ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43688

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 13, 7, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 52,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.057, 0.160, 0.262, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.160 std_dev=0.102
C4 A 0, 0.034, 0.150, 0.267, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.150 std_dev=0.117
N9 A 0, 0.040, 0.164, 0.288, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.164 std_dev=0.124
N9 B 0, 0.050, 0.187, 0.323, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.187 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.138, 0.578, 1.017, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.578 std_dev=0.439
C5' A 0, 0.013, 0.521, 1.029, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.521 std_dev=0.508
N1 A 0, 0.086, 0.621, 1.156, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.621 std_dev=0.535
C2 A 0, 0.070, 0.610, 1.149, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.610 std_dev=0.539
N1 B 0, 0.074, 0.678, 1.282, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.678 std_dev=0.604
O4' A 0, 0.103, 0.796, 1.489, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.796 std_dev=0.693
C5' B 0, 0.316, 1.032, 1.748, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.032 std_dev=0.716
N3 B 0, 0.107, 0.911, 1.714, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.911 std_dev=0.803
N3 A 0, 0.025, 0.859, 1.693, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.859 std_dev=0.834
C1' A 0, 0.056, 0.931, 1.806, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.931 std_dev=0.875
O5' B 0, 0.402, 1.339, 2.275, 3.010 max_d=3.010 avg_d=1.339 std_dev=0.936
C4' A 0, 0.083, 1.049, 2.015, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.049 std_dev=0.966
C1' B 0, 0.059, 1.093, 2.127, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.093 std_dev=1.034
C8 B 0, 0.187, 1.238, 2.288, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.238 std_dev=1.051
C5 B 0, 0.065, 1.251, 2.436, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.251 std_dev=1.185
O5' A 0, 0.159, 1.354, 2.549, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.354 std_dev=1.195
C5 A 0, 0.008, 1.220, 2.433, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.220 std_dev=1.213
C8 A 0, 0.040, 1.255, 2.470, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.255 std_dev=1.215
O4' B 0, 0.190, 1.423, 2.657, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.423 std_dev=1.233
C6 A 0, 0.020, 1.452, 2.883, 3.200 max_d=3.200 avg_d=1.452 std_dev=1.432
C6 B 0, 0.013, 1.507, 3.001, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.507 std_dev=1.494
C4' B 0, 0.148, 1.704, 3.259, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.704 std_dev=1.555
C2' B 0, 0.094, 1.814, 3.533, 3.767 max_d=3.767 avg_d=1.814 std_dev=1.720
C3' A 0, 0.060, 1.805, 3.550, 5.385 max_d=5.385 avg_d=1.805 std_dev=1.745
P B 0, 0.291, 2.061, 3.831, 5.023 max_d=5.023 avg_d=2.061 std_dev=1.770
C2' A 0, 0.051, 1.854, 3.657, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.854 std_dev=1.803
N7 B 0, 0.165, 1.973, 3.782, 4.250 max_d=4.250 avg_d=1.973 std_dev=1.809
N7 A 0, 0.003, 1.930, 3.857, 4.359 max_d=4.359 avg_d=1.930 std_dev=1.927
OP1 A 0, 0.230, 2.316, 4.403, 4.911 max_d=4.911 avg_d=2.316 std_dev=2.086
P A 0, 0.176, 2.360, 4.544, 5.444 max_d=5.444 avg_d=2.360 std_dev=2.184
C3' B 0, 0.110, 2.341, 4.573, 5.009 max_d=5.009 avg_d=2.341 std_dev=2.232
O2' B 0, 0.155, 2.418, 4.680, 5.069 max_d=5.069 avg_d=2.418 std_dev=2.263
OP2 B 0, 0.455, 2.799, 5.144, 6.275 max_d=6.275 avg_d=2.799 std_dev=2.345
N6 A 0, -0.077, 2.404, 4.885, 5.409 max_d=5.409 avg_d=2.404 std_dev=2.481
OP1 B 0, 0.370, 2.906, 5.441, 6.802 max_d=6.802 avg_d=2.906 std_dev=2.535
N6 B 0, 0.043, 2.607, 5.171, 5.592 max_d=5.592 avg_d=2.607 std_dev=2.564
