ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43632

back

Distances from reference structure (by RMSD)

44, 24, 115, 76, 35, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.045, 0.110, 0.175, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.110 std_dev=0.065
C4 A 0, 0.025, 0.101, 0.176, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.101 std_dev=0.076
N3 B 0, 0.034, 0.140, 0.247, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.140 std_dev=0.107
C2 B 0, 0.120, 0.241, 0.362, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.241 std_dev=0.121
C6 A 0, 0.111, 0.234, 0.358, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.234 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.120, 0.249, 0.378, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.249 std_dev=0.129
C5 B 0, 0.041, 0.177, 0.313, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.177 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.135, 0.276, 0.418, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.276 std_dev=0.142
C5 A 0, 0.076, 0.219, 0.361, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.219 std_dev=0.142
N9 B 0, 0.093, 0.249, 0.405, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.249 std_dev=0.156
N3 A 0, 0.052, 0.213, 0.374, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.213 std_dev=0.161
N1 A 0, 0.101, 0.266, 0.430, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.266 std_dev=0.165
N9 A 0, 0.081, 0.257, 0.433, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.257 std_dev=0.176
O6 A 0, 0.160, 0.338, 0.515, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.338 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.191, 0.373, 0.555, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.373 std_dev=0.182
C1' A 0, 0.128, 0.314, 0.501, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.314 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.256, 0.442, 0.629, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.442 std_dev=0.187
C2 A 0, 0.121, 0.316, 0.510, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.316 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.143, 0.345, 0.548, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.345 std_dev=0.203
N6 B 0, 0.179, 0.389, 0.599, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.389 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.135, 0.360, 0.585, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.360 std_dev=0.225
C4' A 0, 0.242, 0.474, 0.706, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.474 std_dev=0.232
N7 B 0, 0.073, 0.317, 0.561, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.317 std_dev=0.244
O2' A 0, 0.262, 0.511, 0.760, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.511 std_dev=0.249
O4' A 0, 0.144, 0.410, 0.676, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.410 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.316, 0.596, 0.877, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.596 std_dev=0.280
C8 A 0, 0.167, 0.466, 0.764, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.466 std_dev=0.299
N7 A 0, 0.146, 0.451, 0.756, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.451 std_dev=0.305
N2 A 0, 0.154, 0.499, 0.844, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.499 std_dev=0.345
O5' B 0, 0.236, 0.614, 0.992, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.614 std_dev=0.378
C5' A 0, 0.243, 0.635, 1.026, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.635 std_dev=0.391
P B 0, 0.345, 0.743, 1.141, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.743 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.219, 0.636, 1.052, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.636 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.046, 0.518, 0.991, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.518 std_dev=0.472
OP2 B 0, 0.475, 0.962, 1.448, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.962 std_dev=0.486
O5' A 0, 0.207, 0.739, 1.271, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.739 std_dev=0.532
OP1 B 0, 0.441, 1.009, 1.578, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.009 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.191, 0.779, 1.368, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.779 std_dev=0.588
