ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 15, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 56,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.040, 0.185, 0.329, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.185 std_dev=0.144
C2 B 0, 0.024, 0.207, 0.390, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.207 std_dev=0.183
C4 A 0, 0.033, 0.221, 0.408, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.221 std_dev=0.187
N9 B 0, 0.030, 0.407, 0.784, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.407 std_dev=0.377
N2 B 0, 0.015, 0.395, 0.774, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.395 std_dev=0.379
C8 B 0, 0.046, 0.472, 0.898, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.472 std_dev=0.426
N3 B 0, 0.018, 0.504, 0.991, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.504 std_dev=0.486
C8 A 0, 0.031, 0.570, 1.108, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.570 std_dev=0.539
C2 A 0, 0.009, 0.586, 1.163, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.586 std_dev=0.577
N3 A 0, 0.009, 0.591, 1.174, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.591 std_dev=0.583
C5 A 0, -0.009, 0.636, 1.281, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.636 std_dev=0.645
O5' B 0, -0.152, 0.522, 1.196, 5.996 max_d=5.996 avg_d=0.522 std_dev=0.674
N9 A 0, -0.013, 0.718, 1.448, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.718 std_dev=0.731
N7 A 0, 0.007, 0.807, 1.607, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.807 std_dev=0.800
P B 0, -0.434, 0.432, 1.298, 7.528 max_d=7.528 avg_d=0.432 std_dev=0.866
N2 A 0, 0.003, 0.895, 1.788, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.895 std_dev=0.892
C5 B 0, -0.027, 0.917, 1.862, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.917 std_dev=0.944
N1 B 0, -0.033, 0.955, 1.943, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.955 std_dev=0.988
C5' B 0, 0.078, 1.184, 2.289, 4.562 max_d=4.562 avg_d=1.184 std_dev=1.105
N1 A 0, -0.064, 1.050, 2.163, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.050 std_dev=1.114
OP1 B 0, -0.054, 1.116, 2.287, 9.823 max_d=9.823 avg_d=1.116 std_dev=1.171
OP2 B 0, -0.160, 1.014, 2.189, 8.740 max_d=8.740 avg_d=1.014 std_dev=1.175
N7 B 0, -0.018, 1.158, 2.334, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.158 std_dev=1.176
C6 A 0, -0.087, 1.245, 2.577, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.245 std_dev=1.332
C1' B 0, -0.057, 1.291, 2.639, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.291 std_dev=1.348
O4' B 0, -0.016, 1.380, 2.776, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.380 std_dev=1.396
C6 B 0, -0.081, 1.422, 2.926, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.422 std_dev=1.503
C4' B 0, 0.008, 1.571, 3.135, 3.518 max_d=3.518 avg_d=1.571 std_dev=1.563
C1' A 0, -0.118, 1.557, 3.232, 4.241 max_d=4.241 avg_d=1.557 std_dev=1.675
OP2 A 0, 0.020, 1.713, 3.407, 10.314 max_d=10.314 avg_d=1.713 std_dev=1.694
C3' B 0, -0.006, 1.720, 3.446, 3.841 max_d=3.841 avg_d=1.720 std_dev=1.726
C2' A 0, -0.096, 1.747, 3.589, 5.244 max_d=5.244 avg_d=1.747 std_dev=1.842
