ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

52, 11, 6, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 11, 1, 1, 10, 9, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.015, 0.186, 0.386, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.186 std_dev=0.201
C4 B 0, -0.027, 0.192, 0.412, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.192 std_dev=0.219
N1 B 0, -0.003, 0.230, 0.463, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.230 std_dev=0.233
N1 A 0, -0.023, 0.299, 0.621, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.299 std_dev=0.322
N9 A 0, -0.031, 0.305, 0.642, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.305 std_dev=0.337
N9 B 0, -0.048, 0.306, 0.659, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.306 std_dev=0.353
C2 A 0, -0.056, 0.356, 0.769, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.356 std_dev=0.413
O5' A 0, -0.013, 0.430, 0.872, 3.166 max_d=3.166 avg_d=0.430 std_dev=0.442
C8 A 0, -0.069, 0.398, 0.865, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.398 std_dev=0.467
C5 A 0, -0.157, 0.330, 0.818, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.330 std_dev=0.487
C2 B 0, -0.079, 0.470, 1.019, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.470 std_dev=0.549
N3 A 0, -0.127, 0.441, 1.009, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.441 std_dev=0.568
P A 0, -0.071, 0.601, 1.273, 3.822 max_d=3.822 avg_d=0.601 std_dev=0.672
C6 A 0, -0.196, 0.491, 1.179, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.491 std_dev=0.687
C5' B 0, -0.040, 0.654, 1.348, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.654 std_dev=0.694
N3 B 0, -0.135, 0.562, 1.259, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.562 std_dev=0.697
C5 B 0, -0.174, 0.569, 1.312, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.569 std_dev=0.743
C1' B 0, -0.154, 0.618, 1.390, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.618 std_dev=0.772
C5' A 0, -0.110, 0.675, 1.459, 3.333 max_d=3.333 avg_d=0.675 std_dev=0.785
N2 A 0, -0.167, 0.630, 1.426, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.630 std_dev=0.797
N7 A 0, -0.262, 0.541, 1.344, 2.661 max_d=2.661 avg_d=0.541 std_dev=0.803
C1' A 0, -0.169, 0.639, 1.447, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.639 std_dev=0.808
C3' B 0, -0.107, 0.727, 1.560, 2.570 max_d=2.570 avg_d=0.727 std_dev=0.834
O5' B 0, -0.158, 0.684, 1.526, 3.050 max_d=3.050 avg_d=0.684 std_dev=0.842
C6 B 0, -0.193, 0.662, 1.517, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.662 std_dev=0.855
C4' B 0, -0.177, 0.679, 1.536, 2.959 max_d=2.959 avg_d=0.679 std_dev=0.857
C8 B 0, -0.190, 0.706, 1.602, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.706 std_dev=0.896
O4' A 0, -0.182, 0.729, 1.640, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.729 std_dev=0.911
O4' B 0, -0.178, 0.790, 1.758, 2.952 max_d=2.952 avg_d=0.790 std_dev=0.968
C4' A 0, -0.226, 0.790, 1.806, 3.130 max_d=3.130 avg_d=0.790 std_dev=1.016
C2' B 0, -0.150, 0.867, 1.884, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.867 std_dev=1.017
OP1 A 0, -0.196, 0.833, 1.861, 4.569 max_d=4.569 avg_d=0.833 std_dev=1.028
C3' A 0, -0.239, 0.807, 1.854, 2.942 max_d=2.942 avg_d=0.807 std_dev=1.047
C2' A 0, -0.249, 0.826, 1.900, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.826 std_dev=1.074
N2 B 0, -0.223, 0.900, 2.023, 3.084 max_d=3.084 avg_d=0.900 std_dev=1.123
O6 A 0, -0.366, 0.832, 2.031, 3.466 max_d=3.466 avg_d=0.832 std_dev=1.199
OP2 A 0, -0.190, 1.044, 2.277, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.044 std_dev=1.233
N7 B 0, -0.297, 0.980, 2.258, 3.300 max_d=3.300 avg_d=0.980 std_dev=1.278
OP1 B 0, -0.298, 0.995, 2.289, 4.504 max_d=4.504 avg_d=0.995 std_dev=1.294
O3' B 0, -0.172, 1.230, 2.632, 3.893 max_d=3.893 avg_d=1.230 std_dev=1.402
O6 B 0, -0.363, 1.100, 2.563, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.100 std_dev=1.463
