ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 21, 1, 1, 0, 2, 0, 24, 31, 0, 0, 5, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, 0.019, 0.133, 0.246, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.133 std_dev=0.113
C4 B 0, 0.080, 0.296, 0.512, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.216
C4 A 0, 0.075, 0.295, 0.515, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.295 std_dev=0.220
N1 A 0, 0.089, 0.328, 0.568, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.328 std_dev=0.240
N9 A 0, 0.119, 0.457, 0.795, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.457 std_dev=0.338
C5 B 0, -0.091, 0.253, 0.598, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.253 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.118, 0.491, 0.865, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.491 std_dev=0.374
C6 B 0, 0.003, 0.381, 0.759, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.381 std_dev=0.378
C2 A 0, 0.056, 0.445, 0.835, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.445 std_dev=0.389
N9 B 0, 0.113, 0.515, 0.917, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.515 std_dev=0.402
N3 A 0, 0.052, 0.463, 0.874, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.463 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.129, 0.564, 1.000, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.564 std_dev=0.435
C2 B 0, 0.135, 0.610, 1.084, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.610 std_dev=0.475
C1' A 0, 0.149, 0.641, 1.134, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.641 std_dev=0.492
C6 A 0, -0.158, 0.347, 0.852, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.347 std_dev=0.505
C5 A 0, -0.144, 0.361, 0.867, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.361 std_dev=0.506
C8 B 0, 0.057, 0.640, 1.222, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.640 std_dev=0.582
N7 B 0, -0.086, 0.515, 1.117, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.515 std_dev=0.602
O4' A 0, 0.186, 0.796, 1.406, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.796 std_dev=0.610
C1' B 0, 0.134, 0.744, 1.354, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.744 std_dev=0.610
C8 A 0, -0.044, 0.637, 1.318, 2.758 max_d=2.758 avg_d=0.637 std_dev=0.681
C4' A 0, 0.187, 0.966, 1.744, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.966 std_dev=0.778
N7 A 0, -0.266, 0.613, 1.493, 3.446 max_d=3.446 avg_d=0.613 std_dev=0.880
C2' A 0, -0.162, 0.793, 1.748, 3.819 max_d=3.819 avg_d=0.793 std_dev=0.955
C3' A 0, -0.215, 0.847, 1.910, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.847 std_dev=1.062
N6 A 0, -0.555, 0.648, 1.851, 3.750 max_d=3.750 avg_d=0.648 std_dev=1.203
O4' B 0, 0.217, 1.427, 2.637, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.427 std_dev=1.210
C5' A 0, 0.063, 1.358, 2.653, 4.719 max_d=4.719 avg_d=1.358 std_dev=1.295
O3' A 0, -0.382, 0.968, 2.318, 5.520 max_d=5.520 avg_d=0.968 std_dev=1.350
