ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43701

back

Distances from reference structure (by RMSD)

54, 4, 1, 2, 3, 7, 10, 20, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.024, 0.136, 0.248, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.136 std_dev=0.112
C4 A 0, 0.009, 0.127, 0.245, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.127 std_dev=0.118
C2 A 0, 0.018, 0.160, 0.302, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.160 std_dev=0.142
N1 A 0, 0.012, 0.180, 0.348, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.180 std_dev=0.168
C5 A 0, 0.012, 0.185, 0.359, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.185 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C6 A 0, 0.016, 0.200, 0.384, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.200 std_dev=0.184
N9 A 0, 0.004, 0.207, 0.410, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.207 std_dev=0.203
N6 A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C1' A 0, -0.006, 0.234, 0.474, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.234 std_dev=0.240
N7 A 0, 0.008, 0.299, 0.590, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.299 std_dev=0.291
C6 B 0, -0.029, 0.264, 0.556, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.264 std_dev=0.293
C8 A 0, 0.003, 0.300, 0.597, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.300 std_dev=0.297
N1 B 0, -0.008, 0.306, 0.620, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.306 std_dev=0.314
O4' A 0, -0.014, 0.326, 0.666, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.326 std_dev=0.340
N3 B 0, -0.004, 0.347, 0.697, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.347 std_dev=0.351
C1' B 0, -0.042, 0.436, 0.915, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.436 std_dev=0.479
C5 B 0, -0.044, 0.443, 0.930, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.443 std_dev=0.487
O6 B 0, -0.045, 0.472, 0.989, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.472 std_dev=0.517
N9 B 0, -0.044, 0.484, 1.012, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.484 std_dev=0.528
C2 B 0, -0.024, 0.541, 1.107, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.541 std_dev=0.565
C3' A 0, -0.036, 0.562, 1.160, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.562 std_dev=0.598
O4' B 0, -0.138, 0.480, 1.099, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.480 std_dev=0.619
C4' A 0, -0.028, 0.594, 1.215, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.594 std_dev=0.621
C2' A 0, -0.156, 0.516, 1.188, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.516 std_dev=0.672
C2' B 0, -0.056, 0.618, 1.292, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.618 std_dev=0.674
C4' B 0, -0.244, 0.582, 1.408, 2.645 max_d=2.645 avg_d=0.582 std_dev=0.826
C3' B 0, -0.145, 0.704, 1.552, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.704 std_dev=0.848
C5' A 0, 0.003, 0.906, 1.809, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.906 std_dev=0.903
O3' A 0, -0.008, 0.903, 1.815, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.903 std_dev=0.912
