ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 62, 135, 45, 21, 10, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 169,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.097, 0.260, 0.423, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.260 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.081, 0.289, 0.497, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.289 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.099, 0.676, 1.252, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.676 std_dev=0.577
N3 A 0, 0.089, 0.684, 1.278, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.684 std_dev=0.594
N3 B 0, 0.108, 0.705, 1.303, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.705 std_dev=0.598
C5 A 0, 0.147, 0.753, 1.360, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.753 std_dev=0.606
N9 B 0, 0.046, 1.004, 1.961, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.004 std_dev=0.958
N9 A 0, 0.043, 1.006, 1.970, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.006 std_dev=0.964
C6 B 0, 0.004, 0.995, 1.987, 3.004 max_d=3.004 avg_d=0.995 std_dev=0.992
C2 B 0, 0.132, 1.129, 2.126, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.129 std_dev=0.997
C6 A 0, 0.006, 1.102, 2.199, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.102 std_dev=1.097
N6 A 0, 2.364, 3.487, 4.609, 4.351 max_d=4.351 avg_d=3.487 std_dev=1.123
C2 A 0, 0.028, 1.157, 2.285, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.157 std_dev=1.129
N1 B 0, 0.053, 1.228, 2.403, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.228 std_dev=1.175
N7 B 0, 0.168, 1.370, 2.573, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.370 std_dev=1.202
N7 A 0, 0.226, 1.431, 2.636, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.431 std_dev=1.205
N6 B 0, -0.394, 0.889, 2.172, 3.963 max_d=3.963 avg_d=0.889 std_dev=1.283
C8 B 0, 0.152, 1.500, 2.847, 3.462 max_d=3.462 avg_d=1.500 std_dev=1.347
C8 A 0, 0.161, 1.536, 2.911, 3.903 max_d=3.903 avg_d=1.536 std_dev=1.375
N1 A 0, -0.114, 1.279, 2.673, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.279 std_dev=1.394
C2' B 0, 0.186, 1.641, 3.096, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.641 std_dev=1.455
C2' A 0, -0.070, 1.428, 2.925, 3.829 max_d=3.829 avg_d=1.428 std_dev=1.497
C1' B 0, -0.104, 1.440, 2.985, 3.666 max_d=3.666 avg_d=1.440 std_dev=1.544
C1' A 0, -0.097, 1.485, 3.068, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.485 std_dev=1.582
O2' B 0, 0.191, 2.014, 3.837, 4.913 max_d=4.913 avg_d=2.014 std_dev=1.823
C3' B 0, 0.461, 2.368, 4.275, 5.856 max_d=5.856 avg_d=2.368 std_dev=1.907
O2' A 0, -0.120, 1.802, 3.724, 5.010 max_d=5.010 avg_d=1.802 std_dev=1.922
C3' A 0, -0.012, 2.025, 4.062, 5.289 max_d=5.289 avg_d=2.025 std_dev=2.037
O4' B 0, 0.148, 2.215, 4.282, 5.215 max_d=5.215 avg_d=2.215 std_dev=2.067
O3' B 0, 0.767, 2.883, 4.998, 6.646 max_d=6.646 avg_d=2.883 std_dev=2.116
O3' A 0, 0.073, 2.280, 4.487, 5.932 max_d=5.932 avg_d=2.280 std_dev=2.207
O4' A 0, -0.028, 2.295, 4.617, 5.940 max_d=5.940 avg_d=2.295 std_dev=2.322
O5' B 0, 1.159, 3.588, 6.017, 7.208 max_d=7.208 avg_d=3.588 std_dev=2.429
C4' B 0, 0.234, 2.697, 5.161, 6.277 max_d=6.277 avg_d=2.697 std_dev=2.463
OP2 B 0, 2.416, 4.927, 7.438, 8.866 max_d=8.866 avg_d=4.927 std_dev=2.511
C4' A 0, -0.099, 2.600, 5.298, 6.703 max_d=6.703 avg_d=2.600 std_dev=2.698
P B 0, 1.970, 4.672, 7.375, 9.366 max_d=9.366 avg_d=4.672 std_dev=2.702
C5' B 0, 0.776, 3.548, 6.320, 7.644 max_d=7.644 avg_d=3.548 std_dev=2.772
O5' A 0, 0.309, 3.311, 6.313, 7.997 max_d=7.997 avg_d=3.311 std_dev=3.002
C5' A 0, 0.023, 3.293, 6.562, 8.340 max_d=8.340 avg_d=3.293 std_dev=3.270
OP1 B 0, 1.995, 5.372, 8.748, 11.142 max_d=11.142 avg_d=5.372 std_dev=3.376