C3' B 0, 0.186, 0.889, 1.592, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.889 std_dev=0.703
C4' B 0, 0.031, 0.802, 1.573, 2.940 max_d=2.940 avg_d=0.802 std_dev=0.771
OP1 A 0, 0.287, 1.084, 1.880, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.084 std_dev=0.796
P A 0, 0.287, 1.088, 1.890, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.088 std_dev=0.801
C5' B 0, 0.322, 1.315, 2.308, 3.787 max_d=3.787 avg_d=1.315 std_dev=0.993
O3' B 0, 0.188, 1.195, 2.201, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.195 std_dev=1.007
OP2 A 0, 0.385, 1.415, 2.445, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.415 std_dev=1.030

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.02 0.16 0.25 0.10
C2 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.23 0.07 0.18 0.01 0.31 0.50 0.16
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.07 0.15 0.18 0.16 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.15 0.18 0.10
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.15 0.12 0.17 0.18 0.15 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.15 0.15 0.22 0.21 0.14
C4 0.02 0.01 0.10 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.04 0.18 0.01 0.29 0.48 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.20 0.03
C5 0.01 0.02 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.22 0.01 0.36 0.62 0.20
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.13 0.14 0.28 0.01
C6 0.02 0.05 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.20 0.05 0.23 0.00 0.39 0.67 0.21
C8 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.04 0.23 0.02 0.33 0.54 0.18
N1 0.04 0.01 0.15 0.17 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.23 0.06 0.21 0.01 0.34 0.61 0.19
N2 0.04 0.00 0.18 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.26 0.09 0.18 0.02 0.15 0.23 0.15
N3 0.03 0.01 0.16 0.15 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.07 0.16 0.01 0.26 0.43 0.14
N7 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.24 0.02 0.40 0.68 0.22
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.02 0.26 0.41 0.14
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.17 0.13 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.13 0.18 0.06
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.04 0.20 0.13 0.23 0.26 0.20 0.15 0.07 0.04 0.00 0.02 0.17 0.21 0.36 0.37 0.20
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.05 0.17 0.25 0.15
O5' 0.10 0.18 0.12 0.15 0.18 0.01 0.22 0.01 0.23 0.23 0.21 0.18 0.16 0.24 0.17 0.06 0.17 0.10 0.00 0.25 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.21 0.05 0.25 0.00 0.22 0.27 0.22
OP1 0.16 0.31 0.15 0.22 0.29 0.10 0.36 0.14 0.39 0.33 0.34 0.15 0.26 0.40 0.26 0.13 0.36 0.17 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.50 0.18 0.21 0.48 0.20 0.62 0.28 0.67 0.54 0.61 0.23 0.43 0.68 0.41 0.18 0.37 0.25 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.10 0.14 0.16 0.03 0.20 0.01 0.21 0.18 0.19 0.15 0.14 0.22 0.14 0.06 0.20 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.27 0.41 0.35 0.25 0.30 0.33 0.46 0.35 0.36 0.32 0.23 0.43 0.40 0.26 0.28 0.35 0.27 0.22 0.06 0.18 0.07
C2 0.36 0.35 0.46 0.47 0.30 0.48 0.29 0.57 0.34 0.32 0.36 0.32 0.41 0.29 0.32 0.40 0.50 0.44 0.45 0.37 0.63 0.41
C2' 0.21 0.25 0.41 0.36 0.25 0.27 0.33 0.46 0.35 0.37 0.31 0.21 0.42 0.41 0.25 0.25 0.34 0.23 0.24 0.07 0.26 0.12
C3' 0.19 0.22 0.52 0.38 0.24 0.17 0.32 0.33 0.33 0.36 0.28 0.20 0.40 0.40 0.25 0.34 0.32 0.15 0.13 0.07 0.06 0.01
C4 0.23 0.18 0.41 0.33 0.16 0.31 0.23 0.42 0.27 0.27 0.24 0.16 0.36 0.29 0.20 0.32 0.35 0.27 0.31 0.23 0.43 0.25
C4' 0.22 0.23 0.53 0.47 0.25 0.29 0.32 0.47 0.33 0.37 0.27 0.21 0.39 0.40 0.26 0.33 0.45 0.22 0.09 0.16 0.13 0.07
C5 0.26 0.20 0.43 0.34 0.22 0.28 0.28 0.35 0.30 0.32 0.26 0.19 0.39 0.34 0.25 0.40 0.38 0.29 0.32 0.28 0.44 0.26
C5' 0.24 0.27 0.61 0.44 0.30 0.21 0.38 0.32 0.39 0.42 0.33 0.25 0.47 0.47 0.31 0.44 0.40 0.17 0.13 0.26 0.33 0.17
C6 0.30 0.17 0.45 0.41 0.21 0.34 0.22 0.40 0.24 0.31 0.21 0.19 0.32 0.29 0.27 0.43 0.45 0.34 0.38 0.35 0.54 0.34