O2' A 0, -0.311, 1.178, 2.667, 5.847 max_d=5.847 avg_d=1.178 std_dev=1.489
O5' A 0, -0.226, 1.421, 3.068, 6.232 max_d=6.232 avg_d=1.421 std_dev=1.647
C2' B 0, 0.115, 1.795, 3.476, 3.807 max_d=3.807 avg_d=1.795 std_dev=1.681
O2' B 0, 0.280, 2.116, 3.953, 4.235 max_d=4.235 avg_d=2.116 std_dev=1.836
C4' B 0, 0.271, 2.193, 4.115, 4.143 max_d=4.143 avg_d=2.193 std_dev=1.922
C3' B 0, 0.181, 2.216, 4.250, 4.551 max_d=4.551 avg_d=2.216 std_dev=2.035
O3' B 0, 0.144, 2.308, 4.473, 4.857 max_d=4.857 avg_d=2.308 std_dev=2.165
P A 0, -0.455, 1.979, 4.413, 9.137 max_d=9.137 avg_d=1.979 std_dev=2.434
OP2 A 0, -0.765, 2.002, 4.769, 10.695 max_d=10.695 avg_d=2.002 std_dev=2.767
C5' B 0, 0.404, 3.179, 5.954, 6.335 max_d=6.335 avg_d=3.179 std_dev=2.775
O5' B 0, 0.410, 3.203, 5.996, 6.906 max_d=6.906 avg_d=3.203 std_dev=2.793
OP1 A 0, -0.182, 2.690, 5.563, 10.472 max_d=10.472 avg_d=2.690 std_dev=2.873
OP2 B 0, 0.120, 3.162, 6.204, 10.396 max_d=10.396 avg_d=3.162 std_dev=3.042
P B 0, 0.279, 3.439, 6.600, 9.641 max_d=9.641 avg_d=3.439 std_dev=3.161
OP1 B 0, 0.386, 4.081, 7.775, 10.910 max_d=10.910 avg_d=4.081 std_dev=3.695

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.18 0.01 0.17 0.30 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.35 0.03 0.68 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.30 0.39 0.72 0.69 0.62
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.17 0.22 0.10 0.10
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.02 0.08 0.30 0.07 0.18 0.17 0.28 0.13 0.02 0.01 0.02 0.24 0.43 0.23 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.13 0.00 0.27 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.16 0.16 0.52 0.47 0.17
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.13 0.00 0.04 0.01 0.11 0.27 0.24 0.34 0.07 0.20 0.05 0.18 0.03 0.00 0.02 0.14 0.26 0.02
C5 0.01 0.03 0.05 0.13 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.07 0.36 0.73 0.79 0.33
C5' 0.04 0.68 0.09 0.02 0.27 0.01 0.12 0.00 0.24 0.43 0.50 0.64 0.19 0.33 0.08 0.09 0.11 0.01 0.01 0.23 0.43 0.02
C6 0.02 0.07 0.08 0.08 0.02 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.22 0.08 0.14 0.23 0.72 0.73 0.23
C8 0.02 0.02 0.07 0.30 0.01 0.27 0.01 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.26 0.11 0.19 0.79 1.02 1.14 0.82
N1 0.03 0.02 0.08 0.07 0.03 0.24 0.02 0.50 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.07 0.23 0.23 0.70 0.60 0.40
N3 0.02 0.00 0.11 0.18 0.00 0.34 0.01 0.64 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.31 0.36 0.62 0.57 0.54
N6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.08 0.13 0.37 0.14 0.91 0.29
N7 0.02 0.03 0.06 0.28 0.01 0.20 0.00 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.13 0.11 0.73 1.06 1.23 0.78
N9 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.36 0.56 0.56 0.31
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.18 0.22 0.09 0.22 0.26 0.13 0.07 0.32 0.28 0.15 0.00 0.05 0.12 0.23 0.34 0.20 0.17
