ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 40, 47, 56, 19, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.109, 0.172, 0.235, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.172 std_dev=0.063
C4 A 0, 0.068, 0.140, 0.212, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.140 std_dev=0.072
N3 A 0, 0.172, 0.277, 0.381, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.277 std_dev=0.105
N9 A 0, 0.069, 0.189, 0.309, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.189 std_dev=0.120
N9 B 0, 0.132, 0.254, 0.377, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.254 std_dev=0.122
C2 A 0, 0.190, 0.321, 0.453, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.321 std_dev=0.131
N1 A 0, 0.173, 0.329, 0.486, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.329 std_dev=0.156
C5 A 0, 0.114, 0.271, 0.428, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.271 std_dev=0.157
C8 A 0, 0.189, 0.349, 0.508, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.349 std_dev=0.159
N3 B 0, 0.100, 0.265, 0.429, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.265 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.150, 0.317, 0.485, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.317 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.202, 0.372, 0.542, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.372 std_dev=0.170
C1' B 0, 0.033, 0.203, 0.374, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.203 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.202, 0.377, 0.552, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.377 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.052, 0.230, 0.408, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.230 std_dev=0.178
C1' A 0, 0.105, 0.296, 0.488, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.296 std_dev=0.192
C6 A 0, 0.167, 0.375, 0.583, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.375 std_dev=0.208
N7 A 0, 0.189, 0.416, 0.644, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.416 std_dev=0.227
N2 A 0, 0.274, 0.507, 0.740, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.507 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.147, 0.402, 0.657, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.402 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.222, 0.517, 0.813, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.517 std_dev=0.296
N6 B 0, 0.276, 0.582, 0.888, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.582 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.156, 0.479, 0.803, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.479 std_dev=0.324
O6 A 0, 0.243, 0.567, 0.892, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.567 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.155, 0.480, 0.806, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.480 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.129, 0.457, 0.785, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.457 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.253, 0.607, 0.961, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.607 std_dev=0.354
O2' A 0, 0.263, 0.626, 0.989, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.626 std_dev=0.363
O4' A 0, 0.087, 0.495, 0.903, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.495 std_dev=0.408
C3' B 0, 0.155, 0.620, 1.084, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.620 std_dev=0.464
C4' B 0, 0.138, 0.632, 1.126, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.632 std_dev=0.494
C4' A 0, 0.156, 0.671, 1.185, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.671 std_dev=0.515
O5' B 0, 0.262, 0.790, 1.319, 3.355 max_d=3.355 avg_d=0.790 std_dev=0.528
C3' A 0, -0.038, 0.544, 1.127, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.544 std_dev=0.583
C5' B 0, 0.247, 0.852, 1.456, 3.469 max_d=3.469 avg_d=0.852 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.242, 0.926, 1.611, 4.126 max_d=4.126 avg_d=0.926 std_dev=0.685
O3' A 0, -0.010, 0.691, 1.392, 3.201 max_d=3.201 avg_d=0.691 std_dev=0.701
C5' A 0, 0.325, 1.117, 1.908, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.117 std_dev=0.792
