ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 11, 9, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 55, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.027, 0.098, 0.168, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.098 std_dev=0.071
N9 B 0, 0.057, 0.199, 0.341, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.199 std_dev=0.142
C4 A 0, 0.040, 0.218, 0.396, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.218 std_dev=0.178
N1 A 0, 0.061, 0.305, 0.549, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.305 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.068, 0.460, 0.851, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.460 std_dev=0.391
C4' A 0, 0.079, 0.496, 0.913, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.496 std_dev=0.417
C1' A 0, 0.059, 0.495, 0.932, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.495 std_dev=0.437
N9 A 0, 0.040, 0.497, 0.955, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.497 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.062, 0.710, 1.358, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.710 std_dev=0.648
O4' A 0, 0.026, 0.824, 1.623, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.824 std_dev=0.799
C2 A 0, 0.022, 0.836, 1.651, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.836 std_dev=0.814
N3 A 0, 0.010, 0.850, 1.689, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.850 std_dev=0.840
N6 B 0, -0.553, 0.305, 1.164, 5.710 max_d=5.710 avg_d=0.305 std_dev=0.858
C1' B 0, 0.040, 0.967, 1.893, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.967 std_dev=0.927
N3 B 0, 0.017, 0.953, 1.889, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.953 std_dev=0.936
C3' A 0, 0.087, 1.064, 2.040, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.064 std_dev=0.977
N6 A 0, -0.599, 0.400, 1.400, 4.951 max_d=4.951 avg_d=0.400 std_dev=1.000
C5 B 0, -0.016, 1.123, 2.263, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.123 std_dev=1.139
C2' B 0, 0.037, 1.190, 2.342, 3.259 max_d=3.259 avg_d=1.190 std_dev=1.153
C8 B 0, 0.056, 1.217, 2.379, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.217 std_dev=1.161
C6 A 0, -0.016, 1.151, 2.317, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.151 std_dev=1.166
C5 A 0, -0.023, 1.164, 2.351, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.164 std_dev=1.187
O2' B 0, 0.082, 1.407, 2.733, 4.079 max_d=4.079 avg_d=1.407 std_dev=1.326
C6 B 0, -0.029, 1.341, 2.711, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.341 std_dev=1.370
O3' B 0, 0.026, 1.449, 2.872, 6.231 max_d=6.231 avg_d=1.449 std_dev=1.423
C5' A 0, 0.018, 1.458, 2.897, 3.582 max_d=3.582 avg_d=1.458 std_dev=1.439
C2' A 0, 0.017, 1.462, 2.907, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.462 std_dev=1.445
O4' B 0, 0.050, 1.526, 3.001, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.526 std_dev=1.476
C3' B 0, 0.006, 1.492, 2.978, 5.213 max_d=5.213 avg_d=1.492 std_dev=1.486
O3' A 0, 0.131, 1.694, 3.258, 4.466 max_d=4.466 avg_d=1.694 std_dev=1.563