O3' 0.18 0.12 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.14 0.08 0.13 0.07 0.05 0.00 0.11 0.22 0.70 0.44 0.26
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.14 0.19 0.23 0.31 0.13 0.11 0.01 0.12 0.11 0.00 0.07 0.27 0.11 0.06
O5' 0.17 0.39 0.17 0.24 0.16 0.02 0.36 0.01 0.23 0.79 0.23 0.36 0.37 0.73 0.36 0.23 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.72 0.22 0.43 0.52 0.14 0.73 0.23 0.72 1.02 0.70 0.62 0.14 1.06 0.56 0.34 0.70 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.69 0.10 0.23 0.47 0.26 0.79 0.43 0.73 1.14 0.60 0.57 0.91 1.23 0.56 0.20 0.44 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.62 0.10 0.20 0.17 0.02 0.33 0.02 0.23 0.82 0.40 0.54 0.29 0.78 0.31 0.17 0.26 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.09 0.57 1.98 2.20 0.75 1.55 0.65 1.59 0.63 0.79 0.53 0.79 0.14 0.70 0.87 1.66 2.20 0.94 1.70 1.85 1.84 1.74
C2 0.59 0.53 1.26 1.35 0.51 0.73 0.54 0.71 0.62 0.51 0.53 0.59 0.16 0.57 0.52 0.94 1.19 0.34 0.94 0.99 1.30 1.04
C2' 1.08 0.57 2.08 2.17 0.79 1.43 0.72 1.48 0.68 0.87 0.58 0.78 0.16 0.78 0.91 1.83 2.10 0.82 1.67 1.76 1.83 1.70
C3' 0.99 0.43 2.01 2.09 0.64 1.36 0.55 1.39 0.54 0.72 0.45 0.64 0.16 0.61 0.78 1.82 2.07 0.73 1.54 1.66 1.69 1.57
C4 0.83 0.50 1.53 1.69 0.52 1.14 0.39 1.08 0.45 0.45 0.38 0.67 0.15 0.39 0.59 1.26 1.68 0.72 1.10 1.21 1.30 1.15
C4' 1.24 0.50 2.14 2.39 0.74 1.75 0.49 1.78 0.29 0.78 0.24 0.81 0.15 0.55 0.93 1.89 2.47 1.13 1.82 2.01 1.84 1.84
C5 0.91 0.56 1.37 1.57 0.52 1.21 0.20 1.10 0.24 0.36 0.23 0.75 0.18 0.16 0.61 1.18 1.63 0.98 0.89 1.02 0.93 0.90
C5' 1.45 0.76 2.19 2.45 0.93 1.88 0.62 1.85 0.36 0.93 0.44 1.03 0.15 0.65 1.11 2.04 2.61 1.37 1.80 2.00 1.73 1.81
C6 0.84 0.62 1.15 1.31 0.51 1.06 0.22 0.93 0.22 0.34 0.24 0.76 0.22 0.20 0.57 1.00 1.39 0.95 0.64 0.73 0.66 0.62
C8 1.09 0.54 1.68 1.92 0.60 1.52 0.29 1.45 0.26 0.50 0.25 0.79 0.15 0.26 0.74 1.45 2.01 1.15 1.27 1.46 1.25 1.29
N1 0.55 0.50 1.00 1.10 0.33 0.68 0.24 0.54 0.37 0.20 0.30 0.56 0.21 0.26 0.35 0.79 1.08 0.54 0.50 0.57 0.83 0.58
N3 0.80 0.58 1.58 1.70 0.65 1.05 0.63 1.06 0.66 0.66 0.57 0.70 0.15 0.66 0.69 1.24 1.58 0.56 1.26 1.33 1.55 1.33
N6 1.23 0.74 0.70 0.97 0.86 1.62 0.57 1.56 0.30 0.80 0.35 0.98 0.19 0.57 0.98 0.77 1.34 1.72 0.94 0.94 0.23 0.77
N7 1.12 0.62 1.53 1.78 0.65 1.51 0.28 1.43 0.16 0.52 0.22 0.86 0.18 0.24 0.78 1.35 1.89 1.27 1.12 1.30 1.00 1.12
N9 0.97 0.50 1.72 1.93 0.58 1.36 0.42 1.33 0.45 0.54 0.38 0.72 0.14 0.43 0.70 1.44 1.95 0.89 1.33 1.48 1.45 1.37
O2' 1.42 0.80 2.46 2.57 1.10 1.83 1.02 1.94 0.90 1.24 0.77 1.04 0.18 1.12 1.27 2.18 2.51 1.19 2.16 2.24 2.28 2.16
O3' 1.08 0.55 2.15 2.18 0.76 1.43 0.70 1.48 0.69 0.86 0.61 0.73 0.19 0.76 0.90 2.01 2.14 0.80 1.65 1.74 1.76 1.66
O4' 1.31 0.62 2.09 2.40 0.80 1.84 0.53 1.86 0.33 0.80 0.30 0.92 0.15 0.56 0.98 1.79 2.50 1.26 1.85 2.05 1.87 1.87
O5' 1.37 0.60 2.03 2.27 0.80 1.74 0.48 1.64 0.24 0.81 0.28 0.91 0.15 0.51 1.01 1.97 2.47 1.32 1.50 1.70 1.40 1.50
