ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43679

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 19, 5, 4, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 6, 40, 21, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.052, 0.214, 0.377, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.214 std_dev=0.163
C6 B 0, 0.068, 0.269, 0.470, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.269 std_dev=0.201
C4 A 0, 0.061, 0.297, 0.533, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.297 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.066, 0.350, 0.635, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.350 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.071, 0.381, 0.692, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.381 std_dev=0.310
C5 B 0, 0.119, 0.433, 0.748, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.433 std_dev=0.314
N3 A 0, 0.088, 0.480, 0.872, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.480 std_dev=0.392
C5 A 0, 0.092, 0.523, 0.954, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.523 std_dev=0.431
C6 A 0, 0.092, 0.542, 0.992, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.542 std_dev=0.450
C2 B 0, 0.079, 0.555, 1.031, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.555 std_dev=0.476
N1 B 0, 0.083, 0.599, 1.114, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.599 std_dev=0.515
N9 A 0, 0.094, 0.671, 1.247, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.671 std_dev=0.577
N1 A 0, 0.088, 0.709, 1.330, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.709 std_dev=0.621
C2 A 0, 0.099, 0.747, 1.394, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.747 std_dev=0.647
N6 A 0, 0.151, 0.824, 1.496, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.824 std_dev=0.673
C1' A 0, 0.105, 0.799, 1.492, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.799 std_dev=0.694
N7 B 0, 0.193, 0.930, 1.666, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.930 std_dev=0.737
C3' B 0, 0.093, 0.844, 1.596, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.844 std_dev=0.751
N9 B 0, 0.098, 0.851, 1.605, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.851 std_dev=0.753
O3' B 0, 0.121, 0.900, 1.679, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.900 std_dev=0.779
N7 A 0, 0.155, 1.012, 1.869, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.012 std_dev=0.857
O4' B 0, 0.114, 1.011, 1.908, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.011 std_dev=0.897
C4' B 0, 0.091, 0.990, 1.890, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.990 std_dev=0.899
C2' B 0, 0.078, 0.995, 1.913, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.995 std_dev=0.917
C1' B 0, 0.077, 1.002, 1.926, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.002 std_dev=0.924
C8 A 0, 0.148, 1.080, 2.012, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.080 std_dev=0.932
C5' B 0, 0.123, 1.061, 1.998, 3.464 max_d=3.464 avg_d=1.061 std_dev=0.937
C8 B 0, 0.169, 1.162, 2.156, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.162 std_dev=0.993
O2' B 0, 0.120, 1.261, 2.401, 3.613 max_d=3.613 avg_d=1.261 std_dev=1.140
O4' A 0, 0.146, 1.400, 2.653, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.400 std_dev=1.253
O3' A 0, 0.171, 1.456, 2.741, 3.786 max_d=3.786 avg_d=1.456 std_dev=1.285
C2' A 0, 0.139, 1.523, 2.908, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.523 std_dev=1.384
O2' A 0, 0.216, 1.786, 3.355, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.786 std_dev=1.570
C3' A 0, 0.130, 1.815, 3.500, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.815 std_dev=1.685
O5' B 0, 0.175, 1.884, 3.593, 5.727 max_d=5.727 avg_d=1.884 std_dev=1.709
C4' A 0, 0.146, 1.927, 3.707, 4.243 max_d=4.243 avg_d=1.927 std_dev=1.780
C5' A 0, 0.205, 2.752, 5.298, 6.763 max_d=6.763 avg_d=2.752 std_dev=2.547
P B 0, 0.175, 2.842, 5.508, 8.358 max_d=8.358 avg_d=2.842 std_dev=2.666
O5' A 0, 0.165, 2.853, 5.541, 7.421 max_d=7.421 avg_d=2.853 std_dev=2.688
OP1 B 0, 0.253, 3.520, 6.787, 9.918 max_d=9.918 avg_d=3.520 std_dev=3.267