O5' A 0, -0.079, 1.820, 3.720, 6.414 max_d=6.414 avg_d=1.820 std_dev=1.900
C2' B 0, -0.073, 1.918, 3.910, 4.322 max_d=4.322 avg_d=1.918 std_dev=1.991
C3' A 0, -0.101, 2.000, 4.101, 5.488 max_d=5.488 avg_d=2.000 std_dev=2.101
O6 A 0, -0.154, 1.947, 4.048, 4.523 max_d=4.523 avg_d=1.947 std_dev=2.101
O4' A 0, -0.127, 2.005, 4.137, 4.832 max_d=4.832 avg_d=2.005 std_dev=2.132
P A 0, -0.062, 2.161, 4.385, 9.429 max_d=9.429 avg_d=2.161 std_dev=2.224
O3' B 0, 0.006, 2.346, 4.686, 5.327 max_d=5.327 avg_d=2.346 std_dev=2.340
O6 B 0, -0.125, 2.223, 4.570, 5.492 max_d=5.492 avg_d=2.223 std_dev=2.347
C4' A 0, -0.138, 2.285, 4.708, 5.518 max_d=5.518 avg_d=2.285 std_dev=2.423
C5' A 0, -0.089, 2.368, 4.824, 5.481 max_d=5.481 avg_d=2.368 std_dev=2.457
OP1 A 0, -0.020, 2.615, 5.250, 10.325 max_d=10.325 avg_d=2.615 std_dev=2.635
O3' A 0, -0.174, 2.672, 5.517, 7.137 max_d=7.137 avg_d=2.672 std_dev=2.845
O2' A 0, -0.167, 2.843, 5.853, 7.728 max_d=7.728 avg_d=2.843 std_dev=3.010
O2' B 0, -0.211, 3.011, 6.232, 6.888 max_d=6.888 avg_d=3.011 std_dev=3.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.01 0.19 0.01 0.40 0.34 0.25
C2 0.03 0.00 0.30 0.24 0.01 0.15 0.01 0.29 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.23 0.35 0.01 0.43 0.45 0.42
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.14 0.01 0.04 0.21 0.11 0.21 0.22 0.35 0.30 0.14 0.03 0.00 0.02 0.02 0.45 0.05 0.83 0.82 0.69
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.24 0.01 0.31 0.02 0.32 0.29 0.29 0.18 0.21 0.33 0.21 0.02 0.01 0.02 0.12 0.35 0.49 0.23 0.25
C4 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.10 0.12 0.20 0.01 0.25 0.22 0.20
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.19 0.10 0.13 0.15 0.16 0.07 0.30 0.02 0.00 0.02 0.07 0.23 0.13 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.31 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.07 0.05 0.20 0.01 0.21 0.25 0.21
C5' 0.08 0.29 0.21 0.02 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.18 0.21 0.19 0.27 0.14 0.05 0.09 0.24 0.02 0.01 0.08 0.09 0.11 0.01
C6 0.01 0.03 0.11 0.32 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.07 0.10 0.22 0.00 0.25 0.31 0.26
C8 0.01 0.01 0.21 0.29 0.01 0.19 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.14 0.14 0.29 0.01 0.30 0.33 0.29
N1 0.02 0.01 0.22 0.29 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.10 0.18 0.28 0.01 0.33 0.38 0.35
N2 0.03 0.00 0.35 0.18 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.26 0.13 0.02 0.22 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.30 0.21 0.00 0.15 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.24 0.23 0.33 0.01 0.40 0.38 0.37
N7 0.01 0.01 0.14 0.33 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.18 0.07 0.28 0.01 0.30 0.36 0.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.07 0.01 0.17 0.01 0.26 0.23 0.17
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.16 0.30 0.31 0.09 0.28 0.43 0.15 0.21 0.13 0.45 0.23 0.00 0.05 0.21 0.32 0.34 0.80 0.97 0.66
O3' 0.29 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.07 0.24 0.07 0.14 0.10 0.29 0.24 0.18 0.07 0.05 0.00 0.20 0.28 0.12 0.26 0.19 0.19