N7 B 0, -0.092, 0.904, 1.900, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.904 std_dev=0.996
C8 B 0, -0.094, 0.904, 1.903, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.904 std_dev=0.998
O2' A 0, -0.141, 0.920, 1.981, 3.384 max_d=3.384 avg_d=0.920 std_dev=1.061
N2 B 0, -0.049, 1.045, 2.138, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.045 std_dev=1.094
O2' B 0, -0.190, 0.921, 2.032, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.921 std_dev=1.111
O3' B 0, -0.173, 0.979, 2.130, 3.341 max_d=3.341 avg_d=0.979 std_dev=1.151
C5' B 0, -0.325, 0.898, 2.121, 3.848 max_d=3.848 avg_d=0.898 std_dev=1.223
O5' B 0, -0.230, 1.506, 3.242, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.506 std_dev=1.736
O5' A 0, -0.111, 1.679, 3.469, 5.008 max_d=5.008 avg_d=1.679 std_dev=1.790
OP1 A 0, -0.098, 1.984, 4.066, 5.548 max_d=5.548 avg_d=1.984 std_dev=2.082
P B 0, -0.224, 1.858, 3.941, 5.147 max_d=5.147 avg_d=1.858 std_dev=2.082
P A 0, -0.149, 1.965, 4.078, 5.849 max_d=5.849 avg_d=1.965 std_dev=2.114
OP2 B 0, -0.301, 2.267, 4.836, 6.561 max_d=6.561 avg_d=2.267 std_dev=2.569
OP1 B 0, -0.294, 2.455, 5.205, 7.303 max_d=7.303 avg_d=2.455 std_dev=2.750
OP2 A 0, -0.201, 2.849, 5.900, 7.728 max_d=7.728 avg_d=2.849 std_dev=3.051

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.28 0.86 0.26 0.24
C2 0.06 0.00 0.40 0.32 0.01 0.16 0.03 0.21 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.29 0.50 0.28 0.22 1.21 0.58 0.47
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.22 0.02 0.14 0.20 0.21 0.15 0.35 0.38 0.07 0.06 0.04 0.00 0.07 0.03 0.51 0.73 0.52 0.41
C3' 0.03 0.32 0.01 0.00 0.27 0.00 0.35 0.02 0.37 0.32 0.37 0.27 0.15 0.37 0.21 0.02 0.01 0.02 0.43 0.27 0.40 0.31
C4 0.03 0.01 0.22 0.27 0.00 0.05 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.32 0.15 0.39 1.11 0.31 0.29
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.09 0.27 0.09 0.16 0.14 0.25 0.10 0.26 0.04 0.00 0.02 0.32 0.24 0.13
C5 0.02 0.03 0.14 0.35 0.01 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.26 0.08 0.60 1.09 0.38 0.29
C5' 0.08 0.21 0.20 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.28 0.38 0.22 0.19 0.39 0.41 0.19 0.08 0.18 0.02 0.01 0.13 0.07 0.01
C6 0.03 0.06 0.21 0.37 0.02 0.09 0.01 0.28 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.20 0.33 0.15 0.52 1.14 0.36 0.31
C8 0.02 0.02 0.15 0.32 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.14 0.17 0.88 0.90 0.69 0.41
N1 0.06 0.02 0.35 0.37 0.03 0.09 0.02 0.22 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.21 0.43 0.21 0.34 1.19 0.43 0.37
N3 0.06 0.01 0.38 0.27 0.01 0.16 0.01 0.19 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.49 0.28 0.20 1.16 0.54 0.45
N6 0.03 0.01 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.39 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.27 0.07 0.65 1.00 0.49 0.37
N7 0.01 0.03 0.06 0.37 0.01 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.21 0.09 0.87 0.96 0.74 0.44
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.19 0.02 0.50 0.99 0.26 0.21
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.13 0.26 0.22 0.08 0.20 0.40 0.21 0.28 0.21 0.38 0.19 0.00 0.09 0.17 0.53 0.61 0.61 0.38