P B 0, -0.006, 0.823, 1.652, 4.759 max_d=4.759 avg_d=0.823 std_dev=0.829
O5' A 0, 0.268, 1.197, 2.125, 4.528 max_d=4.528 avg_d=1.197 std_dev=0.928
OP2 B 0, 0.234, 1.239, 2.244, 4.750 max_d=4.750 avg_d=1.239 std_dev=1.005
OP1 B 0, 0.270, 1.284, 2.297, 5.623 max_d=5.623 avg_d=1.284 std_dev=1.013
P A 0, 0.116, 1.528, 2.940, 6.567 max_d=6.567 avg_d=1.528 std_dev=1.412
OP1 A 0, -0.009, 1.688, 3.384, 7.753 max_d=7.753 avg_d=1.688 std_dev=1.697
OP2 A 0, 0.037, 1.764, 3.491, 8.040 max_d=8.040 avg_d=1.764 std_dev=1.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.22 0.02 0.31 0.34 0.17
C2 0.03 0.00 0.20 0.18 0.01 0.06 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.22 0.12 0.40 0.01 0.46 0.60 0.37
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.14 0.25 0.20 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.05 0.42 0.21 0.24
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.11 0.15 0.14 0.22 0.17 0.13 0.06 0.02 0.01 0.02 0.36 0.10 0.44 0.12 0.30
C4 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.06 0.44 0.01 0.40 0.63 0.40
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.12 0.07 0.08 0.06 0.12 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.10 0.29 0.28 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.56 0.01 0.48 0.84 0.56
C5' 0.04 0.17 0.03 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.25 0.20 0.16 0.14 0.28 0.15 0.04 0.04 0.01 0.01 0.27 0.15 0.40 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.05 0.57 0.00 0.51 0.89 0.58
C8 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.17 0.09 0.59 0.02 0.47 0.81 0.58
N1 0.02 0.01 0.14 0.14 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.16 0.09 0.49 0.01 0.48 0.76 0.48
N2 0.03 0.01 0.25 0.22 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.29 0.16 0.35 0.01 0.51 0.53 0.32
N3 0.03 0.00 0.20 0.17 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.20 0.12 0.35 0.01 0.44 0.52 0.31
N7 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.06 0.64 0.02 0.56 0.97 0.68
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.43 0.02 0.35 0.58 0.37
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.12 0.05 0.10 0.04 0.13 0.09 0.20 0.29 0.23 0.08 0.04 0.00 0.03 0.06 0.09 0.12 0.49 0.28 0.24
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.09 0.03 0.07 0.04 0.09 0.17 0.16 0.29 0.20 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.33 0.08 0.47 0.31 0.36
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.16 0.12 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.18 0.05 0.24 0.39 0.15
O5' 0.22 0.40 0.26 0.36 0.44 0.02 0.56 0.01 0.57 0.59 0.49 0.35 0.35 0.64 0.43 0.09 0.33 0.18 0.00 0.61 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.08 0.05 0.61 0.00 0.57 1.01 0.66
OP1 0.31 0.46 0.42 0.44 0.40 0.29 0.48 0.15 0.51 0.47 0.48 0.51 0.44 0.56 0.35 0.49 0.47 0.24 0.01 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.60 0.21 0.12 0.63 0.28 0.84 0.40 0.89 0.81 0.76 0.53 0.52 0.97 0.58 0.28 0.31 0.39 0.02 1.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.37 0.24 0.30 0.40 0.12 0.56 0.01 0.58 0.58 0.48 0.32 0.31 0.68 0.37 0.24 0.36 0.15 0.00 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.35 0.33 0.31 0.36 0.24 0.46 0.27 0.47 0.50 0.39 0.32 0.61 0.59 0.37 0.34 0.31 0.25 0.35 0.86 0.55 0.50
C2 0.30 0.39 0.24 0.28 0.30 0.29 0.25 0.32 0.29 0.25 0.38 0.36 0.25 0.22 0.28 0.31 0.29 0.37 0.37 0.71 0.53 0.47
C2' 0.43 0.44 0.43 0.44 0.46 0.39 0.55 0.43 0.55 0.59 0.47 0.43 0.66 0.68 0.47 0.43 0.46 0.39 0.48 1.02 0.46 0.62
C3' 0.54 0.47 0.53 0.59 0.53 0.56 0.60 0.61 0.57 0.68 0.50 0.48 0.66 0.73 0.56 0.53 0.62 0.53 0.65 1.21 0.63 0.82
C4 0.25 0.35 0.25 0.30 0.26 0.29 0.24 0.34 0.28 0.22 0.34 0.32 0.32 0.24 0.24 0.30 0.31 0.31 0.40 0.79 0.59 0.53
C4' 0.46 0.40 0.43 0.43 0.46 0.39 0.59 0.45 0.57 0.68 0.47 0.38 0.71 0.75 0.52 0.43 0.45 0.40 0.50 1.10 0.55 0.67
C5 0.35 0.41 0.32 0.38 0.34 0.39 0.29 0.43 0.32 0.29 0.39 0.38 0.30 0.26 0.32 0.37 0.37 0.41 0.48 0.78 0.68 0.59
C5' 0.48 0.44 0.45 0.49 0.48 0.46 0.58 0.54 0.59 0.67 0.52 0.41 0.71 0.72 0.52 0.45 0.52 0.45 0.58 1.20 0.68 0.78
C6 0.45 0.49 0.39 0.42 0.45 0.45 0.43 0.47 0.44 0.44 0.48 0.47 0.41 0.42 0.44 0.45 0.40 0.50 0.51 0.74 0.69 0.59
