ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 18, 8, 53, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 23,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.103, 0.464, 0.825, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.464 std_dev=0.361
C4 A 0, -0.098, 0.277, 0.653, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.277 std_dev=0.375
C4 B 0, -0.137, 0.334, 0.804, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.334 std_dev=0.471
O2' A 0, 0.075, 0.766, 1.457, 3.426 max_d=3.426 avg_d=0.766 std_dev=0.691
N3 B 0, -0.248, 0.483, 1.213, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.483 std_dev=0.730
C5 B 0, -0.183, 0.611, 1.406, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.611 std_dev=0.794
N3 A 0, -0.221, 0.589, 1.399, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.589 std_dev=0.810
C6 B 0, -0.190, 0.667, 1.524, 2.907 max_d=2.907 avg_d=0.667 std_dev=0.857
N9 A 0, -0.315, 0.609, 1.534, 3.181 max_d=3.181 avg_d=0.609 std_dev=0.924
C5 A 0, -0.395, 0.530, 1.455, 2.878 max_d=2.878 avg_d=0.530 std_dev=0.925
C2' A 0, -0.124, 0.871, 1.866, 3.936 max_d=3.936 avg_d=0.871 std_dev=0.995
C6 A 0, -0.419, 0.621, 1.661, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.621 std_dev=1.040
N1 A 0, -0.359, 0.747, 1.854, 3.604 max_d=3.604 avg_d=0.747 std_dev=1.106
N1 B 0, -0.452, 0.693, 1.838, 3.690 max_d=3.690 avg_d=0.693 std_dev=1.145
C2 A 0, -0.341, 0.812, 1.965, 3.636 max_d=3.636 avg_d=0.812 std_dev=1.153
C2 B 0, -0.502, 0.690, 1.883, 3.668 max_d=3.668 avg_d=0.690 std_dev=1.192
O5' B 0, 0.099, 1.323, 2.546, 4.425 max_d=4.425 avg_d=1.323 std_dev=1.223
C1' A 0, -0.405, 0.823, 2.052, 4.390 max_d=4.390 avg_d=0.823 std_dev=1.228
N9 B 0, -0.553, 0.677, 1.908, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.677 std_dev=1.231
C3' B 0, -0.270, 0.993, 2.256, 4.138 max_d=4.138 avg_d=0.993 std_dev=1.263
P B 0, 0.290, 1.732, 3.174, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.732 std_dev=1.442
C2' B 0, -0.385, 1.067, 2.520, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.067 std_dev=1.452
OP2 B 0, 0.605, 2.127, 3.650, 6.820 max_d=6.820 avg_d=2.127 std_dev=1.522
O3' B 0, -0.084, 1.442, 2.968, 5.077 max_d=5.077 avg_d=1.442 std_dev=1.526
C1' B 0, -0.688, 0.893, 2.474, 4.931 max_d=4.931 avg_d=0.893 std_dev=1.581
C5' B 0, -0.393, 1.209, 2.810, 5.313 max_d=5.313 avg_d=1.209 std_dev=1.601
N6 A 0, -0.697, 0.908, 2.514, 5.158 max_d=5.158 avg_d=0.908 std_dev=1.606
C8 A 0, -0.581, 1.042, 2.664, 5.045 max_d=5.045 avg_d=1.042 std_dev=1.622
N7 B 0, -0.526, 1.119, 2.764, 5.090 max_d=5.090 avg_d=1.119 std_dev=1.645
N7 A 0, -0.640, 1.048, 2.736, 5.127 max_d=5.127 avg_d=1.048 std_dev=1.688
C4' B 0, -0.805, 0.937, 2.679, 5.262 max_d=5.262 avg_d=0.937 std_dev=1.742
C3' A 0, -0.330, 1.420, 3.170, 6.270 max_d=6.270 avg_d=1.420 std_dev=1.750