O2' A 0, 0.051, 2.775, 5.499, 5.982 max_d=5.982 avg_d=2.775 std_dev=2.724
O3' A 0, 0.046, 2.796, 5.546, 7.943 max_d=7.943 avg_d=2.796 std_dev=2.750
OP2 A 0, 0.153, 3.461, 6.768, 7.571 max_d=7.571 avg_d=3.461 std_dev=3.308
O3' B 0, 0.039, 3.555, 7.071, 7.616 max_d=7.616 avg_d=3.555 std_dev=3.516

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.11 0.23 0.11
C2 0.03 0.00 0.17 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.27 0.06 0.17 0.17 0.34 0.25
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.12 0.17 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.14 0.31 0.15
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.12 0.20 0.15 0.18 0.09 0.17 0.08 0.02 0.01 0.01 0.17 0.12 0.21 0.13
C4 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.04 0.18 0.18 0.33 0.25
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.03 0.25 0.26 0.42 0.35
C5' 0.03 0.14 0.05 0.03 0.13 0.00 0.18 0.00 0.18 0.20 0.16 0.12 0.19 0.22 0.11 0.05 0.06 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02
C6 0.02 0.03 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.04 0.26 0.27 0.45 0.37
C8 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.19 0.03 0.28 0.28 0.38 0.33
N1 0.03 0.01 0.12 0.15 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.05 0.22 0.22 0.40 0.32
N3 0.03 0.01 0.17 0.18 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.06 0.14 0.15 0.30 0.21
N6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.10 0.04 0.27 0.33 0.50 0.42
N7 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.16 0.03 0.31 0.34 0.46 0.41
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.17 0.17 0.30 0.22
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.09 0.13 0.05 0.15 0.09 0.19 0.19 0.07 0.11 0.07 0.00 0.05 0.07 0.07 0.15 0.27 0.10
O3' 0.09 0.27 0.02 0.01 0.11 0.02 0.08 0.06 0.11 0.19 0.20 0.26 0.10 0.16 0.06 0.05 0.00 0.06 0.20 0.22 0.24 0.17
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.09 0.12 0.21 0.12
O5' 0.07 0.17 0.11 0.17 0.18 0.01 0.25 0.01 0.26 0.28 0.22 0.14 0.27 0.31 0.17 0.07 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.17 0.14 0.12 0.18 0.12 0.26 0.08 0.27 0.28 0.22 0.15 0.33 0.34 0.17 0.15 0.22 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.34 0.31 0.21 0.33 0.12 0.42 0.09 0.45 0.38 0.40 0.30 0.50 0.46 0.30 0.27 0.24 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.15 0.13 0.25 0.05 0.35 0.02 0.37 0.33 0.32 0.21 0.42 0.41 0.22 0.10 0.17 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.39 0.43 0.34 0.66 0.34 1.44 0.38 1.80 1.20 1.23 0.21 2.65 1.73 0.59 0.45 0.62 0.48 0.97 1.02 1.58 1.22
C2 0.45 0.17 0.34 0.40 0.56 0.67 1.67 0.42 2.06 1.40 1.17 0.37 3.22 2.15 0.50 0.92 1.31 0.70 0.84 0.94 1.76 1.25
C2' 0.26 0.60 0.51 0.35 0.79 0.39 1.55 0.38 1.93 1.26 1.42 0.33 2.74 1.79 0.68 0.46 0.72 0.48 0.85 0.88 1.47 1.09
C3' 0.41 0.37 0.40 0.34 0.49 0.62 1.12 0.55 1.44 0.90 0.98 0.34 2.19 1.37 0.42 0.57 0.83 0.73 0.62 0.70 1.21 0.86
C4 0.81 0.60 0.54 0.54 0.19 0.91 0.91 0.65 1.25 0.74 0.48 0.85 2.30 1.34 0.21 1.14 1.33 1.04 0.49 0.64 1.31 0.86
C4' 0.29 0.37 0.47 0.40 0.55 0.39 1.17 0.41 1.46 0.98 1.00 0.28 2.18 1.42 0.49 0.44 0.54 0.55 0.87 0.94 1.41 1.08
C5 1.64 1.70 1.34 1.24 1.08 1.62 0.21 1.29 0.23 0.27 0.72 1.89 1.25 0.49 1.02 1.95 1.98 1.80 0.24 0.34 0.82 0.38
C5' 0.50 0.37 0.30 0.27 0.25 0.57 0.70 0.51 0.91 0.59 0.47 0.51 1.57 0.97 0.25 0.60 0.65 0.79 0.65 0.76 1.17 0.86
C6 1.99 2.02 1.72 1.60 1.38 1.94 0.35 1.52 0.17 0.40 0.96 2.26 1.14 0.39 1.30 2.33 2.38 2.10 0.43 0.40 0.76 0.33
C8 1.42 1.51 1.06 0.96 0.96 1.40 0.24 1.17 0.20 0.28 0.69 1.63 1.02 0.38 0.90 1.66 1.63 1.61 0.19 0.33 0.77 0.38
N1 1.34 1.11 1.16 1.15 0.54 1.43 0.67 0.98 0.99 0.55 0.19 1.43 2.17 1.27 0.54 1.79 2.04 1.51 0.22 0.47 1.24 0.69
N3 0.25 0.37 0.29 0.24 0.78 0.43 1.79 0.37 2.22 1.49 1.43 0.17 3.31 2.18 0.69 0.62 0.95 0.51 0.99 1.06 1.80 1.34