P B 0, -0.339, 1.160, 2.659, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.160 std_dev=1.499
O3' A 0, -0.401, 1.177, 2.755, 4.259 max_d=4.259 avg_d=1.177 std_dev=1.578
O2' A 0, -0.386, 1.197, 2.780, 4.415 max_d=4.415 avg_d=1.197 std_dev=1.583
O2' B 0, -0.268, 1.440, 3.149, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.440 std_dev=1.708
OP2 B 0, -0.495, 1.642, 3.780, 6.387 max_d=6.387 avg_d=1.642 std_dev=2.138

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.28 0.13 0.10
C2 0.04 0.00 0.13 0.18 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.04 0.22 0.01 0.61 0.49 0.26
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.15 0.12 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.13 0.09 0.05
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.15 0.08 0.18 0.20 0.16 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.11 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.21 0.01 0.59 0.44 0.24
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.11 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.26 0.01 0.73 0.61 0.31
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.11 0.09 0.18 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.19 0.25 0.32 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.02 0.28 0.01 0.79 0.69 0.34
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.23 0.03 0.64 0.45 0.26
N1 0.03 0.00 0.11 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.22 0.03 0.26 0.01 0.72 0.62 0.31
N2 0.05 0.01 0.15 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.25 0.05 0.21 0.02 0.58 0.47 0.25
N3 0.04 0.01 0.12 0.16 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04 0.19 0.01 0.53 0.40 0.22
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.27 0.03 0.78 0.65 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.18 0.02 0.50 0.32 0.20
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.11 0.14 0.11 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.03 0.18 0.09 0.22 0.25 0.18 0.11 0.06 0.04 0.00 0.02 0.10 0.19 0.28 0.13 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.09 0.03 0.21 0.18 0.09
O5' 0.09 0.22 0.05 0.06 0.21 0.02 0.26 0.01 0.28 0.23 0.26 0.21 0.19 0.27 0.18 0.06 0.10 0.09 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.19 0.03 0.30 0.00 0.86 0.79 0.38
OP1 0.28 0.61 0.13 0.11 0.59 0.11 0.73 0.25 0.79 0.64 0.72 0.58 0.53 0.78 0.50 0.09 0.28 0.21 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.49 0.09 0.08 0.44 0.21 0.61 0.32 0.69 0.45 0.62 0.47 0.40 0.65 0.32 0.11 0.13 0.18 0.02 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.26 0.05 0.06 0.24 0.02 0.31 0.01 0.34 0.26 0.31 0.25 0.22 0.33 0.20 0.06 0.11 0.09 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.47 0.37 0.77 0.65 0.43 0.49 0.57 0.88 0.49 0.84 0.34 0.52 0.38 0.82 0.56 1.22 1.40 1.00 0.81 0.58 0.82 0.99 1.10
C2 0.65 0.44 0.27 0.26 0.53 0.62 0.56 0.87 0.49 0.71 0.43 0.44 0.48 0.67 0.62 0.41 0.88 1.05 0.65 0.51 0.62 0.65 0.84
C2' 1.10 0.59 0.16 0.27 0.97 1.12 1.11 1.46 0.98 1.42 0.73 0.39 0.67 1.37 1.18 0.37 0.68 1.70 1.34 1.05 1.25 1.40 1.54
C3' 1.02 0.61 0.25 0.30 1.04 0.94 1.27 1.30 1.16 1.55 0.84 0.30 0.66 1.56 1.23 0.63 0.77 1.56 1.32 1.27 1.22 1.51 1.55
C4 0.37 0.30 0.66 0.67 0.36 0.34 0.45 0.61 0.40 0.61 0.30 0.37 0.31 0.61 0.44 0.94 1.38 0.77 0.51 0.47 0.50 0.64 0.75
C4' 0.38 0.27 0.76 0.53 0.48 0.44 0.81 0.92 0.71 1.15 0.36 0.55 0.25 1.19 0.68 1.44 1.22 0.99 1.02 0.89 1.04 1.36 1.36
C5 0.26 0.27 0.84 0.89 0.25 0.35 0.34 0.42 0.31 0.45 0.24 0.36 0.28 0.48 0.29 1.13 1.57 0.49 0.39 0.39 0.46 0.52 0.58
C5' 0.24 0.39 1.08 0.81 0.26 0.34 0.68 0.59 0.63 0.95 0.25 0.79 0.42 1.09 0.40 1.84 1.43 0.54 0.80 0.87 0.88 1.29 1.19
C6 0.25 0.24 0.70 0.79 0.26 0.29 0.33 0.38 0.31 0.42 0.24 0.29 0.25 0.44 0.30 0.91 1.43 0.51 0.33 0.37 0.41 0.43 0.49
C8 0.41 0.43 1.18 1.16 0.28 0.59 0.32 0.51 0.29 0.46 0.27 0.61 0.46 0.51 0.29 1.64 1.85 0.41 0.52 0.40 0.64 0.72 0.74