O4' B 0, -0.662, 1.095, 2.851, 5.450 max_d=5.450 avg_d=1.095 std_dev=1.756
C8 B 0, -0.716, 1.121, 2.959, 5.503 max_d=5.503 avg_d=1.121 std_dev=1.837
O3' A 0, -0.288, 1.664, 3.616, 7.036 max_d=7.036 avg_d=1.664 std_dev=1.952
OP1 B 0, 0.420, 2.396, 4.372, 6.811 max_d=6.811 avg_d=2.396 std_dev=1.976
O2' B 0, -0.447, 1.622, 3.691, 6.852 max_d=6.852 avg_d=1.622 std_dev=2.069
O4' A 0, -0.912, 1.265, 3.442, 7.106 max_d=7.106 avg_d=1.265 std_dev=2.177
C4' A 0, -0.880, 1.654, 4.189, 8.431 max_d=8.431 avg_d=1.654 std_dev=2.535
O5' A 0, -0.971, 2.035, 5.040, 10.333 max_d=10.333 avg_d=2.035 std_dev=3.006
C5' A 0, -1.155, 2.059, 5.272, 10.679 max_d=10.679 avg_d=2.059 std_dev=3.213
P A 0, -1.413, 2.482, 6.377, 12.579 max_d=12.579 avg_d=2.482 std_dev=3.895
OP1 A 0, -1.549, 2.733, 7.015, 13.562 max_d=13.562 avg_d=2.733 std_dev=4.282
OP2 A 0, -1.403, 2.922, 7.247, 13.786 max_d=13.786 avg_d=2.922 std_dev=4.325

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.23 0.00 0.13 0.60 0.21 0.18
C2 0.04 0.00 0.19 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.36 0.12 0.17 0.84 0.50 0.20
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.14 0.08 0.16 0.14 0.19 0.07 0.13 0.05 0.00 0.03 0.02 0.30 0.51 0.31 0.34
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.12 0.01 0.18 0.03 0.17 0.25 0.15 0.14 0.17 0.26 0.13 0.02 0.01 0.01 0.10 0.23 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.07 0.18 0.84 0.47 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.05 0.04 0.08 0.11 0.05 0.18 0.02 0.00 0.02 0.18 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.04 0.25 0.94 0.61 0.25
C5' 0.05 0.11 0.14 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.09 0.19 0.18 0.10 0.07 0.14 0.02 0.01 0.15 0.31 0.03
C6 0.02 0.02 0.08 0.17 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.17 0.06 0.26 0.96 0.66 0.26
C8 0.02 0.02 0.16 0.25 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.13 0.08 0.28 0.91 0.53 0.24
N1 0.03 0.01 0.14 0.15 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.27 0.09 0.21 0.92 0.60 0.23
N3 0.04 0.01 0.19 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.36 0.12 0.15 0.78 0.42 0.19
N6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.13 0.05 0.29 0.99 0.69 0.30
N7 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.13 0.05 0.31 0.98 0.67 0.29
N9 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.12 0.01 0.18 0.79 0.39 0.20
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.19 0.18 0.20 0.07 0.22 0.23 0.27 0.31 0.21 0.23 0.13 0.00 0.08 0.13 0.25 0.46 0.38 0.30
O3' 0.23 0.36 0.03 0.01 0.21 0.02 0.12 0.14 0.17 0.13 0.27 0.36 0.13 0.13 0.12 0.08 0.00 0.16 0.19 0.40 0.23 0.23
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.12 0.05 0.05 0.01 0.13 0.16 0.00 0.09 0.50 0.19 0.14
