ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

49, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 47, 10, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.047, 0.156, 0.265, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.156 std_dev=0.109
C4 A 0, 0.038, 0.154, 0.269, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.154 std_dev=0.116
C4 B 0, 0.042, 0.170, 0.298, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.170 std_dev=0.128
N1 A 0, 0.051, 0.220, 0.388, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.220 std_dev=0.168
C1' A 0, 0.063, 0.303, 0.544, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.303 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.063, 0.381, 0.699, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.381 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.060, 0.405, 0.751, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.405 std_dev=0.345
C5' B 0, 0.097, 0.495, 0.893, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.495 std_dev=0.398
N9 A 0, 0.054, 0.511, 0.969, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.511 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.176, 0.713, 1.251, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.713 std_dev=0.537
O4' B 0, 0.073, 0.642, 1.211, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.642 std_dev=0.569
O5' A 0, 0.194, 0.792, 1.391, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.792 std_dev=0.598
O5' B 0, 0.104, 0.773, 1.441, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.773 std_dev=0.668
C2 B 0, 0.075, 0.763, 1.450, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.763 std_dev=0.688
O4' A 0, 0.100, 0.801, 1.502, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.801 std_dev=0.701
OP1 A 0, 0.315, 1.031, 1.748, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.031 std_dev=0.717
N3 B 0, 0.068, 0.815, 1.561, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.815 std_dev=0.747
C2' A 0, 0.091, 0.905, 1.719, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.905 std_dev=0.814
OP1 B 0, 0.176, 0.993, 1.810, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.993 std_dev=0.817
C4' A 0, 0.112, 0.980, 1.848, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.980 std_dev=0.868
O2' A 0, 0.123, 1.003, 1.883, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.003 std_dev=0.880
C6 B 0, 0.075, 0.985, 1.895, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.985 std_dev=0.910
N3 A 0, 0.095, 1.036, 1.976, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.036 std_dev=0.940
C5 B 0, 0.072, 1.021, 1.970, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.021 std_dev=0.949
C6 A 0, 0.094, 1.046, 1.997, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.046 std_dev=0.951
C2' B 0, 0.074, 1.035, 1.996, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.035 std_dev=0.961
O2' B 0, 0.105, 1.067, 2.029, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.067 std_dev=0.962
C4' B 0, 0.082, 1.052, 2.022, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.052 std_dev=0.970
C2 A 0, 0.083, 1.112, 2.142, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.112 std_dev=1.030