C8 A 0, -0.025, 1.574, 3.173, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.574 std_dev=1.599
N7 B 0, -0.013, 1.861, 3.735, 4.501 max_d=4.501 avg_d=1.861 std_dev=1.874
C4' B 0, -0.036, 2.018, 4.072, 4.909 max_d=4.909 avg_d=2.018 std_dev=2.054
O5' A 0, -0.026, 2.048, 4.122, 4.597 max_d=4.597 avg_d=2.048 std_dev=2.074
N7 A 0, -0.059, 2.021, 4.101, 4.698 max_d=4.698 avg_d=2.021 std_dev=2.080
O5' B 0, 0.093, 2.431, 4.768, 6.516 max_d=6.516 avg_d=2.431 std_dev=2.338
P B 0, 0.121, 2.585, 5.049, 6.989 max_d=6.989 avg_d=2.585 std_dev=2.464
O2' A 0, -0.019, 2.465, 4.949, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.465 std_dev=2.484
C5' B 0, -0.044, 2.606, 5.256, 6.524 max_d=6.524 avg_d=2.606 std_dev=2.650
OP1 B 0, 0.248, 2.916, 5.585, 8.748 max_d=8.748 avg_d=2.916 std_dev=2.669
P A 0, -0.125, 2.995, 6.115, 7.087 max_d=7.087 avg_d=2.995 std_dev=3.120
OP2 B 0, 0.249, 3.579, 6.910, 8.839 max_d=8.839 avg_d=3.579 std_dev=3.330
OP1 A 0, -0.133, 3.416, 6.966, 7.825 max_d=7.825 avg_d=3.416 std_dev=3.550
OP2 A 0, -0.141, 3.932, 8.006, 8.918 max_d=8.918 avg_d=3.932 std_dev=4.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.35 0.01 0.20 0.19 0.29 0.21
C2 0.04 0.00 0.39 0.18 0.01 0.28 0.04 0.35 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.35 0.31 0.41 0.33 0.24 0.61 0.42
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.21 0.02 0.10 0.21 0.20 0.22 0.29 0.38 0.05 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.31 0.49 0.20 0.36
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.24 0.01 0.34 0.02 0.36 0.37 0.25 0.13 0.15 0.41 0.23 0.02 0.01 0.02 0.12 0.21 0.24 0.24
C4 0.02 0.01 0.21 0.24 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.21 0.46 0.33 0.87 0.60
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.05 0.33 0.18 0.27 0.08 0.27 0.10 0.33 0.02 0.01 0.02 0.19 0.41 0.10
C5 0.01 0.04 0.10 0.34 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.27 0.08 0.09 0.69 0.53 1.39 0.95
C5' 0.08 0.35 0.21 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.43 0.26 0.34 0.14 0.38 0.15 0.14 0.23 0.02 0.01 0.32 0.45 0.02
C6 0.03 0.07 0.20 0.36 0.02 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.19 0.07 0.16 0.68 0.53 1.40 0.95
C8 0.02 0.03 0.22 0.37 0.01 0.33 0.01 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.59 0.16 0.24 0.88 0.64 1.56 1.11
N1 0.04 0.02 0.29 0.25 0.03 0.18 0.02 0.26 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.18 0.20 0.34 0.47 0.35 0.99 0.66
N3 0.04 0.01 0.38 0.13 0.01 0.27 0.02 0.34 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.37 0.35 0.41 0.27 0.20 0.46 0.31
N6 0.03 0.01 0.05 0.15 0.02 0.08 0.02 0.14 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.17 0.11 0.05 0.39 0.33 0.55 0.41
N7 0.02 0.04 0.12 0.41 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.55 0.18 0.13 0.92 0.73 1.83 1.25
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.13 0.01 0.51 0.36 0.88 0.63
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.12 0.33 0.27 0.14 0.19 0.59 0.18 0.37 0.17 0.55 0.24 0.00 0.06 0.22 0.23 0.48 0.20 0.33