N1 0.44 0.33 0.42 0.49 0.40 0.35 0.44 0.56 0.40 0.55 0.34 0.34 0.35 0.54 0.45 0.56 1.11 0.78 0.40 0.43 0.37 0.45 0.58
N2 0.88 0.60 0.26 0.17 0.69 0.92 0.66 1.16 0.58 0.83 0.55 0.61 0.66 0.75 0.79 0.38 0.52 1.29 0.88 0.56 0.90 0.82 1.05
N3 0.65 0.42 0.34 0.31 0.53 0.64 0.58 0.94 0.51 0.77 0.42 0.43 0.46 0.72 0.64 0.54 0.98 1.10 0.74 0.54 0.72 0.77 0.96
N7 0.40 0.39 1.14 1.17 0.27 0.63 0.28 0.52 0.26 0.39 0.25 0.53 0.42 0.43 0.28 1.52 1.84 0.36 0.51 0.35 0.66 0.64 0.67
N9 0.32 0.33 0.88 0.84 0.32 0.35 0.44 0.59 0.39 0.62 0.28 0.47 0.33 0.64 0.39 1.28 1.58 0.69 0.55 0.48 0.58 0.75 0.83
O2' 1.51 0.76 0.51 0.69 1.19 1.68 1.27 2.00 1.08 1.68 0.84 0.59 0.90 1.55 1.47 0.31 0.44 2.19 1.79 1.11 1.68 1.72 1.93
O3' 1.68 1.17 0.77 0.85 1.66 1.50 1.85 1.76 1.70 2.12 1.39 0.77 1.27 2.10 1.86 0.53 0.64 2.14 1.78 1.78 1.61 1.90 1.93
O4' 0.46 0.60 1.28 1.06 0.38 0.47 0.44 0.64 0.38 0.69 0.39 0.87 0.62 0.72 0.41 1.91 1.75 0.67 0.69 0.49 0.76 1.00 1.03
O5' 0.30 0.36 1.17 0.99 0.18 0.48 0.57 0.41 0.57 0.74 0.26 0.69 0.40 0.91 0.25 1.87 1.63 0.32 0.58 0.80 0.69 1.06 0.95
O6 0.23 0.21 0.80 0.91 0.20 0.41 0.27 0.39 0.25 0.34 0.19 0.29 0.22 0.37 0.23 1.00 1.54 0.37 0.38 0.32 0.54 0.44 0.47
OP1 0.54 0.85 1.24 0.98 0.39 0.63 0.60 0.59 0.70 0.67 0.65 1.26 0.83 0.90 0.23 1.95 1.50 0.28 0.73 0.93 1.08 1.31 1.20
OP2 0.67 0.50 1.30 1.27 0.58 0.97 0.89 0.86 0.92 1.00 0.62 0.61 0.56 1.20 0.62 1.93 1.84 0.65 0.98 1.19 1.13 1.47 1.28
P 0.69 0.62 1.46 1.28 0.24 0.88 0.35 0.57 0.39 0.50 0.27 0.98 0.71 0.70 0.21 2.16 1.85 0.42 0.57 0.66 0.77 1.03 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07
C2 0.04 0.00 0.16 0.17 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.23 0.04 0.09 0.02 0.13 0.14 0.10
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.05 0.14 0.18 0.15 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.13 0.09 0.16 0.18 0.15 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.11 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.02 0.10 0.12 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.08 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02 0.11 0.01 0.12 0.16 0.13
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.07 0.06 0.05 0.11 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.01
C6 0.03 0.03 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.17 0.03 0.12 0.01 0.14 0.18 0.14
C8 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.11 0.02 0.11 0.14 0.12
N1 0.04 0.01 0.14 0.16 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.04 0.11 0.01 0.14 0.16 0.12
N2 0.04 0.01 0.18 0.18 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.26 0.05 0.09 0.02 0.13 0.12 0.09
N3 0.04 0.01 0.15 0.15 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.04 0.08 0.02 0.11 0.12 0.08
N7 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.12 0.02 0.14 0.17 0.15
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.05 0.09 0.05 0.12 0.04 0.16 0.20 0.15 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.12 0.10 0.07 0.05
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.13 0.03 0.12 0.05 0.17 0.10 0.21 0.26 0.19 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.18 0.17 0.14 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.03 0.10 0.11 0.10
O5' 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.05 0.13 0.09 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.13 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.18 0.03 0.13 0.00 0.16 0.19 0.16
OP1 0.07 0.13 0.09 0.11 0.10 0.07 0.12 0.07 0.14 0.11 0.14 0.13 0.11 0.14 0.08 0.10 0.17 0.10 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.14 0.09 0.09 0.12 0.03 0.16 0.02 0.18 0.14 0.16 0.12 0.12 0.17 0.10 0.07 0.14 0.11 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.05 0.08 0.09 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.05 0.13 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00