O5' 0.13 0.17 0.30 0.10 0.18 0.02 0.25 0.01 0.26 0.28 0.21 0.15 0.29 0.31 0.18 0.25 0.19 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.60 0.84 0.51 0.23 0.84 0.18 0.94 0.15 0.96 0.91 0.92 0.78 0.99 0.98 0.79 0.46 0.40 0.50 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.50 0.31 0.14 0.47 0.17 0.61 0.31 0.66 0.53 0.60 0.42 0.69 0.67 0.39 0.38 0.23 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.20 0.34 0.10 0.20 0.05 0.25 0.03 0.26 0.24 0.23 0.19 0.30 0.29 0.20 0.30 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 2.07 0.44 0.41 1.19 0.62 1.52 0.37 2.14 0.50 2.37 1.45 0.31 1.08 0.48 1.03 0.72 0.55 0.68 1.27 0.81 1.14
C2 2.36 0.41 2.11 1.78 1.12 2.06 0.79 1.59 0.51 1.75 0.67 0.83 0.57 1.17 1.80 2.61 1.88 2.33 0.95 0.50 0.68 0.54
C2' 0.46 1.75 0.61 0.55 0.98 0.76 1.28 0.46 1.81 0.45 1.99 1.22 0.34 0.93 0.37 1.23 0.92 0.60 0.69 1.53 0.87 1.24
C3' 0.62 2.37 0.45 0.54 1.72 0.43 1.90 0.79 2.32 1.11 2.50 1.96 0.31 1.55 1.14 0.45 0.36 0.66 1.57 2.31 1.50 2.01
C4 1.62 0.95 1.50 1.38 0.29 1.76 0.41 1.44 1.12 0.98 1.38 0.29 0.45 0.43 0.97 1.99 1.54 1.84 0.72 0.34 0.65 0.43
C4' 1.25 2.99 1.07 1.08 2.45 0.83 2.65 1.03 3.02 1.80 3.14 2.62 0.33 2.27 1.85 0.53 0.68 1.16 1.83 2.19 1.42 1.97
C5 1.92 0.59 1.74 1.71 0.57 2.12 0.28 1.93 0.75 1.39 1.00 0.33 0.39 0.71 1.34 2.11 1.80 2.21 1.29 0.84 1.29 0.93
C5' 1.65 3.02 1.37 1.23 2.68 1.09 2.91 1.09 3.20 2.21 3.21 2.72 0.44 2.66 2.20 0.95 0.81 1.53 1.68 1.99 1.03 1.64
C6 2.45 0.32 2.17 2.06 1.25 2.42 0.91 2.18 0.33 2.06 0.43 0.90 0.43 1.41 1.98 2.48 2.08 2.63 1.64 1.24 1.55 1.25
C8 0.98 1.42 0.97 1.07 0.57 1.49 0.94 1.43 1.65 0.34 1.82 0.81 0.26 0.49 0.36 1.39 1.28 1.34 0.71 0.44 1.00 0.52
N1 2.65 0.52 2.34 2.07 1.51 2.38 1.16 2.00 0.51 2.19 0.41 1.17 0.52 1.60 2.19 2.72 2.10 2.67 1.44 0.99 1.16 0.97
N3 1.83 0.80 1.67 1.41 0.53 1.71 0.44 1.25 0.94 1.17 1.21 0.35 0.55 0.64 1.19 2.24 1.59 1.88 0.56 0.42 0.53 0.49
N6 2.49 0.57 2.23 2.18 1.51 2.49 1.25 2.36 0.55 2.32 0.36 1.15 0.38 1.76 2.16 2.44 2.17 2.66 1.96 1.72 2.06 1.69
N7 1.50 0.90 1.42 1.52 0.28 1.96 0.37 1.94 1.10 0.96 1.31 0.36 0.30 0.32 0.91 1.75 1.66 1.88 1.30 0.94 1.57 1.07
N9 0.96 1.53 0.95 0.92 0.59 1.31 0.98 1.07 1.70 0.34 1.92 0.85 0.34 0.54 0.30 1.47 1.17 1.24 0.36 0.50 0.49 0.43
O2' 0.91 1.41 1.15 0.97 0.65 1.08 0.91 0.53 1.43 0.48 1.64 0.89 0.32 0.64 0.44 1.82 1.37 0.90 0.55 1.58 1.05 1.27
O3' 0.77 2.57 0.68 0.86 1.84 0.66 1.96 1.14 2.38 1.17 2.63 2.16 0.22 1.57 1.26 0.50 0.63 0.80 2.02 2.78 2.23 2.65
O4' 0.70 2.83 0.64 0.67 2.10 0.27 2.42 0.46 2.96 1.36 3.11 2.29 0.32 1.95 1.38 0.34 0.47 0.55 1.24 1.59 1.01 1.46
O5' 1.03 2.46 0.76 0.57 2.01 0.61 2.29 0.57 2.66 1.52 2.69 2.10 0.54 2.03 1.51 0.59 0.33 0.94 0.94 1.41 0.55 0.98
OP1 1.43 2.99 1.11 0.75 2.55 0.68 2.99 0.52 3.42 2.17 3.35 2.56 0.51 2.80 2.03 0.84 0.46 1.15 0.90 1.14 0.72 0.79
OP2 1.30 2.05 1.06 0.80 1.79 0.92 1.98 0.75 2.22 1.52 2.21 1.82 0.22 1.84 1.52 1.16 0.82 1.12 0.42 0.66 0.91 0.26