N6 2.89 3.08 2.59 2.38 2.42 2.73 1.38 2.29 1.14 1.32 2.04 3.29 0.20 0.72 2.27 3.16 3.07 2.94 1.15 0.89 0.54 0.68
N7 1.98 2.23 1.63 1.46 1.58 1.89 0.75 1.60 0.57 0.72 1.38 2.32 0.47 0.29 1.46 2.23 2.12 2.12 0.54 0.46 0.59 0.35
N9 0.74 0.57 0.44 0.43 0.20 0.83 0.79 0.64 1.10 0.64 0.43 0.79 2.05 1.18 0.22 1.01 1.15 1.00 0.50 0.64 1.23 0.82
O2' 0.73 1.38 1.07 0.80 1.48 0.44 2.20 0.62 2.62 1.85 2.20 1.01 3.36 2.38 1.31 0.73 0.43 0.46 1.32 1.29 1.87 1.53
O3' 0.53 0.72 0.66 0.54 0.80 0.66 1.38 0.65 1.70 1.13 1.32 0.56 2.39 1.57 0.71 0.64 0.83 0.72 0.76 0.83 1.30 0.97
O4' 0.25 0.25 0.41 0.38 0.51 0.32 1.19 0.38 1.49 1.01 0.95 0.23 2.26 1.47 0.47 0.43 0.50 0.50 0.97 1.04 1.53 1.20
O5' 0.98 1.00 0.54 0.48 0.61 1.01 0.26 0.90 0.35 0.25 0.43 1.10 0.97 0.48 0.58 1.07 1.07 1.25 0.33 0.49 0.87 0.54
OP1 1.20 1.27 0.72 0.61 0.92 1.21 0.48 1.16 0.42 0.48 0.80 1.34 0.51 0.34 0.87 1.22 1.13 1.48 0.34 0.44 0.69 0.42
OP2 1.86 2.17 1.43 1.24 1.67 1.78 1.18 1.68 1.14 1.07 1.69 2.16 0.66 0.82 1.55 1.96 1.74 2.05 0.76 0.74 0.75 0.67
P 1.30 1.47 0.84 0.69 1.03 1.25 0.56 1.16 0.50 0.51 0.96 1.51 0.48 0.36 0.96 1.38 1.22 1.53 0.38 0.50 0.75 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.01 0.24 0.50 0.63 0.30
C2 0.03 0.00 0.47 0.47 0.01 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.21 0.44 0.33 0.50 0.23
C2' 0.00 0.47 0.00 0.00 0.24 0.01 0.10 0.31 0.20 0.25 0.36 0.48 0.13 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01 0.38 0.99 1.04 0.77
C3' 0.01 0.47 0.00 0.00 0.36 0.01 0.37 0.02 0.44 0.19 0.48 0.42 0.44 0.28 0.22 0.02 0.01 0.02 0.10 0.49 0.43 0.29
C4 0.02 0.01 0.24 0.36 0.00 0.06 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.12 0.41 0.36 0.55 0.25
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07 0.32 0.02 0.01 0.02 0.21 0.42 0.10
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.09 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.14 0.06 0.47 0.34 0.55 0.29
C5' 0.20 0.26 0.31 0.02 0.30 0.01 0.37 0.00 0.36 0.43 0.31 0.24 0.39 0.43 0.32 0.08 0.26 0.03 0.01 0.29 0.46 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.44 0.01 0.09 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.20 0.10 0.50 0.33 0.53 0.30
C8 0.01 0.01 0.25 0.19 0.01 0.13 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.09 0.12 0.40 0.42 0.65 0.32
N1 0.03 0.00 0.36 0.48 0.01 0.08 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.22 0.17 0.49 0.33 0.51 0.28
N3 0.03 0.01 0.48 0.42 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.20 0.39 0.34 0.52 0.22
N6 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.10 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.24 0.07 0.53 0.34 0.53 0.34
N7 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01 0.12 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.13 0.06 0.46 0.37 0.58 0.33
N9 0.00 0.02 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.10 0.01 0.35 0.41 0.61 0.27
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.12 0.32 0.26 0.08 0.22 0.41 0.14 0.22 0.30 0.41 0.20 0.00 0.05 0.20 0.28 1.05 1.09 0.75
O3' 0.34 0.20 0.02 0.01 0.10 0.02 0.14 0.26 0.20 0.09 0.22 0.15 0.24 0.13 0.10 0.05 0.00 0.31 0.22 0.28 0.26 0.15
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.03 0.10 0.12 0.17 0.20 0.07 0.06 0.01 0.20 0.31 0.00 0.35 0.22 0.33 0.17
O5' 0.24 0.44 0.38 0.10 0.41 0.02 0.47 0.01 0.50 0.40 0.49 0.39 0.53 0.46 0.35 0.28 0.22 0.35 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.50 0.33 0.99 0.49 0.36 0.21 0.34 0.29 0.33 0.42 0.33 0.34 0.34 0.37 0.41 1.05 0.28 0.22 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.63 0.50 1.04 0.43 0.55 0.42 0.55 0.46 0.53 0.65 0.51 0.52 0.53 0.58 0.61 1.09 0.26 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.23 0.77 0.29 0.25 0.10 0.29 0.01 0.30 0.32 0.28 0.22 0.34 0.33 0.27 0.75 0.15 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00