ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 17, 48, 42, 63, 14, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.099, 0.180, 0.260, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.180 std_dev=0.081
C4 A 0, 0.100, 0.185, 0.270, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.185 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.100, 0.203, 0.306, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.203 std_dev=0.103
N9 B 0, 0.124, 0.232, 0.340, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.232 std_dev=0.108
N1 A 0, 0.121, 0.244, 0.367, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.244 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.124, 0.261, 0.398, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.261 std_dev=0.137
N3 A 0, 0.154, 0.299, 0.445, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.299 std_dev=0.145
C1' B 0, 0.188, 0.348, 0.508, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.348 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.135, 0.298, 0.460, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.298 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.148, 0.325, 0.502, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.325 std_dev=0.177
C1' A 0, 0.195, 0.395, 0.594, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.395 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.171, 0.373, 0.575, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.373 std_dev=0.202
C6 A 0, 0.237, 0.444, 0.650, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.444 std_dev=0.206
C2 A 0, 0.161, 0.372, 0.583, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.372 std_dev=0.211
N9 A 0, 0.165, 0.377, 0.589, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.377 std_dev=0.212
C8 B 0, 0.185, 0.403, 0.622, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.403 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.402, 0.634, 0.866, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.634 std_dev=0.232
N2 B 0, 0.189, 0.421, 0.653, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.421 std_dev=0.232
C5 A 0, 0.194, 0.456, 0.719, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.456 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.205, 0.474, 0.743, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.474 std_dev=0.269
O6 B 0, 0.231, 0.521, 0.810, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.521 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.417, 0.722, 1.026, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.722 std_dev=0.305
O5' B 0, 0.651, 0.973, 1.295, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.973 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.329, 0.673, 1.017, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.673 std_dev=0.344
P B 0, 0.537, 0.897, 1.257, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.897 std_dev=0.360
C2' A 0, 0.462, 0.826, 1.190, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.826 std_dev=0.364
O6 A 0, 0.315, 0.689, 1.064, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.689 std_dev=0.375
O3' A 0, 0.712, 1.091, 1.470, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.091 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.394, 0.776, 1.157, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.776 std_dev=0.381