P 1.15 2.41 0.87 0.58 2.02 0.67 2.33 0.54 2.69 1.63 2.67 2.07 0.46 2.13 1.58 0.78 0.44 0.99 0.64 0.98 0.59 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.11 0.23 0.30 0.15
C2 0.05 0.00 0.28 0.50 0.01 0.45 0.03 0.76 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.41 0.63 0.42 1.00 0.76 1.51 1.20
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.16 0.02 0.11 0.10 0.16 0.09 0.23 0.28 0.14 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.14 0.27 0.36 0.19
C3' 0.02 0.50 0.01 0.00 0.26 0.01 0.23 0.02 0.29 0.35 0.38 0.50 0.26 0.32 0.15 0.02 0.01 0.03 0.20 0.27 0.38 0.22
C4 0.02 0.01 0.16 0.26 0.00 0.18 0.01 0.27 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.29 0.22 0.38 0.38 0.58 0.40
C4' 0.02 0.45 0.02 0.01 0.18 0.00 0.07 0.01 0.14 0.36 0.30 0.44 0.07 0.28 0.08 0.15 0.03 0.01 0.02 0.21 0.20 0.05
C5 0.02 0.03 0.11 0.23 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.10 0.30 0.75 0.52 0.39
C5' 0.05 0.76 0.10 0.02 0.27 0.01 0.15 0.00 0.23 0.60 0.52 0.71 0.11 0.49 0.15 0.08 0.11 0.02 0.01 0.35 0.26 0.02
C6 0.02 0.06 0.16 0.29 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.21 0.36 0.20 0.38 0.63 0.66 0.47
C8 0.02 0.02 0.09 0.35 0.01 0.36 0.01 0.60 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.31 0.24 0.79 1.24 1.06 0.95
N1 0.05 0.02 0.23 0.38 0.03 0.30 0.02 0.52 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.33 0.51 0.32 0.70 0.52 1.16 0.87
N3 0.05 0.01 0.28 0.50 0.01 0.44 0.01 0.71 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.56 0.41 0.91 0.65 1.25 1.01
N6 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.36 0.12 0.11 0.28 0.35 0.13
N7 0.01 0.03 0.07 0.32 0.01 0.28 0.01 0.49 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.29 0.13 0.69 1.32 0.98 0.88
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.27 0.56 0.45 0.33
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.19 0.15 0.16 0.08 0.21 0.24 0.33 0.38 0.14 0.20 0.10 0.00 0.09 0.11 0.13 0.25 0.34 0.18
O3' 0.13 0.63 0.02 0.01 0.29 0.03 0.25 0.11 0.36 0.31 0.51 0.56 0.36 0.29 0.13 0.09 0.00 0.10 0.23 0.33 0.62 0.32
O4' 0.01 0.42 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.02 0.20 0.24 0.32 0.41 0.12 0.13 0.02 0.11 0.10 0.00 0.11 0.17 0.29 0.10
O5' 0.11 1.00 0.14 0.20 0.38 0.02 0.30 0.01 0.38 0.79 0.70 0.91 0.11 0.69 0.27 0.13 0.23 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.76 0.27 0.27 0.38 0.21 0.75 0.35 0.63 1.24 0.52 0.65 0.28 1.32 0.56 0.25 0.33 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 1.51 0.36 0.38 0.58 0.20 0.52 0.26 0.66 1.06 1.16 1.25 0.35 0.98 0.45 0.34 0.62 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.20 0.19 0.22 0.40 0.05 0.39 0.02 0.47 0.95 0.87 1.01 0.13 0.88 0.33 0.18 0.32 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00