C8 0.28 0.35 0.29 0.36 0.28 0.35 0.27 0.40 0.31 0.26 0.35 0.33 0.35 0.27 0.27 0.32 0.37 0.33 0.47 0.84 0.71 0.61
N1 0.43 0.49 0.34 0.35 0.44 0.40 0.42 0.41 0.44 0.42 0.49 0.47 0.41 0.40 0.43 0.41 0.33 0.48 0.45 0.71 0.61 0.53
N2 0.29 0.36 0.23 0.23 0.29 0.25 0.24 0.27 0.25 0.26 0.34 0.34 0.18 0.25 0.27 0.24 0.30 0.37 0.22 0.42 0.45 0.19
N3 0.22 0.33 0.25 0.28 0.23 0.24 0.23 0.28 0.28 0.23 0.32 0.30 0.35 0.27 0.21 0.29 0.29 0.27 0.34 0.76 0.50 0.46
N7 0.35 0.39 0.34 0.42 0.33 0.42 0.29 0.46 0.32 0.29 0.38 0.38 0.30 0.26 0.32 0.38 0.42 0.41 0.52 0.82 0.74 0.65
N9 0.25 0.34 0.27 0.31 0.27 0.28 0.30 0.33 0.34 0.30 0.34 0.31 0.42 0.35 0.26 0.30 0.32 0.28 0.40 0.83 0.61 0.55
O2' 0.48 0.41 0.48 0.44 0.52 0.35 0.69 0.38 0.64 0.79 0.48 0.41 0.80 0.91 0.58 0.47 0.43 0.37 0.44 0.96 0.38 0.50
O3' 0.71 0.56 0.69 0.76 0.66 0.74 0.73 0.80 0.67 0.86 0.57 0.59 0.74 0.89 0.73 0.69 0.80 0.72 0.82 1.38 0.75 0.97
O4' 0.40 0.44 0.40 0.35 0.45 0.27 0.56 0.29 0.57 0.60 0.50 0.40 0.70 0.68 0.46 0.41 0.34 0.30 0.37 0.93 0.54 0.53
O5' 0.32 0.41 0.31 0.45 0.32 0.43 0.34 0.56 0.38 0.36 0.42 0.36 0.43 0.38 0.32 0.32 0.54 0.35 0.63 1.16 0.74 0.81
O6 0.56 0.52 0.50 0.49 0.54 0.54 0.54 0.51 0.52 0.58 0.52 0.52 0.51 0.57 0.56 0.51 0.45 0.60 0.49 0.46 0.70 0.45
OP1 0.61 0.94 0.58 0.61 0.75 0.55 0.75 0.59 0.87 0.58 0.97 0.84 0.91 0.64 0.64 0.60 0.68 0.55 0.67 1.09 1.00 0.86
OP2 0.53 0.70 0.57 0.68 0.58 0.59 0.57 0.66 0.63 0.50 0.70 0.65 0.61 0.51 0.53 0.57 0.77 0.53 0.76 1.17 0.96 0.94
P 0.39 0.62 0.38 0.48 0.47 0.43 0.47 0.54 0.56 0.38 0.63 0.54 0.59 0.42 0.40 0.39 0.57 0.38 0.62 1.11 0.86 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.41 0.30 0.11
C2 0.02 0.00 0.37 0.35 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.48 0.18 0.17 0.55 0.35 0.21
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.09 0.06 0.17 0.19 0.29 0.37 0.12 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.14 0.26 0.46 0.18
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.02 0.22 0.26 0.31 0.32 0.21 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.48 0.18
C4 0.01 0.01 0.19 0.20 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.22 0.09 0.17 0.51 0.35 0.20
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.14 0.08 0.09 0.09 0.13 0.05 0.10 0.02 0.00 0.02 0.19 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.17 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.16 0.04 0.23 0.57 0.40 0.28
C5' 0.04 0.10 0.06 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.19 0.11 0.09 0.16 0.20 0.08 0.05 0.07 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.22 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.26 0.08 0.23 0.58 0.41 0.29
C8 0.01 0.01 0.19 0.26 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.28 0.13 0.26 0.62 0.39 0.28
N1 0.02 0.00 0.29 0.31 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.40 0.14 0.21 0.56 0.38 0.26
N3 0.02 0.00 0.37 0.32 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.42 0.18 0.15 0.52 0.33 0.17
N6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.09 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.23 0.06 0.27 0.60 0.45 0.34
N7 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.22 0.08 0.28 0.65 0.43 0.34
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.16 0.49 0.33 0.17
O2' 0.02 0.34 0.00 0.01 0.17 0.10 0.13 0.05 0.17 0.18 0.27 0.33 0.16 0.16 0.07 0.00 0.05 0.07 0.09 0.24 0.45 0.15
O3' 0.05 0.48 0.03 0.01 0.22 0.02 0.16 0.07 0.26 0.28 0.40 0.42 0.23 0.22 0.07 0.05 0.00 0.03 0.12 0.21 0.64 0.26
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.13 0.14 0.18 0.06 0.08 0.01 0.07 0.03 0.00 0.10 0.46 0.17 0.15
O5' 0.10 0.17 0.14 0.08 0.17 0.02 0.23 0.01 0.23 0.26 0.21 0.15 0.27 0.28 0.16 0.09 0.12 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.41 0.55 0.26 0.15 0.51 0.19 0.57 0.11 0.58 0.62 0.56 0.52 0.60 0.65 0.49 0.24 0.21 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.35 0.46 0.48 0.35 0.26 0.40 0.19 0.41 0.39 0.38 0.33 0.45 0.43 0.33 0.45 0.64 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.21 0.18 0.18 0.20 0.06 0.28 0.01 0.29 0.28 0.26 0.17 0.34 0.34 0.17 0.15 0.26 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00