ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43634

back

Distances from reference structure (by RMSD)

38, 23, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 46, 6, 3, 1, 8, 3, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 A 0, 0.053, 0.133, 0.214, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.133 std_dev=0.081
C4 A 0, 0.050, 0.256, 0.461, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.256 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.010, 0.227, 0.444, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.227 std_dev=0.217
N1 A 0, 0.030, 0.395, 0.760, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.395 std_dev=0.365
N9 B 0, 0.064, 0.446, 0.827, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.446 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.082, 0.477, 0.872, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.477 std_dev=0.395
C2' A 0, -0.024, 0.403, 0.830, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.403 std_dev=0.427
C1' A 0, 0.060, 0.534, 1.007, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.534 std_dev=0.473
C2 B 0, 0.070, 0.588, 1.106, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.588 std_dev=0.518
N9 A 0, 0.082, 0.651, 1.221, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.651 std_dev=0.570
C6 A 0, 0.065, 0.672, 1.279, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.672 std_dev=0.607
N3 B 0, 0.071, 0.686, 1.301, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.686 std_dev=0.615
C3' B 0, 0.062, 0.689, 1.317, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.689 std_dev=0.628
C1' B 0, 0.069, 0.794, 1.518, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.794 std_dev=0.724
C3' A 0, 0.096, 0.853, 1.611, 3.732 max_d=3.732 avg_d=0.853 std_dev=0.758
C5 A 0, 0.076, 0.861, 1.645, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.861 std_dev=0.784
N3 A 0, 0.015, 0.809, 1.603, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.809 std_dev=0.794
O2' A 0, -0.005, 0.893, 1.791, 4.714 max_d=4.714 avg_d=0.893 std_dev=0.898
C5 B 0, 0.047, 0.959, 1.870, 2.789 max_d=2.789 avg_d=0.959 std_dev=0.911
O3' B 0, 0.113, 1.041, 1.969, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.041 std_dev=0.928
C2 A 0, 0.032, 0.962, 1.893, 2.989 max_d=2.989 avg_d=0.962 std_dev=0.930
C4' A 0, 0.081, 1.016, 1.950, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.016 std_dev=0.935
C4' B 0, 0.074, 1.082, 2.090, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.082 std_dev=1.008
C6 B 0, 0.060, 1.069, 2.079, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.069 std_dev=1.009
C2' B 0, 0.090, 1.144, 2.198, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.144 std_dev=1.054
O3' A 0, 0.097, 1.174, 2.252, 5.775 max_d=5.775 avg_d=1.174 std_dev=1.078
C8 B 0, 0.081, 1.172, 2.263, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.172 std_dev=1.091
O4' A 0, 0.069, 1.168, 2.267, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.168 std_dev=1.099
O4' B 0, 0.088, 1.322, 2.556, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.322 std_dev=1.234
C8 A 0, 0.114, 1.499, 2.885, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.499 std_dev=1.385
N7 B 0, 0.088, 1.583, 3.078, 4.520 max_d=4.520 avg_d=1.583 std_dev=1.495
N6 B 0, -0.691, 0.821, 2.332, 4.661 max_d=4.661 avg_d=0.821 std_dev=1.511
N7 A 0, 0.113, 1.691, 3.270, 4.628 max_d=4.628 avg_d=1.691 std_dev=1.579
C5' B 0, 0.165, 1.821, 3.478, 4.301 max_d=4.301 avg_d=1.821 std_dev=1.657
C5' A 0, 0.069, 1.858, 3.648, 5.229 max_d=5.229 avg_d=1.858 std_dev=1.789
O5' B 0, 0.183, 2.138, 4.093, 5.330 max_d=5.330 avg_d=2.138 std_dev=1.955
O2' B 0, 0.143, 2.332, 4.520, 5.172 max_d=5.172 avg_d=2.332 std_dev=2.189
O5' A 0, 0.061, 2.333, 4.605, 6.500 max_d=6.500 avg_d=2.333 std_dev=2.272
OP1 B 0, 0.439, 3.158, 5.878, 8.397 max_d=8.397 avg_d=3.158 std_dev=2.720
P B 0, 0.172, 3.238, 6.304, 8.001 max_d=8.001 avg_d=3.238 std_dev=3.066