O3' 0.35 0.31 0.03 0.01 0.17 0.02 0.08 0.23 0.07 0.16 0.20 0.35 0.11 0.18 0.13 0.06 0.00 0.22 0.11 0.39 0.33 0.15
O4' 0.01 0.41 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.02 0.16 0.24 0.34 0.41 0.05 0.13 0.01 0.22 0.22 0.00 0.30 0.29 0.24 0.33
O5' 0.20 0.33 0.31 0.12 0.46 0.02 0.69 0.01 0.68 0.88 0.47 0.27 0.39 0.92 0.51 0.23 0.11 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.24 0.49 0.21 0.33 0.19 0.53 0.32 0.53 0.64 0.35 0.20 0.33 0.73 0.36 0.48 0.39 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.61 0.20 0.24 0.87 0.41 1.39 0.45 1.40 1.56 0.99 0.46 0.55 1.83 0.88 0.20 0.33 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.42 0.36 0.24 0.60 0.10 0.95 0.02 0.95 1.11 0.66 0.31 0.41 1.25 0.63 0.33 0.15 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.28 0.48 0.48 0.29 0.69 0.97 0.15 1.02 1.15 0.50 0.43 0.66 1.53 0.33 0.70 0.86 0.54 0.13 0.51 0.38 0.15
C2 0.30 0.32 0.28 0.33 0.59 0.45 1.31 0.22 1.43 1.31 0.93 0.18 0.69 1.76 0.56 0.55 0.61 0.31 0.23 1.08 0.29 0.32
C2' 0.65 0.70 0.73 0.74 0.28 0.85 0.73 0.26 0.68 1.10 0.28 0.82 0.55 1.39 0.29 0.84 0.99 0.63 0.41 0.81 0.28 0.28
C3' 0.78 0.72 0.84 0.89 0.28 1.11 0.68 0.47 0.65 1.02 0.27 0.87 0.53 1.34 0.24 0.95 1.21 0.82 0.39 0.23 0.33 0.02
C4 0.97 0.53 0.94 0.96 0.24 1.03 0.59 0.36 0.69 0.68 0.22 0.76 0.55 1.09 0.25 1.28 1.33 0.89 0.48 0.99 0.24 0.34
C4' 0.84 0.43 0.74 0.75 0.30 1.15 0.91 0.47 1.00 1.01 0.50 0.62 0.67 1.48 0.29 0.94 1.18 0.97 0.24 0.56 0.37 0.20
C5 1.66 1.20 1.69 1.65 0.89 1.56 0.26 0.75 0.21 0.24 0.58 1.44 0.40 0.42 0.91 2.12 2.07 1.45 0.85 1.13 0.27 0.52
C5' 1.74 1.01 1.58 1.53 0.82 1.93 0.45 1.08 0.55 0.38 0.51 1.29 0.55 0.76 0.91 1.83 2.02 1.82 0.59 0.75 0.63 0.29
C6 1.56 1.10 1.59 1.55 0.80 1.45 0.21 0.71 0.21 0.23 0.49 1.34 0.41 0.47 0.83 2.05 1.92 1.36 0.86 1.26 0.31 0.58
C8 2.12 1.65 2.14 2.08 1.35 1.97 0.66 1.00 0.57 0.58 1.04 1.88 0.34 0.30 1.36 2.52 2.60 1.87 0.98 0.86 0.28 0.47
N1 0.86 0.39 0.84 0.87 0.18 0.89 0.70 0.33 0.82 0.71 0.36 0.62 0.55 1.14 0.20 1.23 1.16 0.77 0.52 1.21 0.29 0.45
N3 0.24 0.32 0.24 0.26 0.64 0.41 1.36 0.24 1.47 1.42 0.95 0.16 0.72 1.84 0.63 0.47 0.56 0.26 0.16 0.95 0.28 0.24
N6 0.85 0.69 0.89 1.03 0.53 0.88 0.28 0.53 0.28 0.27 0.44 0.79 0.32 0.29 0.53 1.14 1.47 0.75 0.49 0.97 0.34 0.37
N7 2.36 1.87 2.41 2.32 1.59 2.11 0.89 1.12 0.79 0.83 1.26 2.11 0.30 0.46 1.61 2.88 2.84 2.03 1.14 1.06 0.29 0.60
N9 1.21 0.80 1.18 1.18 0.46 1.25 0.38 0.47 0.45 0.48 0.24 1.02 0.51 0.88 0.46 1.48 1.60 1.10 0.53 0.80 0.26 0.28
O2' 0.37 0.56 0.48 0.32 0.51 0.27 1.03 0.40 0.91 1.50 0.48 0.58 0.61 1.67 0.70 0.50 0.30 0.28 0.17 0.93 0.43 0.27
O3' 0.33 0.58 0.35 0.29 0.40 0.57 0.95 0.24 0.83 1.48 0.39 0.63 0.61 1.65 0.58 0.32 0.38 0.41 0.02 0.04 0.03 0.01
O4' 0.81 0.27 0.66 0.67 0.26 1.01 0.94 0.30 1.07 0.95 0.57 0.47 0.70 1.44 0.23 0.94 1.14 0.87 0.20 0.39 0.36 0.17
O5' 2.28 1.43 2.24 2.18 1.26 2.31 0.53 1.24 0.42 0.55 0.80 1.73 0.57 0.36 1.39 2.58 2.84 2.15 0.74 0.83 0.74 0.33