C5' B 0, 0.648, 1.083, 1.519, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.083 std_dev=0.435
C8 A 0, 0.235, 0.693, 1.152, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.693 std_dev=0.459
N2 A 0, 0.195, 0.671, 1.147, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.671 std_dev=0.476
N7 A 0, 0.278, 0.776, 1.273, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.776 std_dev=0.497
C3' A 0, 0.393, 0.929, 1.465, 2.827 max_d=2.827 avg_d=0.929 std_dev=0.536
O4' A 0, 0.366, 0.914, 1.462, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.914 std_dev=0.548
OP2 B 0, 0.993, 1.559, 2.125, 4.032 max_d=4.032 avg_d=1.559 std_dev=0.566
O2' A 0, 0.730, 1.301, 1.873, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.301 std_dev=0.571
O3' B 0, 0.823, 1.437, 2.051, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.437 std_dev=0.614
O2' B 0, 0.859, 1.510, 2.161, 3.218 max_d=3.218 avg_d=1.510 std_dev=0.651
OP1 B 0, 0.798, 1.551, 2.304, 4.016 max_d=4.016 avg_d=1.551 std_dev=0.753
C4' A 0, 0.372, 1.159, 1.945, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.159 std_dev=0.787
OP1 A 0, 2.076, 3.254, 4.431, 5.861 max_d=5.861 avg_d=3.254 std_dev=1.177
C5' A 0, 0.615, 2.058, 3.501, 6.269 max_d=6.269 avg_d=2.058 std_dev=1.443
O5' A 0, 1.655, 3.153, 4.650, 6.727 max_d=6.727 avg_d=3.153 std_dev=1.498
P A 0, 1.604, 3.415, 5.227, 6.779 max_d=6.779 avg_d=3.415 std_dev=1.811
OP2 A 0, 1.372, 4.054, 6.737, 8.406 max_d=8.406 avg_d=4.054 std_dev=2.682

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.26 0.01 0.38 0.04 0.61 0.59 0.39
C2 0.04 0.00 0.31 0.17 0.02 0.15 0.02 0.25 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.45 0.41 0.24 0.45 0.02 0.87 0.82 0.52
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.03 0.10 0.17 0.16 0.18 0.24 0.26 0.30 0.13 0.05 0.01 0.07 0.03 0.53 0.11 0.72 0.60 0.52
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.13 0.14 0.15 0.16 0.15 0.14 0.07 0.03 0.01 0.02 0.33 0.11 0.52 0.40 0.33
C4 0.03 0.02 0.16 0.10 0.00 0.08 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.29 0.13 0.51 0.02 0.88 0.88 0.58
C4' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.17 0.12 0.19 0.14 0.15 0.07 0.13 0.06 0.01 0.03 0.12 0.29 0.37 0.12
C5 0.02 0.02 0.10 0.11 0.01 0.09 0.00 0.31 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.22 0.07 0.61 0.03 1.01 1.08 0.72
C5' 0.10 0.25 0.17 0.03 0.25 0.01 0.31 0.00 0.32 0.37 0.28 0.26 0.22 0.38 0.23 0.10 0.13 0.03 0.01 0.39 0.33 0.39 0.03
C6 0.03 0.06 0.16 0.13 0.02 0.10 0.01 0.32 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.26 0.27 0.11 0.60 0.01 1.05 1.10 0.72
C8 0.02 0.02 0.18 0.14 0.01 0.17 0.01 0.37 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.34 0.14 0.16 0.67 0.02 0.97 1.11 0.76
N1 0.04 0.01 0.24 0.15 0.03 0.12 0.02 0.28 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.35 0.34 0.19 0.52 0.01 0.97 0.97 0.62
N2 0.04 0.01 0.26 0.16 0.01 0.19 0.02 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.42 0.52 0.25 0.37 0.02 0.81 0.63 0.43
N3 0.04 0.01 0.30 0.15 0.01 0.14 0.02 0.22 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.40 0.23 0.43 0.03 0.80 0.75 0.48
N7 0.02 0.02 0.13 0.14 0.01 0.15 0.00 0.38 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.10 0.69 0.04 1.07 1.23 0.82
N9 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.23 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.21 0.03 0.53 0.03 0.82 0.85 0.57
