C5' 0.48 0.67 0.39 0.68 0.61 0.83 0.66 1.20 0.72 0.59 0.73 0.30 0.61 0.64 0.56 0.30 0.62 0.77 1.38 0.34 1.92 1.89 1.82
C6 0.34 0.25 0.57 0.40 0.24 0.28 0.22 0.44 0.23 0.28 0.25 0.27 0.24 0.24 0.28 0.79 0.55 0.32 0.47 0.22 0.86 0.75 0.78
C8 0.32 0.21 0.41 0.27 0.26 0.41 0.25 0.75 0.22 0.29 0.21 0.21 0.24 0.27 0.29 0.61 0.29 0.39 0.80 0.22 1.35 1.13 1.18
N1 0.36 0.28 0.64 0.48 0.24 0.27 0.23 0.34 0.25 0.28 0.28 0.31 0.25 0.24 0.29 0.86 0.67 0.29 0.36 0.23 0.71 0.64 0.64
N2 0.24 0.33 0.25 0.26 0.24 0.25 0.23 0.25 0.27 0.21 0.31 0.39 0.28 0.21 0.22 0.24 0.27 0.26 0.28 0.27 0.43 0.38 0.29
N3 0.35 0.24 0.57 0.35 0.24 0.28 0.22 0.48 0.22 0.28 0.25 0.27 0.23 0.24 0.29 0.80 0.46 0.31 0.53 0.22 0.91 0.83 0.86
N7 0.33 0.21 0.45 0.27 0.24 0.35 0.23 0.65 0.21 0.28 0.20 0.21 0.23 0.25 0.28 0.66 0.33 0.37 0.70 0.21 1.20 1.01 1.06
N9 0.33 0.22 0.42 0.27 0.26 0.40 0.25 0.73 0.23 0.29 0.22 0.21 0.24 0.27 0.29 0.63 0.29 0.38 0.78 0.23 1.31 1.11 1.16
O2' 0.39 0.43 0.36 0.52 0.38 0.74 0.38 1.13 0.39 0.37 0.42 0.26 0.40 0.37 0.38 0.43 0.56 0.58 1.17 0.28 1.72 1.31 1.47
O3' 0.76 0.61 0.68 1.02 0.72 1.22 0.69 1.58 0.63 0.75 0.57 0.40 0.70 0.72 0.76 0.52 0.97 1.12 1.72 0.35 2.08 1.99 2.08
O4' 0.33 0.30 0.33 0.38 0.31 0.53 0.33 0.90 0.33 0.34 0.32 0.26 0.30 0.34 0.33 0.50 0.36 0.46 1.02 0.31 1.63 1.45 1.46
O5' 0.38 0.58 0.32 0.57 0.51 0.71 0.58 1.09 0.66 0.50 0.66 0.24 0.50 0.56 0.46 0.36 0.54 0.66 1.29 0.32 1.92 1.88 1.79
O6 0.24 0.25 0.24 0.25 0.21 0.23 0.20 0.24 0.22 0.21 0.24 0.29 0.23 0.20 0.22 0.23 0.29 0.27 0.27 0.22 0.41 0.37 0.34
OP1 0.46 0.60 0.35 0.57 0.52 0.75 0.60 1.10 0.70 0.55 0.71 0.29 0.49 0.60 0.50 0.42 0.51 0.72 1.30 0.30 2.01 1.95 1.86
OP2 0.75 0.88 0.62 0.84 0.86 1.00 0.96 1.32 1.05 0.90 1.02 0.42 0.80 0.97 0.83 0.61 0.76 0.99 1.53 0.50 2.10 2.20 2.03
P 0.60 0.74 0.47 0.68 0.69 0.84 0.78 1.17 0.87 0.72 0.85 0.30 0.65 0.78 0.66 0.49 0.60 0.83 1.37 0.42 2.01 2.03 1.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.03 0.26 0.31 0.29
C2 0.05 0.00 0.19 0.15 0.01 0.24 0.01 0.42 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.18 0.26 0.60 0.01 0.74 0.84 0.79
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.03 0.09 0.10 0.15 0.16 0.19 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.23 0.07 0.26 0.25 0.21
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.10 0.12 0.12 0.16 0.14 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.29 0.10 0.40 0.24 0.25
C4 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.13 0.43 0.02 0.43 0.54 0.50
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.12 0.17 0.18 0.08 0.22 0.13 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.09 0.17 0.22 0.12
C5 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.06 0.47 0.02 0.46 0.57 0.52
C5' 0.05 0.42 0.03 0.03 0.21 0.01 0.20 0.00 0.25 0.31 0.34 0.12 0.37 0.28 0.14 0.07 0.06 0.02 0.02 0.23 0.24 0.27 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.10 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.12 0.12 0.52 0.01 0.55 0.69 0.61
C8 0.02 0.02 0.10 0.12 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.15 0.53 0.02 0.53 0.58 0.57
N1 0.04 0.01 0.15 0.12 0.02 0.18 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.15 0.19 0.57 0.01 0.68 0.81 0.73
N2 0.06 0.01 0.16 0.16 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.22 0.07 0.35 0.02 0.35 0.46 0.39
N3 0.05 0.01 0.19 0.14 0.00 0.22 0.01 0.37 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.16 0.26 0.53 0.01 0.62 0.70 0.67
N7 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.09 0.53 0.02 0.53 0.62 0.58
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.36 0.03 0.34 0.41 0.40
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.13 0.06 0.08 0.07 0.13 0.12 0.23 0.20 0.26 0.08 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.10 0.21 0.20 0.14
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.10 0.03 0.10 0.06 0.12 0.13 0.15 0.22 0.16 0.12 0.06 0.06 0.00 0.02 0.24 0.12 0.55 0.28 0.28
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.02 0.12 0.15 0.19 0.07 0.26 0.09 0.02 0.06 0.02 0.00 0.13 0.05 0.33 0.36 0.34
O5' 0.19 0.60 0.23 0.29 0.43 0.03 0.47 0.02 0.52 0.53 0.57 0.35 0.53 0.53 0.36 0.09 0.24 0.13 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.09 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.05 0.52 0.00 0.53 0.66 0.57
OP1 0.26 0.74 0.26 0.40 0.43 0.17 0.46 0.24 0.55 0.53 0.68 0.35 0.62 0.53 0.34 0.21 0.55 0.33 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.84 0.25 0.24 0.54 0.22 0.57 0.27 0.69 0.58 0.81 0.46 0.70 0.62 0.41 0.20 0.28 0.36 0.02 0.66 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.79 0.21 0.25 0.50 0.12 0.52 0.02 0.61 0.57 0.73 0.39 0.67 0.58 0.40 0.14 0.28 0.34 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00