OP2 A 0, 0.165, 3.716, 7.266, 9.097 max_d=9.097 avg_d=3.716 std_dev=3.551
P A 0, 0.211, 3.883, 7.555, 9.612 max_d=9.612 avg_d=3.883 std_dev=3.672
OP1 A 0, 0.301, 4.384, 8.467, 11.358 max_d=11.358 avg_d=4.384 std_dev=4.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.29 0.18 0.47 0.29
C2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.03 0.10 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.21 0.04 0.53 0.42 0.98 0.59
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.13 0.13 0.07 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.18 0.25 0.26 0.17
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.02 0.16 0.16 0.19 0.14 0.17 0.18 0.10 0.02 0.01 0.01 0.18 0.31 0.18 0.15
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.03 0.59 0.42 1.02 0.62
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09 0.05 0.10 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.15 0.15 0.06
C5 0.01 0.03 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.02 0.75 0.57 1.35 0.83
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.15 0.09 0.19 0.19 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02
C6 0.02 0.07 0.08 0.16 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.03 0.76 0.61 1.42 0.86
C8 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.18 0.04 0.79 0.53 1.27 0.82
N1 0.04 0.02 0.13 0.19 0.03 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.23 0.04 0.67 0.55 1.25 0.76
N3 0.03 0.01 0.13 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.04 0.46 0.35 0.83 0.50
N6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.21 0.03 1.05 0.91 2.03 1.23
N7 0.01 0.03 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.21 0.03 0.86 0.65 1.52 0.95
N9 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.57 0.37 0.91 0.57
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.13 0.14 0.09 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.23 0.15 0.09
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.04 0.20 0.18 0.23 0.17 0.21 0.21 0.10 0.05 0.00 0.02 0.29 0.39 0.37 0.26
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.26 0.15 0.40 0.25
O5' 0.29 0.53 0.18 0.18 0.59 0.02 0.75 0.01 0.76 0.79 0.67 0.46 1.05 0.86 0.57 0.09 0.29 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.42 0.25 0.31 0.42 0.15 0.57 0.15 0.61 0.53 0.55 0.35 0.91 0.65 0.37 0.23 0.39 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.98 0.26 0.18 1.02 0.15 1.35 0.16 1.42 1.27 1.25 0.83 2.03 1.52 0.91 0.15 0.37 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.59 0.17 0.15 0.62 0.06 0.83 0.02 0.86 0.82 0.76 0.50 1.23 0.95 0.57 0.09 0.26 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 1.83 0.20 0.23 1.21 0.44 1.87 0.40 2.61 1.06 2.66 1.08 2.49 1.68 0.71 0.58 0.23 0.44 0.48 0.68 1.06 0.71
C2 1.90 0.30 1.46 1.51 1.04 2.00 0.73 2.03 0.30 1.38 0.38 0.85 0.31 0.99 1.50 1.59 1.36 2.20 1.83 1.77 1.66 1.80
C2' 0.23 1.49 0.21 0.28 1.13 0.32 1.86 0.31 2.53 1.18 2.40 0.84 2.46 1.80 0.73 0.64 0.23 0.34 0.65 0.85 1.32 0.91
C3' 0.25 1.51 0.23 0.22 1.15 0.44 1.97 0.36 2.68 1.24 2.47 0.83 2.67 1.94 0.73 0.86 0.30 0.40 0.63 0.87 1.40 0.95
C4 1.38 0.88 1.17 1.24 0.27 1.73 0.47 1.71 1.16 0.56 1.43 0.24 1.21 0.28 0.75 1.57 1.28 1.74 1.34 1.37 1.10 1.29
C4' 0.33 1.96 0.28 0.37 1.56 0.26 2.38 0.36 3.13 1.60 2.94 1.26 3.06 2.32 1.09 0.55 0.23 0.28 0.86 1.10 1.65 1.19
C5 2.12 0.55 1.95 2.10 0.73 2.63 0.33 2.63 0.72 1.22 1.05 0.54 0.87 0.63 1.40 2.36 2.17 2.57 2.21 2.28 1.85 2.15
C5' 0.27 1.95 0.23 0.26 1.48 0.46 2.33 0.41 3.11 1.49 2.92 1.20 3.08 2.26 0.98 0.81 0.38 0.37 0.70 0.99 1.53 1.06
C6 2.88 0.36 2.63 2.81 1.46 3.37 1.04 3.40 0.35 2.06 0.41 1.15 0.33 1.46 2.19 2.93 2.80 3.35 3.02 3.07 2.67 2.96
C8 1.33 1.21 1.28 1.40 0.35 1.88 0.89 1.84 1.72 0.37 1.93 0.38 1.76 0.60 0.56 1.83 1.58 1.74 1.35 1.47 1.04 1.29