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.10 0.14 0.18 0.26 0.23 0.07 0.01 0.21 0.20 0.00 0.07 0.07 0.15 0.14 0.07
O5' 0.19 0.35 0.45 0.12 0.20 0.02 0.20 0.01 0.22 0.29 0.28 0.13 0.33 0.28 0.17 0.32 0.28 0.07 0.00 0.11 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.35 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.12 0.07 0.11 0.00 0.19 0.32 0.22
OP1 0.40 0.43 0.83 0.49 0.25 0.23 0.21 0.09 0.25 0.30 0.33 0.22 0.40 0.30 0.26 0.80 0.26 0.15 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.45 0.82 0.23 0.22 0.13 0.25 0.11 0.31 0.33 0.38 0.15 0.38 0.36 0.23 0.97 0.19 0.14 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.42 0.69 0.25 0.20 0.09 0.21 0.01 0.26 0.29 0.35 0.11 0.37 0.31 0.17 0.66 0.19 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 1.76 0.28 0.32 1.63 0.21 2.52 0.44 3.14 1.85 2.72 1.37 1.18 2.59 1.23 0.88 1.02 0.30 0.99 3.89 0.51 1.64 1.09
C2 1.53 0.32 1.52 1.64 0.24 1.67 0.81 1.11 1.27 0.40 0.68 0.74 0.81 1.12 0.51 2.53 2.50 1.53 0.59 2.01 0.87 0.97 0.53
C2' 0.36 1.70 0.24 0.21 1.63 0.17 2.55 0.50 3.20 1.89 2.74 1.25 1.13 2.63 1.25 0.81 1.00 0.35 1.05 4.02 0.59 1.73 1.21
C3' 0.70 2.11 0.57 0.39 1.88 0.44 2.65 0.73 3.28 1.98 3.00 1.81 1.53 2.63 1.49 0.46 0.63 0.67 1.17 3.94 0.62 1.63 1.23
C4 1.14 0.26 1.28 1.37 0.25 1.28 1.18 0.82 1.74 0.64 1.20 0.25 0.37 1.40 0.23 2.38 2.21 1.09 0.46 2.55 0.84 0.95 0.51
C4' 0.77 2.26 0.66 0.44 1.97 0.47 2.70 0.73 3.31 2.01 3.08 2.02 1.68 2.66 1.55 0.45 0.58 0.71 1.14 3.91 0.52 1.57 1.14
C5 1.99 0.59 2.22 2.19 0.67 2.04 0.35 1.56 0.92 0.34 0.42 0.93 1.16 0.56 1.04 3.40 2.96 1.85 1.08 1.76 1.55 0.77 0.95
C5' 0.58 1.96 0.48 0.41 1.64 0.41 2.32 0.55 2.93 1.65 2.73 1.73 1.39 2.27 1.23 0.93 0.93 0.56 0.82 3.52 0.45 1.19 0.80
C6 2.73 1.27 2.99 2.91 1.38 2.75 0.41 2.22 0.23 0.97 0.35 1.57 1.86 0.22 1.75 4.18 3.62 2.57 1.68 1.04 2.08 1.03 1.48
C8 1.18 0.32 1.44 1.48 0.22 1.30 1.07 0.90 1.71 0.47 1.25 0.21 0.35 1.21 0.33 2.59 2.28 1.07 0.57 2.54 1.09 0.78 0.58
N1 2.49 1.10 2.62 2.64 1.12 2.56 0.16 1.98 0.44 0.62 0.19 1.45 1.66 0.24 1.46 3.70 3.43 2.41 1.37 1.22 1.68 0.79 1.13
N2 1.27 0.27 1.11 1.26 0.16 1.42 0.96 0.83 1.32 0.64 0.72 0.69 0.67 1.32 0.29 2.00 2.14 1.36 0.17 1.99 0.35 1.10 0.32
N3 0.81 0.46 0.83 1.00 0.54 1.00 1.50 0.53 1.98 1.01 1.40 0.17 0.17 1.75 0.27 1.84 1.86 0.84 0.46 2.72 0.53 1.27 0.63
N7 1.93 0.51 2.23 2.17 0.65 1.98 0.35 1.54 0.95 0.40 0.49 0.81 1.08 0.51 1.03 3.43 2.91 1.76 1.12 1.79 1.67 0.83 1.04
N9 0.65 0.80 0.83 0.95 0.72 0.83 1.65 0.44 2.26 1.03 1.77 0.43 0.26 1.79 0.37 1.91 1.80 0.61 0.44 3.06 0.63 1.10 0.57
O2' 1.24 2.50 1.08 0.89 2.56 0.95 3.56 1.37 4.22 2.90 3.63 1.90 1.96 3.69 2.20 0.18 0.43 1.20 1.99 5.11 1.49 2.74 2.19
O3' 1.68 2.96 1.61 1.38 2.76 1.42 3.42 1.68 3.97 2.82 3.76 2.65 2.44 3.38 2.40 0.72 0.54 1.62 2.07 4.49 1.48 2.42 2.10
O4' 0.50 2.01 0.41 0.29 1.77 0.23 2.56 0.49 3.17 1.87 2.87 1.73 1.43 2.56 1.34 0.70 0.81 0.44 0.97 3.82 0.41 1.50 0.99
O5' 0.56 1.34 0.69 0.76 1.10 0.61 1.79 0.48 2.41 1.17 2.14 1.08 0.83 1.79 0.77 1.64 1.47 0.51 0.54 3.07 0.77 0.95 0.61
O6 3.45 1.86 3.81 3.61 2.09 3.39 1.14 2.89 0.53 1.76 0.97 2.06 2.47 0.95 2.50 5.06 4.20 3.22 2.36 0.35 2.76 1.46 2.13