C5 A 0, 0.065, 1.130, 2.196, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.130 std_dev=1.065
P A 0, 0.243, 1.469, 2.696, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.469 std_dev=1.227
C8 B 0, 0.106, 1.383, 2.660, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.383 std_dev=1.277
C3' A 0, 0.112, 1.414, 2.717, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.414 std_dev=1.302
P B 0, 0.136, 1.501, 2.865, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.501 std_dev=1.365
C8 A 0, 0.076, 1.697, 3.318, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.697 std_dev=1.621
C3' B 0, 0.080, 1.714, 3.348, 3.518 max_d=3.518 avg_d=1.714 std_dev=1.634
N6 B 0, 0.115, 1.775, 3.436, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.775 std_dev=1.661
O6 A 0, 0.162, 1.842, 3.523, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.842 std_dev=1.680
N7 B 0, 0.115, 1.805, 3.496, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.805 std_dev=1.691
N7 A 0, 0.098, 2.112, 4.127, 4.300 max_d=4.300 avg_d=2.112 std_dev=2.014
N2 A 0, 0.144, 2.171, 4.197, 4.362 max_d=4.362 avg_d=2.171 std_dev=2.026
OP2 A 0, 0.251, 2.559, 4.868, 5.353 max_d=5.353 avg_d=2.559 std_dev=2.309
O3' A 0, 0.154, 2.555, 4.956, 5.154 max_d=5.154 avg_d=2.555 std_dev=2.401
OP2 B 0, 0.134, 2.680, 5.227, 5.560 max_d=5.560 avg_d=2.680 std_dev=2.546
O3' B 0, 0.108, 2.845, 5.581, 5.735 max_d=5.735 avg_d=2.845 std_dev=2.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.37 0.01 0.38 0.01 0.13 0.46 0.11
C2 0.03 0.00 0.54 0.29 0.01 0.31 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.21 0.55 0.40 0.01 0.18 1.06 0.35
C2' 0.00 0.54 0.00 0.00 0.29 0.01 0.15 0.26 0.26 0.24 0.43 0.64 0.52 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.20 0.44 0.18 0.47
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.31 0.00 0.40 0.02 0.43 0.35 0.38 0.25 0.24 0.42 0.26 0.02 0.01 0.01 0.04 0.47 0.12 0.20 0.29
C4 0.01 0.01 0.29 0.31 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.29 0.70 0.01 0.13 1.26 0.55
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.04 0.34 0.19 0.43 0.30 0.27 0.09 0.33 0.03 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.11
C5 0.01 0.01 0.15 0.40 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.09 0.13 1.03 0.01 0.30 1.82 0.92
C5' 0.10 0.44 0.26 0.02 0.19 0.01 0.06 0.00 0.13 0.34 0.31 0.58 0.42 0.27 0.04 0.07 0.24 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.26 0.43 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.24 0.96 0.00 0.28 1.90 0.92
C8 0.01 0.01 0.24 0.35 0.01 0.34 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.60 0.10 0.29 1.33 0.01 0.45 1.85 1.06
N1 0.02 0.00 0.43 0.38 0.01 0.19 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.43 0.67 0.01 0.15 1.51 0.64
N2 0.03 0.00 0.64 0.25 0.01 0.43 0.01 0.58 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.69 0.29 0.65 0.19 0.01 0.28 0.80 0.17
N3 0.02 0.00 0.52 0.24 0.00 0.30 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.26 0.54 0.34 0.01 0.19 0.86 0.25
N7 0.01 0.01 0.11 0.42 0.01 0.27 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.52 0.15 0.15 1.37 0.01 0.51 2.20 1.23