N1 2.83 0.56 2.42 2.54 1.68 3.06 1.32 3.09 0.63 2.19 0.34 1.36 0.38 1.68 2.30 2.56 2.38 3.19 2.84 2.80 2.57 2.79
N3 1.15 0.72 0.83 0.86 0.28 1.32 0.36 1.32 0.91 0.52 1.16 0.23 0.95 0.27 0.67 1.11 0.80 1.45 1.06 1.04 0.94 1.04
N6 2.05 0.31 2.04 2.23 1.08 2.54 0.86 2.57 0.38 1.57 0.24 0.82 0.27 1.18 1.60 2.26 2.32 2.40 2.33 2.45 1.95 2.23
N7 1.98 0.79 1.93 2.11 0.49 2.63 0.36 2.64 1.11 0.97 1.41 0.37 1.23 0.38 1.18 2.43 2.28 2.46 2.13 2.27 1.72 2.07
N9 0.90 1.35 0.79 0.84 0.53 1.29 1.10 1.25 1.88 0.32 2.07 0.54 1.85 0.85 0.28 1.28 0.96 1.25 0.84 0.93 0.76 0.83
O2' 0.67 1.73 0.77 0.96 1.63 0.61 2.38 0.84 2.96 1.82 2.65 1.23 2.79 2.41 1.33 0.33 0.85 0.56 1.36 1.56 2.02 1.62
O3' 0.26 1.42 0.25 0.39 1.28 0.26 2.15 0.43 2.78 1.54 2.41 0.85 2.78 2.23 0.95 0.71 0.26 0.28 0.99 1.26 1.85 1.36
O4' 0.31 2.09 0.27 0.31 1.50 0.38 2.23 0.38 3.00 1.37 2.97 1.33 2.89 2.06 0.98 0.54 0.26 0.36 0.64 0.88 1.31 0.93
O5' 0.54 1.89 0.57 0.58 1.34 0.85 2.12 0.76 2.90 1.27 2.80 1.14 3.05 2.00 0.85 1.12 0.78 0.71 0.67 0.92 1.31 0.94
OP1 0.59 1.80 0.70 0.71 1.28 1.01 2.12 0.89 2.92 1.25 2.76 1.05 3.10 2.04 0.79 1.35 1.00 0.80 0.67 0.97 1.37 0.95
OP2 1.12 1.81 1.21 1.30 1.28 1.60 1.93 1.56 2.68 1.22 2.64 1.14 3.01 1.80 0.98 1.74 1.56 1.38 1.23 1.46 1.41 1.34
P 0.69 1.85 0.77 0.81 1.28 1.12 2.06 1.04 2.86 1.21 2.76 1.10 3.07 1.94 0.81 1.37 1.08 0.92 0.78 1.05 1.29 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.14 0.22 0.26 0.19
C2 0.03 0.00 0.14 0.17 0.01 0.09 0.03 0.18 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.20 0.07 0.31 0.43 0.59 0.40
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06 0.13 0.13 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.20 0.17 0.11
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.03 0.16 0.13 0.18 0.15 0.17 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.13 0.29 0.21 0.15
C4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.04 0.30 0.41 0.56 0.40
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.14 0.04
C5 0.01 0.03 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.03 0.38 0.55 0.73 0.52
C5' 0.03 0.18 0.03 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.20 0.24 0.19 0.16 0.26 0.26 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.02 0.06 0.08 0.16 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.04 0.39 0.57 0.78 0.54
C8 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.13 0.05 0.40 0.55 0.64 0.51
N1 0.04 0.02 0.13 0.18 0.03 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.22 0.05 0.36 0.51 0.71 0.49
N3 0.03 0.01 0.13 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.07 0.27 0.36 0.50 0.34
N6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.20 0.04 0.47 0.76 0.95 0.69
N7 0.01 0.03 0.06 0.15 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.04 0.43 0.64 0.80 0.60
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.28 0.37 0.47 0.36
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.11 0.09 0.06 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.22 0.15 0.07
O3' 0.04 0.20 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.05 0.19 0.13 0.22 0.17 0.20 0.17 0.08 0.05 0.00 0.03 0.16 0.49 0.36 0.25
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.11 0.25 0.23 0.20
O5' 0.14 0.31 0.11 0.13 0.30 0.02 0.38 0.01 0.39 0.40 0.36 0.27 0.47 0.43 0.28 0.06 0.16 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.43 0.20 0.29 0.41 0.12 0.55 0.11 0.57 0.55 0.51 0.36 0.76 0.64 0.37 0.22 0.49 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.59 0.17 0.21 0.56 0.14 0.73 0.21 0.78 0.64 0.71 0.50 0.95 0.80 0.47 0.15 0.36 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.40 0.11 0.15 0.40 0.04 0.52 0.02 0.54 0.51 0.49 0.34 0.69 0.60 0.36 0.07 0.25 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00