OP2 B 0, 0.274, 3.843, 7.412, 8.843 max_d=8.843 avg_d=3.843 std_dev=3.569
P A 0, 0.153, 4.142, 8.132, 8.721 max_d=8.721 avg_d=4.142 std_dev=3.990
OP1 A 0, 0.203, 4.428, 8.653, 10.127 max_d=10.127 avg_d=4.428 std_dev=4.225
OP2 A 0, 0.250, 4.891, 9.532, 10.408 max_d=10.408 avg_d=4.891 std_dev=4.641

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.27 0.27 0.28 0.15
C2 0.04 0.00 0.29 0.21 0.01 0.16 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.17 0.17 0.50 0.57 0.69 0.54
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.12 0.15 0.13 0.23 0.28 0.12 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.31 0.49 0.35 0.42
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.14 0.09 0.19 0.19 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.43 0.33 0.45
C4 0.02 0.01 0.15 0.12 0.00 0.10 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.11 0.09 0.39 0.34 0.42 0.25
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.13 0.17 0.15 0.15 0.15 0.16 0.09 0.08 0.03 0.01 0.01 0.24 0.17 0.13
C5 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.12 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.09 0.05 0.40 0.43 0.35 0.19
C5' 0.11 0.39 0.12 0.02 0.31 0.01 0.36 0.00 0.38 0.35 0.39 0.34 0.41 0.38 0.26 0.07 0.07 0.02 0.01 0.32 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.14 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.11 0.08 0.43 0.40 0.43 0.22
C8 0.02 0.02 0.13 0.09 0.01 0.17 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.18 0.10 0.11 0.41 0.84 0.40 0.50
N1 0.03 0.01 0.23 0.19 0.02 0.15 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.14 0.14 0.48 0.49 0.60 0.41
N3 0.04 0.01 0.28 0.19 0.00 0.15 0.01 0.34 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.35 0.17 0.17 0.45 0.49 0.62 0.49
N6 0.03 0.02 0.12 0.12 0.02 0.15 0.02 0.41 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.16 0.10 0.08 0.41 0.39 0.35 0.19
N7 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.16 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.09 0.07 0.40 0.77 0.35 0.43
N9 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.35 0.40 0.31 0.18
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.18 0.08 0.14 0.07 0.20 0.18 0.29 0.35 0.16 0.15 0.08 0.00 0.06 0.06 0.28 0.63 0.41 0.51
O3' 0.12 0.17 0.03 0.01 0.11 0.03 0.09 0.07 0.11 0.10 0.14 0.17 0.10 0.09 0.10 0.06 0.00 0.13 0.08 0.40 0.34 0.45
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.14 0.17 0.08 0.07 0.01 0.06 0.13 0.00 0.22 0.55 0.38 0.25
O5' 0.27 0.50 0.31 0.10 0.39 0.01 0.40 0.01 0.43 0.41 0.48 0.45 0.41 0.40 0.35 0.28 0.08 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.57 0.49 0.43 0.34 0.24 0.43 0.32 0.40 0.84 0.49 0.49 0.39 0.77 0.40 0.63 0.40 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.69 0.35 0.33 0.42 0.17 0.35 0.23 0.43 0.40 0.60 0.62 0.35 0.35 0.31 0.41 0.34 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.54 0.42 0.45 0.25 0.13 0.19 0.02 0.22 0.50 0.41 0.49 0.19 0.43 0.18 0.51 0.45 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.60 0.59 0.64 0.23 0.76 0.32 0.75 0.55 0.39 0.68 0.38 0.62 0.26 0.25 0.83 0.86 0.50 0.37 1.06 0.38 0.51
C2 0.94 0.41 0.88 0.89 0.72 1.02 0.80 1.09 0.64 1.18 0.46 0.51 0.70 1.09 0.94 0.95 0.89 0.97 1.22 2.44 1.52 1.67
C2' 0.25 1.16 0.29 0.35 0.70 0.31 0.72 0.37 0.98 0.31 1.19 0.93 0.97 0.46 0.37 0.50 0.64 0.24 0.68 0.72 1.07 0.91
C3' 0.61 1.65 0.29 0.19 1.21 0.28 1.24 0.55 1.50 0.68 1.68 1.43 1.51 0.93 0.84 0.31 0.32 0.66 1.45 1.32 1.87 1.77
C4 0.87 0.20 0.86 0.87 0.42 1.05 0.42 1.10 0.26 0.92 0.23 0.25 0.29 0.71 0.73 1.02 0.94 0.94 1.00 1.98 1.17 1.37
C4' 0.62 1.77 0.36 0.26 1.37 0.22 1.50 0.41 1.77 0.90 1.89 1.51 1.85 1.23 0.98 0.40 0.30 0.61 1.23 0.86 1.34 1.24
C5 1.02 0.23 0.96 0.94 0.52 1.18 0.49 1.21 0.29 1.04 0.24 0.35 0.27 0.80 0.86 1.14 0.99 1.11 1.15 1.99 1.51 1.57
C5' 1.07 2.57 0.75 0.58 2.02 0.48 2.17 0.53 2.53 1.38 2.71 2.22 2.63 1.79 1.50 0.60 0.31 0.99 1.41 1.08 1.28 1.26
C6 1.11 0.33 1.01 0.98 0.71 1.21 0.71 1.25 0.48 1.22 0.31 0.51 0.47 1.03 1.01 1.15 0.98 1.19 1.32 2.26 1.82 1.80