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.01 0.82 0.01 0.16 1.18 0.56
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.08 0.33 0.19 0.07 0.08 0.60 0.24 0.69 0.47 0.52 0.20 0.00 0.06 0.24 0.07 0.17 0.33 0.33 0.47
O3' 0.37 0.21 0.03 0.01 0.14 0.03 0.09 0.24 0.11 0.10 0.13 0.29 0.26 0.15 0.13 0.06 0.00 0.27 0.11 0.15 0.52 0.26 0.18
O4' 0.01 0.55 0.02 0.01 0.29 0.00 0.13 0.01 0.24 0.29 0.43 0.65 0.54 0.15 0.01 0.24 0.27 0.00 0.40 0.18 0.08 0.49 0.27
O5' 0.38 0.40 0.04 0.04 0.70 0.02 1.03 0.01 0.96 1.33 0.67 0.19 0.34 1.37 0.82 0.07 0.11 0.40 0.00 1.12 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.20 0.47 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.18 1.12 0.00 0.39 2.22 1.13
OP1 0.13 0.18 0.44 0.12 0.13 0.07 0.30 0.05 0.28 0.45 0.15 0.28 0.19 0.51 0.16 0.33 0.52 0.08 0.02 0.39 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 1.06 0.18 0.20 1.26 0.09 1.82 0.02 1.90 1.85 1.51 0.80 0.86 2.20 1.18 0.33 0.26 0.49 0.02 2.22 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.35 0.47 0.29 0.55 0.11 0.92 0.01 0.92 1.06 0.64 0.17 0.25 1.23 0.56 0.47 0.18 0.27 0.00 1.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.41 0.27 0.36 0.40 0.45 1.15 0.10 1.11 1.40 0.38 0.48 1.67 1.74 0.58 0.27 0.60 0.21 0.75 0.75 1.85 1.19
C2 0.82 0.50 1.05 1.03 1.12 0.48 1.65 0.86 1.53 2.00 0.97 0.47 1.88 2.16 1.34 0.91 0.75 0.53 1.71 1.70 2.95 2.10
C2' 0.30 0.40 0.12 0.12 0.62 0.09 1.41 0.52 1.26 1.81 0.40 0.36 1.85 2.12 0.91 0.13 0.36 0.29 1.22 1.27 2.28 1.70
C3' 0.39 0.34 0.18 0.12 0.74 0.16 1.59 0.68 1.45 2.00 0.52 0.30 2.13 2.37 1.04 0.16 0.35 0.42 1.43 1.54 2.60 1.98
C4 0.43 0.66 0.40 0.47 0.13 0.79 0.70 0.35 0.64 0.99 0.16 0.75 1.12 1.26 0.24 0.50 0.78 0.63 0.51 0.55 1.80 0.97
C4' 0.22 0.15 0.14 0.31 0.79 0.25 1.66 0.25 1.68 1.84 0.86 0.15 2.39 2.29 0.94 0.19 0.66 0.17 1.01 1.00 2.15 1.51
C5 1.38 1.43 1.34 1.42 0.91 1.79 0.27 1.32 0.28 0.14 0.83 1.59 0.27 0.33 0.77 1.48 1.79 1.62 0.46 0.40 0.97 0.12
C5' 0.29 0.43 0.66 0.90 0.32 0.79 1.19 0.33 1.23 1.35 0.44 0.56 1.97 1.82 0.45 0.68 1.35 0.36 0.47 0.44 1.64 0.98
C6 1.26 1.24 1.08 1.16 0.80 1.70 0.23 1.27 0.24 0.15 0.72 1.39 0.27 0.33 0.68 1.27 1.55 1.59 0.36 0.30 1.14 0.19
C8 1.85 2.04 1.99 2.09 1.44 2.21 0.71 1.74 0.71 0.45 1.36 2.19 0.22 0.20 1.25 1.98 2.42 1.98 0.97 0.88 0.37 0.45
N1 0.21 0.37 0.20 0.18 0.28 0.51 0.78 0.16 0.71 1.07 0.26 0.43 1.07 1.26 0.43 0.14 0.24 0.49 0.81 0.87 2.19 1.25
N2 1.88 1.34 2.20 2.24 2.04 1.59 2.48 1.91 2.29 2.87 1.76 1.39 2.57 2.95 2.30 2.07 1.99 1.57 2.72 2.67 3.83 3.03
N3 0.72 0.43 0.81 0.75 1.10 0.35 1.71 0.74 1.59 2.03 0.97 0.39 2.00 2.24 1.31 0.70 0.48 0.48 1.58 1.55 2.77 1.98
N7 2.27 2.26 2.36 2.47 1.79 2.69 1.09 2.21 1.06 0.87 1.63 2.46 0.55 0.56 1.65 2.42 2.86 2.46 1.38 1.28 0.14 0.84
N9 0.77 1.03 0.87 0.95 0.35 1.13 0.42 0.67 0.38 0.69 0.36 1.14 0.91 1.00 0.18 0.90 1.24 0.91 0.16 0.22 1.37 0.61
O2' 0.35 0.34 0.16 0.15 0.70 0.16 1.49 0.56 1.37 1.79 0.51 0.31 1.96 2.14 0.95 0.18 0.22 0.37 1.18 1.21 2.05 1.59
O3' 0.62 0.22 0.39 0.31 1.05 0.43 2.00 1.01 1.88 2.38 0.86 0.19 2.66 2.82 1.33 0.27 0.18 0.69 1.80 1.97 3.00 2.41
O4' 0.14 0.21 0.39 0.54 0.51 0.60 1.32 0.20 1.37 1.44 0.65 0.33 2.01 1.87 0.61 0.42 0.86 0.27 0.61 0.56 1.74 1.05