O2' 0.03 0.45 0.01 0.03 0.22 0.13 0.21 0.10 0.26 0.34 0.35 0.42 0.44 0.31 0.14 0.00 0.11 0.08 0.50 0.28 0.79 0.65 0.55
O3' 0.26 0.41 0.07 0.01 0.29 0.06 0.22 0.13 0.27 0.14 0.34 0.52 0.40 0.14 0.21 0.11 0.00 0.18 0.33 0.26 0.59 0.43 0.37
O4' 0.01 0.24 0.03 0.02 0.13 0.01 0.07 0.03 0.11 0.16 0.19 0.25 0.23 0.10 0.03 0.08 0.18 0.00 0.33 0.09 0.50 0.59 0.39
O5' 0.38 0.45 0.53 0.33 0.51 0.03 0.61 0.01 0.60 0.67 0.52 0.37 0.43 0.69 0.53 0.50 0.33 0.33 0.00 0.65 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.11 0.02 0.12 0.03 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.28 0.26 0.09 0.65 0.00 1.16 1.10 0.81
OP1 0.61 0.87 0.72 0.52 0.88 0.29 1.01 0.33 1.05 0.97 0.97 0.81 0.80 1.07 0.82 0.79 0.59 0.50 0.02 1.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.82 0.60 0.40 0.88 0.37 1.08 0.39 1.10 1.11 0.97 0.63 0.75 1.23 0.85 0.65 0.43 0.59 0.03 1.10 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.52 0.52 0.33 0.58 0.12 0.72 0.03 0.72 0.76 0.62 0.43 0.48 0.82 0.57 0.55 0.37 0.39 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 0.48 0.38 0.42 0.40 0.39 0.48 0.64 0.54 0.45 0.52 0.52 0.44 0.54 0.36 0.41 0.35 0.38 0.44 0.64 0.51 0.26 0.19
C2 0.38 0.28 0.42 0.47 0.25 0.57 0.31 0.86 0.31 0.39 0.25 0.39 0.29 0.43 0.31 0.51 0.61 0.42 0.54 0.41 0.56 0.36 0.26
C2' 0.61 0.73 0.42 0.49 0.68 0.47 0.69 0.46 0.71 0.62 0.73 0.71 0.71 0.66 0.62 0.47 0.51 0.67 0.44 0.70 0.37 0.40 0.17
C3' 0.53 0.69 0.39 0.49 0.69 0.36 0.77 0.33 0.79 0.73 0.76 0.62 0.66 0.81 0.64 0.40 0.50 0.60 0.26 0.78 0.25 0.32 0.04
C4 0.34 0.38 0.31 0.34 0.32 0.39 0.40 0.71 0.43 0.44 0.39 0.46 0.35 0.50 0.33 0.39 0.38 0.32 0.47 0.54 0.52 0.33 0.19
C4' 0.49 0.69 0.44 0.60 0.69 0.41 0.86 0.53 0.90 0.80 0.81 0.61 0.63 0.95 0.64 0.46 0.61 0.50 0.30 0.99 0.54 0.43 0.21
C5 0.45 0.62 0.36 0.33 0.53 0.34 0.61 0.64 0.67 0.57 0.66 0.69 0.55 0.65 0.49 0.47 0.41 0.35 0.45 0.77 0.50 0.37 0.16
C5' 0.77 1.06 0.67 0.81 1.07 0.55 1.29 0.51 1.35 1.19 1.22 0.97 0.98 1.40 0.99 0.66 0.86 0.70 0.42 1.47 0.60 0.64 0.30
C6 0.44 0.55 0.37 0.32 0.49 0.37 0.56 0.67 0.59 0.55 0.57 0.63 0.51 0.62 0.48 0.50 0.49 0.34 0.46 0.68 0.50 0.39 0.17
C8 0.54 0.84 0.44 0.41 0.73 0.32 0.84 0.53 0.95 0.71 0.92 0.88 0.74 0.84 0.64 0.53 0.40 0.45 0.41 1.09 0.48 0.37 0.17
N1 0.38 0.29 0.35 0.37 0.31 0.48 0.38 0.77 0.38 0.44 0.29 0.38 0.31 0.49 0.35 0.48 0.58 0.36 0.51 0.47 0.54 0.38 0.22
N2 0.49 0.52 0.55 0.60 0.44 0.69 0.45 1.03 0.49 0.44 0.51 0.60 0.49 0.46 0.44 0.70 0.57 0.52 0.56 0.54 0.66 0.40 0.32
N3 0.35 0.26 0.40 0.46 0.19 0.55 0.25 0.84 0.25 0.35 0.21 0.38 0.26 0.38 0.26 0.47 0.52 0.39 0.52 0.37 0.56 0.34 0.25
N7 0.58 0.90 0.47 0.40 0.77 0.32 0.86 0.54 0.98 0.73 0.98 0.97 0.79 0.84 0.67 0.58 0.44 0.44 0.42 1.12 0.48 0.40 0.16
N9 0.39 0.55 0.34 0.36 0.47 0.34 0.55 0.62 0.62 0.52 0.59 0.59 0.49 0.60 0.43 0.39 0.33 0.36 0.43 0.73 0.50 0.32 0.16
O2' 0.76 0.75 0.66 0.63 0.73 0.69 0.73 0.61 0.75 0.69 0.74 0.76 0.77 0.74 0.71 0.67 0.72 0.84 0.63 0.83 0.53 0.56 0.33
O3' 0.38 0.52 0.43 0.39 0.50 0.29 0.59 0.34 0.62 0.56 0.59 0.49 0.47 0.63 0.47 0.44 0.35 0.51 0.05 0.65 0.04 0.03 0.01
O4' 0.37 0.56 0.41 0.57 0.52 0.47 0.69 0.72 0.76 0.62 0.67 0.54 0.49 0.79 0.46 0.43 0.51 0.39 0.40 0.92 0.62 0.32 0.22
O5' 0.78 1.21 0.70 0.78 1.18 0.51 1.45 0.49 1.57 1.25 1.42 1.17 1.08 1.53 1.05 0.71 0.84 0.67 0.46 1.81 0.77 0.64 0.43