P A 0, -0.002, 3.236, 6.474, 9.242 max_d=9.242 avg_d=3.236 std_dev=3.238
OP1 A 0, 0.053, 3.540, 7.026, 10.244 max_d=10.244 avg_d=3.540 std_dev=3.487
OP2 A 0, -0.001, 3.557, 7.115, 11.200 max_d=11.200 avg_d=3.557 std_dev=3.558
OP2 B 0, 0.593, 4.664, 8.735, 9.939 max_d=9.939 avg_d=4.664 std_dev=4.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.13 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.08 0.03 0.14 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.16 0.07 0.22 0.48 0.27 0.30
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06 0.10 0.09 0.13 0.03 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.20 0.19 0.16
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.13 0.17 0.13 0.15 0.05 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.14 0.29 0.18 0.17
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.07 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.03 0.05 0.12 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03 0.15 0.27 0.22 0.19
C5' 0.03 0.14 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.12 0.15 0.13 0.12 0.09 0.14 0.07 0.06 0.07 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.07 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.17 0.35 0.25 0.23
C8 0.01 0.02 0.10 0.17 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.17 0.05 0.19 0.15 0.27 0.21
N1 0.04 0.02 0.09 0.13 0.04 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.11 0.12 0.07 0.20 0.45 0.26 0.28
N3 0.03 0.01 0.13 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.07 0.19 0.41 0.21 0.25
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.14 0.16 0.19 0.16
N7 0.02 0.03 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.04 0.19 0.19 0.30 0.23
N9 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.11 0.16 0.16 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.10 0.09 0.06 0.09 0.10 0.11 0.11 0.06 0.11 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08 0.16 0.19 0.12
O3' 0.07 0.16 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.07 0.10 0.17 0.12 0.15 0.07 0.17 0.06 0.06 0.00 0.06 0.12 0.16 0.20 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.06
O5' 0.08 0.22 0.12 0.06 0.14 0.01 0.15 0.01 0.17 0.19 0.20 0.19 0.14 0.19 0.11 0.08 0.12 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.48 0.20 0.12 0.29 0.07 0.27 0.10 0.35 0.15 0.45 0.41 0.16 0.19 0.16 0.16 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.27 0.19 0.11 0.18 0.03 0.22 0.02 0.25 0.27 0.26 0.21 0.19 0.30 0.16 0.19 0.20 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.30 0.16 0.08 0.17 0.02 0.19 0.02 0.23 0.21 0.28 0.25 0.16 0.23 0.12 0.12 0.15 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.29 0.42 0.48 0.53 0.35 1.12 1.07 1.17 1.25 0.71 0.28 1.34 1.59 0.55 1.19 0.78 0.31 1.99 3.02 4.10 3.13
C2 0.71 0.61 0.93 1.04 0.80 0.73 1.32 1.22 1.37 1.45 0.91 0.61 1.74 1.80 0.85 1.08 1.11 0.63 2.20 3.32 4.00 3.25
C2' 0.72 0.53 0.69 0.65 0.34 0.50 0.70 1.12 0.69 0.94 0.30 0.66 0.98 1.21 0.39 1.69 1.07 0.50 1.90 2.90 4.06 3.06
C3' 1.15 0.95 1.15 0.84 0.55 0.67 0.17 0.60 0.20 0.35 0.42 1.10 0.39 0.64 0.49 2.34 1.43 0.81 1.29 2.29 3.47 2.42
C4 0.69 0.33 0.58 0.61 0.35 0.54 0.88 0.73 0.96 0.97 0.50 0.47 1.18 1.36 0.37 1.28 0.94 0.65 1.68 2.81 3.64 2.76
C4' 0.70 0.41 0.73 0.50 0.25 0.40 0.68 0.71 0.74 0.77 0.39 0.55 0.74 1.11 0.22 1.88 1.14 0.47 1.45 2.31 3.62 2.54
C5 1.13 0.65 0.83 0.78 0.41 0.91 0.43 0.32 0.56 0.44 0.29 0.85 0.68 0.85 0.46 1.64 1.19 1.13 1.07 2.20 3.00 2.08
C5' 1.39 0.99 1.52 1.31 0.80 1.18 0.65 0.49 0.72 0.56 0.74 1.15 0.18 0.78 0.79 2.60 1.86 1.17 0.76 1.44 2.80 1.67
C6 1.12 0.66 0.81 0.79 0.43 0.92 0.45 0.40 0.56 0.48 0.27 0.85 0.76 0.86 0.49 1.53 1.16 1.15 1.13 2.24 2.95 2.09
C8 1.40 0.86 1.16 1.05 0.65 1.17 0.39 0.29 0.51 0.29 0.49 1.07 0.39 0.64 0.70 2.07 1.48 1.35 0.70 1.78 2.76 1.73
N1 0.79 0.47 0.74 0.81 0.47 0.67 0.91 0.79 0.98 1.00 0.54 0.59 1.31 1.37 0.51 1.21 1.04 0.78 1.71 2.83 3.49 2.71