OP1 2.03 1.11 2.53 2.83 1.38 2.38 1.09 2.21 0.88 1.43 0.85 1.45 0.15 1.16 1.62 2.64 3.18 2.00 1.93 2.12 1.55 1.84
OP2 1.74 1.02 2.35 2.50 1.25 1.97 0.99 1.84 0.70 1.30 0.72 1.30 0.17 1.04 1.44 2.37 2.68 1.59 1.76 1.91 1.68 1.76
P 1.77 0.99 2.27 2.50 1.21 2.05 0.93 1.89 0.68 1.24 0.70 1.29 0.15 0.97 1.42 2.34 2.77 1.72 1.69 1.87 1.47 1.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.10 0.51 0.69 0.34
C2 0.03 0.00 0.52 0.41 0.01 0.14 0.04 0.16 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.33 0.17 0.40 0.25 0.30 0.55 0.32
C2' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.26 0.01 0.10 0.15 0.23 0.31 0.37 0.52 0.04 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.97 1.16 0.79
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.35 0.01 0.37 0.04 0.44 0.22 0.41 0.36 0.05 0.30 0.23 0.02 0.01 0.01 0.13 0.67 0.57 0.37
C4 0.01 0.01 0.26 0.35 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.21 0.29 0.35 0.54 0.35
C4' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.26 0.10 0.14 0.05 0.22 0.11 0.28 0.02 0.00 0.01 0.37 0.38 0.19
C5 0.01 0.04 0.10 0.37 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.12 0.11 0.41 0.47 0.65 0.51
C5' 0.03 0.16 0.15 0.04 0.11 0.01 0.21 0.00 0.19 0.39 0.16 0.15 0.11 0.36 0.16 0.12 0.21 0.02 0.01 0.11 0.11 0.02
C6 0.02 0.07 0.23 0.44 0.02 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.14 0.19 0.18 0.42 0.50 0.73 0.54
C8 0.01 0.03 0.31 0.22 0.01 0.26 0.01 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.55 0.06 0.22 0.45 0.47 0.63 0.48
N1 0.04 0.02 0.37 0.41 0.03 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.16 0.16 0.35 0.32 0.38 0.65 0.43
N3 0.03 0.00 0.52 0.36 0.01 0.14 0.01 0.15 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.15 0.38 0.20 0.30 0.49 0.26
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.15 0.19 0.21 0.18
N7 0.01 0.03 0.18 0.30 0.01 0.22 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.11 0.10 0.50 0.57 0.69 0.60
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.07 0.01 0.26 0.38 0.58 0.33
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.08 0.28 0.24 0.12 0.14 0.55 0.16 0.34 0.06 0.50 0.23 0.00 0.05 0.22 0.18 0.96 1.31 0.78
O3' 0.28 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.21 0.19 0.06 0.16 0.15 0.05 0.11 0.07 0.05 0.00 0.19 0.29 0.44 0.42 0.22
O4' 0.00 0.40 0.02 0.01 0.21 0.00 0.11 0.02 0.18 0.22 0.35 0.38 0.03 0.10 0.01 0.22 0.19 0.00 0.09 0.27 0.41 0.15
O5' 0.10 0.25 0.28 0.13 0.29 0.01 0.41 0.01 0.42 0.45 0.32 0.20 0.15 0.50 0.26 0.18 0.29 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.30 0.97 0.67 0.35 0.37 0.47 0.11 0.50 0.47 0.38 0.30 0.19 0.57 0.38 0.96 0.44 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.69 0.55 1.16 0.57 0.54 0.38 0.65 0.11 0.73 0.63 0.65 0.49 0.21 0.69 0.58 1.31 0.42 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.32 0.79 0.37 0.35 0.19 0.51 0.02 0.54 0.48 0.43 0.26 0.18 0.60 0.33 0.78 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00