O3' 0.33 0.50 0.07 0.01 0.32 0.04 0.26 0.18 0.33 0.14 0.43 0.49 0.27 0.21 0.19 0.09 0.00 0.22 0.35 0.34 0.31 0.33
O4' 0.01 0.28 0.03 0.02 0.15 0.00 0.08 0.02 0.15 0.17 0.21 0.28 0.07 0.09 0.02 0.17 0.22 0.00 0.11 0.87 0.56 0.43
O5' 0.28 0.22 0.51 0.43 0.39 0.02 0.60 0.01 0.52 0.88 0.34 0.20 0.65 0.87 0.50 0.53 0.35 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.86 1.21 0.73 0.27 1.11 0.32 1.09 0.13 1.14 0.90 1.19 1.16 1.00 0.96 0.99 0.61 0.34 0.87 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.58 0.52 0.40 0.31 0.24 0.38 0.07 0.36 0.69 0.43 0.54 0.49 0.74 0.26 0.61 0.31 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.47 0.41 0.31 0.29 0.13 0.29 0.01 0.31 0.41 0.37 0.45 0.37 0.44 0.21 0.38 0.33 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.43 0.26 0.82 0.54 0.28 0.18 0.52 0.27 0.45 0.87 0.27 0.45 0.18 0.89 0.47 1.08 1.03 0.33 0.43 0.62 0.58 0.83 0.57
C2 0.52 0.53 0.71 0.25 0.27 0.36 0.51 0.72 0.34 1.02 0.33 0.92 0.40 1.02 0.55 1.29 0.68 0.48 0.62 0.53 0.88 1.35 0.81
C2' 0.61 0.49 0.73 0.30 0.64 0.24 0.85 0.37 0.80 1.09 0.62 0.42 0.46 1.13 0.75 0.83 0.70 0.62 0.31 0.92 0.36 0.67 0.31
C3' 0.26 0.44 0.44 0.40 0.33 0.35 0.40 0.45 0.42 0.51 0.44 0.52 0.37 0.51 0.33 0.49 0.86 0.46 0.47 0.47 0.32 0.92 0.59
C4 0.52 0.38 0.83 0.36 0.27 0.17 0.52 0.50 0.38 0.99 0.23 0.70 0.29 0.98 0.54 1.28 0.82 0.44 0.44 0.57 0.55 1.17 0.62
C4' 0.35 0.52 0.43 0.42 0.42 0.38 0.48 0.48 0.52 0.59 0.54 0.61 0.44 0.58 0.42 0.54 0.88 0.56 0.65 0.55 0.69 1.14 0.87
C5 0.55 0.41 0.84 0.35 0.29 0.21 0.52 0.57 0.37 1.00 0.24 0.74 0.31 0.99 0.56 1.29 0.76 0.48 0.46 0.56 0.46 1.31 0.64
C5' 0.43 0.56 0.42 0.35 0.48 0.43 0.54 0.53 0.58 0.57 0.60 0.62 0.49 0.58 0.47 0.51 0.78 0.65 0.61 0.61 0.63 1.10 0.76
C6 0.55 0.51 0.80 0.27 0.28 0.29 0.50 0.69 0.33 1.01 0.31 0.90 0.39 0.99 0.56 1.31 0.66 0.50 0.53 0.52 0.55 1.45 0.72
C8 0.53 0.28 0.90 0.52 0.32 0.16 0.54 0.35 0.44 0.94 0.23 0.53 0.23 0.94 0.55 1.20 0.92 0.45 0.34 0.62 0.40 0.99 0.49
N1 0.54 0.56 0.72 0.20 0.27 0.37 0.51 0.77 0.34 1.03 0.34 0.96 0.41 1.02 0.56 1.30 0.61 0.51 0.60 0.52 0.71 1.47 0.79
N3 0.51 0.45 0.76 0.31 0.26 0.27 0.51 0.59 0.35 1.00 0.27 0.78 0.34 1.00 0.53 1.29 0.79 0.43 0.58 0.55 0.86 1.22 0.78
N6 0.62 0.35 0.75 0.21 0.30 0.18 0.45 0.31 0.28 0.91 0.24 0.65 0.21 0.83 0.59 1.22 0.47 0.36 0.29 0.35 0.43 0.53 0.36
N7 0.56 0.34 0.89 0.46 0.31 0.20 0.54 0.48 0.41 0.98 0.22 0.64 0.27 0.97 0.57 1.24 0.83 0.49 0.44 0.59 0.49 1.22 0.62
N9 0.51 0.29 0.87 0.47 0.29 0.11 0.53 0.34 0.42 0.94 0.22 0.54 0.22 0.95 0.53 1.20 0.93 0.41 0.33 0.61 0.39 0.96 0.48
O2' 0.81 0.75 0.88 0.48 0.97 0.28 1.27 0.30 1.23 1.50 0.97 0.58 0.70 1.60 1.06 0.93 0.89 0.73 0.42 1.38 0.63 0.41 0.33
O3' 0.32 0.66 0.36 0.64 0.48 0.50 0.46 0.51 0.55 0.35 0.65 0.76 0.58 0.36 0.36 0.33 1.05 0.53 0.72 0.54 0.42 0.95 0.84
O4' 0.35 0.36 0.70 0.51 0.26 0.22 0.41 0.34 0.37 0.71 0.34 0.52 0.27 0.70 0.39 0.91 0.98 0.38 0.57 0.46 0.76 1.01 0.79
O5' 0.48 0.40 0.77 0.41 0.27 0.34 0.37 0.37 0.50 0.46 0.51 0.48 0.26 0.41 0.35 0.93 0.44 0.60 0.36 0.61 0.46 0.69 0.45