N3 0.64 0.57 0.85 0.98 0.82 0.69 1.37 1.29 1.41 1.51 0.94 0.55 1.73 1.86 0.86 1.02 1.02 0.56 2.28 3.40 4.17 3.38
N6 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.17 0.15 0.16 0.15 0.14 0.17 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.16 0.23 0.16 0.16
N7 1.62 1.08 1.31 1.22 0.87 1.38 0.42 0.53 0.48 0.35 0.63 1.29 0.33 0.47 0.94 2.14 1.59 1.61 0.48 1.57 2.44 1.44
N9 0.75 0.34 0.58 0.53 0.23 0.55 0.75 0.57 0.85 0.81 0.41 0.50 0.96 1.21 0.24 1.48 0.99 0.69 1.49 2.58 3.55 2.59
O2' 0.69 0.59 0.78 0.99 0.77 0.88 1.21 1.74 1.16 1.48 0.76 0.62 1.49 1.70 0.88 1.33 1.06 0.69 2.50 3.38 4.59 3.64
O3' 1.32 1.29 1.41 1.02 0.83 0.75 0.31 0.79 0.30 0.38 0.76 1.40 0.35 0.50 0.73 2.67 1.61 0.87 1.33 2.30 3.43 2.42
O4' 0.33 0.38 0.29 0.18 0.57 0.19 1.16 0.86 1.24 1.21 0.83 0.28 1.22 1.59 0.52 1.25 0.74 0.26 1.76 2.68 3.89 2.85
O5' 2.17 1.62 2.21 1.98 1.43 1.89 0.96 0.93 0.95 0.87 1.22 1.83 0.67 0.72 1.48 3.24 2.40 1.95 0.41 0.87 2.12 0.96
OP1 3.42 2.68 3.74 3.45 2.57 3.12 1.98 2.07 1.88 1.98 2.22 2.95 1.81 1.61 2.67 4.81 3.81 3.03 1.56 0.67 0.95 0.66
OP2 3.71 3.01 3.60 3.29 2.91 3.19 2.31 2.19 2.19 2.32 2.54 3.27 2.16 1.93 3.01 4.43 3.44 3.44 1.60 0.63 0.98 0.68
P 3.12 2.36 3.18 2.96 2.27 2.86 1.73 1.89 1.64 1.74 1.94 2.61 1.53 1.40 2.38 4.10 3.25 2.90 1.27 0.46 1.23 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.00 0.18 0.34 0.29 0.13
C2 0.04 0.00 0.43 0.38 0.01 0.06 0.03 0.09 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.29 0.26 0.21 0.44 0.44 0.30
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.22 0.02 0.08 0.23 0.18 0.25 0.30 0.44 0.08 0.15 0.02 0.00 0.06 0.02 0.48 0.76 0.33 0.52
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.34 0.01 0.37 0.03 0.43 0.25 0.39 0.33 0.28 0.33 0.24 0.02 0.01 0.02 0.11 0.16 0.22 0.11
C4 0.02 0.01 0.22 0.34 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.19 0.13 0.17 0.44 0.36 0.24
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.19 0.05 0.07 0.08 0.18 0.09 0.32 0.03 0.00 0.01 0.29 0.25 0.04
C5 0.01 0.03 0.08 0.37 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.06 0.22 0.51 0.48 0.33
C5' 0.08 0.09 0.23 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.17 0.09 0.10 0.14 0.19 0.08 0.08 0.26 0.01 0.01 0.47 0.35 0.01
C6 0.02 0.07 0.18 0.43 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.10 0.26 0.53 0.55 0.39
C8 0.01 0.02 0.25 0.25 0.01 0.19 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.10 0.16 0.16 0.50 0.38 0.22
N1 0.05 0.02 0.30 0.39 0.03 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.15 0.25 0.22 0.23 0.51 0.52 0.35
N3 0.04 0.01 0.44 0.33 0.00 0.07 0.01 0.10 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.31 0.26 0.17 0.41 0.34 0.23
N6 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.24 0.05 0.25 0.64 0.66 0.35
N7 0.01 0.03 0.15 0.33 0.01 0.18 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.48 0.13 0.08 0.22 0.54 0.49 0.33
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.16 0.01 0.12 0.42 0.29 0.15
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.14 0.32 0.32 0.08 0.26 0.46 0.15 0.16 0.23 0.48 0.23 0.00 0.09 0.24 0.37 0.75 0.29 0.47
O3' 0.36 0.29 0.06 0.01 0.19 0.03 0.15 0.26 0.19 0.10 0.25 0.31 0.24 0.13 0.16 0.09 0.00 0.25 0.33 0.43 0.53 0.34
O4' 0.00 0.26 0.02 0.02 0.13 0.00 0.06 0.01 0.10 0.16 0.22 0.26 0.05 0.08 0.01 0.24 0.25 0.00 0.09 0.23 0.41 0.13
O5' 0.18 0.21 0.48 0.11 0.17 0.01 0.22 0.01 0.26 0.16 0.23 0.17 0.25 0.22 0.12 0.37 0.33 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.44 0.76 0.16 0.44 0.29 0.51 0.47 0.53 0.50 0.51 0.41 0.64 0.54 0.42 0.75 0.43 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.44 0.33 0.22 0.36 0.25 0.48 0.35 0.55 0.38 0.52 0.34 0.66 0.49 0.29 0.29 0.53 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.30 0.52 0.11 0.24 0.04 0.33 0.01 0.39 0.22 0.35 0.23 0.35 0.33 0.15 0.47 0.34 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00