OP1 3.54 2.60 3.32 2.96 2.61 3.03 1.93 1.86 1.67 2.15 2.04 2.91 0.58 1.56 2.84 3.68 3.52 3.22 1.07 0.91 0.73 0.34
OP2 2.71 1.32 2.79 2.62 1.39 2.46 0.67 1.30 0.54 1.00 0.74 1.72 0.46 0.48 1.74 3.47 3.57 2.31 0.63 1.45 0.90 0.62
P 2.61 1.49 2.55 2.37 1.48 2.37 0.75 1.22 0.54 0.99 0.90 1.84 0.51 0.42 1.74 3.02 3.15 2.31 0.58 1.35 0.95 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.42 0.81 0.44 0.38
C2 0.04 0.00 0.20 0.29 0.01 0.62 0.04 1.20 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.16 0.54 0.48 0.44 0.99 0.40
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.05 0.16 0.10 0.11 0.14 0.22 0.07 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.20 0.38 0.28 0.19
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.11 0.01 0.31 0.02 0.21 0.61 0.13 0.32 0.08 0.58 0.27 0.01 0.01 0.03 0.17 0.25 0.24 0.16
C4 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.23 0.01 0.44 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.08 0.29 0.45 1.28 0.34 0.53
C4' 0.02 0.62 0.02 0.01 0.23 0.00 0.06 0.01 0.16 0.52 0.40 0.62 0.07 0.40 0.11 0.32 0.02 0.01 0.02 0.13 0.24 0.15
C5 0.01 0.04 0.05 0.31 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.14 0.12 1.00 2.11 0.72 1.20
C5' 0.05 1.20 0.16 0.02 0.44 0.01 0.12 0.00 0.35 0.83 0.82 1.13 0.18 0.65 0.14 0.16 0.23 0.02 0.01 0.21 0.12 0.01
C6 0.02 0.07 0.10 0.21 0.02 0.16 0.01 0.35 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.37 0.12 0.24 0.73 1.91 0.45 0.95
C8 0.02 0.03 0.11 0.61 0.01 0.52 0.01 0.83 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.41 0.21 0.32 1.81 2.77 1.60 1.97
N1 0.05 0.02 0.14 0.13 0.04 0.40 0.02 0.82 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.23 0.07 0.39 0.25 1.12 0.54 0.30
N3 0.04 0.01 0.22 0.32 0.01 0.62 0.01 1.13 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.22 0.54 0.44 0.38 0.87 0.38
N6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.13 0.08 0.07 0.25 0.59 0.51 0.39
N7 0.01 0.03 0.08 0.58 0.01 0.40 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.45 0.27 0.18 1.74 3.01 1.54 2.03
N9 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.25 0.06 0.01 0.91 1.61 0.71 0.95
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.23 0.32 0.36 0.16 0.37 0.41 0.23 0.15 0.13 0.45 0.25 0.00 0.09 0.23 0.23 0.34 0.35 0.21
O3' 0.30 0.16 0.03 0.01 0.08 0.02 0.14 0.23 0.12 0.21 0.07 0.22 0.08 0.27 0.06 0.09 0.00 0.17 0.14 0.38 0.31 0.21
O4' 0.01 0.54 0.03 0.03 0.29 0.01 0.12 0.02 0.24 0.32 0.39 0.54 0.07 0.18 0.01 0.23 0.17 0.00 0.38 0.68 0.42 0.30
O5' 0.42 0.48 0.20 0.17 0.45 0.02 1.00 0.01 0.73 1.81 0.25 0.44 0.25 1.74 0.91 0.23 0.14 0.38 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.81 0.44 0.38 0.25 1.28 0.13 2.11 0.21 1.91 2.77 1.12 0.38 0.59 3.01 1.61 0.34 0.38 0.68 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.99 0.28 0.24 0.34 0.24 0.72 0.12 0.45 1.60 0.54 0.87 0.51 1.54 0.71 0.35 0.31 0.42 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.40 0.19 0.16 0.53 0.15 1.20 0.01 0.95 1.97 0.30 0.38 0.39 2.03 0.95 0.21 0.21 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00