OP1 0.53 0.60 0.54 0.41 0.46 0.38 0.53 0.40 0.63 0.60 0.67 0.70 0.47 0.57 0.48 0.58 0.73 0.72 0.56 0.69 0.93 0.62 0.59
OP2 0.56 0.64 0.93 0.65 0.29 0.52 0.45 0.52 0.73 0.35 0.80 0.77 0.38 0.36 0.28 1.15 0.57 0.64 0.50 0.91 0.54 0.72 0.51
P 0.50 0.47 0.74 0.44 0.29 0.36 0.40 0.38 0.55 0.48 0.59 0.57 0.30 0.44 0.36 0.88 0.52 0.63 0.43 0.67 0.59 0.58 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.41 0.02 0.41 0.41 0.32
C2 0.04 0.00 0.43 0.42 0.01 0.09 0.02 0.16 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.22 0.21 0.87 0.01 1.39 0.81 0.96
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.21 0.01 0.10 0.14 0.17 0.24 0.32 0.54 0.43 0.16 0.03 0.00 0.02 0.02 0.33 0.13 0.50 0.29 0.34
C3' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.33 0.01 0.35 0.02 0.41 0.22 0.44 0.45 0.38 0.29 0.21 0.03 0.01 0.02 0.32 0.41 0.49 0.21 0.35
C4 0.02 0.01 0.21 0.33 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.11 0.91 0.01 1.26 0.86 0.91
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.11 0.11 0.08 0.20 0.10 0.28 0.02 0.01 0.02 0.16 0.17 0.17 0.03
C5 0.01 0.02 0.10 0.35 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.04 1.12 0.01 1.63 1.14 1.17
C5' 0.04 0.16 0.14 0.02 0.15 0.01 0.23 0.00 0.24 0.26 0.20 0.17 0.13 0.29 0.14 0.13 0.18 0.02 0.01 0.28 0.33 0.29 0.02
C6 0.02 0.03 0.17 0.41 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.19 0.08 1.17 0.00 1.82 1.21 1.28
C8 0.02 0.02 0.24 0.22 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.12 0.16 1.07 0.02 1.26 1.09 0.99
N1 0.03 0.01 0.32 0.44 0.02 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.15 1.05 0.01 1.68 1.04 1.17
N2 0.04 0.01 0.54 0.45 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.26 0.26 0.80 0.02 1.34 0.73 0.92
N3 0.04 0.01 0.43 0.38 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.19 0.21 0.76 0.01 1.14 0.69 0.80
N7 0.01 0.02 0.16 0.29 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.16 0.11 1.21 0.02 1.66 1.29 1.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.07 0.02 0.82 0.02 0.97 0.78 0.75
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.15 0.28 0.30 0.13 0.27 0.44 0.17 0.32 0.21 0.45 0.21 0.00 0.04 0.21 0.22 0.33 0.27 0.24 0.20
O3' 0.26 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.18 0.19 0.12 0.21 0.26 0.19 0.16 0.07 0.04 0.00 0.16 0.19 0.22 0.39 0.19 0.31
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.16 0.15 0.26 0.21 0.11 0.02 0.21 0.16 0.00 0.33 0.05 0.20 0.42 0.27
O5' 0.41 0.87 0.33 0.32 0.91 0.02 1.12 0.01 1.17 1.07 1.05 0.80 0.76 1.21 0.82 0.22 0.19 0.33 0.00 1.28 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.41 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.22 0.05 1.28 0.00 2.05 1.39 1.44
OP1 0.41 1.39 0.50 0.49 1.26 0.17 1.63 0.33 1.82 1.26 1.68 1.34 1.14 1.66 0.97 0.27 0.39 0.20 0.02 2.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.81 0.29 0.21 0.86 0.17 1.14 0.29 1.21 1.09 1.04 0.73 0.69 1.29 0.78 0.24 0.19 0.42 0.03 1.39 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.96 0.34 0.35 0.91 0.03 1.17 0.02 1.28 0.99 1.17 0.92 0.80 1.23 0.75 0.20 0.31 0.27 0.01 1.44 0.01 0.01 0.00