C8 0.31 0.33 0.47 0.26 0.35 0.25 0.43 0.29 0.45 0.45 0.39 0.30 0.53 0.50 0.35 0.45 0.32 0.30 0.30 0.20 0.26 0.18
N1 0.32 0.23 0.44 0.44 0.22 0.40 0.21 0.46 0.24 0.30 0.24 0.23 0.31 0.25 0.28 0.39 0.47 0.39 0.42 0.39 0.63 0.40
N2 0.53 0.45 0.56 0.60 0.46 0.60 0.41 0.63 0.38 0.49 0.41 0.48 0.36 0.43 0.50 0.53 0.61 0.59 0.48 0.40 0.67 0.44
N3 0.32 0.31 0.44 0.44 0.25 0.46 0.26 0.59 0.32 0.29 0.33 0.28 0.39 0.28 0.27 0.36 0.47 0.39 0.40 0.30 0.55 0.34
N7 0.33 0.34 0.49 0.34 0.36 0.30 0.43 0.35 0.45 0.44 0.40 0.32 0.53 0.49 0.36 0.49 0.41 0.33 0.33 0.27 0.35 0.23
N9 0.22 0.22 0.41 0.26 0.23 0.23 0.32 0.34 0.34 0.34 0.29 0.19 0.42 0.39 0.24 0.32 0.28 0.24 0.24 0.13 0.26 0.13
O2' 0.40 0.45 0.45 0.55 0.43 0.50 0.47 0.75 0.49 0.49 0.48 0.42 0.53 0.51 0.42 0.39 0.55 0.43 0.32 0.12 0.28 0.17
O3' 0.21 0.26 0.55 0.49 0.28 0.20 0.35 0.41 0.35 0.38 0.30 0.24 0.41 0.42 0.28 0.32 0.42 0.17 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.23 0.24 0.48 0.41 0.24 0.31 0.32 0.47 0.33 0.36 0.29 0.21 0.40 0.40 0.26 0.31 0.40 0.26 0.14 0.13 0.09 0.03
O5' 0.40 0.48 0.68 0.32 0.49 0.23 0.58 0.22 0.60 0.58 0.55 0.45 0.67 0.64 0.48 0.63 0.24 0.31 0.32 0.30 0.44 0.28
O6 0.30 0.19 0.41 0.49 0.21 0.37 0.22 0.40 0.24 0.29 0.22 0.20 0.32 0.26 0.27 0.36 0.55 0.34 0.40 0.36 0.48 0.34
OP1 0.40 0.54 0.57 0.33 0.53 0.45 0.65 0.45 0.70 0.61 0.63 0.48 0.80 0.71 0.50 0.58 0.55 0.43 0.46 0.66 0.66 0.51
OP2 0.67 0.69 1.00 0.65 0.69 0.59 0.72 0.60 0.74 0.70 0.72 0.68 0.79 0.74 0.68 1.09 0.59 0.54 0.56 0.51 0.66 0.51
P 0.54 0.65 0.84 0.42 0.65 0.35 0.74 0.33 0.77 0.71 0.72 0.61 0.84 0.78 0.62 0.85 0.33 0.39 0.42 0.34 0.58 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.28 0.43 0.41 0.32
C2 0.04 0.00 0.24 0.23 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.41 0.15 0.37 0.49 0.64 0.43
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.17 0.10 0.13 0.18 0.25 0.07 0.08 0.02 0.00 0.04 0.02 0.54 0.79 0.72 0.68
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.06 0.27 0.28 0.25 0.21 0.29 0.30 0.18 0.02 0.01 0.03 0.38 0.62 0.27 0.43
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.08 0.39 0.50 0.62 0.44
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.22 0.07 0.09 0.15 0.22 0.10 0.24 0.03 0.00 0.02 0.24 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.06 0.26 0.00 0.13 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.18 0.04 0.44 0.58 0.74 0.52
C5' 0.07 0.17 0.17 0.06 0.21 0.01 0.32 0.00 0.32 0.40 0.24 0.14 0.38 0.43 0.22 0.10 0.18 0.02 0.01 0.17 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.11 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.23 0.07 0.45 0.59 0.77 0.54
C8 0.01 0.01 0.13 0.28 0.01 0.22 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.29 0.15 0.12 0.46 0.58 0.68 0.53
N1 0.03 0.00 0.18 0.25 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.33 0.11 0.41 0.54 0.72 0.49
N3 0.04 0.00 0.25 0.21 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.42 0.16 0.35 0.47 0.57 0.40
N6 0.02 0.01 0.07 0.29 0.01 0.15 0.01 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.20 0.06 0.48 0.66 0.85 0.60
N7 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.22 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.16 0.08 0.48 0.64 0.79 0.59
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.15 0.02 0.38 0.48 0.56 0.42
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.20 0.24 0.28 0.10 0.29 0.29 0.27 0.23 0.33 0.32 0.17 0.00 0.05 0.17 0.31 0.67 0.70 0.52
O3' 0.28 0.41 0.04 0.01 0.25 0.03 0.18 0.18 0.23 0.15 0.33 0.42 0.20 0.16 0.15 0.05 0.00 0.19 0.33 0.40 0.26 0.29
O4' 0.00 0.15 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.12 0.11 0.16 0.06 0.08 0.02 0.17 0.19 0.00 0.17 0.24 0.24 0.14
O5' 0.28 0.37 0.54 0.38 0.39 0.02 0.44 0.01 0.45 0.46 0.41 0.35 0.48 0.48 0.38 0.31 0.33 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.49 0.79 0.62 0.50 0.24 0.58 0.17 0.59 0.58 0.54 0.47 0.66 0.64 0.48 0.67 0.40 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.64 0.72 0.27 0.62 0.22 0.74 0.39 0.77 0.68 0.72 0.57 0.85 0.79 0.56 0.70 0.26 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.43 0.68 0.43 0.44 0.08 0.52 0.02 0.54 0.53 0.49 0.40 0.60 0.59 0.42 0.52 0.29 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00