O6 0.58 0.79 0.45 0.37 0.65 0.37 0.66 0.68 0.73 0.58 0.79 0.88 0.72 0.62 0.59 0.65 0.59 0.41 0.49 0.75 0.53 0.45 0.16
OP1 1.07 1.39 1.07 1.10 1.37 0.81 1.59 0.70 1.69 1.45 1.56 1.30 1.28 1.68 1.27 1.08 1.21 0.92 0.71 1.86 0.98 0.88 0.69
OP2 1.27 2.12 1.15 1.02 1.94 0.71 2.30 0.58 2.59 1.84 2.44 2.10 1.87 2.28 1.66 1.21 1.02 1.00 0.58 2.98 0.87 0.79 0.52
P 0.89 1.46 0.83 0.87 1.37 0.56 1.67 0.51 1.85 1.39 1.70 1.42 1.28 1.72 1.19 0.85 0.93 0.74 0.49 2.16 0.86 0.64 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.29 0.03 0.33 0.65 0.27
C2 0.04 0.00 0.18 0.08 0.02 0.27 0.03 0.44 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.38 0.47 0.32 0.49 0.03 0.44 0.80 0.42
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.23 0.09 0.14 0.14 0.22 0.18 0.11 0.04 0.01 0.07 0.03 0.53 0.09 0.53 0.73 0.48
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.11 0.01 0.21 0.03 0.18 0.31 0.11 0.11 0.07 0.30 0.15 0.04 0.01 0.02 0.41 0.24 0.55 0.48 0.38
C4 0.02 0.02 0.09 0.11 0.00 0.14 0.01 0.30 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.29 0.17 0.44 0.02 0.38 0.82 0.41
C4' 0.02 0.27 0.03 0.01 0.14 0.00 0.12 0.01 0.16 0.20 0.23 0.36 0.25 0.16 0.07 0.22 0.05 0.01 0.03 0.17 0.30 0.41 0.11
C5 0.02 0.03 0.07 0.21 0.01 0.12 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.24 0.20 0.09 0.48 0.02 0.45 0.91 0.50
C5' 0.10 0.44 0.23 0.03 0.30 0.01 0.31 0.00 0.37 0.30 0.43 0.53 0.39 0.31 0.20 0.11 0.17 0.02 0.01 0.38 0.27 0.40 0.03
C6 0.03 0.05 0.09 0.18 0.02 0.16 0.01 0.37 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.27 0.24 0.15 0.50 0.01 0.48 0.92 0.52
C8 0.02 0.03 0.14 0.31 0.01 0.20 0.02 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.22 0.16 0.45 0.03 0.45 0.90 0.50
N1 0.04 0.01 0.14 0.11 0.02 0.23 0.01 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.35 0.25 0.51 0.02 0.46 0.88 0.48
N2 0.06 0.01 0.22 0.11 0.02 0.36 0.02 0.53 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.48 0.61 0.40 0.52 0.03 0.49 0.77 0.40
N3 0.04 0.01 0.18 0.07 0.01 0.25 0.02 0.39 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.35 0.47 0.32 0.45 0.03 0.42 0.77 0.38
N7 0.02 0.03 0.11 0.30 0.01 0.16 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.31 0.22 0.10 0.48 0.03 0.52 0.97 0.56
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.03 0.39 0.03 0.35 0.78 0.38
O2' 0.03 0.38 0.01 0.04 0.22 0.22 0.24 0.11 0.27 0.33 0.32 0.48 0.35 0.31 0.16 0.00 0.12 0.16 0.51 0.28 0.59 0.76 0.48
O3' 0.30 0.47 0.07 0.01 0.29 0.05 0.20 0.17 0.24 0.22 0.35 0.61 0.47 0.22 0.19 0.12 0.00 0.23 0.38 0.23 0.67 0.58 0.44
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.16 0.25 0.40 0.32 0.10 0.03 0.16 0.23 0.00 0.22 0.13 0.34 0.65 0.34
O5' 0.29 0.49 0.53 0.41 0.44 0.03 0.48 0.01 0.50 0.45 0.51 0.52 0.45 0.48 0.39 0.51 0.38 0.22 0.00 0.54 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.24 0.02 0.17 0.02 0.38 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.28 0.23 0.13 0.54 0.00 0.50 0.95 0.54
OP1 0.33 0.44 0.53 0.55 0.38 0.30 0.45 0.27 0.48 0.45 0.46 0.49 0.42 0.52 0.35 0.59 0.67 0.34 0.03 0.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 0.80 0.73 0.48 0.82 0.41 0.91 0.40 0.92 0.90 0.88 0.77 0.77 0.97 0.78 0.76 0.58 0.65 0.03 0.95 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.42 0.48 0.38 0.41 0.11 0.50 0.03 0.52 0.50 0.48 0.40 0.38 0.56 0.38 0.48 0.44 0.34 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00