OP1 0.84 1.82 0.84 0.84 1.54 0.77 2.12 0.82 2.70 1.54 2.53 1.62 1.34 2.07 1.22 1.46 1.30 0.84 0.95 3.29 0.88 1.21 0.95
OP2 1.10 0.70 1.45 1.40 0.63 1.16 1.13 0.94 1.69 0.74 1.41 0.42 0.52 1.17 0.66 2.53 2.09 0.94 0.76 2.40 1.32 0.90 0.81
P 0.77 1.27 0.99 1.02 1.02 0.84 1.64 0.71 2.24 1.07 2.01 1.02 0.81 1.62 0.77 1.95 1.70 0.70 0.65 2.89 1.04 0.91 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.31 0.00 0.23 0.03 0.48 0.40 0.30
C2 0.03 0.00 0.29 0.20 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.28 0.22 0.24 0.02 0.42 0.27 0.26
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.25 0.11 0.17 0.21 0.35 0.28 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.54 0.07 1.03 0.90 0.80
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.24 0.01 0.32 0.01 0.33 0.33 0.27 0.16 0.17 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.11 0.37 0.59 0.22 0.29
C4 0.02 0.01 0.14 0.24 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.12 0.20 0.02 0.34 0.30 0.22
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.18 0.07 0.12 0.10 0.16 0.07 0.33 0.02 0.01 0.01 0.09 0.22 0.09 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.06 0.05 0.20 0.01 0.26 0.32 0.23
C5' 0.10 0.20 0.25 0.01 0.12 0.01 0.09 0.00 0.12 0.10 0.16 0.20 0.19 0.10 0.08 0.08 0.25 0.01 0.01 0.10 0.13 0.11 0.01
C6 0.03 0.02 0.11 0.33 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.07 0.10 0.21 0.01 0.28 0.30 0.24
C8 0.01 0.01 0.17 0.33 0.01 0.18 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.17 0.13 0.26 0.02 0.29 0.40 0.28
N1 0.03 0.01 0.21 0.27 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.17 0.22 0.02 0.36 0.27 0.24
N2 0.04 0.01 0.35 0.16 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.37 0.25 0.19 0.02 0.36 0.25 0.18
N3 0.03 0.01 0.28 0.17 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.31 0.22 0.24 0.02 0.43 0.30 0.26
N7 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.16 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.19 0.08 0.26 0.02 0.25 0.40 0.29
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.08 0.01 0.21 0.02 0.35 0.35 0.24
O2' 0.03 0.12 0.00 0.02 0.15 0.33 0.30 0.08 0.27 0.41 0.15 0.19 0.13 0.43 0.21 0.00 0.04 0.23 0.41 0.34 1.02 1.06 0.78
O3' 0.31 0.28 0.02 0.01 0.14 0.02 0.06 0.25 0.07 0.17 0.15 0.37 0.31 0.19 0.08 0.04 0.00 0.23 0.23 0.11 0.26 0.15 0.13
O4' 0.00 0.22 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.13 0.17 0.25 0.22 0.08 0.01 0.23 0.23 0.00 0.10 0.06 0.14 0.08 0.09
O5' 0.23 0.24 0.54 0.11 0.20 0.01 0.20 0.01 0.21 0.26 0.22 0.19 0.24 0.26 0.21 0.41 0.23 0.10 0.00 0.12 0.03 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.07 0.37 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.34 0.11 0.06 0.12 0.00 0.15 0.21 0.18
OP1 0.48 0.42 1.03 0.59 0.34 0.22 0.26 0.13 0.28 0.29 0.36 0.36 0.43 0.25 0.35 1.02 0.26 0.14 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.27 0.90 0.22 0.30 0.09 0.32 0.11 0.30 0.40 0.27 0.25 0.30 0.40 0.35 1.06 0.15 0.08 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.26 0.80 0.29 0.22 0.07 0.23 0.01 0.24 0.28 0.24 0.18 0.26 0.29 0.24 0.78 0.13 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00