O5' 0.11 0.50 0.22 0.42 0.43 0.31 1.22 0.22 1.13 1.60 0.29 0.49 1.79 1.94 0.70 0.19 0.87 0.09 0.96 1.01 2.18 1.51
O6 1.93 1.72 1.72 1.86 1.40 2.48 0.84 2.07 0.80 0.70 1.23 1.91 0.41 0.43 1.34 1.91 2.31 2.34 1.12 1.03 0.46 0.61
OP1 0.88 1.28 1.27 1.60 0.49 1.36 0.40 0.88 0.37 0.69 0.54 1.33 1.06 1.08 0.29 1.20 2.17 0.90 0.21 0.23 1.12 0.50
OP2 0.13 1.14 0.28 0.44 0.12 0.31 0.66 0.27 0.41 1.27 0.54 0.97 0.97 1.47 0.40 0.17 0.90 0.11 0.94 1.11 2.20 1.55
P 0.59 1.29 0.88 1.10 0.37 0.94 0.42 0.45 0.30 0.85 0.61 1.24 0.93 1.15 0.11 0.76 1.57 0.60 0.29 0.38 1.49 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.01 0.18 0.17 0.18 0.18
C2 0.02 0.00 0.44 0.31 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.30 0.06 0.07 0.34 0.07
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.24 0.01 0.14 0.23 0.23 0.19 0.36 0.44 0.17 0.08 0.03 0.00 0.04 0.02 0.48 0.42 0.68 0.54
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.32 0.01 0.42 0.02 0.44 0.36 0.39 0.25 0.49 0.44 0.27 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.24 0.32 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.16 0.07 0.07 0.27 0.07
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.08 0.26 0.04 0.11 0.12 0.23 0.10 0.34 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.14 0.42 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.05 0.07 0.17 0.18 0.47 0.19
C5' 0.08 0.13 0.23 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.07 0.22 0.07 0.15 0.13 0.22 0.05 0.10 0.28 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.23 0.44 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.05 0.14 0.18 0.21 0.57 0.22
C8 0.01 0.01 0.19 0.36 0.01 0.26 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.48 0.11 0.18 0.19 0.18 0.29 0.17
N1 0.02 0.00 0.36 0.39 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.24 0.11 0.13 0.49 0.15
N3 0.02 0.00 0.44 0.25 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.33 0.30 0.07 0.09 0.21 0.07
N6 0.01 0.01 0.17 0.49 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.11 0.09 0.26 0.30 0.71 0.31
N7 0.01 0.01 0.08 0.44 0.01 0.23 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.47 0.15 0.09 0.26 0.27 0.52 0.27
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.05 0.06 0.13 0.05
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.10 0.34 0.28 0.10 0.21 0.48 0.06 0.20 0.30 0.47 0.23 0.00 0.07 0.23 0.35 0.26 0.81 0.46
O3' 0.40 0.27 0.04 0.01 0.16 0.01 0.05 0.28 0.05 0.11 0.13 0.33 0.11 0.15 0.13 0.07 0.00 0.26 0.33 0.59 0.31 0.41
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.14 0.18 0.24 0.30 0.09 0.09 0.01 0.23 0.26 0.00 0.05 0.08 0.07 0.04
O5' 0.18 0.06 0.48 0.07 0.07 0.02 0.17 0.01 0.18 0.19 0.11 0.07 0.26 0.26 0.05 0.35 0.33 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.07 0.42 0.11 0.07 0.06 0.18 0.08 0.21 0.18 0.13 0.09 0.30 0.27 0.06 0.26 0.59 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.34 0.68 0.07 0.27 0.03 0.47 0.03 0.57 0.29 0.49 0.21 0.71 0.52 0.13 0.81 0.31 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.07 0.54 0.06 0.07 0.02 0.19 0.02 0.22 0.17 0.15 0.07 0.31 0.27 0.05 0.46 0.41 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00