C8 0.88 0.54 0.90 0.88 0.30 1.13 0.31 1.10 0.52 0.71 0.66 0.34 0.61 0.43 0.60 1.16 1.01 0.98 0.77 1.31 0.94 1.03
N1 1.07 0.45 0.97 0.95 0.80 1.13 0.86 1.19 0.67 1.28 0.48 0.59 0.71 1.16 1.04 1.06 0.93 1.12 1.35 2.45 1.81 1.84
N3 0.82 0.26 0.81 0.84 0.53 0.95 0.59 1.02 0.43 1.00 0.29 0.34 0.48 0.87 0.77 0.90 0.88 0.85 1.04 2.23 1.15 1.41
N6 1.22 0.39 1.08 1.03 0.79 1.29 0.77 1.31 0.51 1.30 0.34 0.59 0.49 1.09 1.10 1.24 1.00 1.30 1.40 2.24 2.03 1.91
N7 1.04 0.38 0.99 0.95 0.42 1.22 0.36 1.21 0.36 0.92 0.47 0.33 0.41 0.62 0.79 1.23 1.03 1.14 1.02 1.62 1.37 1.38
N9 0.75 0.41 0.79 0.81 0.22 1.00 0.23 1.02 0.36 0.67 0.49 0.23 0.44 0.42 0.52 1.01 0.95 0.82 0.72 1.49 0.74 0.97
O2' 0.41 0.84 0.54 0.61 0.50 0.49 0.49 0.51 0.63 0.54 0.81 0.69 0.52 0.48 0.41 0.64 0.85 0.38 0.59 0.81 1.16 0.90
O3' 0.52 1.25 0.24 0.26 0.94 0.38 0.95 0.75 1.12 0.57 1.26 1.10 1.12 0.74 0.69 0.27 0.39 0.65 1.58 1.44 2.42 2.18
O4' 0.33 0.96 0.46 0.47 0.59 0.67 0.76 0.58 1.03 0.26 1.11 0.70 1.16 0.56 0.27 0.80 0.74 0.38 0.30 0.62 0.38 0.33
O5' 0.92 2.55 0.64 0.42 1.88 0.34 2.02 0.32 2.45 1.15 2.69 2.15 2.56 1.58 1.32 0.58 0.33 0.80 1.18 0.98 1.07 1.07
OP1 1.37 3.38 1.07 0.76 2.59 0.57 2.85 0.43 3.42 1.79 3.65 2.86 3.65 2.37 1.91 0.90 0.48 1.13 1.03 0.50 0.66 0.68
OP2 1.73 4.08 1.26 0.94 3.15 0.83 3.40 0.76 4.03 2.21 4.35 3.48 4.23 2.83 2.37 0.90 0.39 1.53 1.64 1.31 1.33 1.37
P 1.24 3.29 0.85 0.54 2.46 0.44 2.68 0.36 3.25 1.61 3.52 2.77 3.43 2.17 1.77 0.68 0.35 1.05 1.17 0.82 0.94 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.19 0.40 0.32
C2 0.03 0.00 0.41 0.29 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.40 0.31 0.16 0.41 0.85 0.24
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.23 0.01 0.13 0.02 0.22 0.17 0.34 0.39 0.18 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.35 0.36 0.19 0.28
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.19 0.01 0.18 0.02 0.23 0.08 0.28 0.25 0.23 0.11 0.09 0.02 0.01 0.03 0.43 0.57 0.15 0.30
C4 0.02 0.01 0.23 0.19 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.16 0.44 0.31 1.13 0.63
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.21 0.07 0.13 0.08 0.18 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.15 0.43 0.07
C5 0.01 0.01 0.13 0.18 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.07 0.76 0.75 1.74 1.08
C5' 0.04 0.20 0.02 0.02 0.09 0.01 0.18 0.00 0.13 0.42 0.13 0.19 0.19 0.37 0.16 0.06 0.05 0.02 0.01 0.37 0.44 0.02
C6 0.02 0.02 0.22 0.23 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.30 0.14 0.63 0.59 1.74 0.97
C8 0.02 0.01 0.17 0.08 0.01 0.21 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.09 0.19 1.22 1.28 1.91 1.50
N1 0.03 0.01 0.34 0.28 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.38 0.25 0.33 0.25 1.30 0.57
N3 0.03 0.01 0.39 0.25 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.35 0.31 0.14 0.39 0.66 0.18
N6 0.02 0.01 0.18 0.23 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.28 0.10 0.82 0.89 2.14 1.26
N7 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.18 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.10 0.10 1.19 1.34 2.25 1.60
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.65 0.56 1.12 0.81
O2' 0.02 0.39 0.01 0.02 0.17 0.06 0.09 0.06 0.18 0.17 0.31 0.36 0.14 0.10 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.22 0.45 0.13
O3' 0.02 0.40 0.02 0.01 0.23 0.02 0.21 0.05 0.30 0.09 0.38 0.35 0.28 0.10 0.08 0.04 0.00 0.02 0.27 0.54 0.59 0.11
O4' 0.01 0.31 0.01 0.03 0.16 0.00 0.07 0.02 0.14 0.19 0.25 0.31 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.15 0.22 0.16
O5' 0.28 0.16 0.35 0.43 0.44 0.02 0.76 0.01 0.63 1.22 0.33 0.14 0.82 1.19 0.65 0.08 0.27 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.41 0.36 0.57 0.31 0.15 0.75 0.37 0.59 1.28 0.25 0.39 0.89 1.34 0.56 0.22 0.54 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.85 0.19 0.15 1.13 0.43 1.74 0.44 1.74 1.91 1.30 0.66 2.14 2.25 1.12 0.45 0.59 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.24 0.28 0.30 0.63 0.07 1.08 0.02 0.97 1.50 0.57 0.18 1.26 1.60 0.81 0.13 0.11 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00